Après avoir réalisé un bref retour sur les découvertes concernant les virus, l’auteur se penche sur la création des 3 domaines du vivant et sur les « anciens virus » qui pourraient en être à l’origine. Il écarte l’idée que les virus puissent être un groupe monophylétique et ce, à cause du fait qu'ils peuvent soit contenir de l’ADN, soit de l’ARN. Des arguments selon lesquels les virus à ADN ou ARN seraient apparus indépendamment, mais que leurs formations se soient chevauchées aux alentours de l’apparition de LUCA, plaident en faveur de cette hypothèse.

Grâce aux techniques actuelles, les scénarios évolutifs partant des théories selon lesquelles les virus seraient anciens, voire antérieurs aux cellules, sont remis au goût du jour. L'auteur revient sur la possibilité que les virus soient à l’origine des protéines d’Eucaryotes, et sur les théories selon lesquelles ils seraient même à l’origine du noyau cellulaire (par le processus d’eukaryogenèse). Il revient également sur la possible existence du mécanisme inverse : la viriogenèse nucléaire (l’hypothèse qu’un noyau eucaryote pourrait donner un virus à ADN). Il met alors en avant le fait que ces deux mécanismes puissent être à l’origine de bien des caractéristiques des virus (diversité, forme, taille, …). L’auteur met cependant de côté ces hypothèses et revient sur celles qui nous intéressent, à savoir, l'hypothèse par échappée et l'hypothèse de réduction graduelle.

La réduction graduelle fait l’objet de beaucoup d’attention, alimentée par la découverte de Mimivirus dont les similitudes avec des organismes cellulaires éclairent sur les processus potentiels (NB: ça reste une hypothèse) de réduction du génome. L’auteur souligne aussi que des informations supplémentaires apportées par des représentants des familles comme les Phycodnaviridae ou les Iridoviridae pourraient permettre de mieux comprendre la transition entre organisme cellulaire et virus.

En mettant le doigt sur les comparaisons réalisées entre les organismes bactériens et les virus, l’auteur remet en cause les caractéristiques qui sont comparées. Il suggère que ce qui devrait attirer l’attention de tous n’est pas la comparaison entre « parasite » et « particule virale », mais plutôt entre « parasite » et « processus de fabrication de virus » qu’il nomme « usine à virus ». Il insiste sur le fait que le virion n’est pas représentatif du virus et qu’une différenciation de ces deux éléments doit impérativement faire partie du raisonnement. Ainsi, l'usine virale, qui utilise notamment les mitochondries se trouvant à sa périphérie pour obtenir de l'ATP, montre une ressemblance fonctionnelle avec les bactéries parasites intra-cellulaires. Selon lui, c’est cette usine virale qui devrait être considérée comme l’organisme viral réel en se référant à un virus. Se concentrer sur la structure de cette usine pourrait permettre de mieux comprendre l’histoire évolutive des virus.

Cet article propose tout d’abord une revue générale et rapide des théories et des résultats majeurs en lien avec l’étude de l’évolution des virus. Il survole, pour commencer, la théorie proposant une apparition des virus antérieure aux premières cellules. Celle-ci s’appuie sur la diversité et les caractéristiques uniques des virus (comme les capsides ou l’existence de virus à ARN), non présentes chez les organismes cellulaires, pour proposer une apparition précoce des virus depuis de petits éléments génétiques évoluant librement dans la « soupe primordiale » des débuts de la vie. L’auteur la met cependant rapidement de côté et revoit brièvement les hypothèses par réduction et par échappée. La principale difficulté de ces dernières réside alors selon lui dans les caractéristiques uniques des virus, abordées plus haut. La théorie par réduction est, de plus, mise à mal par l’inexistence d’organismes montrant un état transitoire, à mi-chemin entre la cellule et le virus. Cette dernière difficulté à été en partie diminuée par la découverte de virus géants, dont la complexité génomique et la taille sont supérieures aux cellules parasites les plus simples. Néanmoins, la transition d’une cellule vers une entité sans membrane entourée d’une capside à l’état libre reste difficile à imaginer.

