Is it possible to meaningfully comprehend the diversity of the viral world? We propose that it is. This is based on the observation that, although there is immense genomic variation, every infective virion is restricted by strict constraints in structure space (i.e., there are a limited number of ways to fold a protein chain, and only a small subset of these have the potential to construct a virion, the hallmark of a virus). We have previously suggested the use of structure for the higher-order classification of viruses, where genomic similarities are no longer observable.
Here, we summarize the arguments behind this proposal, describe the current status of structural work, highlighting its power to infer common ancestry, and discuss the limitations and obstacles ahead of us. We also reflect on the future opportunities for a more concerted effort to provide high-throughput methods to facilitate the large-scale sampling
of the virosphere.
Titre de la review
Les Structures unifiants l'univers Viral
Les Structures unifiants l'univers Viral
Résumé de la review
Est-il possible de comprendre la diversité du monde viral ? Les auteurs de cette review nous propose que c’est en effet possible, en se basant sur le fait que malgré une immense variation du génome, tous les virions infectieux sont strictement restreints dans leur structure spatiale.
Dans un article précédent, ils avaient suggéré l’utilisation de leur structure afin de créer une classification des virus sans prendre en compte les similarités de leurs génomes. Cette review a pour but de synthétiser les arguments en faveur de cette nouvelle classification, dans un premier temps par une introduction au monde viral et un état des lieux quant à leur classification et comment celle-ci a évolué au cours du temps, avant de développer les différents arguments pour soutenir leur nouvelle classification virale avant de finir sur les futures perspectives que cela implique. Par exemple, une bonne classification virale permettrait une meilleure compréhension et identification des virus.
En dépit du grand rôle des virus dans la biosphère, ils concèdent que la classification classique ne suffit pas à obtenir une taxonomie satisfaisante. Pour les auteurs, ce qui définit principalement un virus serait sa protéine qui code pour la capside, dont la structure est strictement contrainte par des règles stéréochimiques et une parcimonie génétique. La structure de la capside est bien plus persistante que le génome viral, ou la séquence de protéine. Les autres propriétés virales comme la nature de leurs génomes ou encore la méthode de leur codage sont, selon les auteurs, non-centraux pour le virus en lui-même. Bien que les structures des capsides des virus tombent surtout dans un petit nombre de lignées virales, il y a une tendance qui se dessine et qui permettrait d’intégrer à cette classification les lignées infectant les trois domaines de la vie cellulaire (bactéries, archées, eucaryotes). Avec un nombre de structures déterminées qui augmente avec le temps, il devient de plus en plus possible d’obtenir des relations phylogénétiques plausibles au sein de ses lignées virales en utilisant des outils informatiques, même si certaines restent encore non résolues. Par exemple, les virus de formes non « icosahedraux » sont plus difficiles à analyser, mais les méthodes utilisées pour ces formes là devraient pouvoir aussi s’appliquer au virus en forme « d’hélices ».
Pour conclure, les auteurs de la review expliquent que la diversité complète du monde viral reste inexplorée : par exemple, ils reconnaissent avoir été vagues sur le cas des virus infectant les Archées, de même ils reconnaissent n’avoir pour l’instant que des outils rudimentaires pour commencer à vraiment explorer le monde viral, même si de nouvelles méthodes sont en développements.
Est-il possible de comprendre la diversité du monde viral ? Les auteurs de cette review nous propose que c’est en effet possible, en se basant sur le fait que malgré une immense variation du génome, tous les virions infectieux sont strictement restreints dans leur structure spatiale.
Dans un article précédent, ils avaient suggéré l’utilisation de leur structure afin de créer une classification des virus sans prendre en compte les similarités de leurs génomes. Cette review a pour but de synthétiser les arguments en faveur de cette nouvelle classification, dans un premier temps par une introduction au monde viral et un état des lieux quant à leur classification et comment celle-ci a évolué au cours du temps, avant de développer les différents arguments pour soutenir leur nouvelle classification virale avant de finir sur les futures perspectives que cela implique. Par exemple, une bonne classification virale permettrait une meilleure compréhension et identification des virus.
En dépit du grand rôle des virus dans la biosphère, ils concèdent que la classification classique ne suffit pas à obtenir une taxonomie satisfaisante. Pour les auteurs, ce qui définit principalement un virus serait sa protéine qui code pour la capside, dont la structure est strictement contrainte par des règles stéréochimiques et une parcimonie génétique. La structure de la capside est bien plus persistante que le génome viral, ou la séquence de protéine. Les autres propriétés virales comme la nature de leurs génomes ou encore la méthode de leur codage sont, selon les auteurs, non-centraux pour le virus en lui-même. Bien que les structures des capsides des virus tombent surtout dans un petit nombre de lignées virales, il y a une tendance qui se dessine et qui permettrait d’intégrer à cette classification les lignées infectant les trois domaines de la vie cellulaire (bactéries, archées, eucaryotes). Avec un nombre de structures déterminées qui augmente avec le temps, il devient de plus en plus possible d’obtenir des relations phylogénétiques plausibles au sein de ses lignées virales en utilisant des outils informatiques, même si certaines restent encore non résolues. Par exemple, les virus de formes non « icosahedraux » sont plus difficiles à analyser, mais les méthodes utilisées pour ces formes là devraient pouvoir aussi s’appliquer au virus en forme « d’hélices ».
Pour conclure, les auteurs de la review expliquent que la diversité complète du monde viral reste inexplorée : par exemple, ils reconnaissent avoir été vagues sur le cas des virus infectant les Archées, de même ils reconnaissent n’avoir pour l’instant que des outils rudimentaires pour commencer à vraiment explorer le monde viral, même si de nouvelles méthodes sont en développements.
Ce que cette review apporte au débat
Cette review est assez intéressante, car elle nous montre de nouveaux arguments qui servent à la controverse, et qui nous montrent à quels points la question de la classification des virus reste en suspend, puisque les auteurs proposent une nouvelle classification, basée sur des structures propres au virus, en reconnaissant que certaines de leurs propriétés ne doivent pas être prises en compte pour leur classification. Les auteurs reconnaissent également à quel point le sujet est complexe, et rappellent aussi que les méthodes utilisées actuellement pour tenter de classifier les virus sont rudimentaires, et que de nouvelles méthodes développées à l'avenir pourraient permettre de mieux explorer le monde viral, et d'enfin trouver une classification satisfaisante pour tous.
Cette review est assez intéressante, car elle nous montre de nouveaux arguments qui servent à la controverse, et qui nous montrent à quels points la question de la classification des virus reste en suspend, puisque les auteurs proposent une nouvelle classification, basée sur des structures propres au virus, en reconnaissant que certaines de leurs propriétés ne doivent pas être prises en compte pour leur classification. Les auteurs reconnaissent également à quel point le sujet est complexe, et rappellent aussi que les méthodes utilisées actuellement pour tenter de classifier les virus sont rudimentaires, et que de nouvelles méthodes développées à l'avenir pourraient permettre de mieux explorer le monde viral, et d'enfin trouver une classification satisfaisante pour tous.
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