Ecology is usually described as the study of organisms interacting with one another and their environments.
From this view of ecology, viruses e not usually considered to be organisms e would merely
be part of the environment. Since the late 1980s, however, a growing stream of micrographic, experimental,
molecular, and model-based (theoretical) research has been investigating how and why viruses
should be understood as ecological actors of the most important sort. Viruses, especially phage, have
been revealed as participants in the planet’s most crucial food webs, even though viruses technically
consume nothing (they do not metabolize by themselves). Even more impressively, viruses have been
identified as regulators of planetary biogeochemistry, in which they control cycles such as carbon, nitrogen
and phosphorus e cycles on which all life depends. Although much biogeochemical research
black-boxes the entities filling functional roles, it is useful to focus a little more closely to understand
how viruses can be held responsible for the global processes of life. This paper will give a brief overview
of the history of virus ecology and tease out the implications of large-scale ecological modelling with
viruses. This analysis suggests that viruses should be conceptualized as ecological actors that are at least
comparable and possibly equal to organismal actors. Ecological agency can therefore be distinguished
from standard interpretations of biological agency.
Titre de la review
" Le virus écologique "
" Le virus écologique "
Résumé de la review
L'écologie est généralement décrite comme l'étude des organismes interagissant les uns avec les autres et de leurs environnements. De ce point de vue écologique, les virus qui ne sont généralement pas considérés comme des organismes ne feraient tout simplement pas partie de l’environnement.
Les virus ne sont peut-être pas considérés comme des organismes, mais ils sont reconnus comme des acteurs biologiquement importants. Les raisons pour ne pas croire au statut de virus en tant qu'organismes sont simples. Même si les virus sont reconnus comme des entités en évolution, ils ne se métabolisent pas seuls et ne possèdent pas non plus de capacité d'auto-reproduction. L’objectif de cette review est de montrer comment les virus, en tant qu’acteurs écologiques, contournent les débats sur le fait de savoir s’ils peuvent être considérés comme des organismes ou s’ils sont vivants au sens où de simples organismes sont vivants. L’analyse suggère qu’une vision différente de la vie, celle qui distingue la «vie» en général des êtres vivants isolés, peut se faire par le biais d’une étude de l’écologie du virus.
Les virus ont été identifiés comme des régulateurs de la biogéochimie planétaire, dans lesquels ils contrôlent des cycles tels que les cycles du carbone, de l'azote et du phosphore dont dépend toute vie. Un rôle écologique supplémentaire mais légèrement moindre proposé pour les virus est celui d'agents de transfert horizontal de gènes entre microorganismes. Ces deux activités ont permis de structurer non seulement la taille mais aussi les éléments constitutifs des communautés microbiennes.
Les avantages de ces transferts de gènes reviennent au virus. Cependant, d’un point de vue écologique plus large, les choses ne sont pas aussi simples et précises. En d'autres termes, "bien que les virus puissent avoir des effets délétères sur les hôtes qu'ils infectent et se lient, ils peuvent néanmoins avoir un effet stimulant à l'échelle de la population et de l'écosystème".
Les virus contiennent également du carbone, de l'azote et du phosphore sous forme de virion ou de particules (un génome inclus dans un étui protéique), et l'apport via ces particules peut affecter le cycle du phosphore et éventuellement le cycle de l'azote. Les virus augmentent la productivité primaire en mettant davantage de nutriments inorganiques à la disposition des autotrophes, et renforcent la productivité secondaire en augmentant le recyclage des matières organiques.
Bien qu'ils soient non organiques, non métaboliques et probablement non coopératifs, les virus expliquent les flux d'énergie, la structure de la communauté et la dynamique des populations à l'échelle microbienne et au-delà. Etant donné que le niveau d'analyse microbien explique en grande partie la biogéochimie et l'interaction des écosystèmes, une perspective virocentrique devient un moyen très utile de visualiser le monde écologique et évolutif.
Cela suggère que les virus devraient être conceptualisés en tant qu’acteurs écologiques au moins comparables et éventuellement égaux aux acteurs de l’organisme. On peut donc distinguer l’agence écologique des interprétations classiques de l’agence biologique.
Cependant la notion de virus écologique mérite une réflexion philosophique supplémentaire
L'écologie est généralement décrite comme l'étude des organismes interagissant les uns avec les autres et de leurs environnements. De ce point de vue écologique, les virus qui ne sont généralement pas considérés comme des organismes ne feraient tout simplement pas partie de l’environnement.
Les virus ne sont peut-être pas considérés comme des organismes, mais ils sont reconnus comme des acteurs biologiquement importants. Les raisons pour ne pas croire au statut de virus en tant qu'organismes sont simples. Même si les virus sont reconnus comme des entités en évolution, ils ne se métabolisent pas seuls et ne possèdent pas non plus de capacité d'auto-reproduction. L’objectif de cette review est de montrer comment les virus, en tant qu’acteurs écologiques, contournent les débats sur le fait de savoir s’ils peuvent être considérés comme des organismes ou s’ils sont vivants au sens où de simples organismes sont vivants. L’analyse suggère qu’une vision différente de la vie, celle qui distingue la «vie» en général des êtres vivants isolés, peut se faire par le biais d’une étude de l’écologie du virus.
