Les virus peuvent-ils être considérés comme vivant ?

Le monde du vivant est souvent vu comme étant composé d'entités stables ayant des propriétés intrinsèques. Or, l'omniprésence des symbioses remet en question ce point de vue. Le vivant peut être alors vu comme un assemblage de différentes lignées génétiques interconnectées et qui collaborent. De manière plus radicale, les systèmes biologiques peuvent être considérés comme des processus, ce qui donnerait sens à certains phénomènes biologiques. En effet, les entités biologiques stables se sont révélés être des systèmes stabilisés uniquement par les interactions entre différents processus. Un organismes serait alors de manière large, un ensemble stable de flux de processus biologiques interconnectés.
Or, le groupe des virus a été exclu de ces discussions sur les entités biologiques. C'est pourquoi, à l'aide de cette définition cette revue veut montrer que les virus peuvent être considérés comme des processus et donc s'intègrent dans le vivant, si on considère ce dernier comme un flux de gènes interconnectés.
Les microbes (bactéries et virus) ont longtemps été perçus comme nuisibles, et ce n'est que récemment que l'on a découvert que certains d'autres eux étaient essentiels à la pérennité de certains multicellulaires. Cela a d'ailleurs mené à considérer les multicellulaires comme des holobiontes (organisme en symbiose avec d'autres organismes). En effet, ils sont utiles à notre immunité par exemple, ou bien à notre digestion. Il existe des preuves que la communauté de virus résidente fournit des services aux systèmes biologiques. Bien que les virus utilisent certaines cellules pour se reproduire et se multiplier, et engendre leur mort, cette destruction pourrait être pour le bien d'un plus vaste système dont fait partie intégrante le virus résidant. Soit les virus pourraient avoir des effets bénéfiques et stabilisants pour leur hôte.
De plus, l'ADN n'est pas emprisonné dans le noyau des cellules eucaryotes, et différents flux de gènes existent. Il y a le vertical et l'horizontal, qui est très utilisé chez les virus. Ces flux de gènes peuvent, par extension, suggérer que certaines communautés de bactéries fonctionnent sur les mêmes bases que les multicellulaires sans pour autant avoir des cellules différenciées. Ainsi par extension également, le virome peut être vu comme fonctionnant comme un vaste entrepôt de ressources génétiques. Une autre hypothèse très théorique serait que le microbiome symbiotique, qui possède la capacité de recruter des ressources génétiques dans l'environnement biotique, serait plus efficace que l'évolution pour répondre aux aléas abiotiques. Cela amène à penser que les virus sont vitaux pour leur hôte et font parties des systèmes biotiques. De plus, parler de bons ou mauvais virus n'est pas possible, et il faut plutôt aborder cela avec le concept d'association stable ou non dans le temps.
Les virus sont extrêmement diversifiés en terme de structure et de complexité, et définir des caractéristiques communes et constantes n'est pas évident. C'est pourquoi les virus devraient plus être perçus comme des processus plutôt que des choses, afin de se concentrer sur leur cycle de vie. Cela nous permettrait aussi de mieux comprendre et cerner ces derniers.

Le concept présenté dans cette review est donc de considérer les systèmes biologiques comme étant stables par le biais de collaborations et de processus biologiques. Ainsi, les activités de ces systèmes sont en fait le produit d'une combinaison de différents processus. Dans ce cadre les virus peuvent alors être inclus dans le vivant. L'idée que les systèmes biologiques soient des processus offre également une temporalité dans l'observation des différentes étapes qui le stabilisent, cela donne une idée évolutive des systèmes.
En résumé, l'idée de voir la vie comme des processus et des collaborations permettrait une meilleure compréhension des phénomènes naturels, mais cette dernière doit être encore développée et approfondie.

Cette review fait des analogies afin de mieux amener le concept et sa compréhension, mais ces dernières permettent également d'étayer le débat avec des exemples pertinents (par exemple l'analogie de l'apoptose). Un lien est fait avec un autre article de notre sélection celui de Padreu (2016). Cependant, les arguments sont beaucoup portés sur les résultats de recherches menées sur le corps humain, soit une review relativement anthropocentrée. De plus, il y a une référence à l'arbre de la vie et son concept vis-à-vis des transferts de gènes horizontaux. Des analogies à la guerre sont également faites, ce qui est assez particulier, bien que cela soit réalisé pour une meilleure compréhension.

Avant toute chose, il faut noter qu'il y a une partie consacrée et nommée "Viruses are alive ?", ce qui est clairement le sujet de la controverse. Cette review permet d'adopter un nouveau point de vue sur ce qu'est un organisme, soit sur ce qui est vivant. Elle énonce l'idée qu'il ne faut pas voir les organismes comme des substances stables, mais plutôt comme un ensemble de processus et de collaborations d'entités biologiques qui se stabilisent. Dans ce contexte les virus peuvent être considérés comme vivant, puissent qu'ils interviennent dans de nombreux processus. Il est également discuté du fait de la nature mauvaise ou bonne des virus, qui est balayé par l'idée de processus. Il ne faut donc pas se fixer sur les caractéristiques des virus mais sur l'ensemble de leur cycle de vie.

Les auteurs prennent souvent pour exemple le corps humain, peut-être pour être plus convaincants. Ils citent également relativement régulièrement Padreu et sa review, ce qui peut signifier qu'ils ont tous trois des points de vue assez convergents.

_John A. Dupré_est un philosophe des sciences qui est notamment reconnu pour son travail sur le darwinisme. Il est un important critique des programmes de recherches en biologie et en évolution, et prône un modèle pluraliste de la science, par opposition à la science réductionniste.

Les premières tentatives de construction d'un système de classification pour les virus s'axaient principalement sur des caractères communs issus des propriétés structurelles du virion (particule infectieuse d'un virus formée d'un acide nucléique et de protéines). Puis, l'ICTV (Comité International de la Taxonomie des Virus) a redéfini ce qu'était une espèce de virus pour essayer d'y intégrer un aspect plus évolutif. Cependant, la définition actuelle définit une espèce virale de manière monophylétique, bien que l'existence du transfert génétique horizontal (HGT) mette à mal cette définition. Ainsi l'auteur penche en faveur d'un** pluralisme** pour représenter au mieux le mode d'évolution chez les virus et le fait que certains virus puissent appartenir à plusieurs espèces ou groupes.
Une bonne classification de la taxonomie virale n'est pas aisée, car la diversité est importante, et un bon système de classification doit être stable. Or les virus évoluent de manière rapide. De plus, il n'est pas aisé non plus de définir la nature des espèces virales, et si on ajoute à cela l'hypothèse que le pluralisme des espèces est vrai, alors cela signifie que d'autres domaines de la vie nécessiteront une redéfinition des espèces. Une définition qui permettrait d'universaliser ce qu'est une espèce serait le concept d’espèce biologique d’Ernst Mayr, qui définit cela comme une population d’individus pouvant se reproduire sexuellement. Mais malheureusement ce concept ne fonctionne pas pour les virus étant donné que ces derniers n'ont pas de reproduction sexuée. Ainsi, les virus pourraient être exclus de cette classification de la biologie, mais ils possèdent néanmoins des gènes qui leur confèrent la capacité à s'adapter à leur environnement et à évoluer, et ils sont capables d'interagir avec leurs hôtes et de co-évoluer. C'est pourquoi les définitions actuelles posent un certains nombres de problèmes qui pourraient être résolus en acceptant le fait que des groupes viraux ne forment pas des espèces à part entière, soit accepter un concept différent.
Un autre problème que l'on rencontre lorsqu'on veut classer les virus est que certains sont isolés, et il n'est pas facile de définir ce qu'est une lignée virale ou bien ce qu'est une niche écologique pour un virus.
Les propriétés polythétiques ont plutôt l'air adapté pour les virus, car elles permettent de traduire des modifications évolutives sans que la finalité soit une spéciation. En effet, la monophylie pose un certains nombres de difficultés lorsqu'on regarde comment se déroule l'évolution des virus qui se réalise via des échanges génétiques horizontaux (HGT) entre virus et avec leurs hôtes. Cependant, ce taux de transfert n'est pas identique pour tous les groupes de virus. Ainsi, des métriques pour mesurer le taux de HGT parmi les virus pourrait s'avérer être utile pour comprendre ce qui différencie les groupes viraux. De plus, pour conduire à une spéciation, il faut génome que ces transferts inclus tous les gènes nécessaires au cycle de vie d'un virus. Mais dans ce cas comment savoir ce qui constitue un changement significatif chez les virus ? Une méthode serait de distinguer les gènes essentiels nécessaires à l’appartenance à une espèce donnée et les gènes auxiliaires moins importants. Mais cette méthode soulève un autre problème, à savoir qu'il n'y a pas de gènes communs à tous les virus. Mais, un virus peut être considéré comme un hybride du fait de ce fort échange de gènes.

