It has been claimed that giant DNA viruses represent a separate, fourth domain of life in addition to the domains of Bacteria, Archaea, and Eukarya. Such classification disregards fundamental differences between the two types of living entities – viruses and cells – and results in confusion and controversies in evolutionary scenarios. We highlight these problems and emphasize the
importance of restricting the term ‘domain’ to the descendants of the last universal cellular ancestor (LUCA), based on the shared ribosome structure. We suggest tracing phylogeny of viruses along evolutionary lineages primarily defined by virion architectures and the structures of the major capsid proteins.
Titre de l'article
Domaines cellulaires et Lignées Virales.
Domaines cellulaires et Lignées Virales.
Introduction à l'article
S’il est établi depuis longtemps que le domaine du vivant comprend trois parties, depuis plusieurs années l’idée d’un quatrième domaine a émergé : certains scientifiques tels que Didier Raoult ont proposé que les virus à ADN de l’ordre des Megavirales constituent un quatrième domaine du vivant, basé sur le fait que leurs génomes codent certaines protéines universelles telles que l’ARN polymérase Raoult et Forterre, 2008. Cela impliquerait que cet ordre viral descendrait d’un quatrième lignage cellulaire de LUCA. Cette idée de quatrième domaine du vivant se retrouve dans la littérature, bien que sujet à débat et controverses. Le but de cet article est de discuter de cette hypothèse du « quatrième domaine » (en plus des points qui ont alimentés la controverse comme la détermination du nombre de domaines viraux). Le but est également de revoir la définition de domaine et la terminologie de sorte à obtenir une base solide et acceptable pour tous, quel que soit le point de vue.
S’il est établi depuis longtemps que le domaine du vivant comprend trois parties, depuis plusieurs années l’idée d’un quatrième domaine a émergé : certains scientifiques tels que Didier Raoult ont proposé que les virus à ADN de l’ordre des Megavirales constituent un quatrième domaine du vivant, basé sur le fait que leurs génomes codent certaines protéines universelles telles que l’ARN polymérase Raoult et Forterre, 2008. Cela impliquerait que cet ordre viral descendrait d’un quatrième lignage cellulaire de LUCA. Cette idée de quatrième domaine du vivant se retrouve dans la littérature, bien que sujet à débat et controverses. Le but de cet article est de discuter de cette hypothèse du « quatrième domaine » (en plus des points qui ont alimentés la controverse comme la détermination du nombre de domaines viraux). Le but est également de revoir la définition de domaine et la terminologie de sorte à obtenir une base solide et acceptable pour tous, quel que soit le point de vue.
Résultats de l'article
Pour les auteurs, les différences majeures entre virus et cellules sont des arguments en faveur d’une restriction du terme « domaine » aux descendants de LUCA, basé sur les structures ribosomiques. De plus, ils estiment que le concept de domaine hérité de Carl Woese est toujours bien valide.
Où placer les virus, selon eux ? Ils sont des composants majeurs de la biosphère et de l’évolution cellulaire, ils sont une partie essentielle du monde vivant et devraient donc, à ce titre, être intégrés à un arbre du vivant de façon métaphorique. L’exploration du monde viral à en effet révélé que de nombreuses lignées virales ont coévoluées avec des hôtes issus de chacun des trois domaines du vivant. L’arbre du vivant est donc infecté par les virus, des racines aux feuilles, et même s’ils finissent par leur refuser un statut de « domaine », cela ne diminue en aucun cas leur importance dans l’évolution du vivant.
Pour les auteurs, les différences majeures entre virus et cellules sont des arguments en faveur d’une restriction du terme « domaine » aux descendants de LUCA, basé sur les structures ribosomiques. De plus, ils estiment que le concept de domaine hérité de Carl Woese est toujours bien valide.
Où placer les virus, selon eux ? Ils sont des composants majeurs de la biosphère et de l’évolution cellulaire, ils sont une partie essentielle du monde vivant et devraient donc, à ce titre, être intégrés à un arbre du vivant de façon métaphorique. L’exploration du monde viral à en effet révélé que de nombreuses lignées virales ont coévoluées avec des hôtes issus de chacun des trois domaines du vivant. L’arbre du vivant est donc infecté par les virus, des racines aux feuilles, et même s’ils finissent par leur refuser un statut de « domaine », cela ne diminue en aucun cas leur importance dans l’évolution du vivant.
Ce que cet article apporte au débat
Un article extrêmement intéressant, qui apporte de nombreuses informations pour comprendre les arguments s'opposant dans cette controverse, et qui apporte un point de vue assez original en proposant que les virus soient intégrés dans un "arbre du vivant de façon métaphorique" tout en arrivant à la conclusion qu'ils ne peuvent faire parti du vivant, avec l'actuel concept de "domaine" hérité de Carl Woese qu'ils estiment toujours valable. Bien que les auteurs finissent par réfuter le fait que les virus fassent partie du domaine du vivant, ils essayent néanmoins d’apporter un point de vue qui pourrait être accepté par tout le monde, faisant que malgré leur conclusion, nous pouvons considérer cet article comme neutre.
Un article extrêmement intéressant, qui apporte de nombreuses informations pour comprendre les arguments s'opposant dans cette controverse, et qui apporte un point de vue assez original en proposant que les virus soient intégrés dans un "arbre du vivant de façon métaphorique" tout en arrivant à la conclusion qu'ils ne peuvent faire parti du vivant, avec l'actuel concept de "domaine" hérité de Carl Woese qu'ils estiment toujours valable. Bien que les auteurs finissent par réfuter le fait que les virus fassent partie du domaine du vivant, ils essayent néanmoins d’apporter un point de vue qui pourrait être accepté par tout le monde, faisant que malgré leur conclusion, nous pouvons considérer cet article comme neutre.
Figure
http://dx.doi.org/10.1016/j.tim.2014.07.004
http://dx.doi.org/10.1016/j.tim.2014.07.004
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