Les virus ont été identifiés comme des régulateurs de la biogéochimie planétaire, dans lesquels ils contrôlent des cycles tels que les cycles du carbone, de l'azote et du phosphore dont dépend toute vie. Un rôle écologique supplémentaire mais légèrement moindre proposé pour les virus est celui d'agents de transfert horizontal de gènes entre microorganismes. Ces deux activités ont permis de structurer non seulement la taille mais aussi les éléments constitutifs des communautés microbiennes.
Les avantages de ces transferts de gènes reviennent au virus. Cependant, d’un point de vue écologique plus large, les choses ne sont pas aussi simples et précises. En d'autres termes, "bien que les virus puissent avoir des effets délétères sur les hôtes qu'ils infectent et se lient, ils peuvent néanmoins avoir un effet stimulant à l'échelle de la population et de l'écosystème".
Les virus contiennent également du carbone, de l'azote et du phosphore sous forme de virion ou de particules (un génome inclus dans un étui protéique), et l'apport via ces particules peut affecter le cycle du phosphore et éventuellement le cycle de l'azote. Les virus augmentent la productivité primaire en mettant davantage de nutriments inorganiques à la disposition des autotrophes, et renforcent la productivité secondaire en augmentant le recyclage des matières organiques.
Bien qu'ils soient non organiques, non métaboliques et probablement non coopératifs, les virus expliquent les flux d'énergie, la structure de la communauté et la dynamique des populations à l'échelle microbienne et au-delà. Etant donné que le niveau d'analyse microbien explique en grande partie la biogéochimie et l'interaction des écosystèmes, une perspective virocentrique devient un moyen très utile de visualiser le monde écologique et évolutif.
Cela suggère que les virus devraient être conceptualisés en tant qu’acteurs écologiques au moins comparables et éventuellement égaux aux acteurs de l’organisme. On peut donc distinguer l’agence écologique des interprétations classiques de l’agence biologique.
Cependant la notion de virus écologique mérite une réflexion philosophique supplémentaire
Rigueur de la review
La façon dont est rédigée l'article permet dans un premier temps de voir un bref historique de l'étude des virus et des grandes thématiques abordées à leur sujet. Puis chaque aspect du raisonnement est expliqué au travers d'exemples variés en variant les points de vues pour essayer de faire avancé le questionnement. Une bref conclusion qui résume les différents aspects sur l'écologie des virus permet au lecteur de ne pas perdre le fil et de bien mettre au clair le rôle des virus en tant qu'acteurs écologique de l'écosystème.
La façon dont est rédigée l'article permet dans un premier temps de voir un bref historique de l'étude des virus et des grandes thématiques abordées à leur sujet. Puis chaque aspect du raisonnement est expliqué au travers d'exemples variés en variant les points de vues pour essayer de faire avancé le questionnement. Une bref conclusion qui résume les différents aspects sur l'écologie des virus permet au lecteur de ne pas perdre le fil et de bien mettre au clair le rôle des virus en tant qu'acteurs écologique de l'écosystème.
Ce que cette review apporte au débat
Cette review aborde une autre dimension du concept d'organisme vivant, avec notamment un mélange d'aspects et de concepts philosophiques soutenus par des exemples et des études sur des virus et d'autres micro-organismes tels que les microbes. Elle permet d'associer un statut écologique au virus et de le considéré non pas pour son aspect biologique et fonctionnel mais plutôt pour l'impact qu'il a sur les écosystèmes et ses relations avec les autres organismes. Cette review permet de montrer que selon la façon dont sont étudiés les virus, on peut les considérer pour leur impact sur la dynamique des populations et sur les flux d'énergies et de matières essentiels à toutes vies.
Cette review aborde une autre dimension du concept d'organisme vivant, avec notamment un mélange d'aspects et de concepts philosophiques soutenus par des exemples et des études sur des virus et d'autres micro-organismes tels que les microbes. Elle permet d'associer un statut écologique au virus et de le considéré non pas pour son aspect biologique et fonctionnel mais plutôt pour l'impact qu'il a sur les écosystèmes et ses relations avec les autres organismes. Cette review permet de montrer que selon la façon dont sont étudiés les virus, on peut les considérer pour leur impact sur la dynamique des populations et sur les flux d'énergies et de matières essentiels à toutes vies.
Remarques sur la review
M. O'Malley travaille depuis le début de sa carrière sur des questions philosophiques, historiques et sociologiques en microbiologie, avec un intérêt particulier pour la métagénomique et la biologie des systèmes microbiens. Avec la totalité des articles qu'elle a publié tout au long de sa carrière, elle a notamment abordé trois grandes thématiques dont l'étude des microbiotes et des microbiomes, elle a établies de nombreux modèles microbiens et elle a étudié le métabolisme et la macroévolution des micro-organismes. Ainsi sa grande expertise dans le milieu nous permet d'avoir à la fois l'aspect philosophique et scientifique de la question des virus.
M. O'Malley travaille depuis le début de sa carrière sur des questions philosophiques, historiques et sociologiques en microbiologie, avec un intérêt particulier pour la métagénomique et la biologie des systèmes microbiens. Avec la totalité des articles qu'elle a publié tout au long de sa carrière, elle a notamment abordé trois grandes thématiques dont l'étude des microbiotes et des microbiomes, elle a établies de nombreux modèles microbiens et elle a étudié le métabolisme et la macroévolution des micro-organismes. Ainsi sa grande expertise dans le milieu nous permet d'avoir à la fois l'aspect philosophique et scientifique de la question des virus.
Dernière modification il y a plus de 7 ans.