Many wild and managed bee pollinators have
experienced population declines over the past several
decades, and molecular and population genetic tools have
been valuable in understanding conservation threats across
the bee tree of life. Emerging genomic tools have the
potential to improve classical applications of conservation
genetics, such as assessing species status, and quantifying
genetic diversity, gene flow and effective population sizes.
Genomic tools can also revolutionize novel research in bee
conservation and management, including the identification
of loci underlying adaptive and economically desirable
traits, such as those involved in disease susceptibility,
responses to multiple environmental stressors, and even
discovering and understanding the hidden diversity of
beneficial microorganisms associated with bees. In this
perspective, we provide a survey of some of the ways
genomic tools can be applied to bee conservation to bridge
the gap between basic and applied genomics research.
Titre de la review
Conservation des abeilles à l'ère de la génomique
Conservation des abeilles à l'ère de la génomique
Résumé de la review
Cette review présente les différentes problématiques portant sur l'abeille en général (qui comprend 16 000 espèces) qui peuvent être résolues (ou non) de nos jours avec l'aide de l'outil génétique.
Ces outils ont permis de résoudre des problèmes de conservation, d'estimations des flux génomiques, de diversité génétique, de structure des populations, d'expansions ou encore d'effets Bottlenecks (d'effet goulot d'étranglement d'une population).
Le séquençage génétique à haut débit (HTS) permet l'analyse de bon nombre de ces paramètres sur de nombreuses populations d'abeilles. De plus, l'HTS a également conduit à des analyses plus fines en étudiant des SNP (des changements d'un seul nucléotide sur une séquences de l'ADN).
La comparaison de génome de population du continent par rapport à des populations insulaires permet d'estimer les risques d'extinction liés à la fragmentation de l’habitat( mais également l'anthropisation des terres, l'urbanisation...).
Les séquençages de génome permettent également de définir plus précisément les espèces et de détecter les hybrides sur une échelle locale à large.
L'analyse de séquence génomique et des traces de maladies associées permettent d'estimer un ancêtres sur 5 à 25 millions d'années et une simplification du système immunitaire du à une détoxification du génome. Les abeilles étant de ce fait plus sujette à des menaces.
Le séquençage de génome (par HTS, ré-échantillonnage, échantillonnage d'ARN ou encore d'ADN mitochondriale) s'est fait sur 11 espèces d'abeilles, et plus spécifiquement les abeilles domestiques (dont fais partie Apis mellifera).
Le séquençage par PCR (multiplication d'un brin) permet le séquençage d'un génome et l'analyse de l'expression des gènes étudiés. La PCR est simplifié de nos jours, par une baisse des couts de réalisation de ces analyses.
L'obtention de Pool de séquences reflétant la fréquence d'allèle permet de mettre en évidence des différences entre espèces et d’inférer possiblement des comportements sociaux à ces fréquences.
L'analyse de site de restriction associé à des séquences ADN est reliée aux sites de restriction liés aux enzymes dans le génomes. L'accumulation de ces sites devrais permettre de créer une carte de locus associé à des traits utiles à la conservation des espèces.
De surcroit, il existe des séquences répétées de l'ADN et des séquences profonde de l'ARN qui révèlent parfois des traces ancestrales d'infections bactériennes, polliniques ou virales. Ceci nous indique donc des lieux de pollinisations préférentielle des espèces, des indications sur la flore microbienne des organismes ou encore l'origine possible de certain virus tel que le Nosema.
Les différentes causes du déclin d'une espèce (maladies, bottlekneck effect, transformation de l’habitat...) n'ont souvent pas lieu en un même temps et un même lieu.
Dans un but de prévention il est possible d'utiliser les Omics (utilisés chez l'homme pour prévenir des cancers). Ces Omics permettant d'anticiper des effets précoces d'une substance sur un organisme et d'identifier des biomarqueurs d'augmentation de stress, ou de danger chez une espèce.
Certains biais sont à prendre en compte :
Pour conclure, de nombreux autres séquençage d'espèces d'abeilles auront probablement lieu dans les années à venir, permettant d'élucider des facteurs génétiques pouvant être associés au déclin de certaines populations ou encore à des traits d'histoire de vie.
Cette review présente les différentes problématiques portant sur l'abeille en général (qui comprend 16 000 espèces) qui peuvent être résolues (ou non) de nos jours avec l'aide de l'outil génétique.
Ces outils ont permis de résoudre des problèmes de conservation, d'estimations des flux génomiques, de diversité génétique, de structure des populations, d'expansions ou encore d'effets Bottlenecks (d'effet goulot d'étranglement d'une population).
