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Les virus sont les particules les plus abondantes sur Terre, en addition à cela, ils sont également très diversifiés génétiquement, en mécanisme de réplication... etc. L’étude des viromes démontre que ces organismes sont divers et sont des virus à ADN, ARN ou même d’ADN simple brin.
Actuellement le Comité International de Taxonomie des Virus (ICTV), classe les virus selon différents paramètres. Ces virus sont classés selon un rang taxonomique particulier en suivant l’ordre, la famille, le genre et l’espèce. Le rang taxonomique la plus basse est donc l’espèce qui est définie selon des critères multiple : réplication, morphologie du virions, type d’hôte...etc.
La métagénomique a permis de compléter la diversité des virus avec 125 000 nouveaux génomes viraux. Cependant, peu d’études sont portées sur ces virus fraîchement découverts. Pour le moment, les virus qui sont classés représentent une faible portion de pool viral, de plus les virus marins malgré le fait qu’ils soient plus abondants sont les moins étudiés. La découverte de ces nouvelles particules virales est le résultat d’analyse à partir de la métagénomique et non grâce à des agents biologiques infectés. La détection de séquences virales dans l’environnement a été suffisante pour informer de la diversité réelle des virus, en dépit du fait que cette découverte ne se base pas directement du matériel biologique. Ces informations sont donc le minimum pour pouvoir prétendre à une classification de ces viromes. Dépourvu d’ARN ribosomaux et de gènes universel, il est très difficile de trouver un équivalent de l’arbre de vie pour les virus ou même de les inclure dans cette classification préexistante.
Le problème de cette nouvelle classification qui intégrera ces données métagénomiques sont de deux ordres :
La pollution par des génomes chimériques due à un mélange de génome dans l’environnement
Les séquences dérivées de virus qui sont intégrées dans les génomes de l'hôte présent eux aussi dans le pool ARN.
Cependant, un ensemble de propositions a été fait par les auteurs afin de mieux appréhender cette nouvelle classification :
Création de rangs taxonomiques supérieurs
La création de nouvelles espèces
Attribuer ces nouvelles espèces/ genres à des familles préexistantes
Délimiter les nouvelles familles
Faire une nouvelle nomenclature basée sur les données de séquences
Améliorer la classification des virus
Avoir l’approbation de l’ICTV
Les virus sont les particules les plus abondantes sur Terre, en addition à cela, ils sont également très diversifiés génétiquement, en mécanisme de réplication... etc. L’étude des viromes démontre que ces organismes sont divers et sont des virus à ADN, ARN ou même d’ADN simple brin.
Actuellement le Comité International de Taxonomie des Virus (ICTV), classe les virus selon différents paramètres. Ces virus sont classés selon un rang taxonomique particulier en suivant l’ordre, la famille, le genre et l’espèce. Le rang taxonomique la plus basse est donc l’espèce qui est définie selon des critères multiple : réplication, morphologie du virions, type d’hôte...etc.
La métagénomique a permis de compléter la diversité des virus avec 125 000 nouveaux génomes viraux. Cependant, peu d’études sont portées sur ces virus fraîchement découverts. Pour le moment, les virus qui sont classés représentent une faible portion de pool viral, de plus les virus marins malgré le fait qu’ils soient plus abondants sont les moins étudiés. La découverte de ces nouvelles particules virales est le résultat d’analyse à partir de la métagénomique et non grâce à des agents biologiques infectés. La détection de séquences virales dans l’environnement a été suffisante pour informer de la diversité réelle des virus, en dépit du fait que cette découverte ne se base pas directement du matériel biologique. Ces informations sont donc le minimum pour pouvoir prétendre à une classification de ces viromes. Dépourvu d’ARN ribosomaux et de gènes universel, il est très difficile de trouver un équivalent de l’arbre de vie pour les virus ou même de les inclure dans cette classification préexistante.