Pour résumé un système non-hiérarchique issu du pluralisme radical pourrait permettre aux virus dont l'évolution dépend du HGT d'appartenir à plusieurs catégories et ce concept pourrait s'étendre à d'autres domaines cellulaires.

De manière générale la méthode est correcte, car l'auteur expose plusieurs hypothèses et expose ensuite leurs avantages et inconvénients. De plus, l'auteur donne de nombreuses références avec des points divergents ce qui traduit certainement une intention de neutralité et de faire avancer le débat. La manière dont est structuré le texte est également un bon point avec une partie historique pour replacer le contexte puis le fait de reprendre la première partie en fin pour ne pas perdre le lecteur.
Le fait qu'il y ait des illustrations des concepts énoncés aide relativement pour essayer de comprendre cette nouveauté qui peut être conceptuellement complexe de prime à bord.

Cette review ne permet pas de répondre directement à la question : "les virus sont-ils vivants ?", mais permet de conceptualiser une classification de ces entités biologiques, comme ce qui est fait pour le reste des domaines du vivant. Cependant, l'auteur souligne bien le fait que les virus n'ont pas le même mode d'évolution que les animaux par exemple, et qu'ainsi la monophylie appliquée pour classer le vivant n'est pas possible dans le cadre des virus. Mais il ajoute également que le cadre du pluralisme radical permettrait de mieux appréhender la biodiversité observée. Cette review met aussi en évidence la difficulté de définir une espèce et particulièrement pour les virus, qui peuvent être perçus comme des hybrides et non des choses unitaires. Ainsi, avec un autre concept de classification les virus pourraient pourquoi pas être inclus dans le vivant.

L'auteur :
Gregory J. Morgan a réalisé des études dans divers domaines de compétences comme en philosophie, en biologie moléculaire ou bien encore en économie, pour n'en citer qu'une partie. Je trouve ça intéressant, car cela peut peut-être signifier sont ouverture d'esprit sur cette controverse et un point de vue pluridisciplinaire, bien que cette review soit sur de la biologie virale. Il mène également des recherches sur l'éthique, ce qui peut conforter une position de neutralité et de prise de recul, bien que cela soit hypothétique.
La revue :
Studies in History and Philosophy of Biological and Biomedical Sciences est une revue consacrée aux aspects historiques, sociologiques, philosophiques et éthiques des sciences de la vie et de l'environnement, des sciences de l'esprit et du comportement ainsi que des sciences et technologies médicales et biomédicales.

La plupart des points de vue reflète des caractéristiques distinctes et importante des virus : Ils associent des fonctions inanimées (manque d’autonomie, existence d’un état inerte) et animées (reproduction et évolution).
La question « les virus sont-ils vivant ? » dépend donc de la définition de la vie ou de « l’état d’être en vie ».
Or il n’existe pas de définitions généralement acceptées de la vie, car la frontière entre entité vivante et non-vivante n’existe pas. En revanche, le statut des virus parmi les entités biologiques est facilement défini dans le paradigme du réplicateur.

La vie semble centrée autour des acides nucléiques (ADN et ARN). Ils sont particulièrement bien adaptés à la réplication notamment de part leur structure. Des unités de réplications distinctes, partiellement autonomes, appelés réplicateurs par Dawkins qui propose le concept qui est utilisé pour modéliser l’évolution à différents niveaux. Le concept de génome est semblable au concept de réplicateur dans une certaine mesure car le génome est la totalité des séquences d’acides nucléiques associés de façon stable à un réplicateur.

L’autonomie de réplication est le caractère clé qui fait de chaque réplicateur une unité d’évolution distincte. Même si cette autonomie est partielle et qu’aucun réplicateur ne peut survivre de manière isolée.
La seule caractéristique universelle partagés par tous les réplicateurs est la présence d’un signal permettant l’autonomie de la réplication.
Tous les réplicateurs biologiques forment un continuum le long de l'axe égoïsme-coopérativité, des formes complètement égoïstes à totalement coopératives. Dans cette plage, les virus lytiques représentent l'extrême égoïste, tandis que les virus tempérés et divers éléments mobiles occupent des positions plus proches du milieu de la plage. Les réplicateurs égoïstes appartiennent non seulement au domaine biologique, mais sont intrinsèques à tout système de réplicateurs en évolution.

Aucune des réponses à la question « les virus sont-ils vivants » ne semble donner de développement constructif. En effet tout dépend de la définition arbitraire de la vie. Tous les organismes en évolution sont des communautés de réplicateurs en interaction, de classes différentes, des plus égoïstes aux plus coopératifs. Bien qu'une théorie formelle de la coévolution des réplicateurs reste à développer, une hypothèse intéressante est que non seulement la séparation entre les réplicateurs égoïstes et les réplicateurs coopératifs, mais la formation de toute la gamme des stratégies de réplication est intrinsèque à l'évolution biologique. On pourrait argumenter de manière plausible que la vie ne peut être réduite à des réplicateurs, et inversement, que les réplicateurs ne se limitent pas au domaine de la biologie. Les réplicateurs ne sont pas des entités biologiques en soi, mais clairement générés par des systèmes biologiques. Les réplicateurs non biologiques sont clairement des éléments de type virus dotés de divers degrés d’égoïsme réplicateurs exploitant des véhicules fournis par d'autres formes plus coopérative de réplicateurs biologiques. Les réplicateurs possèdent la propriété intrinsèque d'évolvabilité, et il pourrait être tentant de prétendre que l'évolvabilité plutôt que la réplication est la caractéristique essentielle des systèmes biologiques.

Pour conclure, le paradigme du réplicateur est véritablement au cœur de la biologie, à la fois comme cadre conceptuel et comme programme de recherche. Entre autres problèmes majeurs, il règle le statut des virus dans le monde biologique.

E. Koonin est un biologiste et chercheur spécialisé dans la biologie évolutive et son approche par des méthodes analytiques et de modélisations mathématiques. De plus il a réalisé sa thèse en 1983, sur l'organisation des complexes de réplication des Virus, ainsi le sujet de cet article semble avoir été bien approfondis par les recherches de cet auteur. Ce sont ses recherches sur l'origine des eucaryotes qui le pousse à l'étude des virus.

Cet article permet, dans un premier temps de poser le contexte de la controverse. Pourquoi la question du statut des virus au sein de la vie est-elle autant débattue ? De plus à défaut d'apporter une réponse tranchée, son argumentaire se conclut de façon ouverte et permet au lecteur sa propre conclusion sur la question. Le rôle de l'interaction des virus avec l'écosystème environnant semble être la trame principale qui permet d'apporter de réponses a la controverse. L'évolution semble être un aspect important pour aborder la question des virus, ce qui, de prime abord pourrait ne pas avoir en rapport.

La construction de cette review est-elle que l'on suit un fil de pensé logique qui enchaîne des idées du début à la fin. Cette façon de présenter un sujet montre un raisonnement structuré qui montre que l'auteur identifie correctement le problème dont il est question et qu'il va tenter de répondre à la question à travers un bref historique et présentation du contexte que pose ce problème. Puis il tentera d'apporter des arguments et preuves aux travers d'exemples et de mécanismes connus. Il insistera surtout sur l'aspect évolutif du sujet et sur les interactions entre les organismes du monde vivant. Le point de vue donné est objectif et les arguments avancés par l'auteur tiennent globalement la route.

