Determining whether speciation and extinction rates depend on the state of a particular character has been of long-standing interest to evolutionary biologists. To assess the effect of a character on diversification rates using likelihood methods requires that we be able to calculate the probability that a group of extant species would have evolved as observed, given a particular model of the character's effect. Here we describe how to calculate this probability for a phylogenetic tree and a two-state (binary) character under a simple model of evolution (the “BiSSE” model, binary-state speciation and extinction). The model involves six parameters, specifying two speciation rates (rate when the lineage is in state 0; rate when in state 1), two extinction rates (when in state 0; when in state 1), and two rates of character state change (from 0 to 1, and from 1 to 0). Using these probability calculations, we can do maximum likelihood inference to estimate the model's parameters and perform hypothesis tests (e.g., is the rate of speciation elevated for one character state over the other?). We demonstrate the application of the method using simulated data with known parameter values.
Titre de l'article
Estimer l'effet d'un caractère binaire sur la spéciation et l'extinction
Estimer l'effet d'un caractère binaire sur la spéciation et l'extinction
Introduction à l'article
L'article essaye de déterminer si le taux de spéciation et d’extinction sont reliés à un seul caractère. Ce caractère serait donc le fondement même de l'évolution d'une espèce.
Dans la controverse ci dessous, cet article pourrait montrer que la stabilité de l'évolution d'une espèce n'est pas liée au mode de reproduction. Cela serait juste un moyen de transmettre les gènes d'un individu à un autre sur plusieurs générations.
Mais dans le cas où un caractère serait déterministe pour l'évolution d'une espèce, cela pourrait être un grand pas pour donner une fermeture au débat sur le mode de reproduction et l'évolution.
L'article essaye de déterminer si le taux de spéciation et d’extinction sont reliés à un seul caractère. Ce caractère serait donc le fondement même de l'évolution d'une espèce.
Dans la controverse ci dessous, cet article pourrait montrer que la stabilité de l'évolution d'une espèce n'est pas liée au mode de reproduction. Cela serait juste un moyen de transmettre les gènes d'un individu à un autre sur plusieurs générations.
Mais dans le cas où un caractère serait déterministe pour l'évolution d'une espèce, cela pourrait être un grand pas pour donner une fermeture au débat sur le mode de reproduction et l'évolution.
Expériences de l'article
Dans cet étude, ils font des calculs de taux de spéciation et d'extinction grâce ç un arbre phylogénétique. Ils utilisent un modèle avec comme paramètres :
Dans cet étude, ils font des calculs de taux de spéciation et d'extinction grâce ç un arbre phylogénétique. Ils utilisent un modèle avec comme paramètres :
Résultats de l'article
Les estimations des taux de spéciation λ0 et λ1 sont assez bonnes, se rapprochant des valeurs correctes des paramètres. De même, les estimations du cas symétrique (λ0 = λ1 = 0,1) se distinguent facilement des estimations du cas asymétrique (λ0 = 0,1, λ1 = 0,2). Pour les taux d'extinction et les taux de changement d'état des caractères, les estimations ne correspondent pas aussi étroitement aux taux simulés.
Les estimations des taux de spéciation λ0 et λ1 sont assez bonnes, se rapprochant des valeurs correctes des paramètres. De même, les estimations du cas symétrique (λ0 = λ1 = 0,1) se distinguent facilement des estimations du cas asymétrique (λ0 = 0,1, λ1 = 0,2). Pour les taux d'extinction et les taux de changement d'état des caractères, les estimations ne correspondent pas aussi étroitement aux taux simulés.
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