Le problème de cette nouvelle classification qui intégrera ces données métagénomiques sont de deux ordres :
La pollution par des génomes chimériques due à un mélange de génome dans l’environnement
Les séquences dérivées de virus qui sont intégrées dans les génomes de l'hôte présent eux aussi dans le pool ARN.
Cependant, un ensemble de propositions a été fait par les auteurs afin de mieux appréhender cette nouvelle classification :
Création de rangs taxonomiques supérieurs
La création de nouvelles espèces
Attribuer ces nouvelles espèces/ genres à des familles préexistantes
Délimiter les nouvelles familles
Faire une nouvelle nomenclature basée sur les données de séquences
Améliorer la classification des virus
Avoir l’approbation de l’ICTV
Rigueur de la review
Les auteurs se basent sur des données de virus connus que d’après leurs métagénomiques et non phénotypiques. La petite faiblesse du papier viendrait de la méthode proposée qui se base uniquement sur du matériel génétique en faisant abstraction du biologique. En outre, les auteurs font preuve de rigueur et d’humilité dans leur démarche, en effet, ils prennent en compte les limites de leur méthode dans la classification de ces viromes.
Les auteurs se basent sur des données de virus connus que d’après leurs métagénomiques et non phénotypiques. La petite faiblesse du papier viendrait de la méthode proposée qui se base uniquement sur du matériel génétique en faisant abstraction du biologique. En outre, les auteurs font preuve de rigueur et d’humilité dans leur démarche, en effet, ils prennent en compte les limites de leur méthode dans la classification de ces viromes.
Ce que cette review apporte au débat
Avec l’inclusion de la métagénomique, la compréhension de la diversité des virus reflète plus la réalité. Cette nouvelle approche peut aider dans l’avenir à mieux définir les virus en tant qu’organisme vivant ou pas.
Avec l’inclusion de la métagénomique, la compréhension de la diversité des virus reflète plus la réalité. Cette nouvelle approche peut aider dans l’avenir à mieux définir les virus en tant qu’organisme vivant ou pas.
Publiée il y a plus de 5 ans
par
B. Omar mbae.
Dernière modification il y a plus de 5 ans.
Review : Virus taxonomy in the age of metagenomics
Auteurs
Peter Simmonds, Mike J. Adams, Mária Benkő, Mya Breitbart, J. Rodney Brister, Eric B. Carstens, Andrew J. Davison, Eric Delwart, Alexander E. Gorbalenya, Balázs Harrach, Roger Hull, Andrew M.Q. King, Eugene V. Koonin, Mart Krupovic, Jens H. Kuhn, Elliot J. Lefkowitz, Max L. Nibert, Richard Orton, Marilyn J. Roossinck, Sead Sabanadzovic, Matthew B. Sullivan, Curtis A. Suttle, Robert B. Tesh, René A. van der Vlugt, Arvind Varsani, F. Murilo Zerbini
Titre de la review
Taxonomie des virus à l'ère de la métagénomique
Taxonomie des virus à l'ère de la métagénomique
Résumé de la review
Les virus sont les particules les plus abondantes sur Terre, en addition à cela, ils sont également très diversifiés génétiquement, en mécanisme de réplication... etc. L’étude des viromes démontre que ces organismes sont divers et sont des virus à ADN, ARN ou même d’ADN simple brin.
Actuellement le Comité International de Taxonomie des Virus (ICTV), classe les virus selon différents paramètres. Ces virus sont classés selon un rang taxonomique particulier en suivant l’ordre, la famille, le genre et l’espèce. Le rang taxonomique la plus basse est donc l’espèce qui est définie selon des critères multiple : réplication, morphologie du virions, type d’hôte...etc.