Des découvertes majeures ont profondément modifié notre perception des virus. Ils ont souvent été considérés comme non vivants, car ils sont souvent assimilés, avec confusion, à leurs virions, alors que le terme virus devrait intégrer tout le cycle de reproduction virale. Ainsi, pour éviter une ambiguïté entre les deux, les virus devraient être définis comme des "organismes produisant des virions". Il est d'ailleurs important de se concentrer sur la partie intracellulaire de ce cycle, la virocellule. Ce concept permettrait de manière théorique de définir un virus comme faisant partie du vivant. Cependant, définir le vivant n'est pas non plus une chose aisée, ainsi pourquoi ne pas considérer que toutes les entités biologiques participant activement aux processus de la vie font partie du vivant.

Plusieurs arguments penchent en faveur du fait que les virus sont des entités vivantes. Tout d'abord les virus utilisent les mêmes macromolécules que les organismes cellulaires pour la reproduction et l'expression de l'information génétique. Ensuite les virus se trouvent être plus abondants que les cellules, tout comme les gènes viraux. De plus, les virus, via des transferts de gènes horizontaux (HGT), participent à l'évolution cellulaire. Ainsi, face à ces arguments et les nouvelles découvertes qui remettent en question certains paradigmes, de nouveaux concepts doivent être étudiés.
À l’origine, le paradigme virus / virion n’était pas contradictoire avec l'idée que les virus sont vivants, ce n'est qu'une fois la découverte que les virus n'étaient pas des cellules que ces derniers ont été considérés comme non vivants. De plus, l'évolution rapide des gènes viraux a entraîné une divergence telle qu'ils ne peuvent plus être homologues à leurs possibles ancêtres cellulaires. Mais cela montre que l'émergence de nouveaux gènes viraux constitue un réservoir énorme en terme de diversité génétique. Cependant, bien que les virus soient intéressants pour l'étude de processus évolutifs, ils ne sont pas encore reconnus comme acteurs majeurs de l'histoire de la vie, bien qu'ils permettent l'introduction de nouveaux gènes dans le génome cellulaire, et que les infections forcent l'invention de nouveaux mécanismes de défense. Ainsi, assez récemment de plus en plus de biologistes leurs reconnaissent un rôle majeur en tant qu'acteurs de l'évolution.
La théorie dominante sur l'origine virale est que les virus proviennent de gènes qui se sont échappés des chromosomes cellulaires. Certains suggèrent qu'ils n'existent pas de lignées virales ancestrales, et que les caractères homologues résultent d'une évolution convergente. Mais des preuves permettent d'infirmer cette théorie, et démontre à quel point certains paradigmes sont difficiles à faire changer. Plusieurs scénarios sont d'ailleurs vivement débattus par la communauté scientifique, et les nouvelles découvertes relancent de plus bel ce débat qui dure déjà depuis des décennies.

Ici, l'auteur propose un concept celui de virocellule, qui repose sur l'expression des gènes lors de l'infection d'une cellule aboutissant à l'autonomie du virus grâce à la machinerie cellulaire. Ce concept complète la définition d'un virus comme étant un "organisme produisant des virions", car un organisme est constitué de cellule (Lwoff, 1966). La virocellule permet de réfuter l'argument selon lequel les virus manquent d'activités métaboliques inhérentes, et dans ce cadre là les virus peuvent être considérés comme des entités vivantes, car ils possèderaient des activités génétiques et métaboliques. Cependant, le terme virocellule n'est pas l'équivalent du terme cellule infectée. Il faut également faire la distinction entre ribocellule et virocellule, selon l'auteur, car il semble difficile de concevoir le fait que les virus évoluent par les cellules. Et enfin, il est donc impossible de définir une frontière entre entités biologiques vivantes et non vivantes sur la base de caractéristiques quantitatives ou qualitatives.

Cette review met en avant la conceptualisation anthropique des choses et également comment le savoir se construit et combien il peut être difficile de briser des paradigmes malgré des découvertes majeures qui poussent à des redéfintions. Plusieurs points de vue sont montrés, ainsi que plusieurs théories ou hypothèses, mais l'auteur exprime clairement son point de vue. Beaucoup de concepts, de théories et d'hypothèses sont mis en avant dans cette review et montre qu'elle est assez riche.

Cette review permet de replacer les virus dans un contexte actuel avec des découvertes récentes qui poussent à redéfinir les anciens paradigmes. Selon le concept de virocellule, les virus seraient inclus dans le domaine du vivant. Les nouvelles découvertes peuvent pousser à changer de paradigme sur ces entités biologiques dont le rôle dans l'évolution cellulaire est de plus en plus reconnu.

Le tableau récapitulatif en fin de review est vraiment simple à comprendre et résume parfaitement, c'est vraiment un bon outil mis en place par l'auteur pour que des non-spécialistes puissent suivre. Le fait de faire de nombreuses sous-parties est également un bon point pour la compréhension. La boîte à définition est également un super outil.
Cependant, bien que l'auteur se soit entouré de plusieurs de ses confrères pour écrire son papier (noté au niveau des remerciements), ce dernier se cite à de nombreuses reprises (environ 16 références). Cela peut signifier qu'il est fortement impliqué dans le débat, ce qui peut être d'ailleurs conforter par le fait qu'il a reçu des commentaires négatifs sur ses travaux (comme énoncé dans le corps texte). Cela montre que le débat est très fort, et que deux partis existent bien qu'il y ait des subtilités dans les différents points de vue. L'auteur ne cache pas non plus son opinion, ce qui est peut-être un signe de transparence.

Des rôles importants dans les scénarios d'origine de la vie ont été et sont toujours attribués à des virus. Pourtant, la stricte dépendance des virus vis-à-vis des cellules pour leur multiplication est largement reconnue. Il est étonnant de constater que plusieurs biologistes ont conféré et confèrent toujours aux virus un rôle important dans l'origine de la vie. Comment les virus pourraient-ils jouer un rôle dans l'émergence de la vie cellulaire si l'existence de cellules est une condition préalable à l'existence de virus? Plusieurs théories de l’origine de la vie existent avec notamment deux théories distinctes explicitées dans cette review avec une «approche nucléocentrique», par opposition à une «approche cytoplasmique». L'approche nucléocentrique a défini la vie sur la base des activités biologiques se déroulant à l'intérieur du noyau des cellules, à savoir la duplication automatique. L'approche cytoplasmique, d'autre part, s'est concentrée sur le cytoplasme en tant que modèle permettant de définir la vie et de comprendre son origine. Ainsi, les virus ne peuvent pas jouer un rôle important que dans les scénarios nucléocentriques car ils ne peuvent se répliquer de façon autonome.

3 rôles principaux des virus dans les premiers scénarios d’origine de la vie sont mis en évidence :
1- Le virus pourrait être une «métaphore» de la vie elle-même. C’est-à-dire qu’un virus pourrait être conceptualisé comme une image de la vie primitive.
2- En tant que «modèle opérationnel», le virus offre, par analogie, une représentation conceptuelle des mécanismes possibles par lesquels les formes de vie primitives auraient pu vivre.
3- En tant que lignée phylogénétique, les virus pourraient être considérés comme des «descendants relativement non modifiés du précurseur primordial de toutes les formes de vie ultérieures».
Il est important de noter que si les virus étaient décrits comme étant acellulaires, l’ancêtre primordial pourrait également être conçu comme étant également acellulaire. Les recherches sur l'origine de la vie n'essayeraient plus d'expliquer comment la vie cellulaire a émergé, mais plutôt comment les formes de vie acellulaires ont émergé.

