In the past, biologists believed that species were stable and permanent entities and they viewed them as natural kinds which, like the chemical elements, exist in nature independently of any human conceptualization. After Darwin, biologists came to accept that species were the products of evolution and natural selection and were not immutable natural kinds.
Different definitions of the species category are discussed, in particular the concept of cluster class as a family resemblance concept. In order to resolve what has become known as the species problem, it is necessary to distinguish between species as concrete entities and species as abstract entities. A species can be an abstract concept but the concept also refers to specific objects in space and time, namely the organisms studied by biologists.
The nature of viruses is discussed and the difference between a virus and a virus particle is emphasized. The category ‘‘virus species’’ is defined as a cluster class and the task of defining a virus species is distinguished from the task of identifying the members of a species using diagnostic criteria. Such an identification is feasible only when the species taxon has been established beforehand on the basis of several genotypic and phenotypic characters.
It is argued that viruses are genetic parasites rather than living organisms and that they have no place in the tree of life. This interpretation is based on ananalysis of the properties of living agents and living organisms.
Titre de la review
"Casse-têtes logiques et controverses scientifiques: la nature des espèces, les virus et les organismes vivants"
"Casse-têtes logiques et controverses scientifiques: la nature des espèces, les virus et les organismes vivants"
Résumé de la review
Avant Darwin, les biologistes pensaient que les espèces étaient des entités stables et permanentes, et qui plus est indépendante de la conceptualisation humaine. Après Darwin, les biologistes ont compris que les espèces étaient le produit de processus évolutifs (dérive et sélection naturelle). Cependant, la définition d'une espèce n'est pas clair et peut faire appel à différents concepts.
L’une des définitions les plus couramment utilisées pour qualifier de qu'est une espèce biologique est la suivante : "les espèces sont des groupes de populations naturelles issues de croisement des individus qui sont isolées de manière reproductrice de d'autres groupes de ce type". Cette définition sous-entend que les individus d'une espèce donnée échangent des gènes par croisement mais ne le font pas avec des membres d'autres espèces. Mais cette dernière pose problème, car le critère de l'isolement de la reproduction n'est pas toujours vérifié. En effet, l'hybridation interspécifique est assez courante. Mais la limite majeur de cette définition est le critère de la reproduction sexuelle, car de nombreux organismes ne se reproduisent pas par ce moyen. Ainsi, plusieurs concepts d'espèces ont été développés en microbiologie, et notamment la taxonomie dite polyphasique (combinaison de caractères covariants indépendants). Cependant, ces concepts d'espèces sont artificiels, et ne correspondent pas objectivement à ce qui se retrouve dans la Nature. Cela tend à dire qu'il n'existe pas de définition générale valable pour toutes les entités biologiques. Ainsi l'approche pluraliste des espèces semble être justifiée. De plus, les choses (ici les espèces) doivent être distinguées de leur représentation conceptuelle, par conséquent les membres d'une espèce ne peuvent pas être définis mais plutôt identifiés.
De nos jours les virus sont considérés comme des parasites génétiques qui dépend de leurs hôtes pour leur réplication et leur reproduction. Mais ces derniers sont néanmoins considérés comme des entités biologiques car ils possèdent un génome et une capacité d'adaptation, mais pas comme des organismes vivants, car ils n'ont pas certaines propriétés capitales. Cependant, malgré ces considérations la description d'un virus ne peut se baser uniquement sur ses constituants physico-chimiques et doit inclure ses interactions biotiques et ses activités fonctionnelles. De plus, la distinction souvent faite entre virus et virion est analogiquement égale à celle des différentes phases de vie d'un insecte par exemple. De plus, les propriétés pour différencier les espèces de virus doivent être plus de l'ordre de l'écologie et de la biologie que de l'ordre purement chimique. Ainsi, il existe un tas de raisons pour justifier le fait que les espèces de virus doivent être définies de manière polyphylétique, et l'absence de discontinuités nettes entre les individus d'une espèce ne doit pas être un frein pour abandonner le concept d'espèce en virologie. Ce concept peut se faire grâce à de nouvelles approches rendues possible avec le développement de nouvelles techniques moléculaires. Par conséquent, tous ces constats nous amènent à nous demander si les virus ont leur place dans l'arbre de la vie et si oui laquelle ? Certaines découvertes récentes penchent pour une nouvelle branche dans l'arbre de la vie, tandis que d'autres proposent l'idée que les virus jouent un rôle déterminant dans l'apparition de l'ADN et donc des lignées cellulaires, mais cela reste théorique bien que une accumulation d'observations tendent à montrer l'importance des virus dans l'évolution du vivant.
Pour résumé, la vie n'est pas une entité matérielle, ainsi le concept de vie correspond ni plus ni moins qu'à une conceptualisation. Il est donc plus intéressant d'étudier les caractéristiques qui offrent la propriétés d'être en vie. Malgré cela les virus manquent de propriétés essentielles à la vie (par exemple l'autonomie fonctionnelle), et ne peuvent donc pas être considérés comme des organismes vivants.
Avant Darwin, les biologistes pensaient que les espèces étaient des entités stables et permanentes, et qui plus est indépendante de la conceptualisation humaine. Après Darwin, les biologistes ont compris que les espèces étaient le produit de processus évolutifs (dérive et sélection naturelle). Cependant, la définition d'une espèce n'est pas clair et peut faire appel à différents concepts.
