Many species have fragmented distribution with small isolated populations suffering inbreeding depression and/or reduced ability to evolve. Without gene flow from another population within the species (genetic rescue), these populations are likely to be extirpated. However, there have been only ~ 20 published cases of such outcrossing for conservation purposes, likely a very low proportion of populations that would potentially benefit. As one impediment to genetic rescues is the lack of an overview of the magnitude and consistency of genetic rescue effects in wild species, I carried out a meta-analysis. Outcrossing of inbred populations resulted in beneficial effects in 92.9% of 156 cases screened as having a low risk of outbreeding depression. The median increase in composite fitness (combined fecundity and survival) following outcrossing was 148% in stressful environments and 45% in benign ones. Fitness benefits also increased significantly with maternal ∆F (reduction in inbreeding coefficient due to gene flow), and for naturally outbreeding versus inbreeding species. However, benefits did not differ significantly among invertebrates, vertebrates and plants. Evolutionary potential for fitness characters in inbred populations also benefited from gene flow. There are no scientific impediments to the widespread use of outcrossing to genetically rescue inbred populations of naturally outbreeding species, provided potential crosses have a low risk of outbreeding depression. I provide revised guidelines for management of genetic rescue attempts.
Titre de la méta-analyse
Sauvetage génétique de petites populations consanguines : une méta-analyse révèle les avantages importants et constants du flux de gènes
Sauvetage génétique de petites populations consanguines : une méta-analyse révèle les avantages importants et constants du flux de gènes
Introduction à la méta-analyse
De nombreuses espèces ont des populations isolées sujettes à la consanguinité, à la perte de diversité génétique et à des risques d'extinction élevés. Certaines études mettent alors en avant la possibilité de sauver génétiquement ces populations via l'hybridation. En effet, les croisements entre populations ont souvent été utilisés afin d'inverser la dépression de consanguinité chez les espèces de laboratoire et les espèces agricoles. Malgré cela, cette stratégie a été peu appliquée à des fins de conservation. Cette utilisation limitée est probablement due à des préoccupations concernant la dépression hybride, la perturbation de l'adaptation génétique locale, le risque de propagation de maladies et de parasites, le manque de lignes directrices, etc. L'objectif de cette méta-analyse est donc de déterminer les conséquences de ces croisements entre populations, les variables affectant l'ampleur des effets du sauvetage et l'efficacité des méthodes de prédiction de la dépression hybride.
De nombreuses espèces ont des populations isolées sujettes à la consanguinité, à la perte de diversité génétique et à des risques d'extinction élevés. Certaines études mettent alors en avant la possibilité de sauver génétiquement ces populations via l'hybridation. En effet, les croisements entre populations ont souvent été utilisés afin d'inverser la dépression de consanguinité chez les espèces de laboratoire et les espèces agricoles. Malgré cela, cette stratégie a été peu appliquée à des fins de conservation. Cette utilisation limitée est probablement due à des préoccupations concernant la dépression hybride, la perturbation de l'adaptation génétique locale, le risque de propagation de maladies et de parasites, le manque de lignes directrices, etc. L'objectif de cette méta-analyse est donc de déterminer les conséquences de ces croisements entre populations, les variables affectant l'ampleur des effets du sauvetage et l'efficacité des méthodes de prédiction de la dépression hybride.
Expériences de la méta-analyse
Les études ont d'abord été choisies suivant certains critères de sélection. Cette recherche documentaire a ainsi révélé 156 comparaisons de fitness entre des hybrides et des individus consanguins provenant de 77 taxons (invertébrés, vertébrés et plantes). Dans le but d'évaluer l'ampleur de l'effet du sauvetage génétique à la fois pour la fitness (survie et reproduction) et pour le potentiel évolutif, le ratio de la fitness moyenne et celui de la réponse à la sélection dans les populations hybrides/consanguines ont été étudiés. Pour la fitness, des tests non paramétriques et des corrélations de rangs ont été appliqués afin d'étudier les effets des variables prédictives et des variables continues ∆Fm (pour les mères) et ∆Fz (pour les zygotes). Ensuite, des régressions multivariées paramétriques ont été effectuées afin d'évaluer les combinaisons de variables et les meilleurs modèles ont été définis à l'aide de l'AICc. La cohérence des effets a également été évaluée à l'aide du test des signes.
Les études ont d'abord été choisies suivant certains critères de sélection. Cette recherche documentaire a ainsi révélé 156 comparaisons de fitness entre des hybrides et des individus consanguins provenant de 77 taxons (invertébrés, vertébrés et plantes). Dans le but d'évaluer l'ampleur de l'effet du sauvetage génétique à la fois pour la fitness (survie et reproduction) et pour le potentiel évolutif, le ratio de la fitness moyenne et celui de la réponse à la sélection dans les populations hybrides/consanguines ont été étudiés. Pour la fitness, des tests non paramétriques et des corrélations de rangs ont été appliqués afin d'étudier les effets des variables prédictives et des variables continues ∆Fm (pour les mères) et ∆Fz (pour les zygotes). Ensuite, des régressions multivariées paramétriques ont été effectuées afin d'évaluer les combinaisons de variables et les meilleurs modèles ont été définis à l'aide de l'AICc. La cohérence des effets a également été évaluée à l'aide du test des signes.