Il est mentionné que les virus pourraient jouer un rôle important dans les scénarios d’origine de la vie, car les concepts de vie et de virus sont souvent révisés de manière critique. Une première stratégie importante pour introduire des virus dans les scénarios consiste à définir la vie comme étant acellulaire. La conception micellaire de la vie de D’Hérelle, la conception des «molécules moléculaires» vivantes d’Alexander et Bridges, ou les réseaux de réplicateurs génétiques de Koonin dans les compartiments organiques illustrent ce point. Pour D’Hérelle et Koonin en particulier, les virus pourraient avoir un rôle métaphorique, opérationnel et phylogénétique car la vie primitive était acellulaire. La conception «micellaire» de la vie qu'ils proposent est très proche de la conception cellulaire et rendue possible par les incertitudes liées à la nature des virus. La définition de virus de Koonin, au contraire, insiste sur la réplication.
Une stratégie très différente d’introduction de virus dans les scénarios repose sur la redéfinition de la vie cellulaire et non de la vie. Pour Forterre, la vie est cellulaire et doit être apparue avec les premières cellules. Pourtant, la vie cellulaire ne signifie pas que les seules cellules possibles sont des cellules à ADN. En supposant que les cellules à ARN soient possibles, les virus peuvent jouer un rôle phylogénétique et opérationnel dans l'évolution de la vie cellulaire précoce, par exemple, dans la transition des cellules à ARN aux cellules à ADN.

Cette review est une sorte de compilation bibliographique et historique critique sur les différentes implications des virus dans les différents scénarios de l'origine de la vie. Les auteurs compilent donc les différents scénarios proposés depuis le début du XXème siècle, avec leur support bibliographique en apportant un œil critique et plus moderne sur les arguments apportés. L'auteur essaie d'apporter un point de vue objectif et neutre en analysant chaque hypothèse d'origine de la vie.

Cette review va alors brièvement décrire les différents rôles que les virus ont joué dans les premiers scénarios de l’origine de la vie et les raisons pour lesquelles ils ont progressivement été négligés , puis les rôles que jouent les virus dans les scénarios de l’origine de la vie actuels seront abordés ainsi que les désaccords concernant les rôles des virus dans les scénarios contemporains sachant que ces scénarios proviennent essentiellement de concepts différents de la vie et du virus.
Cette conception n'a pas besoin de modifier la définition des virus en tant que parasites obligatoires intracellulaires. Changer la conception de la vie cellulaire suffit. Elle montre qu'il n'est pas nécessaire d'adopter une perspective nucléocentrique pour conférer aux virus un rôle important dans l'origine de la vie, ce qui remet en question la pertinence de la dichotomie entre les perspectives de réplication et de métabolisme.

La notion de vie chez les virus est souvent décrite par l'utilisation de métaphores anthropomorphiques amenant la majorité des virologues à affirmer que les virus étaient bel et bien vivants. Le concept de virocellules introduit par P. Foreterre et repris dans la review indique pourtant que l'on a bien affaire des organismes viraux vivants. La review dénonce ainsi les nombreuses métaphores à vision anthropocentrique comme notamment le fait que le VIH a été capable de développer de nouvelles stratégies en vue d'échapper au système immunitaire de l'hôte, alors qu'en réalité ce virus subit les nombreuses mutations stochastiques depuis un certain nombre d'années le conduisant à muter constamment, rendant son éradication impossible par les défenses immunitaires de l'hôte. Ceci est le procédé de métaphore d'intentionnalité décrié par Regenmortel tout au long de l'article.

La structuration de la review a été bien pensée et construite. L'auteur démarre par un rapide historique sur les virus et leur découverte (première découverte avec le virus de la Mosaïque du Tabac dans les années 1930) puis enchaîne sur la nature et l'origine des virus difficile à déceler, en affirmant que les virus sont des entités biologiques dépourvus d'autonomie fonctionnelle, induisant une évolution passive. Regenmortel embraie en listant les caractéristiques biologiques d'un être vivant : structure et composition (présence d'acide nucléique et de protéines) , présence de membrane séparant le milieu intérieur et extérieur, propriétes fonctionnelles comme la reproduction, la croissance, la réparation, présence d'activité métabolique...
Puis dans une seconde partie, il évoque la métaphore de la vie chez les cellules virales et leur non inclusion dans l'arbre de la vie.

Cette review a purement un caractère philosophique portée sur les métaphores. A travers la review, Regenmortel semble avoir un avis tranché sur la question en relatant que les virus ne sont pas des organismes vivants malgré les nombreuses métaphores donnant un caractère humain aux virus alors que comme est mentionné dans la revue, les virus ne pensent pas, ne détruisent pas... comme pourraient le faire les humains. Il dénonce injustement les nombreuses allusions données à ces "organismes". L' exemple du VIH affirmant qu'il essaie de développer sans cesse de nouvelles stratégies pour fuir les défenses immunitaires de l'hôte illustre ce fait. C' est pour lui une métaphore d'intentionnalité dans lequel on essaie d'attribuer des objectifs et des intentions au virus.

Marc Van Regenmortel a obtenu son doctorat en virologie et a pu développer de grandes connaissances à travers ses différents travaux portant sur les contours de la virologie. Son nom souvent cité dans plusieurs review en fait l'un des acteurs clés impliqués dans le débat.

Si les virus sont souvent considérés et dépeints par leur aspect nocif et négatif, bon nombre de virus mutualistes (c'est à dire augmentant la fitness de l'hôte) subsistent et sont souvent sous estimés par l'être humain, comme par exemple avoir un effet bénéfique sur le développement de l'hôte. Pradeu énumère ainsi quelques raisons qui pourrait nous pousser à changer notre conception sur les virus. Cette découverte de nombreux virus mutualistes pourrait déboucher sur plusieurs conséquences conceptuelles dont 4 sont abordées ici : une recherche sur de nouveaux virus, la participation de la plupart des virus concernant les défenses immunitaires de l'hôte, la virothérapie et le développement de nouvelles approches thérapeutiques et le rôle joué par le critère de l'autonomie dans notre compréhension de ce que sont les êtres vivants.

La review "déplore" notre vision négative sur les virus et explore quatre concepts sur le fait qu'ils demeurent importants pour la santé de leur hôte. Thomas Pradeu aborde ainsi des notions très intéressantes sur les virus et peu documentées dans la littérature. Il ouvre ainsi à travers cette review le champ de nouvelles recherches concernant ces organismes et l'exploration de la biodiversité virale qui permettra d'éclairer sur la prévalence des virus mutualistes. Cependant concernant la controverse, seulement la quatrième et dernière notion concernant l'hétéronomie des virus permet de situer cette review dans le débat.

Un des critères fondamentaux au niveau de la controverse est le fait que les virus sont hétéronomes et ont besoin de s'établir dans un hôte pour effectuer leurs fonctions biologiques. Ici, Pradeu propose une réévaluation de ce critère. En effet les recherches récentes sur le mutualisme a montré que pratiquement tous les êtres vivants étaient dépendants sur d'autres êtres vivants pour leur survie et leur reproduction. Des organismes aussi divers que les animaux marins, plantes, insectes ou encore les mammifères abritent d'énormes quantités de microbes jouant un rôle dans la digestion, le développement ou les défenses immunitaires. De plus les mutualismes obligatoires sont très fréquents dans la nature. Ainsi cette hétéronomie est retrouvée dans l'ensemble du monde biologique et constitue l'une des caractéristiques les plus communes sur Terre mais constitue l'un des principaux arguments pour exclure les virus du monde vivant.

Une des rares review où l'auteur donne un avis tranché sur le débat et penche sur le fait que les virus devraient être considérés tels des êtres vivants.

A travers cette étude, les auteurs mettent en lumière les grandes questions qui subsistent autour des virus : définition des virus, identité, la classification, êtres vivants ou non, sont-ils des organismes ?

La review s'appuie sur un lourd travail bibliographique et donne des éléments clés et les positions de la communauté des virologues impliquée dans le débat en prenant compte des arguments de chacun. Elle tend à soulever les questions essentielles par rapport la définition de la vie.