L’une des définitions les plus couramment utilisées pour qualifier de qu'est une espèce biologique est la suivante : "les espèces sont des groupes de populations naturelles issues de croisement des individus qui sont isolées de manière reproductrice de d'autres groupes de ce type". Cette définition sous-entend que les individus d'une espèce donnée échangent des gènes par croisement mais ne le font pas avec des membres d'autres espèces. Mais cette dernière pose problème, car le critère de l'isolement de la reproduction n'est pas toujours vérifié. En effet, l'hybridation interspécifique est assez courante. Mais la limite majeur de cette définition est le critère de la reproduction sexuelle, car de nombreux organismes ne se reproduisent pas par ce moyen. Ainsi, plusieurs concepts d'espèces ont été développés en microbiologie, et notamment la taxonomie dite polyphasique (combinaison de caractères covariants indépendants). Cependant, ces concepts d'espèces sont artificiels, et ne correspondent pas objectivement à ce qui se retrouve dans la Nature. Cela tend à dire qu'il n'existe pas de définition générale valable pour toutes les entités biologiques. Ainsi l'approche pluraliste des espèces semble être justifiée. De plus, les choses (ici les espèces) doivent être distinguées de leur représentation conceptuelle, par conséquent les membres d'une espèce ne peuvent pas être définis mais plutôt identifiés.
De nos jours les virus sont considérés comme des parasites génétiques qui dépend de leurs hôtes pour leur réplication et leur reproduction. Mais ces derniers sont néanmoins considérés comme des entités biologiques car ils possèdent un génome et une capacité d'adaptation, mais pas comme des organismes vivants, car ils n'ont pas certaines propriétés capitales. Cependant, malgré ces considérations la description d'un virus ne peut se baser uniquement sur ses constituants physico-chimiques et doit inclure ses interactions biotiques et ses activités fonctionnelles. De plus, la distinction souvent faite entre virus et virion est analogiquement égale à celle des différentes phases de vie d'un insecte par exemple. De plus, les propriétés pour différencier les espèces de virus doivent être plus de l'ordre de l'écologie et de la biologie que de l'ordre purement chimique. Ainsi, il existe un tas de raisons pour justifier le fait que les espèces de virus doivent être définies de manière polyphylétique, et l'absence de discontinuités nettes entre les individus d'une espèce ne doit pas être un frein pour abandonner le concept d'espèce en virologie. Ce concept peut se faire grâce à de nouvelles approches rendues possible avec le développement de nouvelles techniques moléculaires. Par conséquent, tous ces constats nous amènent à nous demander si les virus ont leur place dans l'arbre de la vie et si oui laquelle ? Certaines découvertes récentes penchent pour une nouvelle branche dans l'arbre de la vie, tandis que d'autres proposent l'idée que les virus jouent un rôle déterminant dans l'apparition de l'ADN et donc des lignées cellulaires, mais cela reste théorique bien que une accumulation d'observations tendent à montrer l'importance des virus dans l'évolution du vivant.
Pour résumé, la vie n'est pas une entité matérielle, ainsi le concept de vie correspond ni plus ni moins qu'à une conceptualisation. Il est donc plus intéressant d'étudier les caractéristiques qui offrent la propriétés d'être en vie. Malgré cela les virus manquent de propriétés essentielles à la vie (par exemple l'autonomie fonctionnelle), et ne peuvent donc pas être considérés comme des organismes vivants.
Rigueur de la review
Cette review fait beaucoup appel à la philosophie pour expliquer les différents concepts d'espèces et les représentations anthropiques de la Nature vis-à-vis de ce qu'elle est réellement. De plus, elle est courte et dense et n'explicite pas vraiment le cas des virus.
Cette review fait beaucoup appel à la philosophie pour expliquer les différents concepts d'espèces et les représentations anthropiques de la Nature vis-à-vis de ce qu'elle est réellement. De plus, elle est courte et dense et n'explicite pas vraiment le cas des virus.
Ce que cette review apporte au débat
Cette review permet d'avoir un regard différent sur ce qu'est la vie et répond directement à la question : "les virus sont-ils vivants ?". Elle énonce des propriétés générales sur ce qui confèrent la vie aux entités biologiques, et énoncent le fait que les virus n'en font pas parties. De plus, elle présente la distinction entre virion et virus comme étant obsolète par le biais d'analogies et rejoint l'idée présentée dans l'article de Dupré et Guttinger (2016). Une autre idée qui rejoint un autre article, celui de Morgan (2016), est l'idée de pluralisme des espèces.
Cette review permet d'avoir un regard différent sur ce qu'est la vie et répond directement à la question : "les virus sont-ils vivants ?". Elle énonce des propriétés générales sur ce qui confèrent la vie aux entités biologiques, et énoncent le fait que les virus n'en font pas parties. De plus, elle présente la distinction entre virion et virus comme étant obsolète par le biais d'analogies et rejoint l'idée présentée dans l'article de Dupré et Guttinger (2016). Une autre idée qui rejoint un autre article, celui de Morgan (2016), est l'idée de pluralisme des espèces.
Remarques sur la review
La revue :
Systematic and Applied Microbiology est une revue qui traite de divers aspects de la diversité microbienne et de la systématique des procaryotes, en se concentrant ainsi sur les bactéries et les archées. De plus, la revue perçoit une large compréhension de la diversité microbienne et encourage la soumission de manuscrits des domaines suivants : la systématique, la microbiologie appliquée, la biochimie et la génomique comparées et en écologie.
La revue :
Systematic and Applied Microbiology est une revue qui traite de divers aspects de la diversité microbienne et de la systématique des procaryotes, en se concentrant ainsi sur les bactéries et les archées. De plus, la revue perçoit une large compréhension de la diversité microbienne et encourage la soumission de manuscrits des domaines suivants : la systématique, la microbiologie appliquée, la biochimie et la génomique comparées et en écologie.
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