Peut-on considérer les virus comme des organismes vivants ?

Les virus sont les particules les plus abondantes sur Terre, en addition à cela, ils sont également très diversifiés génétiquement, en mécanisme de réplication... etc. L’étude des viromes démontre que ces organismes sont divers et sont des virus à ADN, ARN ou même d’ADN simple brin.

Actuellement le Comité International de Taxonomie des Virus (ICTV), classe les virus selon différents paramètres. Ces virus sont classés selon un rang taxonomique particulier en suivant l’ordre, la famille, le genre et l’espèce. Le rang taxonomique la plus basse est donc l’espèce qui est définie selon des critères multiple : réplication, morphologie du virions, type d’hôte...etc.

La métagénomique a permis de compléter la diversité des virus avec 125 000 nouveaux génomes viraux. Cependant, peu d’études sont portées sur ces virus fraîchement découverts. Pour le moment, les virus qui sont classés représentent une faible portion de pool viral, de plus les virus marins malgré le fait qu’ils soient plus abondants sont les moins étudiés. La découverte de ces nouvelles particules virales est le résultat d’analyse à partir de la métagénomique et non grâce à des agents biologiques infectés. La détection de séquences virales dans l’environnement a été suffisante pour informer de la diversité réelle des virus, en dépit du fait que cette découverte ne se base pas directement du matériel biologique. Ces informations sont donc le minimum pour pouvoir prétendre à une classification de ces viromes. Dépourvu d’ARN ribosomaux et de gènes universel, il est très difficile de trouver un équivalent de l’arbre de vie pour les virus ou même de les inclure dans cette classification préexistante.

Le problème de cette nouvelle classification qui intégrera ces données métagénomiques sont de deux ordres :

• La pollution par des génomes chimériques due à un mélange de génome dans l’environnement
• Les séquences dérivées de virus qui sont intégrées dans les génomes de l'hôte présent eux aussi dans le pool ARN.

Cependant, un ensemble de propositions a été fait par les auteurs afin de mieux appréhender cette nouvelle classification :

• Création de rangs taxonomiques supérieurs
• La création de nouvelles espèces
• Attribuer ces nouvelles espèces/ genres à des familles préexistantes
• Délimiter les nouvelles familles
• Faire une nouvelle nomenclature basée sur les données de séquences
• Améliorer la classification des virus
• Avoir l’approbation de l’ICTV

Les auteurs se basent sur des données de virus connus que d’après leurs métagénomiques et non phénotypiques. La petite faiblesse du papier viendrait de la méthode proposée qui se base uniquement sur du matériel génétique en faisant abstraction du biologique. En outre, les auteurs font preuve de rigueur et d’humilité dans leur démarche, en effet, ils prennent en compte les limites de leur méthode dans la classification de ces viromes.

Avec l’inclusion de la métagénomique, la compréhension de la diversité des virus reflète plus la réalité. Cette nouvelle approche peut aider dans l’avenir à mieux définir les virus en tant qu’organisme vivant ou pas.

Qu'est ce qu'un virus ?
Les virus ont une réplication passive et passent par l’activité métabolique des cellules infectées, ce sont des parasites génétiques. Un virus qui infecte une cellule n’est pas plus vivant que les autres constituants de la cellule. Pour l’auteur il est difficile de déterminer à quel moment définir la vie, ou quand passer de l’inexistence de la vie à la vie cellulaire. Les virus sont souvent considérés comme des entités biologiques car ils donnent l’impression de s’adapter aux hôtes qu’ils parasitent or pour l’auteur les virus ne sont pas assez autonomes pour évoluer d’eux même. C’est en fait la cellule et ses composants qui se charge de la production des virions. L’amalgame entre virion et virus doit également cesser d’exister si un virion constitue les propriétés physico chimiques de l’organisme, le virus quant à lui possède des propriété relationnelles qui vont s’accroitre au fur et à mesure des infections. Cependant, il est impossible de réduire la particule virale uniquement au virion qui fait donc abstraction des sites de fixation récepteur et décrit la particule uniquement d’un point de vue chimique. Il s’oppose au point de vue de Forterre qui met en avant l’incapacité des virologistes à décrire la différence entre les virions et les virus. De plus le terme « cycle de vie » des virus devrait être remplacé par « cycle de réplication » car cela donne une dimension faussement vivante de l’entité.

Qu'est-ce que la vie ?
L’auteur donne sa définition de la vie, il ne s’agit pas d’une entité matérielle, ni d’une force ni d’une propriété mais d’un objet conceptuel qui s’insère dans tous les systèmes vivants. Pour cela, il définit 4 propriétés inhérentes au vivant : les protéines, une membrane, croissance et reproduction, activité métabolique.
Cependant, une entité vivante ne signifie pas selon lui qu’il s’agit automatiquement d’un organisme vivant. Les organismes vivants doivent avoir un nombre de propriétés qui permettrait de les définir en tant que tel. En plus de cela, ils doivent avoir un cycle de vie et une autonomie fonctionnelle.
Cette description des virus comme étant des organismes vivant par certains chercheurs se trouve dans la phase éclair où les virus prennent le contrôle de la cellule afin de réaliser leur réplication. Pour l’auteur l’utilisation des métaphores pour ce processus est spécifiquement ce qui a conduit à une mauvaise interprétation des virus.

Les virus sont-ils vivant ?
La description des mimivirus qui sont des organismes viraux de grande taille (plus gros que certains procaryotes) a poussé certains chercheurs à caractériser les virus comme étant des oraganismes vivants. Pour Regenmortel, le concept de "cellule virale" n’a été inventé que pour permettre aux virus d’être inclus parmi les organismes vivant et donc cela comprend la cellule infectée. Car c’est durant cette phase réplicative (selon Forterre) que les virus prennent vie spécifiquement.
De part cette métaphore le fait d’inclure les virus dans l’arbre du vivant est dénué de sens. Cela pose aussi des interrogations sur l’origine de la vie. En effet pour lui il est impossible de savoir qui de la cellule ou du virus a été présent en premier. L'es transferts horizontaux peuvent se faire dans les deux sens et cette interrogation restera donc en suspens.
Pour l'auteur, les caractéristiques antropomorphiques comme la création, l’emprunt ou encore la survit lors des combats, attribués aux virus peut être des caractéristiques aussi attribuées à n’importe quel système d’un organisme. Les virus sont juste soumis à des forces sélectives. C'est donc la sélection naturelle qui fait que certaines caractéristiques sont conservée car avantageuses dans un environnement particulier et à l’inverse d’autre perdues car inutile voir nuisible à l’organisme. Qualifier les virus ou autres entitées passives de vivant serait falsifier ce qu’est réellement l’évolution et de lui attribuer une dimension intentionnelle ce qui n'est pas le cas.

L’auteur déconstruit le parti opposé d’une manière éclairée mais énonce clairement les arguments de chacun en y apportant les forces et faiblesses dans une grande partie de son énoncé. Il met en avant des hypothèses qui pourrait être intéressant pour des expérimentations futures . Il permet de redéfinir des termes qui semblent acquis et les réutilise dans sa review afin de démontrer son point de vue.

Ce qui est intéressant dans cet article c’est que l’auteur relève une problématique importante concernant la description des entités virales. Selon lui, l’utilisation des métaphores anthropomorphiques a conduit à les décrire comme des organismes vivants et à leur attribuer insconsciemment une intention alors que ce n’est pas le cas. Cela prouve donc que la description est aussi importante et peut mener à des biais d’interprétations.