En soit, les deux auteurs n'amènent pas de découvertes qui pourrait aiguiller le débat. Ils ont en revanche compilé l'information en retraçant l'avis des virologues principaux. Cette review fait clairement l'objet d'une méta-analyse de ce qui a été publié en amont sur la controverse. Elle fait notamment la différence entre organismes et êtres vivants, ce dernier étant un concept plus large. En prenant en compte la dépendance vis à vis d'un hôte et l'absence de métabolisme, certains virologues considèrent que les virus ne sont pas des organismes, mais pour autant ils demeurent des entités biologiques, d'où le paradoxe.

Les 3 auteurs...

L'écologie est généralement décrite comme l'étude des organismes interagissant les uns avec les autres et de leurs environnements. De ce point de vue écologique, les virus qui ne sont généralement pas considérés comme des organismes ne feraient tout simplement pas partie de l’environnement.
Les virus ne sont peut-être pas considérés comme des organismes, mais ils sont reconnus comme des acteurs biologiquement importants. Les raisons pour ne pas croire au statut de virus en tant qu'organismes sont simples. Même si les virus sont reconnus comme des entités en évolution, ils ne se métabolisent pas seuls et ne possèdent pas non plus de capacité d'auto-reproduction. L’objectif de cette review est de montrer comment les virus, en tant qu’acteurs écologiques, contournent les débats sur le fait de savoir s’ils peuvent être considérés comme des organismes ou s’ils sont vivants au sens où de simples organismes sont vivants. L’analyse suggère qu’une vision différente de la vie, celle qui distingue la «vie» en général des êtres vivants isolés, peut se faire par le biais d’une étude de l’écologie du virus.

Les virus ont été identifiés comme des régulateurs de la biogéochimie planétaire, dans lesquels ils contrôlent des cycles tels que les cycles du carbone, de l'azote et du phosphore dont dépend toute vie. Un rôle écologique supplémentaire mais légèrement moindre proposé pour les virus est celui d'agents de transfert horizontal de gènes entre microorganismes. Ces deux activités ont permis de structurer non seulement la taille mais aussi les éléments constitutifs des communautés microbiennes.
Les avantages de ces transferts de gènes reviennent au virus. Cependant, d’un point de vue écologique plus large, les choses ne sont pas aussi simples et précises. En d'autres termes, "bien que les virus puissent avoir des effets délétères sur les hôtes qu'ils infectent et se lient, ils peuvent néanmoins avoir un effet stimulant à l'échelle de la population et de l'écosystème".

Les virus contiennent également du carbone, de l'azote et du phosphore sous forme de virion ou de particules (un génome inclus dans un étui protéique), et l'apport via ces particules peut affecter le cycle du phosphore et éventuellement le cycle de l'azote. Les virus augmentent la productivité primaire en mettant davantage de nutriments inorganiques à la disposition des autotrophes, et renforcent la productivité secondaire en augmentant le recyclage des matières organiques.

Bien qu'ils soient non organiques, non métaboliques et probablement non coopératifs, les virus expliquent les flux d'énergie, la structure de la communauté et la dynamique des populations à l'échelle microbienne et au-delà. Etant donné que le niveau d'analyse microbien explique en grande partie la biogéochimie et l'interaction des écosystèmes, une perspective virocentrique devient un moyen très utile de visualiser le monde écologique et évolutif.
Cela suggère que les virus devraient être conceptualisés en tant qu’acteurs écologiques au moins comparables et éventuellement égaux aux acteurs de l’organisme. On peut donc distinguer l’agence écologique des interprétations classiques de l’agence biologique.

Cependant la notion de virus écologique mérite une réflexion philosophique supplémentaire

La façon dont est rédigée l'article permet dans un premier temps de voir un bref historique de l'étude des virus et des grandes thématiques abordées à leur sujet. Puis chaque aspect du raisonnement est expliqué au travers d'exemples variés en variant les points de vues pour essayer de faire avancé le questionnement. Une bref conclusion qui résume les différents aspects sur l'écologie des virus permet au lecteur de ne pas perdre le fil et de bien mettre au clair le rôle des virus en tant qu'acteurs écologique de l'écosystème.

Cette review aborde une autre dimension du concept d'organisme vivant, avec notamment un mélange d'aspects et de concepts philosophiques soutenus par des exemples et des études sur des virus et d'autres micro-organismes tels que les microbes. Elle permet d'associer un statut écologique au virus et de le considéré non pas pour son aspect biologique et fonctionnel mais plutôt pour l'impact qu'il a sur les écosystèmes et ses relations avec les autres organismes. Cette review permet de montrer que selon la façon dont sont étudiés les virus, on peut les considérer pour leur impact sur la dynamique des populations et sur les flux d'énergies et de matières essentiels à toutes vies.

M. O'Malley travaille depuis le début de sa carrière sur des questions philosophiques, historiques et sociologiques en microbiologie, avec un intérêt particulier pour la métagénomique et la biologie des systèmes microbiens. Avec la totalité des articles qu'elle a publié tout au long de sa carrière, elle a notamment abordé trois grandes thématiques dont l'étude des microbiotes et des microbiomes, elle a établies de nombreux modèles microbiens et elle a étudié le métabolisme et la macroévolution des micro-organismes. Ainsi sa grande expertise dans le milieu nous permet d'avoir à la fois l'aspect philosophique et scientifique de la question des virus.

La définition des virus a beaucoup évolué au fil des découvertes. En 1950, ils étaient définis comme des choses invisibles, qui n'étaient pas cultivables sans la présence de cellules vivantes et qui n'étaient pas retenus pas le filtre de Chamberland. Il a été aussi découvert à cette époque que les virus se multiplier dans la cellule qu'ils avaient infecté. C'est pour ces raisons que les virus ont été considérés hors du monde vivant, et à l'heure actuelle ce point de vue est partagé par de nombreux scientifiques. La première définition formelle d'un virus a été donné par André Lwoff selon quatre critères, puis un cinquième a été ajouté à la suite de la découverte des ribosomes. Parmi ces critères deux font des virus des parasites absolus de leur hôte. La découverte de Mimivirus a mis à mal les anciennes définitions des virus, car ce dernier contient un génome d'ADN exceptionnellement important et un nombre de gènes conséquents et non attendus.
Les virus possèdent une diversité très large et ce pour plusieurs critères, ce qui pose un certain nombre de problèmes pour les définir. Par exemple, la variabilité de la taille du génome et du contenu des gènes parmi les virus laisse déjà penser que la distinction entre virus et cellule sur la base d'une caractéristique dérivée du génome pourrait s'avérer peu fiable. Une confusion courante, tant dans le domaine public que dans le domaine scientifique, est celle faite entre le virion et le virus, notamment dans le cadre du débat sur la position des virus dans le monde du vivant. Les virus étant des parasites intracellulaires absolus de leur hôte cellulaire, leur génome n’est en principe nécessaire que pour coder les protéines structurales du virion, ainsi que quelques fonctions de régulation nécessaires pour "détourner" la machinerie cellulaire. Le reste des nombreuses fonctions intracellulaires nécessaires à la multiplication des particules virales peut être fourni par l'hôte et codé par son génome. Ainsi, quand on parle de virus, on les réduit souvent à leur virion. Mais cela ne devrait pas être le cas pour deux raisons, la première étant que le génome de certains virus est bien plus complexe que prévu, et la deuxième étant que les propriétés que possèdent les virus géants remettent en suspens la question de leur place dans l'arbre de la vie.
De plus, faire la distinction entre virion (phase inerte) et virus (phase active), revient à faire la distinction entre la graine et la plante adulte. Faire cette distinction revient à dire que les virus font partie intégrante du vivant. Le paradigme actuel de ce qu'est la vie est défini en cinq sous-systèmes fonctionnant ensemble. Or les virus ne possèdent pas tous ces sous-systèmes. Ainsi, un gradient de parasitisme absolu peut être établi selon les virus et leurs caractéristiques. A l'instar de microorganismes cellulaires présentant différents niveaux d'autonomie vis-à-vis de leur environnement, les virus à ADN présentent une gradation de leur autonomie vis-à-vis de la cellule hôte. Et les dernières découvertes suggèrent une notion de continuité entre les formes de "vie" allant des autotrophes cellulaires aux virus les plus simples.
De plus, le concept de la perte irréversible de gènes au cours du temps est une caractéristique communes à toutes les formes de vie parasitaires. Ce phénomène est peu documenté dans le contexte évolutif des virus géants à ADN, alors qu'il pourrait expliquer la large diversité des tailles de génomes. Cette succession de perte chez les virus a pu commencer par la perte des ribosomes conduisant indéniablement à la dépendance avec l'hôte. Cependant, pour que ce scénario soit plausible il sous-tend une hypothèse forte sur l'origine de la vie. La discrimination des virus hors du vivant devient donc de plus en plus complexe avec les découvertes sur des bactéries très hôte-dépendante. Une définition qui pourraient être commune à toutes les entités biologiques y compris les virus serait liée à la façon dont elles propagent leur génome.

