Early attempts in the 1960s at constructing a classification scheme for viruses were phenetic and focused
on structural properties of the virion. Over time, the International Committee on the Taxonomy of Viruses
(ICTV) has refined its definition of a virus species to include an appeal to evolutionary history. The
current ICTV definition defines a viral species in terms of monophyly. The existence of prolific horizontal
genetic transfer (HGT) among various groups of viruses presents a challenge to this definition. I argue
that the proper response to this mode of evolution is to allow for radical pluralism. Some viruses can be
members of more than one species; others don’t form species at all and should be classified using new
reticulate categories.
Titre de l'article
Qu'est ce qu'une espèce virale ? Le pluralisme radical dans la taxonomie virale.
Qu'est ce qu'une espèce virale ? Le pluralisme radical dans la taxonomie virale.
Introduction à l'article
Le gros problème de la taxonomie virale vient surtout de la difficulté à définir ce qu’est une « espèce », et par extension, ce qu’est une « espèce virale ». Si le pluralisme des espèces est vrai, alors il faut différentes définitions de ce qu’est une « espèce ». Par opposition, avec le monisme il existerait une définition de l’espèce valable pour tout le monde du vivant. De nombreux biologistes réfutent le monisme, considérant que ce qui définit les Eucaryotes ne peut s’appliquer aux Procaryotes et aux virus.
Il faudrait donc réfuter les virus de la classification biologique, mais les virus ont des gènes, s’adaptent à leurs environnements et évoluent. L’article compte reprendre les définitions d’une « espèce virale », discuter du fait qu’il faut accepter que certains groupes viraux ne forment pas des espèces et que différents groupes de virus doivent être classés selon le niveau du transfert horizontal de gène affectant leur histoire évolutive : le pluralisme radical.
Le gros problème de la taxonomie virale vient surtout de la difficulté à définir ce qu’est une « espèce », et par extension, ce qu’est une « espèce virale ». Si le pluralisme des espèces est vrai, alors il faut différentes définitions de ce qu’est une « espèce ». Par opposition, avec le monisme il existerait une définition de l’espèce valable pour tout le monde du vivant. De nombreux biologistes réfutent le monisme, considérant que ce qui définit les Eucaryotes ne peut s’appliquer aux Procaryotes et aux virus.
Il faudrait donc réfuter les virus de la classification biologique, mais les virus ont des gènes, s’adaptent à leurs environnements et évoluent. L’article compte reprendre les définitions d’une « espèce virale », discuter du fait qu’il faut accepter que certains groupes viraux ne forment pas des espèces et que différents groupes de virus doivent être classés selon le niveau du transfert horizontal de gène affectant leur histoire évolutive : le pluralisme radical.
Résultats de l'article
Le travail à long terme de la définition d’espèce virale par les virologues et l’ICTV (International Committee for Nomenclature of Viruses) est passé d’une définition phénétique à une définition plus phylogénétique. Le virion est la propriété principale dans l’identification de taxons viraux et les récentes définitions de l’ICTV parlent d’une monophylie : ce qui rapproche beaucoup les espèces virales de ce qui est vu dans l’ « arbre du vivant ».
Mais l’existence du Transfert Horizontal de Gènes (HGT) et du génome viral en mosaïque dans certains groupes viraux remettent cette monophylie en question, c’est pourquoi l’article suggère l’utilisation du pluralisme radical : les virus dont l’évolution est la plus influencée par le HGT doivent être classés dans un système non hiérarchique permettant aux virus d’être dans plus d’une catégorie. Et vu comment le HGT peut changer le génome d’un hôte, un tel système pourrait également s’appliquer à certaines formes de vie cellulaire.
Le travail à long terme de la définition d’espèce virale par les virologues et l’ICTV (International Committee for Nomenclature of Viruses) est passé d’une définition phénétique à une définition plus phylogénétique. Le virion est la propriété principale dans l’identification de taxons viraux et les récentes définitions de l’ICTV parlent d’une monophylie : ce qui rapproche beaucoup les espèces virales de ce qui est vu dans l’ « arbre du vivant ».
Mais l’existence du Transfert Horizontal de Gènes (HGT) et du génome viral en mosaïque dans certains groupes viraux remettent cette monophylie en question, c’est pourquoi l’article suggère l’utilisation du pluralisme radical : les virus dont l’évolution est la plus influencée par le HGT doivent être classés dans un système non hiérarchique permettant aux virus d’être dans plus d’une catégorie. Et vu comment le HGT peut changer le génome d’un hôte, un tel système pourrait également s’appliquer à certaines formes de vie cellulaire.
Ce que cet article apporte au débat
Un premier point important de l'article est qu'il propose un historique de notre controverse, nous rappelant qu'il s'agit d'une controverse existant depuis les années 1940. Il présente les différentes définitions de l'espèce virale et comment celle-ci a évolué depuis. Il est conscient des différents points qui s'opposent sur la classification des virus et essaye d'apporter un consensus avec le concept du pluralisme radical, permettant une bien meilleure classification des virus et qui pourrait en plus s'appliquer au-delà des virus. Est-ce ici un prémice argumenté pour une inclusion des virus au sein de l'arbre du vivant ?
Un premier point important de l'article est qu'il propose un historique de notre controverse, nous rappelant qu'il s'agit d'une controverse existant depuis les années 1940. Il présente les différentes définitions de l'espèce virale et comment celle-ci a évolué depuis. Il est conscient des différents points qui s'opposent sur la classification des virus et essaye d'apporter un consensus avec le concept du pluralisme radical, permettant une bien meilleure classification des virus et qui pourrait en plus s'appliquer au-delà des virus. Est-ce ici un prémice argumenté pour une inclusion des virus au sein de l'arbre du vivant ?
Dernière modification il y a plus de 5 ans.