Malgré le fait que les virus sont des organismes les plus diversifié et retrouvés sur l’entièreté du globe, très peu de ressources concernant la philosophie biologique de ces entités ont été écrites. Cet article permet donc de faire un tour d’horizon afin de compiler des réponses aux questions conceptuelles concernant les virus.
Tout d’abord quelle est la nature des virus ? Définis comme entrant dans la catégorie des « microbes », comme agents infectieux, comme agent infectieux à part, les virus ont eu plusieurs définitions au fil des années. D’après Lwolf (1966) les virus se distinguent par leur capacité à se reproduire à partir de leur matériel génétique. L’un des points à éclaircir en biologie est le degré d’autonomie au sein des organismes car certains virus sont plus autonomes que certains unicellulaires et donc ne peuvent être défini par cette caractéristique. De même, leur nocivité pour leur hôte n’est pas un critère déterminant.

De part ces multiples caractéristiques, il est donc aujourd’hui très complexe de définir clairement ce qu’est un virus. Cette complexité se voit amplifiée quand une définition diachronique de l’entité est à faire. En effet, d’un point de vue purement physique, il n’est pas tâche facile de déterminer si un virus est constitué du virion ou s’il s’agit de tout le cycle viral. Ce genre de détails a une importance, car cela permet de déterminer si les virus ont un métabolisme (dans le cas où c’est tout le cycle qui est pris) ou pas.
A ces interrogations s’ajoute la possibilité des virus à être classé dans une phylogénie. Ce type de classification fait face à plusieurs problèmes, notamment concernant les transferts horizontaux de gènes entre virus, cela suggère donc une structure réticulée de l’arbre.
Ensuite, est-ce que les virus sont vivants ? Le concept de vie a beaucoup évolué au fil du temps, et la découverte de virus géant a permis d’émettre l’hypothèse que ces organismes pourraient être à l’origine de la vie sur Terre en fonction de leur possible autonomie. Quant au fait de savoir si les virus sont des entités vivantes cela dépendra des définitions de la vie. Deux grandes pensées s’opposent : la vie définit par le métabolisme auquel cas les virus ne sont donc pas vivant et la vie comme étant un processus évolutif et dans ce cas, les virus peuvent donc être définit comme vivants. Ce qui est certain, c’est que les virus sont comme les autres organismes soumis à des processus évolutifs ainsi que des processus écologiques.
Selon les différents domaines et les chercheurs, plusieurs descriptions sont faites des virus et avec cela de nouvelles perspectives à tester. Comme par exemple, l’étude des virus mutualistes, la place des virus dans la biosphère, la différence des virus (comme les virus géants) avec les bactéries..etc.

Cet article permet d’observer les virus sous un aspect multidisciplinaire. Les auteurs prennent en compte les différents avis sans prendre parti et arbore une vision très neutre tout au long de leur récit. De plus, ils donnent énoncent également des arguments qui seraient intéressants d’approfondir dans les futures expérimentations pour mieux aborder ces organismes.

Permet de sortir du cadre biologique et se poser des questions plus générales sur les virus. Avec cet article, les auteurs prennent en revue tout ce qui caractérise un virus, et essaie de trouver les critères permettant de définir cet organisme qui semble simple à première vue. De plus, ils essayent également de trouver une place crédible à ces organismes dans les différents scénarios de l’origine de la vie.

La vie a été définie par l'Homme en fonction de son environnement. Or, les virus sont tellement différents qu'il n'est pas possible de leur appliquer le vocabulaire usuel, menant à des débats. L'auteur propose dans cet article, un état de l'art sur le débat, à la lumière des découvertes suivantes :

• dans les environnements, les particules virales surpassent les cellulaires et influencent leur évolution.
• les virus peuvent infecter les trois domaines du vivant (eucaryotes, bactéries et archées) et partagent une histoire évolutive commune.
• les virus géants ont changé la perception que l'Homme en avait.

Pour l'auteur, les virus ont principalement été considérés comme non vivant à cause d'un problème de perception. En effet, pour certains chercheurs, seule la partie encapsidée (le virion) est reconnue comme étant le virus. Or, le virion est visible uniquement lors de la phase extracellulaire. Il est dépourvu de métabolisme et de capacité reproductrices, deux prérequis à une définition traditionnelle du vivant. Dans la phase intracellulaire en revanche, le virus n'est plus reconnaissable. C'est pourtant à ce moment là qu'il détourne la machinerie cellulaire pour sa reproduction.
D'autres auteurs en revanche, ne considèrent que la phase intracellulaire comme étant le virus. Il est alors perçus comme un réplicateur, c'est à dire uniquement de l'information génétique égoïste (selon le sens de Dawkins).
Ces deux perceptions ont pour conséquence de les exclure du vivant et de minimiser leur rôle évolutif. Ils ont surtout été perçu comme des véhicules pour des gènes cellulaires grâce aux transferts horizontaux, et comme des agents de sélection. Mais ils sont également à l'origine de nouveaux gènes. Si ces derniers sont intégrés dans un génome cellulaire, il peut y avoir apparition d'innovations. Ici l'auteur pointe leur surnombre dans les environnements, comme pouvant être à l'origine d'intégrations multiples, et donc, non anecdotiques.
Un autre argument contre est l'impossibilité de retracer l'histoire évolutive des virus. Ce sont donc des entités différentes du vivant, car elles n'ont pas d'ancêtre commun unique, et seraient polyphylétiques. Cet argument a été remis en question avec la découverte de protéines communes à différent types infectieux. Il serait également possible de retracer une lignée évolutive, légitimant par conséquent leur place dans le vivant.

Dans cet article, l'auteur propose de redéfinir les virus sur la base d'un précédent travail (Raoult et Forterre, 2008). Ce serait un organisme vivant, possédant un cycle de vie propre. Ce cycle comprend un génome viral, dont au moins un gène code pour une capside. Vient ensuite le virion infectant une cellule, et la cellule virale. Lors de l'infection, l'information génétique virale détourne celle de la cellule pour son propre fonctionnement. Selon l'auteur, cette cellule est d'un nouveau type, effectuant un autre métabolisme pour produire des virions. C'est dans cette partie du cycle que le virus peut être nommé "organisme", car il possède une cellule.
Pour marquer la distinction, Forterre définit les cellules ribosomiques comme appartenant à des archées, bactéries ou eucaryotes. Elles peuvent être infectées par des virus.

Enfin, il est nécessaire de revoir la signification de "vivant". La frontière entre ce qui est vivant et ce qui ne l'est pas est difficile à tracer, et les interrogations sur les virus touchent également les organites et les parasites. Une manière de résoudre ce problème, est selon l'auteur de définir des "entitées vivantes". Sont appelés ainsi tout ce qui remplit une fonction au sein d'un organisme comme les gènes ou les plasmides. Isolées, ces entités sont inertes. Un organisme est alors le regroupement de ces entités biologiques.
Ainsi, au vu de ce qui a été développé la vie est définie comme "le mode d'existence des individus biologiques vivants".