Le séquençage génétique à haut débit (HTS) permet l'analyse de bon nombre de ces paramètres sur de nombreuses populations d'abeilles. De plus, l'HTS a également conduit à des analyses plus fines en étudiant des SNP (des changements d'un seul nucléotide sur une séquences de l'ADN).
La comparaison de génome de population du continent par rapport à des populations insulaires permet d'estimer les risques d'extinction liés à la fragmentation de l’habitat( mais également l'anthropisation des terres, l'urbanisation...).
Les séquençages de génome permettent également de définir plus précisément les espèces et de détecter les hybrides sur une échelle locale à large.
L'analyse de séquence génomique et des traces de maladies associées permettent d'estimer un ancêtres sur 5 à 25 millions d'années et une simplification du système immunitaire du à une détoxification du génome. Les abeilles étant de ce fait plus sujette à des menaces.
Le séquençage de génome (par HTS, ré-échantillonnage, échantillonnage d'ARN ou encore d'ADN mitochondriale) s'est fait sur 11 espèces d'abeilles, et plus spécifiquement les abeilles domestiques (dont fais partie Apis mellifera).
Le séquençage par PCR (multiplication d'un brin) permet le séquençage d'un génome et l'analyse de l'expression des gènes étudiés. La PCR est simplifié de nos jours, par une baisse des couts de réalisation de ces analyses.
L'obtention de Pool de séquences reflétant la fréquence d'allèle permet de mettre en évidence des différences entre espèces et d’inférer possiblement des comportements sociaux à ces fréquences.
L'analyse de site de restriction associé à des séquences ADN est reliée aux sites de restriction liés aux enzymes dans le génomes. L'accumulation de ces sites devrais permettre de créer une carte de locus associé à des traits utiles à la conservation des espèces.
De surcroit, il existe des séquences répétées de l'ADN et des séquences profonde de l'ARN qui révèlent parfois des traces ancestrales d'infections bactériennes, polliniques ou virales. Ceci nous indique donc des lieux de pollinisations préférentielle des espèces, des indications sur la flore microbienne des organismes ou encore l'origine possible de certain virus tel que le Nosema.
Les différentes causes du déclin d'une espèce (maladies, bottlekneck effect, transformation de l’habitat...) n'ont souvent pas lieu en un même temps et un même lieu.
Dans un but de prévention il est possible d'utiliser les Omics (utilisés chez l'homme pour prévenir des cancers). Ces Omics permettant d'anticiper des effets précoces d'une substance sur un organisme et d'identifier des biomarqueurs d'augmentation de stress, ou de danger chez une espèce.
Certains biais sont à prendre en compte :
Pour conclure, de nombreux autres séquençage d'espèces d'abeilles auront probablement lieu dans les années à venir, permettant d'élucider des facteurs génétiques pouvant être associés au déclin de certaines populations ou encore à des traits d'histoire de vie.
Rigueur de la review
Cette review pose des bases générales et propose de multiple implications possible concernant des traits génétiques et leurs implication. Les arguments et traits génétiques sont exposé sans véritable exemple concret mais les concepts de cette review repose sur une documentation de près de 180 articles.
Cette review pose des bases générales et propose de multiple implications possible concernant des traits génétiques et leurs implication. Les arguments et traits génétiques sont exposé sans véritable exemple concret mais les concepts de cette review repose sur une documentation de près de 180 articles.
Ce que cette review apporte au débat
Cette review rigoureuse fais le point sur de nombreux aspects et techniques génétiques en lien avec la conservation des abeilles.
Le constat est cependant minime puisqu'à part certaines études OGM récentes, le génome n'est pas l'un des éléments les plus mis en avant ni l'un des plus analysé dans les publications de recherche récentes. Celles ci se concentrant plus massivement sur la sélection de traits comportementaux .
Cet article est intéressant car il propose une autre façon d'étudier et de cerner des problèmes qui ne sont aujourd'hui observés qu'à l'échelle macroscopique. Cependant, les auteurs déploient ici une suite de concept et leurs implication qui seront sans doute fortement étudiés dans un avenir proche.
Cette review rigoureuse fais le point sur de nombreux aspects et techniques génétiques en lien avec la conservation des abeilles.
Le constat est cependant minime puisqu'à part certaines études OGM récentes, le génome n'est pas l'un des éléments les plus mis en avant ni l'un des plus analysé dans les publications de recherche récentes. Celles ci se concentrant plus massivement sur la sélection de traits comportementaux .
Cet article est intéressant car il propose une autre façon d'étudier et de cerner des problèmes qui ne sont aujourd'hui observés qu'à l'échelle macroscopique. Cependant, les auteurs déploient ici une suite de concept et leurs implication qui seront sans doute fortement étudiés dans un avenir proche.
Dernière modification il y a plus de 9 ans.