La métagénomique a permis de compléter la diversité des virus avec 125 000 nouveaux génomes viraux. Cependant, peu d’études sont portées sur ces virus fraîchement découverts. Pour le moment, les virus qui sont classés représentent une faible portion de pool viral, de plus les virus marins malgré le fait qu’ils soient plus abondants sont les moins étudiés. La découverte de ces nouvelles particules virales est le résultat d’analyse à partir de la métagénomique et non grâce à des agents biologiques infectés. La détection de séquences virales dans l’environnement a été suffisante pour informer de la diversité réelle des virus, en dépit du fait que cette découverte ne se base pas directement du matériel biologique. Ces informations sont donc le minimum pour pouvoir prétendre à une classification de ces viromes. Dépourvu d’ARN ribosomaux et de gènes universel, il est très difficile de trouver un équivalent de l’arbre de vie pour les virus ou même de les inclure dans cette classification préexistante.
Le problème de cette nouvelle classification qui intégrera ces données métagénomiques sont de deux ordres :
Cependant, un ensemble de propositions a été fait par les auteurs afin de mieux appréhender cette nouvelle classification :
Les virus sont les particules les plus abondantes sur Terre, en addition à cela, ils sont également très diversifiés génétiquement, en mécanisme de réplication... etc. L’étude des viromes démontre que ces organismes sont divers et sont des virus à ADN, ARN ou même d’ADN simple brin.
Actuellement le Comité International de Taxonomie des Virus (ICTV), classe les virus selon différents paramètres. Ces virus sont classés selon un rang taxonomique particulier en suivant l’ordre, la famille, le genre et l’espèce. Le rang taxonomique la plus basse est donc l’espèce qui est définie selon des critères multiple : réplication, morphologie du virions, type d’hôte...etc.
La métagénomique a permis de compléter la diversité des virus avec 125 000 nouveaux génomes viraux. Cependant, peu d’études sont portées sur ces virus fraîchement découverts. Pour le moment, les virus qui sont classés représentent une faible portion de pool viral, de plus les virus marins malgré le fait qu’ils soient plus abondants sont les moins étudiés. La découverte de ces nouvelles particules virales est le résultat d’analyse à partir de la métagénomique et non grâce à des agents biologiques infectés. La détection de séquences virales dans l’environnement a été suffisante pour informer de la diversité réelle des virus, en dépit du fait que cette découverte ne se base pas directement du matériel biologique. Ces informations sont donc le minimum pour pouvoir prétendre à une classification de ces viromes. Dépourvu d’ARN ribosomaux et de gènes universel, il est très difficile de trouver un équivalent de l’arbre de vie pour les virus ou même de les inclure dans cette classification préexistante.
Le problème de cette nouvelle classification qui intégrera ces données métagénomiques sont de deux ordres :
Cependant, un ensemble de propositions a été fait par les auteurs afin de mieux appréhender cette nouvelle classification :
Rigueur de la review
Les auteurs se basent sur des données de virus connus que d’après leurs métagénomiques et non phénotypiques. La petite faiblesse du papier viendrait de la méthode proposée qui se base uniquement sur du matériel génétique en faisant abstraction du biologique. En outre, les auteurs font preuve de rigueur et d’humilité dans leur démarche, en effet, ils prennent en compte les limites de leur méthode dans la classification de ces viromes.
Les auteurs se basent sur des données de virus connus que d’après leurs métagénomiques et non phénotypiques. La petite faiblesse du papier viendrait de la méthode proposée qui se base uniquement sur du matériel génétique en faisant abstraction du biologique. En outre, les auteurs font preuve de rigueur et d’humilité dans leur démarche, en effet, ils prennent en compte les limites de leur méthode dans la classification de ces viromes.
Ce que cette review apporte au débat
Avec l’inclusion de la métagénomique, la compréhension de la diversité des virus reflète plus la réalité. Cette nouvelle approche peut aider dans l’avenir à mieux définir les virus en tant qu’organisme vivant ou pas.
Avec l’inclusion de la métagénomique, la compréhension de la diversité des virus reflète plus la réalité. Cette nouvelle approche peut aider dans l’avenir à mieux définir les virus en tant qu’organisme vivant ou pas.
Dernière modification il y a plus de 5 ans.