Potentiel et écueils de la dé-extinction

La re-création d'espèces disparues, i.e. la dé-extinction, a le vent en poupe médiatiquement mais est soumise à d'intenses débats dans la communauté scientifique, notamment à propos de la distribution des financements dans le cadre de la protection de l'environnement. En effet, ceux qui s'y opposent estiment que les fonds devraient être alloués à la protection des écosystèmes actuels nécessitant des actions urgentes, plutôt qu'à des espèces déjà éteintes. Cependant, d'autres avancent que la re-création d'espèces charismatiques, tel que le mammouth, serait rentabilisée par la vente des tickets de zoo. Un autre argument est que, l'homme étant responsable de nombreuses extinctions, il a le devoir moral d’en faire revivre. Enfin, de manière plus pragmatique, certains écosystèmes reviendraient à un équilibre si une espèce disparue était ré-introduite.
Différentes techniques pouvant mener à la dé-extinction sont présentées.
La dé-extinction par backcrossing. Cette technique consiste à croiser durant plusieurs générations des individus avec des caractères phénotypiques proches d'une espèce disparue, permettant d'obtenir un individu ayant le phénotype de l'espèce éteinte. Une expérience avec le boeuf européen, Bos bauvus, a été menée pour obtenir des Aurochs, mais ce fut un échec.
Les techniques de la reproduction artificielle sont de plus en plus performantes. L'une des plus connues est celle du clonage. La technique utilisée est celle du transfert interspécifique de noyau de cellule somatique (ISNCT). Cette technique nécessite une espèce hôte très proche phylogénétiquement, une solution à ce problème serait la mise au point d'utérus artificiels. La naissance d'un Bouquetin des Pyrénées est le plus grand succès actuel, First birth of an animal from an extinct subspecies (Capra pyrenaica pyrenaica) by cloning, mais il mourut juste après la naissance.
Les auteurs expliquent ensuite les différents problèmes liés aux incompatibilités et qui expliquent le faible taux de réussite : 1 à 6 % des ISNCT (consanguinité, reprogrammation incomplète du noyau, plasticité phénotypique, développement post-natal, télomères courts). Un problème majeur autre que les incompatibilités est de trouver des noyaux de cellules somatiques préservés et dont l'ADN n'est pas encore dégradé. Les organismes retrouvés dans le permafrost sont donc favorisés.
Une alternative au clonage est la synthèse complète de génome. Cependant, on peut s'attendre à ce que tout génome dont l'architecture est basé sur un paléogénome soit incomplet. De plus, certains mécanismes comme la formation de l'enveloppe nucléaire ne sont pas encore compris.
Au vu de ces barrières, une autre solution est de modifier un génome déjà existant. Par exemple, la majorité des gènes du Mammouth sont fonctionnellement similaires à ceux de l'Elephant d'Asie. La technologie CRISP/Cas9 est très prometteuse pour éditer, même s'il y a encore des problèmes de précision et pour insérer des brins d'ADN. Enfin, actuellement les équipes n'arrivent qu'à effectuer une seule insertion.
Dans l'hypothèse que ces techniques seront au point dans le futur, d'autres problématiques se poseront. Notamment, on ne sait actuellement pas comment recréer un microbiome ancien et il se posera également la question de l’adaptation des espèces ressuscitées à l'environnement actuel. Il faut également considérer l'angle des maladies, les individus dé-éteints pouvant être vecteurs de maladies actuelles. Un équilibre doit être trouvé entre maintenir l'intégrité de l'espèce originale et l'adapter à l'environnement actuel. Un autre problème à long terme et de dé-éteindre suffisamment d'individus génétiquement divers pour obtenir une population viable. Enfin, il faut trouver des écosystèmes pouvant accueillir les espèces revenues à la vie. Celles-ci peuvent menacer des espèces déjà en voie d'extinction ou faire revenir l'écosystème à un état non désiré par les populations locales.

Cette review pose clairement les arguments pour et contre de la dé-extinction, avec des arguments aussi bien d'ordre financier qu'écologique. De plus, cette review l'état des lieux des différentes techniques ("backcrossing", clonage, synthèse ou édition de génome) permettant de dé-éteindre une espèce, en précisant les différentes limites actuelles et futures.