Les auteurs font le parallèle entre la construction d'un savoir, plus particulièrement d'une discipline et les barrières épistémologiques qui se construisent avec ce savoir. Ce parallèle est assez intéressant pour comprendre les différentes visions qu'il y a pu y avoir au cours de l'histoire et aussi comprendre le schéma de pensée actuel. De plus, le fait de reprendre dans la dernière partie les critère de Lwoff et de les contester avec des exemples permet de résumer le tout avec plus de facilité.

Cette review permet de faire avancer le débat sur la position inerte ou non des virus en balayant les barrières épistémologiques au regard des nouvelles découvertes, que ces dernières concernent les virus géants ou bien des bactéries fortement dépendantes de leur hôte. La définition énoncée à la fin de cette review permettrait en effet d'inclure les virus dans le monde du vivant. En résumé, cette review essaie de casser nos barrières conceptuelles (comme énoncer dans le titre) solidement établies.

Les deux auteurs se passionnent pour les virus géants depuis la découverte du premier en 2003, à laquelle ils sont participés avec une autre équipe de microbiologistes dont faisait partie Didier Raoult, autre scientifique impliqué dans le débat. Ces deux auteurs sont également mariés en dehors du domaine scientifique.

Au cours de la première moitié du XXe siècle, de nombreux scientifiques ont considéré les virus comme les entités vivantes les plus petites et des formes de vie primitives situées quelque part entre le monde inerte et les cellules très évoluées. Le développement de la biologie moléculaire au cours de la seconde moitié du siècle a montré que les virus sont de véritables parasites moléculaires des cellules, mettant ainsi fin aux précédents débats virocentriques qui conféraient aux virus un rôle primordial dans l’origine de la vie. Les récents progrès de la génomique comparative et de la métagénomique ont mis au jour une vaste diversité virale et montré que les virus sont des régulateurs actifs des populations cellulaires et qu’ils peuvent influer sur l’évolution des cellules en jouant le rôle de vecteurs de transfert de gènes entre cellules. Ces idées sont hétérogènes et vont, des propositions qui considèrent les virus fonctionnellement comme des êtres vivants et / ou des descendants de lignées virales ayant précédé l’évolution des cellules à d’autres revendications qui considèrent les virus et / ou certaines familles de virus comme le quatrième domaine de la vie. Dans cet article, ces idées virocentriques sont réactualisées et analysées vis-à-vis de la place des virus dans la biologie à la lumière du débat dichotomique existant de longue date entre les vues des métabolistes et des généticiens, selon lequel l'auto-entretien (métabolisme) ou l'auto-réplication et caractéristiques primitives de la vie. La question de savoir si les virus sont vivants ou non est réactualisé au vue des connaissances de l'époque et si certains réplicateurs de type viral précèdent les premières cellules comme sujet de débat qui peut être compris dans le cadre métabolisme versus gènes; L'affirmation selon laquelle les virus constituent un quatrième domaine dans l'arbre de la vie peut être fermement réfutée par des analyses phylogénétiques moléculaires appropriées et doit être retirée de ce débat.

Réduites à l'essentiel, la plupart des définitions de la Vie peuvent être alignées sur deux conceptions opposées de l'origine de la vie : métaboliste (cytoplasmiste) et généticien (nucléocentrique).
D’un point de vue métaboliste pour lequel l’auto-entretien est la propriété primordiale de la vie, les virus ne sont pas vivants. Les affirmations selon lesquelles les virus sont en vie et antérieurs à l'évolution cellulaire ne peuvent être comprises que dans le cadre d'une conception strictement génétique de la vie, fondée exclusivement sur la propriété de l'évolution et utilisant la définition du terme «virus» comme une métaphore relâchée des entités qui se reproduisent elles-mêmes - ce que les virus, à proprement parler, ne réalisent pas. En revanche, les virus prétendent constituer un groupe d’organismes au même niveau que les cellules.

Cette review donne un aperçu global et relativement bien illustré de toutes les connaissances concernant les virus. On retrouve les différents points de vue sur la question de la plupart des auteurs des articles de la controverse. De plus l'auteur essaie de clarifier les propos et de synthétiser la connaissance actuelle aux grandes questions très débattues à propos des virus.

On a les réponse tranchées à la question: les virus sont-ils vivant ? a travers deux visions de la vie. De plus chaque réponse négative à cette question a été adaptée au virus pour essayer de le considérer comme vivant et ce, malgré les différents débats que cela implique.

Avant Darwin, les biologistes pensaient que les espèces étaient des entités stables et permanentes, et qui plus est indépendante de la conceptualisation humaine. Après Darwin, les biologistes ont compris que les espèces étaient le produit de processus évolutifs (dérive et sélection naturelle). Cependant, la définition d'une espèce n'est pas clair et peut faire appel à différents concepts.
L’une des définitions les plus couramment utilisées pour qualifier de qu'est une espèce biologique est la suivante : "les espèces sont des groupes de populations naturelles issues de croisement des individus qui sont isolées de manière reproductrice de d'autres groupes de ce type". Cette définition sous-entend que les individus d'une espèce donnée échangent des gènes par croisement mais ne le font pas avec des membres d'autres espèces. Mais cette dernière pose problème, car le critère de l'isolement de la reproduction n'est pas toujours vérifié. En effet, l'hybridation interspécifique est assez courante. Mais la limite majeur de cette définition est le critère de la reproduction sexuelle, car de nombreux organismes ne se reproduisent pas par ce moyen. Ainsi, plusieurs concepts d'espèces ont été développés en microbiologie, et notamment la taxonomie dite polyphasique (combinaison de caractères covariants indépendants). Cependant, ces concepts d'espèces sont artificiels, et ne correspondent pas objectivement à ce qui se retrouve dans la Nature. Cela tend à dire qu'il n'existe pas de définition générale valable pour toutes les entités biologiques. Ainsi l'approche pluraliste des espèces semble être justifiée. De plus, les choses (ici les espèces) doivent être distinguées de leur représentation conceptuelle, par conséquent les membres d'une espèce ne peuvent pas être définis mais plutôt identifiés.

