The aims of this study were (i) to determine the genetic variability of the striped field mouse (Apodemus agrarius Pallas, 1771) population in the area of the Warsaw conurbation and the genetic differentiation among local populations of this species within the city, and (ii) to examine the influence of the degree of isolation on the appearance of such genetic structure. Comparison of the genetic structure of the urban population with that of populations inhabiting rural areas was intended to shed light on the depth of genetic changes in this species caused by life in an urban environment. Eight microsatellite loci were used for genotyping and these molecular analyses were successfully performed for 269 individuals. Genetic differentiation (FST) was much higher in the case of the urban population. STRUCTURE analysis indicated that this population was subdivided into several local populations, whereas for the rural locations, the highest likelihood was for a single genetic group (one genetically unstructured population). Moreover, in contrast to the rural population, we found no isolation by distance in the urban population. Despite clear subdivision of the urban population, the level of genetic variability was very similar in both analyzed groups. Our findings indicate the occurrence of an advanced process of differentiation of the urban population by microevolution, whereas populations from rural locations displayed very small and mainly insignificant genetic differentiation. Urban local populations, situated near the city borders or close to the natural ecological corridor (banks of the Vistula River), showed higher genetic variability and were less differentiated from populations inhabiting rural sites than from local populations in the city centre. These results provide support for the importance of ecological corridors in preserving the genetic variability of the urban striped field mouse population.
Titre de l'article
Structure génétique des populations urbaines et rurales d'Apodemus agrarius en Pologne
Structure génétique des populations urbaines et rurales d'Apodemus agrarius en Pologne
Introduction à l'article
Les effets de la fragmentation de l'habitat sur les populations peut influencer la dynamique écologique, incluant la différenciation génétique. Les espèces subissent des changements adaptatifs menant à la formation de nouveaux comportements ou à une différenciation génétique due à la dérive génétique par une isolation ou à la sélection par un milieu avec des conditions divergentes.
Les effets de la fragmentation de l'habitat sur les populations peut influencer la dynamique écologique, incluant la différenciation génétique. Les espèces subissent des changements adaptatifs menant à la formation de nouveaux comportements ou à une différenciation génétique due à la dérive génétique par une isolation ou à la sélection par un milieu avec des conditions divergentes.
Expériences de l'article
La ville de Warsaw en Pologne est prise pour déterminer les zones urbaines tandis que les alentours du Lac Mazurian sont pour les zones rurales. 5 aires sont choisies dans la ville avec différents degrés de pression humaine : U1-U3 des parcs dont U3 est le plus près du centre ville, U2 au bord de la ville proche d'aires cultivées; U4 et U5 dans des complexes de lotissements.
6 aires sont choisies autour du lac, R1-R4 dans un bois d'aulnes, R5 et R6 dans des fourrés de saules. Dans la zone urbaine, le paysage permet le mouvement libre des campagnols entre les aires.
A chaque endroit, on les capture dans des pièges avec deux pièges par sites sur 25 sites. La date de capture et le lieu de la capture sont notés et les individus capturés pour la première fois sont marqués avec un numéro individuel. Un fragment de peau est prélevé pour les études de génétique à chaque première capture.
Sur 269 individus et avec 8 locus microsatellites, des études de génétique des populations sont réalisées.
La ville de Warsaw en Pologne est prise pour déterminer les zones urbaines tandis que les alentours du Lac Mazurian sont pour les zones rurales. 5 aires sont choisies dans la ville avec différents degrés de pression humaine : U1-U3 des parcs dont U3 est le plus près du centre ville, U2 au bord de la ville proche d'aires cultivées; U4 et U5 dans des complexes de lotissements.
6 aires sont choisies autour du lac, R1-R4 dans un bois d'aulnes, R5 et R6 dans des fourrés de saules. Dans la zone urbaine, le paysage permet le mouvement libre des campagnols entre les aires.
A chaque endroit, on les capture dans des pièges avec deux pièges par sites sur 25 sites. La date de capture et le lieu de la capture sont notés et les individus capturés pour la première fois sont marqués avec un numéro individuel. Un fragment de peau est prélevé pour les études de génétique à chaque première capture.
Sur 269 individus et avec 8 locus microsatellites, des études de génétique des populations sont réalisées.
Résultats de l'article
Dans la population urbaine,
Les aires les plus différenciées génétiquement sont les U3 et U5, proches dans le centre ville mais séparées par des immeubles et des routes très fréquentées.
Le deltaK (de Evanno) montre un clustering de la population urbaine en 3 clusters alors que la population rurale n'en forme qu'un.
U5 est l'aire la plus différenciée, U4 est partagée en 2 clusters (clust 2 et 3) et U2 est majoritairement dans le cluster "rural".
Dans la population urbaine,
Les aires les plus différenciées génétiquement sont les U3 et U5, proches dans le centre ville mais séparées par des immeubles et des routes très fréquentées.
Le deltaK (de Evanno) montre un clustering de la population urbaine en 3 clusters alors que la population rurale n'en forme qu'un.
U5 est l'aire la plus différenciée, U4 est partagée en 2 clusters (clust 2 et 3) et U2 est majoritairement dans le cluster "rural".
Ce que cet article apporte au débat
A l'intérieur de la ville, le milieu est fortement fragmenté. La population urbaine est fragmentée en populations isolées par le manque d'échange de gènes. L'exploitation de la ville induit chez certaines espèces une différenciation des populations par rapport à la population dans le milieu rural par dérive génétique.
A l'intérieur de la ville, le milieu est fortement fragmenté. La population urbaine est fragmentée en populations isolées par le manque d'échange de gènes. L'exploitation de la ville induit chez certaines espèces une différenciation des populations par rapport à la population dans le milieu rural par dérive génétique.
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