Cet article présente de manière claire ses arguments. Les contre-arguments sont également introduit et déconstruit, permettant au lecteur d'avoir une vision d'ensemble du débat.
Patrick Forterre est un grand partisant au débat, convaincu que les virus sont des êtres vivants. Il semble être présent sur la majorité des articles évoquant le sujet, créant une redondance dans ses arguments (avec mise à jour cependant). L'opposition semble également être composée des mêmes auteurs. A la lumière de cette observation, il faut alors se demander si la controverse affecte toute la communauté scientifique, ou si seul un conflit d'intérêt concerne une poignée de chercheurs...

Elle apporte tout d'abord une mise à jour des arguments en faveur de la controverse. Ceux-ci ont été corrigés en prenant en compte les critiques émises par l'opposition, et en incluant l'actualité scientifique.
L'argument clef en faveur du débat est pour l'auteur le concept de la cellule ribosomique, pleinement explicité dans cet article. Cette hypothèse a premièrement été présentée dans Raoult et Forterre, 2008. 8 ans plus tard, ce concept est toujours cité, avec quelques modifications suites aux critiques reçues entre temps. L'hypothèse, toujours d'actualité, et suivant le processus de réfutation en sciences, est un bon argument en faveur de la vie pour les virus.

Le but de l'article est de mettre fin à la question non productive des virus. En effet, selon les auteurs, savoir si les virus sont vivants ou non implique de définir le vivant. Or cette définition est subjective, et peut donc varier d'un auteur à l'autre. Cela implique par conséquent une pluralité d'hypothèses qui ne peuvent être réfutées car valides dans leur propres paradigmes. L'inconvénient de cette approche est de "paralyser" la recherche, car aucune nouveauté ne peut aboutir.
Pour palier ce problème, les auteurs proposent un nouveau paradigme, celui du réplicateur. La théorie du réplicateur est une théorie proposée initialement par Dawkins en 1976 dans son ouvrage "le gène égoïste".
L'article propose ici une application concrète de cette théorie. Le réplicateur concerne l'information génétique (ARN ou ADN), qui sont des unités partiellement autonomes et distinctes. Le concept est lié à celui du réplicon et du génome.

• Un réplicon est une unité de réplication, pas forcément autonome. Un réplicateur peut contenir plusieurs réplicons.
• le génome est défini comme une séquence d'acide nucléique stable (contenant de l'information codante et non codante)

On peut alors distinguer différents types de réplicateurs, en fonction de la stratégie évolutive choisie. Les auteurs font une première distinction, en utilisant un axe égoïsme-altruisme. Les réplicateurs les plus égoïstes dépendent de formes plus altruistes pour se multiplier. Ils sont alors vus comme des parasites non autonomes. C'est le cas par exemple des virus lytiques, qui se répliquent rapidement, et tuent leur hôte. Les formes les plus altruistes quant à elles, sont aussi les plus autonomes. C'est le cas des cellules, qui peuvent être exploitées par des formes plus égoïstes. Entre ces deux pôles extrêmes, une multitude de formes sont possibles.
Ainsi, en faisant une distinction entre les formes égoïstes ou altruistes, et autonomes ou dépendantes, les auteurs arrivent à mettre en valeur différents groupes. La première figure de l'article met ainsi en évidence un groupe viral, représenté en bleu.

Par la suite, une deuxième distinction est effectuée, entre les éléments mobiles, et les différents types de véhicules possible. Plus un élément est mobile, plus il a facilement accès à des ressources. Ainsi, les éléments les plus égoïstes sont également ceux qui ne sont pas véhiculés, et ont donc besoin des plus altruistes pour l'accès à ces ressources.

Ces deux notions présentées mènent à une compétition entre les deux grands types de formes. On assiste ici à une course à l'armement entre les hôtes et les parasites. Cette course aurait pour origine un monde pré-cellulaire, et mène à la diversité de formes observée actuellement. Ainsi, le paradigme du réplicateur réintroduit pleinement les virus, mais également d'autres formes au sein de la biologie. Il devient alors possible d'étudier l'évolution des virus, non plus parce qu'ils seraient des être vivants, mais parce qu'en étant des réplicateurs, le phénomène d'évolution peut agir. Ainsi soumis à l'évolution, ils subissent donc les mêmes loi de sélection et de variation que d'autres entités biologiques, comme les entités cellulaires.

Le travail de la review est clair et accessible. En développant le problème du débat sur les virus, ils mettent en avant les limites de cette approche. Le développement de leur théorie se fait ensuite par étapes, elle est basée sur une approche à la fois épistémologique (influence des paradigmes de Khun ainsi que de l'approche popperienne des sciences) mais également biologique (grâce à l'impulsion de Dawkins et des travaux en virologie). Les éventuelles limites de leur approche sont ensuite déconstruites dans une dernière partie, légitimant leur paradigme et la rendant fonctionnelle.
Cependant, le terme de paradigme employé dans l'article est fort. Un paradigme en sciences est une manière de voir les choses. Changer de paradigme est une étape longue et violente car menant à des frictions. C'est donc avec recul que l'on peut les définir.

L'article ne prend pas part au débat, et réoriente la problématique. En effet, peu de recherche expérimentale appuyait ce débat, qui est principalement alimenté par des réflections et des points de vue soumis à subjectivité. Ce type d'arguments ne peuvent être réfutés par nature, et bloque le débat. Ainsi, en réorientant la problématique, les auteurs proposent une solution à ce problème de subjectivité. Le paradigme du réplicateur permet ainsi d'étudier les virus dans un contexte évolutif, au sein d'un cadre scientifique plus neutre. La démarche expérimentale pouvant être effectuée, il devient alors possible d'apporter de nouveaux arguments, et peut être, s'approcher d'une réponse plus consensuelle.

Les virus étant des parasites cellulaires, ces derniers sont incapables de répliquer leur matériel génétique en dehors d'une cellule vivante. Cette review permet de mettre en avant la question du rôle qu’ont probablement tenu les virus dans l’origine de la vie.
Selon Scott Podolsky, l’origine de la vie pourrait être décrite comme l'origine d'une molécule auto-dupliquée.
C’est en 1926 que d'Hérelle pose les virus à l’origine de la vie car ils ont des caractéristiques telles que l'auto-multiplication, l'évolution et même l'assimilation. Pour lui, les virus ne sont pas des formes de vies primitives, mais pourraient en être les descendants. La vie peut dans ce cas et pour la première fois être perçue sous forme acellulaire.
Si pour d'Hérelle les virus sont capable d’assimilation, pour d’autres auteurs de l’époque (Alexander et Bridges) les virus sont bien vivants mais ne peuvent se métaboliser.
Pour un autre chercheur, Haldane, les virus sont des « molécules à moitiés vivantes » et selon lui, l’ancêtre des virus pourrait être un organisme qui serait à la limite de l’inerte et du vivant.
A la fin des année 30, Green-Laidlaw proposent l'hypothèse de l'évolution rétrograde. Un concept qui permet de placer les virus comme étant résultat d'une évolution réductrice des cellules. Ce qui en fait les descendants des cellules et non les représentants des prédécesseurs de ces derniers.
En ce qui concerne Oparin, l'auto reproduction n'est pas une caractéristique qui permet de définir la vie mais résulte d'une combinaison de propriétés capable de se métaboliser, répondre à des stimulis..etc. Pour Oparin, il est logiquement impossible de penser que l'auto-duplication est apparue avant les processus métaboliques.
La vision métabolique des virus est donc délaissée et l'hypothèse de l'origine de la vie se voit concentrée dans le cytoplasme avec André Lwoff.
En ce qui concerne la question quant à la possible vie des virus, Eigen en 1993 les décrit comme des entités à la transition entre la chimie à la biologie. Le simple fait d'être pourvu de molécule génétique est une preuve indubitable de la vie présente.

