Virus taxonomy at present is best characterized as a categorization of convenience, without a firm basis in the principles of evolutionary biology. Specifically, virus species definitions appear to depend more on tradition and popular opinion among virologists than on firm, quantitative biological evidence. I suggest a series of changes to underlying species concepts that would shift the field from one that simply files viruses away in taxonomic boxes to one that can learn important biological lessons from its taxonomy.
Titre de l'article
Définir une espèce virale : Faire une taxonomie utile.
Définir une espèce virale : Faire une taxonomie utile.
Introduction à l'article
Le Code International de la Classification et de la Nomenclature Virale définit une Espèce comme un « groupe monophylétique de virus dont les propriétés peuvent être distinguées de celles des autres espèces virales par de multiples critères ». Le Code a subi de nombreux changements à grande échelle ces dernières années, le rendant ainsi plus compréhensible et plus strict sur les bases de la taxonomie virale. L’accentuation sur le critère monophylétique rapproche maintenant le principe « d’espèce virale » du principe « d’espèce » défini pour les autres groupes majeurs. Toutefois, il reste encore des critères du Code qui limitent sérieusement son utilité dans la compréhension de la diversité virale.
Le Code International de la Classification et de la Nomenclature Virale définit une Espèce comme un « groupe monophylétique de virus dont les propriétés peuvent être distinguées de celles des autres espèces virales par de multiples critères ». Le Code a subi de nombreux changements à grande échelle ces dernières années, le rendant ainsi plus compréhensible et plus strict sur les bases de la taxonomie virale. L’accentuation sur le critère monophylétique rapproche maintenant le principe « d’espèce virale » du principe « d’espèce » défini pour les autres groupes majeurs. Toutefois, il reste encore des critères du Code qui limitent sérieusement son utilité dans la compréhension de la diversité virale.
Résultats de l'article
Le but de la taxonomie est d’organiser la diversité biologique pour en maximiser sa compréhension, sa stabilité et les prédictions qui peuvent être effectuées avec elle. Il faut donc que le critère biologique soit dominant dans le processus, il faudrait donc changer l’article du Code disant que les décisions sur la nomenclature et la taxonomie doivent refléter le point de vue majoritaire sur la question virale, car une telle décision ne devrait pas être basée sur un vote populaire, mais sur des critères biologiques explicites.
La taxonomie virale peut faire un bond en incorporant des principes basiques de biologie évolutive. Les virologues ont fait des progrès considérables dans la distinction des virus de façon individuelle et pour pouvoir les distinguer sur un niveau taxonomique comme au niveau de l’espèce, malgré les implications que cela aurait sur le statut d’espèce. Observer d’avantage les lignées évolutives des espèces virales pourrait permettre d’arriver à un consensus.
Le but de la taxonomie est d’organiser la diversité biologique pour en maximiser sa compréhension, sa stabilité et les prédictions qui peuvent être effectuées avec elle. Il faut donc que le critère biologique soit dominant dans le processus, il faudrait donc changer l’article du Code disant que les décisions sur la nomenclature et la taxonomie doivent refléter le point de vue majoritaire sur la question virale, car une telle décision ne devrait pas être basée sur un vote populaire, mais sur des critères biologiques explicites.
La taxonomie virale peut faire un bond en incorporant des principes basiques de biologie évolutive. Les virologues ont fait des progrès considérables dans la distinction des virus de façon individuelle et pour pouvoir les distinguer sur un niveau taxonomique comme au niveau de l’espèce, malgré les implications que cela aurait sur le statut d’espèce. Observer d’avantage les lignées évolutives des espèces virales pourrait permettre d’arriver à un consensus.
Rigueur de l'article
Malgré la rigueur de l'auteur, selon son propre aveu, il s'agit d'un point de vue extérieur et doit donc être de vu comme tel. Le point de vue apporté aura donc moins de poids que certains autres abordé dans cette controverse.
Malgré la rigueur de l'auteur, selon son propre aveu, il s'agit d'un point de vue extérieur et doit donc être de vu comme tel. Le point de vue apporté aura donc moins de poids que certains autres abordé dans cette controverse.
Ce que cet article apporte au débat
L'article fait un point sur le Code qui régit actuellement la taxonomie virale, en mettant en évidence ce qui pourrait être amélioré, permettant ainsi une meilleure compréhension et utilisation du concept d'espèce virale. De plus, il est intéressant d'avoir un point de vue extérieur (de l'aveu de l'auteur de l'article), un point de vue évolutionniste, même si cela donne moins de poids par rapport à d'autres articles vus dans cette controverse.
L'article fait un point sur le Code qui régit actuellement la taxonomie virale, en mettant en évidence ce qui pourrait être amélioré, permettant ainsi une meilleure compréhension et utilisation du concept d'espèce virale. De plus, il est intéressant d'avoir un point de vue extérieur (de l'aveu de l'auteur de l'article), un point de vue évolutionniste, même si cela donne moins de poids par rapport à d'autres articles vus dans cette controverse.
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