L’auteur rebondit alors sur ce dernier problème pour proposer un changement de paradigme assez important, susceptible de faciliter la représentation conceptuelle de l’évolution par réduction graduelle, et de permettre de pencher pour cette dernière hypothèse, au moins dans le cas de certains virus complexes (Iridovirus, Poxvirus, Asfarvirus...). Le concept repose sur l’observation, au sein des cellules infectées par ces virus, de structures dédiées à la production de nouveaux virions, appelées usines virales. Ces usines sont mises en place sous contrôle de l’ADN viral et sont composées d’un assemblage complexe de protéines virales et cellulaires (soutirées à l’hôte), souvent isolé du reste de la cellule par une membrane elle aussi issue de la cellule. Ces usines recrutent même, à leur périphérie, des mitochondries de l’hôte pour obtenir de l'énergie. L’auteur propose alors de considérer ces structures, plutôt que les virions, plus simples et majoritairement inertes, comme les véritables virus. Selon lui, de considérer les virions comme des virus serait équivalent à considérer "un spermatozoïde comme un humain, ou un grain de pollen comme une plante », dans le sens où il ne s’agit que du moyen de propagation des virus, non représentatif de leur réelle complexité. Si les usines virales sont les véritables virus, il devient alors plus aisé d’imaginer leur apparition par réduction graduelle de cellules parasites intracellulaires. En effet, leur complexité et la présence de membrane les rendent moins différentes des cellules que les virions. Ces derniers seraient, dans ce cadre, apparus secondairement comme un moyen pour le parasite d’infecter de nouvelles cellules sans être tributaire de la duplication de l’hôte. Cette vision permettrait ainsi de résoudre, en partie, le problème de la transition entre une cellule parasite et un virus, qui seraient moins différents qu’ils ne semblent l'être.

L'auteur revient très brièvement sur quelques théories avant de passer à celles qui nous intéressent. Malheureusement la théorie d'échappées n'est presque pas abordé au profit de la Théorie de réduction graduelle, cette dernière agrémentée de sa propre théorie sur les usines virales (plutôt bien explicité, claire, précise, sans pour autant aller dans les détails de fonds).

Cet article court correspond à l’expression de l’opinion de l’auteur, et ne prétend pas fournir une revue complète des mécanismes moléculaires discutés. Le manque de description des usines virales, cependant, constitue alors un problème, car il est impossible de savoir si le paradigme proposé par l’auteur est compatible avec le détail des caractéristiques de ces structures. De plus, l’auteur ne fait aucune mention de la possibilité d’évolution d’une usine virale depuis des structures moins complexes, alors que ceci ne semble pas inimaginable et serait compatible avec la théorie par échappée. Indépendamment de la pertinence de l’opinion de l’auteur, celui-ci donne donc un peu l’impression d’avoir éludé certains détails afin d’étayer sa vision.

L’avancée majeure de l’article est la proposition d’une nouvelle vision des virus. Le véritable virus pourrait être intracellulaire et complexe, et le virion ne serait alors qu’un propagule ne montrant, forcément, que peu de similitudes avec une cellule parasite. Cette vision conforte l’hypothèse par réduction pour certains groupes, mais n’est pas forcément transposable à l’ensemble des virus. Il s'agira d'évaluer la prévalence des usines virales parmi d'autres groupes.

Si cette proposition est annoncée par l'auteur comme nouvelle, une idée très similaire a cependant été proposée vingt ans plus tôt, par Claudiu I. Båndea.

Cette review est intéressante du point de vue des usines à virus. L'auteur offre une nouvelle façon d'envisager les virus et relègue les virions à de simple moyens de transports ou d'infection de cellules hôtes. Selon lui toute la nature de l'organisme viral réside dans ces structures intracellulaire complexe à l'origine de la production des virus.

Je trouve dommage de pas avoir essayé de faire un lien entre la théorie d'échappé et les usines à virus (choix de l'auteur, très certainement). Cela aurait permis de comparer les deux théories de manières plus objective.
Concernant la partie sur les usines virale, elle est très bien expliquée, clair, précise sans pour autant aller dans les détails. C'est une review courte qui donne envie d'en savoir plus sur ces usines à virus.

Cet article constitue une bonne introduction au sujet, car bien qu’il ne soit pas exhaustif, il est clair et peu technique. Il est assez étonnant qu’à travers le titre et le résumé, l’accent soit mis sur la place des virus dans l’évolution des cellules. En effet la proposition la plus mise en avant et la plus novatrice de cet article est plutôt celle de changer notre point de vue sur les virus.