Opposé à ces visions du XXème siècle, l’article présente deux scénarios contemporains.
De l'ARN à l'ADN (Forterre) : Pour Forterre, en dépit du fait que les virus soient des parasites cellulaires ils ont dû exister bien avant ces derniers et même bien avant LUCA (Last Unique Common Ancestor). Si le scénario opposé était à prendre en compte, cela signifierait que les virus proviendraient de cellules dégénérées. Étant donné qu’il est rare que des séquences similaires soient observées entre hôte et virus, cela prouverait une origine antérieure des virus par rapport à LUCA. Les virus trouveraient donc leur origine au sein des cellules à ARN qui existaient bien avant les cellules à ADN. Cela permettrait donc de dire que les virus ne sont pas à l'origine de la vie cellulaire mais ont probablement contribué à l'émergence des cellules à ADN.

Perspective virocentrique (Koonin) : Selon lui les premières cellules devaient être à ADN et non ARN (car trop instable). Les virus avaient dû apparaître dans un monde acellulaire avec l'ARN protéique. Les virus sont considérés polyphylétiques, cependant ils peuvent partager des séquences entre eux dans certains cas. Ces gènes, en outrs, ne trouvent pas d’homologues au sein des organismes cellulaires. Cela pourrait donc peut-être faire écho à un monde viral primordial.

Ces deux scénarios reflètent bien la définition de la vie qu’ont les deux auteurs, alors que Koonin aura tendance à adopter une description graduelle, pour Forterre, la définition du vivant est plus tranchée. Cependant, ils sont tous deux d’accord pour dire que les virus ont participés activement à l’évolution des mécanismes de réplication. Prendre partie au scénario de Koonin reviendrait à repenser le mode de fonctionnement des virus ainsi que sur leur nature.

Dans cette review l’auteur fait un récapitulatif historique afin d’explorer les rôles que jouent les virus dans les scénarios d’origine de la vie sur Terre. A travers un historique complet, la chercheuse essaie de confronter la vision ancienne et contemporaine du rôle des virus dans l’origine de la vie. L’auteur met en avant des arguments pertinents concernant les différents scénarios, elle n’omet pas de mentionner les apports et faiblesses de chacun d’entre eux.

L’article apporte beaucoup à la controverse dans la compréhension et la mise en place des organismes et des mécanismes utilisés. En effet, la question de savoir comment définir « la vie » est revisité selon les chercheurs et les époques dans un contexte qu’est l’origine de la vie. A travers cette analyse, plusieurs interrogations concernant la position des virus par apport aux cellules sont abordées permettant ainsi d’avoir un panel assez large d’hypothèses concernant ce qu’est vraiment la vie et comment déterminer sur un organisme ce qui peut-être considéré comme vivant. Les nombreuses définitions de la vie et des virus sont ici démontrées comme étant cruciales pour comprendre les raisons pour lesquelles les virus pourraient jouer des rôles importants dans l’histoire de la vie.

Le gros problème de la taxonomie virale vient surtout de la difficulté à définir ce qu’est une « espèce », et par extension, ce qu’est une « espèce virale ». Si le pluralisme des espèces est vrai, alors il faut différentes définitions de ce qu’est une « espèce ». Par opposition, avec le monisme il existerait une définition de l’espèce valable pour tout le monde du vivant. De nombreux biologistes réfutent le monisme, considérant que ce qui définit les Eucaryotes ne peut s’appliquer aux Procaryotes et aux virus.
Il faudrait donc réfuter les virus de la classification biologique, mais les virus ont des gènes, s’adaptent à leurs environnements et évoluent. L’article compte reprendre les définitions d’une « espèce virale », discuter du fait qu’il faut accepter que certains groupes viraux ne forment pas des espèces et que différents groupes de virus doivent être classés selon le niveau du transfert horizontal de gène affectant leur histoire évolutive : le pluralisme radical.

Le travail à long terme de la définition d’espèce virale par les virologues et l’ICTV (International Committee for Nomenclature of Viruses) est passé d’une définition phénétique à une définition plus phylogénétique. Le virion est la propriété principale dans l’identification de taxons viraux et les récentes définitions de l’ICTV parlent d’une monophylie : ce qui rapproche beaucoup les espèces virales de ce qui est vu dans l’ « arbre du vivant ».
Mais l’existence du Transfert Horizontal de Gènes (HGT) et du génome viral en mosaïque dans certains groupes viraux remettent cette monophylie en question, c’est pourquoi l’article suggère l’utilisation du pluralisme radical : les virus dont l’évolution est la plus influencée par le HGT doivent être classés dans un système non hiérarchique permettant aux virus d’être dans plus d’une catégorie. Et vu comment le HGT peut changer le génome d’un hôte, un tel système pourrait également s’appliquer à certaines formes de vie cellulaire.

Un premier point important de l'article est qu'il propose un historique de notre controverse, nous rappelant qu'il s'agit d'une controverse existant depuis les années 1940. Il présente les différentes définitions de l'espèce virale et comment celle-ci a évolué depuis. Il est conscient des différents points qui s'opposent sur la classification des virus et essaye d'apporter un consensus avec le concept du pluralisme radical, permettant une bien meilleure classification des virus et qui pourrait en plus s'appliquer au-delà des virus. Est-ce ici un prémice argumenté pour une inclusion des virus au sein de l'arbre du vivant ?

S’il est établi depuis longtemps que le domaine du vivant comprend trois parties, depuis plusieurs années l’idée d’un quatrième domaine a émergé : certains scientifiques tels que Didier Raoult ont proposé que les virus à ADN de l’ordre des Megavirales constituent un quatrième domaine du vivant, basé sur le fait que leurs génomes codent certaines protéines universelles telles que l’ARN polymérase Raoult et Forterre, 2008. Cela impliquerait que cet ordre viral descendrait d’un quatrième lignage cellulaire de LUCA. Cette idée de quatrième domaine du vivant se retrouve dans la littérature, bien que sujet à débat et controverses. Le but de cet article est de discuter de cette hypothèse du « quatrième domaine » (en plus des points qui ont alimentés la controverse comme la détermination du nombre de domaines viraux). Le but est également de revoir la définition de domaine et la terminologie de sorte à obtenir une base solide et acceptable pour tous, quel que soit le point de vue.

Pour les auteurs, les différences majeures entre virus et cellules sont des arguments en faveur d’une restriction du terme « domaine » aux descendants de LUCA, basé sur les structures ribosomiques. De plus, ils estiment que le concept de domaine hérité de Carl Woese est toujours bien valide.
Où placer les virus, selon eux ? Ils sont des composants majeurs de la biosphère et de l’évolution cellulaire, ils sont une partie essentielle du monde vivant et devraient donc, à ce titre, être intégrés à un arbre du vivant de façon métaphorique. L’exploration du monde viral à en effet révélé que de nombreuses lignées virales ont coévoluées avec des hôtes issus de chacun des trois domaines du vivant. L’arbre du vivant est donc infecté par les virus, des racines aux feuilles, et même s’ils finissent par leur refuser un statut de « domaine », cela ne diminue en aucun cas leur importance dans l’évolution du vivant.

