There is increased need to identify sustainable agricultural methods which avoid environmental degradation. Previous studies have focused on the effect of specific agricultural interventions on large organisms, but we have fewer data evaluating how microbes, which are key components of ecosystems, might be affected. Additionally, previous studies have been constrained as they only examined one habitat in an ecosystem and have not gone on to evaluate the effect of agricultural approach on harvested crops. Here we take an ecosystems approach and evaluate the net effect of conventional versus biodynamic management on agricultural ecosystems by quantifying fungal communities in multiple habitats using metagenomics. We go on to measure biodiversity in the crop and key chemical quality parameters in the product consumed by humans. We find that the method of management significantly affects communities in soil, on plant structures, and on the developing crop in subtle but importantly different ways in terms of number, type, and abundance of species. However, management approach has no effect on communities in the final harvested juice, nor on product traits aligned with quality. This shows that while management approach impacts different habitats in the environment in different ways, this does not automatically flow onto the harvested crop.
Titre de l'article
Les communautés fongiques sont différemment affectées par les approches de gestion agricole conventionnelle et biodynamique dans les écosystèmes viticoles
Les communautés fongiques sont différemment affectées par les approches de gestion agricole conventionnelle et biodynamique dans les écosystèmes viticoles
Introduction à l'article
L’impact des produits agrochimiques sur les écosystèmes est une préoccupation de plus en plus importante ces dernières années. Les effets des méthodes agricoles et notamment des produits utilisés sur les cultures, sur les sols et sur les produits finis (ici le vin) ne sont que peu connus. Cette étude a pour but d’identifier l’impact net des méthodes de gestion agricoles conventionnelles et biodynamiques sur les communautés fongiques au sein d’écosystèmes viticoles.
L’impact des produits agrochimiques sur les écosystèmes est une préoccupation de plus en plus importante ces dernières années. Les effets des méthodes agricoles et notamment des produits utilisés sur les cultures, sur les sols et sur les produits finis (ici le vin) ne sont que peu connus. Cette étude a pour but d’identifier l’impact net des méthodes de gestion agricoles conventionnelles et biodynamiques sur les communautés fongiques au sein d’écosystèmes viticoles.
Expériences de l'article
Des échantillons de sol, d’écorce, de fruit murs et de jus ont été collectés dans 12 vignobles commerciaux de sauvignon blanc (gérés par 9 entreprises) dans la vallée de Wairau dans la région de Marlborough sur l’île du sud de la Nouvelle-Zélande. Parmi ces vignobles, 6 sont des vignobles biodynamiques (certification biologique BioGroTM) et les six autres sont gérés de manière conventionnelle. Les échantillons ont été séparés par vignoble et par type de gestion. Des analyses statistiques à partir des séquences génomiques sélectionnées ont été réalisées pour étudier les différences entre les communautés fongiques pour chaque type d’échantillons.
Des échantillons de sol, d’écorce, de fruit murs et de jus ont été collectés dans 12 vignobles commerciaux de sauvignon blanc (gérés par 9 entreprises) dans la vallée de Wairau dans la région de Marlborough sur l’île du sud de la Nouvelle-Zélande. Parmi ces vignobles, 6 sont des vignobles biodynamiques (certification biologique BioGroTM) et les six autres sont gérés de manière conventionnelle. Les échantillons ont été séparés par vignoble et par type de gestion. Des analyses statistiques à partir des séquences génomiques sélectionnées ont été réalisées pour étudier les différences entre les communautés fongiques pour chaque type d’échantillons.
Résultats de l'article
L’étude a pu mettre en évidence des différences au sein des communautés fongiques en fonction de la gestion et de manière différentielle en fonction des habitats.
La gestion influe sur le nombre absolu d’espèces présentes pour deux habitats (l'écorce et les fruits) ; on dénombre plus d’espèces présentes dans l’agriculture biodynamique. Le type d’espèces fongiques est différent dans les habitats du sol et des fruits. Des différences dans l’abondance des espèces ont pu aussi être mis en évidence pour la structure et la composition du sol et des communautés fruitières.
L’étude a pu mettre en évidence des différences au sein des communautés fongiques en fonction de la gestion et de manière différentielle en fonction des habitats.
La gestion influe sur le nombre absolu d’espèces présentes pour deux habitats (l'écorce et les fruits) ; on dénombre plus d’espèces présentes dans l’agriculture biodynamique. Le type d’espèces fongiques est différent dans les habitats du sol et des fruits. Des différences dans l’abondance des espèces ont pu aussi être mis en évidence pour la structure et la composition du sol et des communautés fruitières.
Rigueur de l'article
Les vignobles ont pu être séparés en nombre égal pour chaque pratique ce qui tend à limiter les biais de l’étude. Cependant, la comparaison porte sur deux types de méthodes utilisées, biodynamique et conventionnelle, mais aucune précision n’est apportée quant aux autres différences entre les vignobles (composition du sol...). Les différences ici mises en évidence pourraient ainsi être liées à d’autres paramètres.
Les vignobles ont pu être séparés en nombre égal pour chaque pratique ce qui tend à limiter les biais de l’étude. Cependant, la comparaison porte sur deux types de méthodes utilisées, biodynamique et conventionnelle, mais aucune précision n’est apportée quant aux autres différences entre les vignobles (composition du sol...). Les différences ici mises en évidence pourraient ainsi être liées à d’autres paramètres.
Ce que cet article apporte au débat
Cet article montre des différences significatives des communautés fongiques entre la gestion biodynamique et conventionnelle. L’agriculture biodynamique augmenterait ainsi le nombre d’espèces absolu mais aussi le type et l’abondance des espèces.
Cet article montre des différences significatives des communautés fongiques entre la gestion biodynamique et conventionnelle. L’agriculture biodynamique augmenterait ainsi le nombre d’espèces absolu mais aussi le type et l’abondance des espèces.
Dernière modification il y a plus de 5 ans.