De nos jours les virus sont considérés comme des parasites génétiques qui dépend de leurs hôtes pour leur réplication et leur reproduction. Mais ces derniers sont néanmoins considérés comme des entités biologiques car ils possèdent un génome et une capacité d'adaptation, mais pas comme des organismes vivants, car ils n'ont pas certaines propriétés capitales. Cependant, malgré ces considérations la description d'un virus ne peut se baser uniquement sur ses constituants physico-chimiques et doit inclure ses interactions biotiques et ses activités fonctionnelles. De plus, la distinction souvent faite entre virus et virion est analogiquement égale à celle des différentes phases de vie d'un insecte par exemple. De plus, les propriétés pour différencier les espèces de virus doivent être plus de l'ordre de l'écologie et de la biologie que de l'ordre purement chimique. Ainsi, il existe un tas de raisons pour justifier le fait que les espèces de virus doivent être définies de manière polyphylétique, et l'absence de discontinuités nettes entre les individus d'une espèce ne doit pas être un frein pour abandonner le concept d'espèce en virologie. Ce concept peut se faire grâce à de nouvelles approches rendues possible avec le développement de nouvelles techniques moléculaires. Par conséquent, tous ces constats nous amènent à nous demander si les virus ont leur place dans l'arbre de la vie et si oui laquelle ? Certaines découvertes récentes penchent pour une nouvelle branche dans l'arbre de la vie, tandis que d'autres proposent l'idée que les virus jouent un rôle déterminant dans l'apparition de l'ADN et donc des lignées cellulaires, mais cela reste théorique bien que une accumulation d'observations tendent à montrer l'importance des virus dans l'évolution du vivant.

Pour résumé, la vie n'est pas une entité matérielle, ainsi le concept de vie correspond ni plus ni moins qu'à une conceptualisation. Il est donc plus intéressant d'étudier les caractéristiques qui offrent la propriétés d'être en vie. Malgré cela les virus manquent de propriétés essentielles à la vie (par exemple l'autonomie fonctionnelle), et ne peuvent donc pas être considérés comme des organismes vivants.

Cette review fait beaucoup appel à la philosophie pour expliquer les différents concepts d'espèces et les représentations anthropiques de la Nature vis-à-vis de ce qu'elle est réellement. De plus, elle est courte et dense et n'explicite pas vraiment le cas des virus.

Cette review permet d'avoir un regard différent sur ce qu'est la vie et répond directement à la question : "les virus sont-ils vivants ?". Elle énonce des propriétés générales sur ce qui confèrent la vie aux entités biologiques, et énoncent le fait que les virus n'en font pas parties. De plus, elle présente la distinction entre virion et virus comme étant obsolète par le biais d'analogies et rejoint l'idée présentée dans l'article de Dupré et Guttinger (2016). Une autre idée qui rejoint un autre article, celui de Morgan (2016), est l'idée de pluralisme des espèces.

La revue :
Systematic and Applied Microbiology est une revue qui traite de divers aspects de la diversité microbienne et de la systématique des procaryotes, en se concentrant ainsi sur les bactéries et les archées. De plus, la revue perçoit une large compréhension de la diversité microbienne et encourage la soumission de manuscrits des domaines suivants : la systématique, la microbiologie appliquée, la biochimie et la génomique comparées et en écologie.

Contrairement aux anciennes définitions de la vie limitées aux formes de vie cellulaires c'est-à-dire des formes de vie liées à une membrane qui séparent l'espace cytoplasmique des environnements extérieurs. Formes qui se nourrissent, se développent, métabolisent et se répliquent.
Tous ces concepts partagent l'opinion selon laquelle la vie est née de l'interaction de composants chimiques non vivants. Il faut considérer que les virus ont joué et jouent toujours un rôle évolutif crucial et sont des agents essentiels de l'arbre de la vie. Car toutes les fonctions au sein des cellules vivantes telles que la réplication, la transcription et la réparation, ainsi que leur ordre de régulation précis sont maintenant connues pour être également d'origine virale.
Les virus ont un rôle en tant que symbiotes génétiques, avec leur rôle d’agents dans les transferts horizontaux de gènes qui composent le génomes de très nombreux organismes procaryotes.
Dans un habitat intensément viral, la survie de l'hôte dépend entièrement d'un système dynamique d'évolution virus à virus qui favorise le transfert horizontal de l'ADN. De tels transferts d’informations dérivées du virus sont clairement visibles dans les génomes de tous les organismes vivants.

Cet article possède un point de vue qui n'est pas du tout centré sur le statut du virus mais plutôt son rôle dans l'origine de la vie. Ainsi cet article met en avant toutes les caractéristiques (fonctionnelles, génétiques, monde à ARN et ADN...) des virus qui permettent de contredire des arguments précédemment publiés de Moreira et Lopez-Garcia qui permettent d'exclure les virus de l'arbre du vivant.

Cette review permet de considérer que si les virus sont des acteurs essentiels à l'origine de la vie et de l'arbre du vivant, c'est qu'ils appartiennent à celui-ci. Ainsi selon cet auteur les virus sont considérés comme des organismes ou des entités vivantes. Cette review intéressante impose une réponse au débat sur le statut des virus comme vivant, cependant aucun argument n'est mis en avant pour cette affirmation. Toute l'analyse de cet article traite de leurs rôle au sein de l'arbre des vivants.

La review explique les principales raisons selon lesquelles il convient d'abandonner que les virus puissent être considérés comme des êtres vivants. La découverte de virus géants et complexes en terme de génome est venu chambouler cependant cette idée. A travers ce document, l'auteur expose en 10 points contenant des preuves solides contre cette notion de "vivant" associée aux virus.

Après un bref historique sur les premiers virus et la genèse du débat autour de la notion du vivant, les co-auteurs débutent en revenant sur la définition biologique "d'êtres vivants". Ils imposent une première figure intéressante exposant l'évolution de la définition où les plus récentes indiquent que les êtres vivants doivent être autonomes. Puis ils embraient sur l'origine des virus en abordant des données génétiques et biochimiques associées aux virus en soutenant qu'il n'existe pas de lignées virales ancestrales. En somme la paire d'auteurs parvient à exposer des arguments contre en arborant les différents contours du débat. (origine des gènes viraux, définition du vivant, leur rôle dans l'évolution, les caractéristiques structurelles, biochimiques et génétiques...)

Cette review a un poids important dans le débat en raison des nombreux points abordés : tout d'abord Moreira et Garcia-Lopez affirme une origine polyphylétique les concernant. Bien que les virus partagent quelques gènes avec le monde vivant, ils n'ont pas réellement de caractéristiques homologues avec les 3 règnes du vivant. En effet les différentes familles virales présentent des gènes très différents entre eux supposant que les virus auraient ainsi plusieurs origines différentes. La review indique également qu'il n'existe pas de lignées virales ancestrales. D'autre part, le fait qu'ils aient infecté des hôtes phylogénétiquement éloignés au cours du temps ne signifie pas forcément une origine ancestrale car ils ont toujours été capables de se déplacer d'hôte en hôte. L'absence de continuité structurelle comme les membranes est également un élément plaidant contre la notion d'être vivant. Malgré leur simplicité structurelle cela ne fait pas d'eux pour autant des êtres primitifs.

Notons que la review est catégorique et propose un véritable avis tranché sur le débat contrairement à la plupart. Les auteurs citent Raoult et Forterre en proposant une division des organismes codant la capside d'un côté (les virus) et les organismes codant le ribosomes (les cellules) qui seraient totalement opposés.
En fin de revue, ils réfutent la célèbre métaphore disant que le virion pourrait être assimilé au virion et l'usine virale à l'être humain.

Bien que les virus demeurent les unités les plus abondantes et définis souvent comme pouvant être nuisibles, leur statut d'appartenance au vivant reste loin d'être évident pour la communauté scientifique. Dans cette review, Raoult et Forterre proposent de diviser les entités biologiques en deux groupes bien distincts : les organismes codant pour les ribosomes (REO) et les organismes codant pour les capsides (CEO). Sur la base de ce nouveau système de classification, ils suggèrent de redéfinir les virus.

Dans cette review, les auteurs affirment qu'il n'existe pas de définition claire du virus et que la classification des êtres vivants demeure en perpétuelle évolution. Si actuellement l'arbre de la vie inclut 3 grands règnes que sont les Eucaryotes, les Bactéries et les Archées, la présente review propose une nouvelle dichotomie au sein des entités biologiques : ceux codant pour les capsides et ceux codant pour les ribosomes. Ils reviennent sur la définition d'un organisme et de ce qu'est un être vivant. Les multiples définitions "de la vie" trouvées dans les littérature excluent et incluent à la fois les virus du monde du vivant.