Un article extrêmement intéressant, qui apporte de nombreuses informations pour comprendre les arguments s'opposant dans cette controverse, et qui apporte un point de vue assez original en proposant que les virus soient intégrés dans un "arbre du vivant de façon métaphorique" tout en arrivant à la conclusion qu'ils ne peuvent faire parti du vivant, avec l'actuel concept de "domaine" hérité de Carl Woese qu'ils estiment toujours valable. Bien que les auteurs finissent par réfuter le fait que les virus fassent partie du domaine du vivant, ils essayent néanmoins d’apporter un point de vue qui pourrait être accepté par tout le monde, faisant que malgré leur conclusion, nous pouvons considérer cet article comme neutre.

Le Code International de la Classification et de la Nomenclature Virale définit une Espèce comme un « groupe monophylétique de virus dont les propriétés peuvent être distinguées de celles des autres espèces virales par de multiples critères ». Le Code a subi de nombreux changements à grande échelle ces dernières années, le rendant ainsi plus compréhensible et plus strict sur les bases de la taxonomie virale. L’accentuation sur le critère monophylétique rapproche maintenant le principe « d’espèce virale » du principe « d’espèce » défini pour les autres groupes majeurs. Toutefois, il reste encore des critères du Code qui limitent sérieusement son utilité dans la compréhension de la diversité virale.

Le but de la taxonomie est d’organiser la diversité biologique pour en maximiser sa compréhension, sa stabilité et les prédictions qui peuvent être effectuées avec elle. Il faut donc que le critère biologique soit dominant dans le processus, il faudrait donc changer l’article du Code disant que les décisions sur la nomenclature et la taxonomie doivent refléter le point de vue majoritaire sur la question virale, car une telle décision ne devrait pas être basée sur un vote populaire, mais sur des critères biologiques explicites.
La taxonomie virale peut faire un bond en incorporant des principes basiques de biologie évolutive. Les virologues ont fait des progrès considérables dans la distinction des virus de façon individuelle et pour pouvoir les distinguer sur un niveau taxonomique comme au niveau de l’espèce, malgré les implications que cela aurait sur le statut d’espèce. Observer d’avantage les lignées évolutives des espèces virales pourrait permettre d’arriver à un consensus.

Malgré la rigueur de l'auteur, selon son propre aveu, il s'agit d'un point de vue extérieur et doit donc être de vu comme tel. Le point de vue apporté aura donc moins de poids que certains autres abordé dans cette controverse.

L'article fait un point sur le Code qui régit actuellement la taxonomie virale, en mettant en évidence ce qui pourrait être amélioré, permettant ainsi une meilleure compréhension et utilisation du concept d'espèce virale. De plus, il est intéressant d'avoir un point de vue extérieur (de l'aveu de l'auteur de l'article), un point de vue évolutionniste, même si cela donne moins de poids par rapport à d'autres articles vus dans cette controverse.

Est-il possible de comprendre la diversité du monde viral ? Les auteurs de cette review nous propose que c’est en effet possible, en se basant sur le fait que malgré une immense variation du génome, tous les virions infectieux sont strictement restreints dans leur structure spatiale.
Dans un article précédent, ils avaient suggéré l’utilisation de leur structure afin de créer une classification des virus sans prendre en compte les similarités de leurs génomes. Cette review a pour but de synthétiser les arguments en faveur de cette nouvelle classification, dans un premier temps par une introduction au monde viral et un état des lieux quant à leur classification et comment celle-ci a évolué au cours du temps, avant de développer les différents arguments pour soutenir leur nouvelle classification virale avant de finir sur les futures perspectives que cela implique. Par exemple, une bonne classification virale permettrait une meilleure compréhension et identification des virus.
En dépit du grand rôle des virus dans la biosphère, ils concèdent que la classification classique ne suffit pas à obtenir une taxonomie satisfaisante. Pour les auteurs, ce qui définit principalement un virus serait sa protéine qui code pour la capside, dont la structure est strictement contrainte par des règles stéréochimiques et une parcimonie génétique. La structure de la capside est bien plus persistante que le génome viral, ou la séquence de protéine. Les autres propriétés virales comme la nature de leurs génomes ou encore la méthode de leur codage sont, selon les auteurs, non-centraux pour le virus en lui-même. Bien que les structures des capsides des virus tombent surtout dans un petit nombre de lignées virales, il y a une tendance qui se dessine et qui permettrait d’intégrer à cette classification les lignées infectant les trois domaines de la vie cellulaire (bactéries, archées, eucaryotes). Avec un nombre de structures déterminées qui augmente avec le temps, il devient de plus en plus possible d’obtenir des relations phylogénétiques plausibles au sein de ses lignées virales en utilisant des outils informatiques, même si certaines restent encore non résolues. Par exemple, les virus de formes non « icosahedraux » sont plus difficiles à analyser, mais les méthodes utilisées pour ces formes là devraient pouvoir aussi s’appliquer au virus en forme « d’hélices ».

Pour conclure, les auteurs de la review expliquent que la diversité complète du monde viral reste inexplorée : par exemple, ils reconnaissent avoir été vagues sur le cas des virus infectant les Archées, de même ils reconnaissent n’avoir pour l’instant que des outils rudimentaires pour commencer à vraiment explorer le monde viral, même si de nouvelles méthodes sont en développements.

Cette review est assez intéressante, car elle nous montre de nouveaux arguments qui servent à la controverse, et qui nous montrent à quels points la question de la classification des virus reste en suspend, puisque les auteurs proposent une nouvelle classification, basée sur des structures propres au virus, en reconnaissant que certaines de leurs propriétés ne doivent pas être prises en compte pour leur classification. Les auteurs reconnaissent également à quel point le sujet est complexe, et rappellent aussi que les méthodes utilisées actuellement pour tenter de classifier les virus sont rudimentaires, et que de nouvelles méthodes développées à l'avenir pourraient permettre de mieux explorer le monde viral, et d'enfin trouver une classification satisfaisante pour tous.

L'objectif du livre est de balayer les connaissances en astrobiologie, c'est-à-dire, la recherche de la vie sur d'autres planètes. Il regroupe ainsi de nombreux auteurs avec des spécialités différentes, permettant ainsi d'aborder des notions variées comme la définition du vivant, l'origine et l'évolution des composés organiques, les planètes habitables ou encore la vie dans des conditions extrêmes.
Dans le cadre de la controverse, la première partie de l'ouvrage "Qu'est-ce que la vie" a été sélectionnée pour sa pertinence. Le premier chapitre de cette partie présente le cadre de cette controverse, à savoir les problèmes soulevés par la définition de la vie. L'exemple utilisé est celui des virus.

Pour pouvoir reconnaître des formes de vie exobiologique, il est important de s'accorder sur la définition de la vie. En effet, il est courant (même au sein de cette controverse) d'aborder la notion philosophique de cette question alors qu'en sciences, la plupart des auteurs évincent cette question, la jugeant hors-discipline. D'un point de vue philosophique, la question est métaphysique (on ne peut répondre par "non" ou par "oui"), et la définition variant entre chercheurs, il est difficile d'y appliquer un processus expérimental.
Or, c'est un sujet éveillant la curiosité de chaque personne, et peut donc être abordé par des non spécialistes peu averti des connaissances scientifiques, et menant donc à des erreurs. De plus, laisser entièrement le sujet aux philosophes ne permet pas de répondre à la question, car ces derniers ne sont pas spécialistes en biologie. Il est donc primordial que les deux disciplines participent à cette réflexion. Avec cet argument, l'auteur légitime cette problématique dans un cadre scientifique.