Résultats de la méta-analyse
Les résultats ont montré que les effets du sauvetage sur la fitness et sur le potentiel évolutif ont été très bénéfiques (145 bénéfiques, 2 neutres et 9 délétères pour la fitness ; 6 bénéfiques et 0 délétère pour le potentiel évolutif). Concernant l'ampleur de ces avantages, en moyenne, une amélioration de 57,5% de la fitness a été observée suite aux croisements. Par ailleurs, ces avantages étaient bien plus importants dans les environnements stressants que dans les systèmes bénins. Les tests des effets de variables individuelles sur la fitness ont identifié le système de reproduction, l'environnement et la source des immigrants comme comparaisons significatives. De manière surprenante, la fitness de la F1 était parfois inférieure à celle de la F2 et des générations suivantes. En fait, F1>F2 s'applique au zygote et F2>F1 à la mère. Ainsi, ∆Fm devrait être un facteur prédictif du sauvetage génétique. La sélection de modèle a également identifié l'environnement comme facteur prédictif.
Les résultats ont montré que les effets du sauvetage sur la fitness et sur le potentiel évolutif ont été très bénéfiques (145 bénéfiques, 2 neutres et 9 délétères pour la fitness ; 6 bénéfiques et 0 délétère pour le potentiel évolutif). Concernant l'ampleur de ces avantages, en moyenne, une amélioration de 57,5% de la fitness a été observée suite aux croisements. Par ailleurs, ces avantages étaient bien plus importants dans les environnements stressants que dans les systèmes bénins. Les tests des effets de variables individuelles sur la fitness ont identifié le système de reproduction, l'environnement et la source des immigrants comme comparaisons significatives. De manière surprenante, la fitness de la F1 était parfois inférieure à celle de la F2 et des générations suivantes. En fait, F1>F2 s'applique au zygote et F2>F1 à la mère. Ainsi, ∆Fm devrait être un facteur prédictif du sauvetage génétique. La sélection de modèle a également identifié l'environnement comme facteur prédictif.
Rigueur de la méta-analyse
Cette méta-analyse se base sur un important jeu de données provenant de :
Cette recherche bibliographique était donc très large, allant de Darwin (1876) à janvier 2014.
Cette méta-analyse se base sur un important jeu de données provenant de :
Cette recherche bibliographique était donc très large, allant de Darwin (1876) à janvier 2014.
Ce que cette méta-analyse apporte au débat
L'intérêt d'une méta-analyse est que cette démarche permet de surmonter la faible puissance statistique des études individuelles et permet alors d'obtenir des aperçus quantitatifs complets. Cette étude souligne que l'augmentation du flux de gènes dans les populations menacées permettrait une amélioration importante de la fitness et du potentiel évolutif, à condition que les risques de dépression de croisement soient faibles. Par ailleurs, l'auteur affirme que pour les cas de dépression hybride, la sélection naturelle devrait améliorer la fitness des générations suivantes et que, généralement, les croisements permettraient tout de même d'améliorer le potentiel évolutif. Compte tenu des résultats, l'utilisation limitée du sauvetage génétique n'est donc pas justifiée scientifiquement. L'auteur recommande alors une application plus large de cette stratégie afin de sauver génétiquement les petites populations consanguines et de réduire les risques d'extinction d'espèces.
L'intérêt d'une méta-analyse est que cette démarche permet de surmonter la faible puissance statistique des études individuelles et permet alors d'obtenir des aperçus quantitatifs complets. Cette étude souligne que l'augmentation du flux de gènes dans les populations menacées permettrait une amélioration importante de la fitness et du potentiel évolutif, à condition que les risques de dépression de croisement soient faibles. Par ailleurs, l'auteur affirme que pour les cas de dépression hybride, la sélection naturelle devrait améliorer la fitness des générations suivantes et que, généralement, les croisements permettraient tout de même d'améliorer le potentiel évolutif. Compte tenu des résultats, l'utilisation limitée du sauvetage génétique n'est donc pas justifiée scientifiquement. L'auteur recommande alors une application plus large de cette stratégie afin de sauver génétiquement les petites populations consanguines et de réduire les risques d'extinction d'espèces.
Remarques sur la méta-analyse
Notons que cette étude a été limitée à des populations présentant une consanguinité élevée et/ou une diversité génétique réduite. Par ailleurs, étant donné que des effets bénéfiques et délétères peuvent se produire simultanément, la question pratique était donc ici de savoir quels étaient les effets nets du croisement.
Autre remarque intéressante, les flux de gènes dans les populations consanguines qui ont été étudiés ici allait d'un seul immigrant à des croisements avec plusieurs autres populations isolées. Plusieurs niveaux d'immigration ont donc été examinés, allant de 0,025 à 0,94.
De plus, les effets du sauvetage génétique ont été étudiés pour diverses mesures de fitness : persistance et taux de croissance de la population, reproduction, survie, qualité du sperme, etc.
Notons que cette étude a été limitée à des populations présentant une consanguinité élevée et/ou une diversité génétique réduite. Par ailleurs, étant donné que des effets bénéfiques et délétères peuvent se produire simultanément, la question pratique était donc ici de savoir quels étaient les effets nets du croisement.
Autre remarque intéressante, les flux de gènes dans les populations consanguines qui ont été étudiés ici allait d'un seul immigrant à des croisements avec plusieurs autres populations isolées. Plusieurs niveaux d'immigration ont donc été examinés, allant de 0,025 à 0,94.
De plus, les effets du sauvetage génétique ont été étudiés pour diverses mesures de fitness : persistance et taux de croissance de la population, reproduction, survie, qualité du sperme, etc.
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