La review amène une nouvelle définition de ce que sont les virus : organisme codant pour une capside composé de protéines et d’acides nucléiques, s’assemblant dans une nucléocapside et utilisant un organisme codant pour un ribosome, afin de mener à bien son cycle de vie. Avec cette définition, la review explique que nous vivons dans un monde dominé par deux grandes catégories d'êtres vivants : les REO et les CEO laissant à penser que les virus seraient vivants d'après les auteurs.

Raoult et Forterre sont deux auteurs régulièrement cités par leurs pairs autour de ce débat, témoignant de leur implication dans la controverse.

Cette review introduit le sujet en tentant d'éclaircir la dichotomie entre ce qui est vivant de ce qui ne l'est pas. Il rappelle un des dogmes de la biologie en stipulant les principales critères caractérisant un être vivant (production d'énergie, reproduction, échange avec le milieu extérieur)

Pas d'expériences

Pas de résultats

Le document contient très peu de sources bibliographiques (3) mais il tend tout de même à poser les bonnes questions, à savoir définir la notion de vivant qui reste floue mais qui est en évolution permanente au cours du temps en fonction des connaissances. Il met notamment en lumière les découvertes sur quelques virus qui ont émergé récemment.

Cette review pointe du doigt 2 virus (Mimivirus et Acidianus Two-tailed virus (ATV)) qui semblent être des contre exemples au fait que les virus appartiennent au "monde inerte". Mimivirus découvert en 2003, a une taille plus imposante que certaines bactérie, une taille de génome de 1.2 million de bases comptant près de 1200 gènes tandis qu' ATV était capable de changer de forme en dehors de son hôte au sein d'une cellule. Ces caractéristiques associées à ces 2 virus bien différentes de la plupart des virus connus ont conduit plusieurs biologistes à proposer une quatrième branche au sein de l'arbre du vivant (eucaryotes, procaryotes et archéobactéries).

L'auteur Ali Saïb, à travers sa revue, ne se positionne pas par rapport au fait que les virus soient des organismes vivants ou non. Il donne simplement des éléments qui enrichissent la controverse en affirmant que la "frontière entre la matière inerte et vivante est instable".

La division du monde vivant défini à l'heure actuelle se fait en trois domaines cellulaires, comprenant les archées, les bactéries et les eucaryotes. Mais les relations évolutives qui relient ces phylums ne font pas consensus, et l'exclusion des virus de cet arbre présente une autre problématique dans cette représentation du vivant. C'est pourquoi il a été suggéré que la transition des génomes d'ARN en génomes d'ADN se serait produit dans le monde viral, et que l'ADN cellulaire et les mécanismes de réplication auraient pour origine des transferts de virus à ADN vers des cellules à ARN. Cette review explore ainsi ce scénario avec la possibilité de trois transferts indépendants pour les trois phylums.

Pour commencer, l'unification de la vie cellulaire, implique que toutes les cellules partagent des caractéristiques communes (voie de synthèse des protéines et code génétique), et implique que ces cellules soient issues de LUCA (Last Universal Cellular Ancestor). Cependant, il reste un certain nombre de problèmes quant à la définition de ce dernier, et comment les trois domaines seraient apparus. En effet, le concept des trois domaines a d'abord été fondé sur l'existence de trois modèles ribosomiques canoniques, mais alors comment ces versions ont-elles été créées et pourquoi peuvent-elles toujours être reconnues malgré les divergences ultérieures au sein de chaque domaine ? Une hypothèse pour répondre à ces questions est que trois "événements dramatiques" ou "changements qualitatifs majeurs" se sont produits indépendamment et ont entraîné une modification du taux d'évolution des protéines. De plus, à l'époque de LUCA, les premières lignées cellulaires devaient pouvoir échanger librement des protéines par HGT (Horizontal Gene Transfert), mais a un moment donné le taux de HGT aurait chuté, permettant ainsi la formation de lignées cellulaires évoluant de manière cohérente, et par conséquent permettre une spéciation des phylums que l'on connait. Mais il manque le lien qui pourrait expliquer le processus permettant la formation des lignées évolutives et la réduction du taux d'échange et d'évolution des protéines.

C'est dans cette problématique là qu'interviendrait les virus. Bien que pendant longtemps ces derniers aient été négligés, depuis récemment leur rôle potentiel dans l'évolution cellulaire a été réévaluer. En particulier, la découverte de similitudes structurelles entre les protéines de la capside et les enzymes de réplication de virus infectant différents domaines a suggéré que les virus à ARN et à ADN pourraient être plus anciens que LUCA. De plus, des analyses génomiques comparatives ont également montré que les virus peuvent être la source de nouvelles protéines pour les cellules, surtout lorsqu'on connait la diversité des protéines virales et leur possible ancienneté. Ainsi, il serait probable que de nombreuses protéines d’information d’ADN codées aujourd’hui dans les génomes cellulaires aient été originaires du monde viral et aient été par la suite transférées de manière aléatoire dans les trois domaines cellulaires. La théorie, appelée "trois virus, trois domaines", serait que chaque domaine cellulaire proviendrait indépendamment de la fusion d'une cellule à ARN et d'un grand virus à ADN, sous l'hypothèse que l'ADN était à l'origine une forme modifiée de l'ARN résistant aux mécanismes de défense de l'hôte cellulaire ciblant les génomes d'ARN viral. Le lien entre la formation des lignées évolutives et la réduction du taux d'évolution pourrait être expliqué par le fait que les génomes d'ADN sont répliqués plus fidèlement que les génomes d'ARN. Une autre hypothèse, posée par cette théorie, est que LUCA possèderait un génome à ARN. De plus, cette théorie pourrait expliquer l'origine des plasmides et leur omniprésence chez les procaryotes, tandis que la structure différente chez eucaryotes suggère un transfert différent d'ADN.

Etant donné qu'il n'y a qu'un auteur, cette review peut sembler subjective. Cependant, les thématiques de recherche de l'auteur sont intitulées de la même manière que le titre de l'article, ce qui laisse penser que ce dernier est d'autant plus compétent, mais également d'autant plus impliqué dans le débat.
Dans l'ensemble la méthodologie est bonne, car il y a des hypothèses et des arguments basés sur de précédentes études, mais de nombreuses questions restent en suspens et certaines hypothèses ne sont pas véritablement vérifiables ou bien le sont mais par des expériences peu réalistes et peu réalisables (comme l'énonce d'ailleurs l'auteur lui-même). De plus, cette review est relativement courte et certains points auraient pu être plus étayés.
Cependant, ce qui est intéressant dans la forme de cette review, c'est que l'auteur présente des points "corollaires" à la théorie présentée ce qui permet de mieux comprendre le contexte et de mieux appréhender cette théorie.

Cette review ne permet pas de répondre directement à la question : "les virus sont-ils vivants", mais elle permet d'encrer les virus dans l'évolution et de les mettre en perspective vis-à-vis de l'arbre des trois lignées principales du vivant (actuellement admis). En effet, les virus seraient le point de départ de la distinction entre les trois lignées évolutives, ce qui leur confèrent un rôle plus qu'important. Cette théorie n'est pas explicitement liée à la paléovirologie, mais fait ressentir le fait que des marques moléculaires (des bouts de gènes viraux inclus dans le génome de leur hôte) pourraient indiquer leur longue histoire évolutive, et que nous en savons encore trop peu sur ces derniers.

Auteur :
Patrick Forterre travaille sur l'étude des virus des Archaea hyperthermophiles, car ces derniers sont très divers et présentent certaines caractéristiques uniques. Ces caractéristiques interrogent d'ailleurs sur l'origine des virus et leurs relations avec les organismes cellulaires. Il étudie également l'origine et l'histoire évolutive des processus cellulaires et les transitions qu'il a pu se passer dans l'histoire de la vie.
Revue :
PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America) est un journal scientifique officiel dont les premières publications datent de 1915. Il est couvre une large gamme disciplinaire (biologie, physique et social) et publie des recherches, des commentaires ainsi que des lettres.