Après une réfutation progressive de la fausse non compatibilité de cette définition en sciences, l'auteur propose de survoler les différentes définitions attribuées en sciences. Ces dernières sont variées, riche d'une longue histoire. Mais il est possible de retenir deux points majeurs : la capacité de se maintenir et se reproduire.
Au sein de ce raisonnement, la place des virus interroge. Leur statut a d'ailleurs beaucoup changé, en fonction de la manière dont le vivant était considéré. De la forme de vie la plus simple, en passant par le parasitisme, l'auteur considère que les virus ne sont pas vivants. Ils ont un rôle majeur dans l'évolution des organismes, mais ne possédant pas de métabolisme, ils sont par définition exclus du vivant.

L'ouvrage apparaît ici comme rigoureux. De nombreuses notions sont abordées, appuyées par une bibliographie conséquente. Chaque notion est présentée par un auteur différent. Ainsi, le nombre de contributeurs à ce travail est élevé, chacun spécialistes dans le domaine introduit. Ainsi l'information que le lecteur reçoit provient directement du spécialiste, sans passer par les courantes déformations de l'intermédiaire. De plus, il y a de la transparence sur la relecture des chapitres. Le travail a donc été collaboratif, et revu par plusieurs personnes.
Cependant, toute notion de subjectivité n'a pas été effacée. En effet, l'article introduit est présenté par un auteur avec un point de vue tranché sur la question de la controverse. Pour lui, les virus ne sont pas vivants. L'une des auteurs principale de l'ouvrage est également de cet avis. Ainsi, aucune résistance ne leur est opposée, ni de point de vue différent. Cela pourrait mener vers une confusion du lecteur.

Il apporte une légitimité de la question de la vie en sciences. Ce n'est pas seulement une problématique philosophique, mais pluridisciplinaire. La déconstruction est dans un premier temps épistémologique, réfutant les courantes oppositions

Il est intéressant de constater dans cet article que l'auteur a été en début de carrière en faveur de la controverse, pour finalement avoir changé de point de vue.

L’article propose une révision concernant la question permettant de savoir si les virus sont de réelles entités vivantes. Avec les différentes découvertes au fil du temps, l’idée de ces organismes a évolué. Les virus jouent un rôle important dans l’évolution des organismes cellulaires, cependant, leur position dans l’arbre du vivant est encore discutée. L’amalgame entre virus et virion n’est plus fait, les virus sont des organismes complexes infectant une cellule et produisant des virions.

Tout d’abord qu’est-ce que la vie ? La question est tendancieuse et chaque domaine d’expertise a sa propre définition. En passant par la philosophie avec Platon, Socrate ou même Schrödinger à la biologie où le secret de la vie réside dans la molécule d’ADN, l’auteur décide de la qualifier par une seule caractéristique : être en vie.
Au niveau de la classification, la dichotomie entre les eucaryotes et les procaryotes pose un problème quant à la position des virus. En effet, cela inclut qu’il existe deux catégories de virus ayant pris leur origine séparément : les bactériophages et ceux parasitant les cellules eucaryotes. Cependant, les virus ne sont pas spécifiques à leurs hôtes, ils peuvent parasiter plusieurs hôtes de différents types. De plus, l’hypothèse prônant l’origine des virus à partir d’organismes cellulaires se trouve rejetée, car aucun homologue de gênes viraux n’ont été retrouvé au niveau cellulaire. Ce qui prouve que les gênes viraux représentent un pool de diversité unique et propre à leur catégorie. Ce n’est que bien plus tard que la trichotomie fait son apparition avec la découverte de trois versions des ARNr (archées, bactéries et eucaryotes). Les archées placées avant avec les bactéries se retrouvent dans un groupe unique.
Il est fort probable que les virus aient joué un rôle primordial dans l’évolution des organismes depuis LUCA (Last Universal Common Ancestor). En effet, des analyses ont démontré que des gènes homologues sont retrouvés entre les organismes parasités et les virus, et cela pour les trois embranchements différents (archées, bactéries et les eucaryotes) indiquant possiblement une coévolution entre les virus et leur hôte.
D’abord définit selon leur virion (produit de l’infection), les virus étaient considérés comme des entités moléculaires. Cependant, durant leur phase « éclipse » (phase intracellulaire), le virus présente des caractéristiques typique aux organismes vivants : métabolisme, croissance et reproduction. Ils devraient être considérés comme des organismes cellulaires ne codant pas leur propre ribosome et membrane cellulaire.
A la question de savoir si les virus sont en vie, à plusieurs reprise dans le passé la réponse a été négative. Considérés dans un premier temps comme étant des portions de gène échappées produit par des organismes cellulaires, les virus sont de plus en plus étudiés car certains chercheurs pensent qu’en eux réside la source de l’évolution de la vie sur Terre. Les virus sont aujourd’hui les organismes les plus répandus sur la planète arborant une morphologie tout aussi diverse.
Pour les évolutionnistes et les virologistes la réponse est affirmative, car ces organismes présentent les traits typique d’un organisme vivant : ils ont des macromolécules similaires aux autres entités vivantes, il y a manifestement une coévolution des virus avec les trois embranchements et de plus, ils peuvent également être infectés par d’autres virus (seuls les organismes vivants peuvent être « malades »)
Pour cela l’auteur présente une nouvelle vision de la classification : ceux qui codent leurs ribosomes (LUCA+ descendants) et ceux qui codent leur capside (virus).

L’article est rigoureux dans sa démarche, l’auteur part des connaissances acquises dans le passé afin de faire un historique de la perception des virus à travers le temps ainsi que de la définition de la vie. Il a fait un travail réunissant plusieurs domaines, en effet il ne restreint pas son discours à la vision biologique mais va également inclure des références philosophiques. Enfin, il permet au lecteur de se forger sa propre idée de la vie (philosophique, biologique ou autre) mais donne toute de même sa conception du phénomène.
Cependant il n’évoque pas l’antithèse de son point de vue, il y fait rapidement mention sans en donner des arguments probants. La dite review ne constitue qu’un long traité quant à la possibilité à considérer les virus comme étant des oragaismes vivants.

Cet article est intéressant dans la mesure où il permet de poser les bases accumulées au fil du temps sur la question de la vie. L’article en lui-même ne donne pas une réponse définitive quant à la possibilité d’avoir de la vie chez les virus, il donne une définition de la vie d’un point de vue biologique. Pour l’auteur, définir la vie relève du domaine philosophique et non biologique étant donné que cette dernière évolue au fil des découvertes. Avec cette nouvelle définition, de nouvelles questions sont posées afin de savoir quelle à été le rôle des virus dans l’origine de la vie sur Terre, ou encore si l’arbre du vivant doit être repensée afin de pouvoir intégrer ces organisme au sein des organismes vivants (biologiquement parlant). Même si la controverse quant à savoir si les virus sont en vie ou non est toujours d’actualité, il est indéniable qu’ils ont participé activement à l’émergence de la vie sur Terre et à son évolution.

