Compensatory base changes (CBCs) in internal transcribed spacer 2 (ITS2) rDNA secondary structures correlate with Ernst
Mayr’s biological species concept. This hypothesis also referred to as the CBC species concept recently was subjected to
large-scale testing, indicating two distinct probabilities. (1) If there is a CBC then there are two different species with a
probability of ,0.93. (2) If there is no CBC then there is the same species with a probability of ,0.76. In ITS2 research,
however, the main problem is the multicopy nature of ITS2 sequences. Most recently, 454 pyrosequencing data have been
used to characterize more than 5000 intragenomic variations of ITS2 regions from 178 plant species, demonstrating that
mutation of ITS2 is frequent, with a mean of 35 variants per species, respectively per individual organism. In this study, using
those 454 data, the CBC criterion is reconsidered in the light of intragenomic variability, a proof of concept, a necessary
criterion, expecting no intragenomic CBCs in variant ITS2 copies. In accordance with the CBC species concept, we could
demonstrate that the probability that there is no intragenomic CBC is ,0.99.
Titre de l'article
Les changements de base compensatoires dans les structures secondaires ITS2 sont en corrélation avec le concept des espèces biologiques malgré leur variabilité intragénomique.
Les changements de base compensatoires dans les structures secondaires ITS2 sont en corrélation avec le concept des espèces biologiques malgré leur variabilité intragénomique.
Introduction à l'article
Pour comprendre le but de cet article il est nécessaire d'introduire quelques notions théoriques:
Le concept de "Compensatory Bases Changes" (CBC) stipule que : (1) s'il y a une CBC alors il y a présence de deux espèces différentes avec une probabilité de 93% et (2) s'il n'y a pas de CBC alors on a une probabilité de 76% d'avoir la même espèce.
L' "International Transcribed Spacer" (ITS2) représente l'espace entre les séquences codantes des sous-unités de l'ARN ribosomique. La structure secondaire de l'ITS2 a un noyau commun à tous les eucaryotes ce qui en fait un bon critère de comparaison entre espèces, et est très utilisé en phylogénie.
L'identification de variants ITS2 identiques chez des espèces a révélé de possibles transferts de gènes horizontaux. Sachant cela, les auteurs ont étudié la corrélation entre les CBC dans la structure secondaire ITS2 et le concept d'espèce biologique de E.Mayr (basé sur le flux de gènes), en se focalisant sur des variants intragénomique des ITS2.
Pour comprendre le but de cet article il est nécessaire d'introduire quelques notions théoriques:
Le concept de "Compensatory Bases Changes" (CBC) stipule que : (1) s'il y a une CBC alors il y a présence de deux espèces différentes avec une probabilité de 93% et (2) s'il n'y a pas de CBC alors on a une probabilité de 76% d'avoir la même espèce.
L' "International Transcribed Spacer" (ITS2) représente l'espace entre les séquences codantes des sous-unités de l'ARN ribosomique. La structure secondaire de l'ITS2 a un noyau commun à tous les eucaryotes ce qui en fait un bon critère de comparaison entre espèces, et est très utilisé en phylogénie.
L'identification de variants ITS2 identiques chez des espèces a révélé de possibles transferts de gènes horizontaux. Sachant cela, les auteurs ont étudié la corrélation entre les CBC dans la structure secondaire ITS2 et le concept d'espèce biologique de E.Mayr (basé sur le flux de gènes), en se focalisant sur des variants intragénomique des ITS2.
Expériences de l'article
Les auteurs ont analysés 5543 variants intragénomique de ITS2 issus de 247 échantillons correspondants à 178 espèces de plantes (Angiospermes, Gymnospermes et Fougères). Ils reprennent une étude faite antérieurement en regardant l'impact de la variabilité intragénomique sur le déterminisme du critère CBC. Les analyses statistiques sont faite à l'aide du logiciel R mais ne sont pas explicitées dans l'article.
Les auteurs ont analysés 5543 variants intragénomique de ITS2 issus de 247 échantillons correspondants à 178 espèces de plantes (Angiospermes, Gymnospermes et Fougères). Ils reprennent une étude faite antérieurement en regardant l'impact de la variabilité intragénomique sur le déterminisme du critère CBC. Les analyses statistiques sont faite à l'aide du logiciel R mais ne sont pas explicitées dans l'article.
Résultats de l'article
En s'appuyant sur des résultats antérieurs (obtenus par les mêmes auteurs), cet article montre qu'il existe une forte correspondance entre les espèces décrites par le concept CBC et celles décrites par le concept d'espèces biologiques. Il rajoute aux études antérieures que cette corrélation existe malgré une grande variabilité intragénomique des ITS2, ce qui montre que ce critère est robuste. Ils concluent également en disant que ce concept ne peut être appliqué comme définition de la notion d'espèce mais qu'il peut aider à en identifier.
En s'appuyant sur des résultats antérieurs (obtenus par les mêmes auteurs), cet article montre qu'il existe une forte correspondance entre les espèces décrites par le concept CBC et celles décrites par le concept d'espèces biologiques. Il rajoute aux études antérieures que cette corrélation existe malgré une grande variabilité intragénomique des ITS2, ce qui montre que ce critère est robuste. Ils concluent également en disant que ce concept ne peut être appliqué comme définition de la notion d'espèce mais qu'il peut aider à en identifier.
Rigueur de l'article
L'article n'explicite pas assez les méthodes utilisées.
L'article n'explicite pas assez les méthodes utilisées.
Ce que cet article apporte au débat
Cet article met en avant l'existence d'une différence entre une définition d'espèce et un critère pour établir l'existence d'espèces (critère hypothétique). Il montre que les espèces recensées par le critère CBC correspondent à celles du concept biologique d'espèces ce qui en fait un bon critère. Cet article s'inscrit plutôt dans un accord avec le BSC et apporte une application du concept chez des plantes.
Cet article met en avant l'existence d'une différence entre une définition d'espèce et un critère pour établir l'existence d'espèces (critère hypothétique). Il montre que les espèces recensées par le critère CBC correspondent à celles du concept biologique d'espèces ce qui en fait un bon critère. Cet article s'inscrit plutôt dans un accord avec le BSC et apporte une application du concept chez des plantes.
Dernière modification il y a plus de 8 ans.