Although the geographical distribution patterns of microbes have been studied for years, few studies have focused on urban soils. Urbanization may have detrimental effects on the soil ecosystem through pollution discharge and changes in urban climate. It is unclear whether urbanization-related factors have any effect on soil bacterial communities. Therefore we investigated geographical patterns of soil microbial communities in parks in 16 representative Chinese cities. The microbial communities in these 95 soil samples were revealed by 454-pyrosequencing. There were 574,442 effective sequences among the total of 980,019 16S rRNA gene sequences generated, showing the diversity of the microbial communities. Proteobacteria, Actinobacteria, Acidobacteria, Planctomycetes, Chloroflexi and Bacteroidetes were found to be the six dominant phyla in all samples. Canonical correspondence analysis showed that pH, followed by annual average precipitation, annual average temperature, annual average relative humidity and city sunshine hours, Mn and Mg were the factors most highly correlated with the bacterial community variance. Urbanization did have an effect on bacterial community composition of urban park soils but it contributed less to the total variance compared with geographical locations and soil properties, which explained 6.19% and 16.78% of the variance, respectively.
Titre de l'article
Est-ce que l'urbanisation façonne la composition des communautés bactériennes dans les parcs urbains ? Etude de cas sur 16 villes chinoises basée sur une méthode de pyroséquençage.
Est-ce que l'urbanisation façonne la composition des communautés bactériennes dans les parcs urbains ? Etude de cas sur 16 villes chinoises basée sur une méthode de pyroséquençage.
Introduction à l'article
Les bactéries sont impliqués dans de nombreux cycles biogéochimique terrestres ou aquatiques et de plus en plus d'études se focalisent sur la biogéographie et la diversité des communautés microbiennes du sol. Beaucoup d'études ont tentés de comprendre comment les communautés microbiennes pouvaient-être influencées par les caractéristiques physiques, chimiques et biologique des écosystèmes. Le pH est un facteur environemental important mais les formes de carbone organiques et d'autres facteurs peuvent contribuer au changement des communautés microbiennes du sol. Parmis les activités humaines, l'effet de l'urbanisation sur les animaux,les plantes et les micro-organismes a été peu étudié. Les objectifs de cette étude sont déterminer les taxons dominants en ville, d'observer les différences d'abondance de ces taxons au travers de toute la Chine et de déterminer les facteurs environnementaux déterminants la structure des communautés microbiennes dans les parcs urbains.
Les bactéries sont impliqués dans de nombreux cycles biogéochimique terrestres ou aquatiques et de plus en plus d'études se focalisent sur la biogéographie et la diversité des communautés microbiennes du sol. Beaucoup d'études ont tentés de comprendre comment les communautés microbiennes pouvaient-être influencées par les caractéristiques physiques, chimiques et biologique des écosystèmes. Le pH est un facteur environemental important mais les formes de carbone organiques et d'autres facteurs peuvent contribuer au changement des communautés microbiennes du sol. Parmis les activités humaines, l'effet de l'urbanisation sur les animaux,les plantes et les micro-organismes a été peu étudié. Les objectifs de cette étude sont déterminer les taxons dominants en ville, d'observer les différences d'abondance de ces taxons au travers de toute la Chine et de déterminer les facteurs environnementaux déterminants la structure des communautés microbiennes dans les parcs urbains.
Expériences de l'article
Echantillons provenant de 16 villes Chinoises.
Séquençage par 454-pyroséquençage ARN16S
Analyse CCA (canonical correspondence analysis) et VPA (variance partition analyses)
Echantillons provenant de 16 villes Chinoises.
Séquençage par 454-pyroséquençage ARN16S
Analyse CCA (canonical correspondence analysis) et VPA (variance partition analyses)
Résultats de l'article
Charactéristiques géochimiques
Commposition des taxons dominants de bactéries dans les sols des parcs urbains
Corrélation entre les facteurs environnementaux et la composition des communautés bactériennes : facteurs dirigeant la variation
Charactéristiques géochimiques
Commposition des taxons dominants de bactéries dans les sols des parcs urbains
Corrélation entre les facteurs environnementaux et la composition des communautés bactériennes : facteurs dirigeant la variation
Rigueur de l'article
Pas de problèmes a part que la 454 n'est pas la technologie la plus adapatée.
Pas de problèmes a part que la 454 n'est pas la technologie la plus adapatée.
Ce que cet article apporte au débat
La preuve que l'urbanisation a une influence sur la composition des communautés bactériennes ( et plus généralement microbienne ?) et influence du pH (façonne les communautés)
La preuve que l'urbanisation a une influence sur la composition des communautés bactériennes ( et plus généralement microbienne ?) et influence du pH (façonne les communautés)
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