L'introduction de la review résume les différentes hypothèses quant à la place des virus au sein ou non de l'arbre du vivant. Elle commence à la première hypothèse élaborée par Muller en 1929 sur l'origine de la vie, ce qui mènera par la suite à la création de deux "écoles de pensées" sur l'origine de la vie ("nucléocentrique" et "cytoplasmique"). A ce moment, les virus n'étaient pas considérés comme vivant, mais on estimait que le vivant "descendrait" de forme de vie virale. Elle mentionne aussi la découverte des propriétés de l'ADN qui aurait renforcé cette idée par le fait que le vivant serait caractérisé par sa capacité à évoluer ("ADN-centrale"). Et si d'autres hypothèses définissaient les virus comme appartenant au vivant, c'est la découverte du Mimivirus en 2003 qui a vraiment ramené l'idée que les virus auraient leur place dans l'arbre du vivant. Cet article expose 10 points pour réfuter cette hypothèse et conclure que les virus ne font pas parti du vivant.

Cette review se base sur des études déjà faites sur les virus.
Les 10 raisons qui selon la review exclus les virus de l'arbre du vivant :
-Les virus ne sont pas vivants
-Les virus sont polyphylétiques
-Il n'y a pas de lignée virale ancestrale
-Des hôtes "distants" ne signifient pas "antiquité"
-Grandes discontinuités des lignées virales
-L'origine cellulaire des gènes métaboliques
-L'origine cellulaire de la translation de gènes
-les virus sont des "voleurs" de gènes
-la majorité des transferts horizontaux de gènes se font de la cellule au virus
-plus "simple" ne veux pas dire plus primitif.

Par la présentation de nombreuses raisons, la review en vient à réfuter la possibilité que les virus fassent partis du vivant et surtout réfute la position de Claverie qui lui inclus l'organisme viral comme faisant parti du vivant en définissant des formes reproductives du virus ("germline") comparable aux spermatozoïdes. Mais cela impliquerait, entre autres, qu'il faille redéfinir l'organisme en indiquant qu'un organisme a besoin de portions d'autres organismes. La review se conclut donc en rappelant que bien sûr, même si les virus ne font pas parti de l'arbre du vivant, ils n'en ont pas moins un rôle significatif dans l'évolution de la vie sur Terre, mais que tous les points énoncés font qu'il est impossible de les placer dans l'arbre du vivant.

La review est bien structuré avec une bonne bibliographie et une bonne remise en contexte.

La review apporte de nombreux points faisant que les virus ne peuvent être considéré comme faisant parti du vivant qui pourront être confronté avec d'autres points issus d'autres articles.

Les objectifs de ce papier sont multiples. Dans un premier temps, l'auteur reprend les nombreuses définitions de l'espèce et met en avant la difficulté d'arriver à une signification claire. Il propose par la suite d'aborder le cas des virus. A l'aide de rappels historiques l'auteur montre comment a évolué la compréhension que l'Homme en a, puis les différentes propriétés auxquelles il a été attribué, et enfin, les conflits soulevés par cette thématique. Il démontre par la suite les problématiques actuelles d'intégration des virus dans l'arbre du vivant. Enfin, il répond à la question de la nature de la vie : qu'est-ce qu'un être vivant, et où sont les limites entre le vivant et le non-vivant ?
L'article aborde donc 3 thématiques majeures en biologie, à l'origine de controverses :

• Qu'est-ce qu'une espèce ?
• Qu'est-ce qu'un virus ? Est-ce vivant ?
• Qu'est-ce que la vie ? (d'un point de vue biologique et non philosophique)

Ces trois problématiques sont interconnectées, d'où l'importance pour l'auteur de les regrouper au sein d'un article de synthèse.

Dans le cadre de la controverse sur les virus, ne seront abordé dans cette analyse que les deux derniers points de l'article.

Qu'est ce qu'un virus ?

Petit rappel historique :
C'est en 1935 que les virus ont été découverts, sur la feuille de tabac. En effet, la mosaïque du tabac est une maladie qui ravageait les plants à cette époque, sans que sa nature ne soit comprise. La découverte de ces entités a été un grand événement en biologie. Les chercheurs pensaient alors avoir découvert le "chaînon manquant" entre le non-vivant et les cellules primitives.

Or pour l'auteur, la situation a évolué : lors de la parution de l'article, les virus étaient considérés comme des parasites génétiques, incapables d'activité métabolique. Ils restent cependant des entités biologiques, par le fait qu'ils possèdent un génome, et qu'ils présentent de l'adaptabilité (d'hôtes et d'habitats). Attention donc à ne pas confondre un être vivant et une entité biologique. Cette dernière est intégrée au sein du vivant sans être elle-même vivante (comme c'est le cas des organites).
L'auteur insiste ensuite sur l'importance de distinguer le virus du virion, qui n'est qu'une étape de son cycle. Un avertissement similaire est présenté dans Forterre, 2016.

D'un point de vue taxonomique, regrouper les virus dans des espèces est délicat. C'est à la fois quelque chose de nécessaire, car cela facilite la communication entre les spécialistes, mais reste difficile. En effet, en plus des limites liées à la définition d'une espèce, les virus possèdent peu de caractères partagés. Il est ainsi aisé de distinguer les virus des organismes inclus dans l'arbre du vivant, mais il est difficile de distinguer les virus entre eux, ce qui mène généralement à de la polyphylie. Il existe donc un code international de nomenclature taxonomique applicable à des virus, mais celui-ci n'a pas pour ambition de retracer leur histoire évolutive, contrairement aux autres groupes. L'auteur se positionne donc de manière implicite : il n'est pas possible d'intégrer les virus au sein de l'arbre du vivant, contrairement à ce que d'autres auteurs ont proposé (pour cela, se référer à Raoult et Forterre, 2008).

Qu'est ce que la vie ?

Pour comprendre ce qu'est la vie, l'auteur propose de se tourner vers l'observation des êtres vivants et de voir ce qu'ils partagent. Trois points principaux en ressortent :

• Il faut une propriété structurelle (de l'acide nucléique, des protéines, une membrane)
• Une propriété fonctionnelle (la croissance, le développement, la reproduction, l'auto-réparation)
• Du métabolisme et une adaptation face à l'environnement.

Les virus ne répondant pas aux critères d'autonomie fonctionnelle, n'ayant pas de métabolisme ni de comportement de reproduction sont donc exclus du vivant pour l'auteur.

A la lecture de cet article, plusieurs points sont à soulever. Premièrement, l'effort d'impartialité est notable. En effet, l'article énonce et développe chacun des arguments avancés par les deux camps, sans laisser transparaître sa vision sur la controverse. Cependant, le développement de son propre point de vue est critiquable. Il ne se positionne clairement que dans la dernière phrase de son article. Peu d'arguments nouveaux ou importants pour la controverse sont mis en avant lors de ce développement, ce qui peut remettre en question la légitimité de l'auteur.
Il existe également un manque de citations lors d'affirmation d'arguments considérés comme généralement acquis par la communauté scientifique. A plusieurs reprises dans son développement, l'auteur utilise cette formulation sans appuyer avec des exemples, empêchant le lecteur de vérifier ses dires. On est alors à même de douter la légitimité de ces fameux arguments.

La notion d'espèce ainsi que l'utilisation des phylogénies définissent implicitement les modèles étudiés comme des êtres vivants. L'article vient donc contrer cette idée reçue, et ces arguments de plus en plus énoncés du côté de la défense. La notion d'espèce est floue, et une espèce virale est créée pour des besoins différents qu'une espèce en taxonomie. Il est difficile de trouver des synapomorphies permettant de positionner les virus au sein de l'arbre du vivant. On observe d'ailleurs avec cet article le début d'un shift de problématique. En effet, la question des virus vivants ou non est de plus en plus délaissée, au profit de la question de l'intégration ou non des virus au sein de l'arbre du vivant. Cette nouvelle problématique, dominante dans les articles récents (2010 - 2020) ne doit pas être vue comme une problématique isolée, mais bien issue de la première.

Dans les débats actuels décrivant le vivant, il est majoritairement admis qu’il inclut des formes de vie cellulaires pouvant se nourrir, grandir, métaboliser et se reproduire. Tous ces concepts ont pour consensus que le vivant aurait émergé à partir des interactions de composants chimiques non-vivants. Une bonne définition du vivant doit aussi expliquer de façon cohérente les phénomènes périphériques du vivant, comme la cryptobiose, cas dans lequel l’activité métabolique est peu perceptible, l’hypothèse du gène égoïste, la symbiogénèse… Dans un récent article, Moreira et Lopez Garcia ont présenté dix raisons pour lesquelles les virus doivent être exclus de l’arbre du vivant avec pour principaux arguments qu’ils ne peuvent se sustenter et se répliquer eux-mêmes, leur polyphylie et l’origine cellulaire de leurs gènes. Ten reasons to exclude viruses from the tree of life
En réponse à cet article, les auteurs rappellent que la plupart des adaptations ont une origine virale et que les différentes stratégies de survie des virus peuvent parfois s’opposer dans une population, et ce, de différentes façons. Ces stratégies de survie permettent aux virus de transmettre leurs phénotypes complexes à leur hôte, permettant à ce dernier d’élargir son potentiel évolutif pouvant mener à la création de nouvelles espèces. La création de tous les domaines de l’arbre du vivant : les familles, les genres ainsi que les espèces, repose sur les effets de la colonisation virale et résultante dans des lignées diversifiée et en définitive sur l’évolution de nouvelles espèces.
La lettre de réponse se finit en rappelant que, comme n’importe quel arbre, l’arbre du vivant n’est pas constitué que de la souche, des branches et des feuilles seules. Dans l’état actuel de nos connaissances, la souche des arbres actuels est en lien très étroit avec la Rhizosphère, coordonnant la croissance et le développement. Sans équilibre avec la Rhizosphère, les arbres établis ne fonctionneraient pas. L’écologie de la Rhizosphère est un exemple particulier d’interactions non égoïstes et de coévolutions dépendant crucialement de processus fonctionnant en parallèle entre les différents types de cellules racinaires, des michoryzes et des bactéries rhibozias, tous capables de se différencier. Ces capacités auraient une origine virale : les agents viraux persistants qui ont colonisé tous ces types d’organismes caractéristiques de l’écologie de la Rhizosphère ont généré une grande variété d’hôtes possibles pouvant s’identifier et communiquer entre eux. Si la métaphore de l’arbre du vivant doit être encore utile à l’avenir, nous devons nous rappeler que les virus ont été et sont toujours des agents essentiels au sein de l’arbre du vivant.

Cette lettre de réponse s'oppose à un autre article de la controverse et répond négativement à l'interrogation quant à savoir si les virus sont des organismes vivants. C'est une lettre de réponse rigoureuse et apportant des arguments que nous avons pus revoir dans d'autres articles qui ont suivis. Un article indispensable pour notre controverse.

La découverte de virus géants tels que _Mimivirus _interroge sur la définition et leur inclusion au sein du vivant. Traditionnellement, le monde vivant est défini par les chercheurs grâce à l'ARN ribosomique. Or, les virus n'en possédant pas, ils sont systématiquement exclus de cette définition. Mais ils présentent des interactions avec les différents embranchements, et jouent donc un rôle évolutif. De plus, de par leur impact sur la santé humaine, ils ont principalement été étudiés dans le cadre de la médecine, et non de l'évolution.
Les auteurs apportent de nouveaux éléments au débat, en créant un nouveau système de classification dichotomique : les organismes codant les ribosomes et ceux codant les capsides. Le premier groupe inclue les archées, bactéries et eucaryotes, tandis que le second inclue les virus. Un troisième groupe, les réplicons orphelins est également introduits.

Le but est de voir quels sont les synapomorphies, ou les caractères communs permettant de distinguer les deux classes de l'article. Pour ce faire, une comparaison entre virus, bactéries, archées et métazoaires a été effectuée. Cette comparaison se base sur des clusters de groupes orthologues, c'est-à-dire la comparaison de gènes communs dans des groupes différents. Quatre modèles d'études ont été utilisés, un pour chaque groupe d'intérêt (virus, bactérie, eucaryote, archée).
Par la suite, les auteurs se sont concentrés au niveau viral, sur la structure protéique commune de la capside. Pour cela, 3 groupes de virus ont été comparés, chacun infectant un des domaines du vivant.

Ces comparaisons ont mis en évidence deux groupes bien distincts. Premièrement, les groupes orthologues de gènes ont soulignés un nombre plus important de gènes mobilisés dans la traduction chez les eucaryotes, les bactéries et les archées que chez les virus. Cela indique par conséquent un manque de ribosomes chez les virus, les excluants du premier groupe.
L'idée fut ensuite de chercher s'il y avait une origine commune des virus. Il a ainsi été mis en évidence une structure commune dans la formation de la capside. La protéine en question possède un repli, à double enroulement qui n'est présent que chez les formes virales, légitimant la création d'un groupe d'organismes encodant pour des capsides.
Un dernier groupe a également été énoncé, celui des réplicons orphelins. Il contient des formes pouvant parasiter les deux autres groupes, ne codant ni pour ribosomes ni pour capsides. Leur origine reste cependant inconnue. Ce groupe contient les viroïdes, transposons et autres plasmides.

La méthodologie n'est pas développée dans l'article, et il ne semble pas y avoir de support complémentaire précisant la méthode. Ainsi, les figures obtenues ont une origine inconnue, ce qui peut entraver la répétabilité de l'expérimentation scientifique.
De plus, même si l'idée est intéressante, il est important de tempérer les propos. En effet, en forçant une dichotomie, il est possible de trouver des arguments dans le sens de l'hypothèse, même si celle-ci est fausse. Or ici, une seule synapomorphie a été trouvée pour chacun des groupes présentés, et ont été observées sur une faible diversité d'organismes (seuls les virus à capside icosaédrique ont été pris en compte ici). Nous sommes peut être ici en face d'un biais d'échantillonnage. Ce constat n'a pas été soulevé par les auteurs.

Les auteurs apportent grâce à l'expérimentation des arguments en faveur de la controverse. Les virus ont des caractères commun partagés et peuvent être inclus dans un groupe distinct des autres formes de vie. Des caractères partagés impliquent une origine commune, et donc les prémices d'un questionnement sur l'évolution de ce groupe. Au sein de ce débat, les auteurs ancrent donc un argument central en faveur : les virus appartiennent à un groupe aux caractéristiques uniques, encodant pour une capside, et par conséquent, forment un nouvel embranchement dans le vivant. Ce sont les bases de ce qui sera par la suite développé : les ribocells et les virocells.