"Qu'est-ce qu'une espèce de virus ? Pluralisme radical dans la taxonomie virale."

Les premières tentatives de construction d'un système de classification pour les virus s'axaient principalement sur des caractères communs issus des propriétés structurelles du virion (particule infectieuse d'un virus formée d'un acide nucléique et de protéines). Puis, l'ICTV (Comité International de la Taxonomie des Virus) a redéfini ce qu'était une espèce de virus pour essayer d'y intégrer un aspect plus évolutif. Cependant, la définition actuelle définit une espèce virale de manière monophylétique, bien que l'existence du transfert génétique horizontal (HGT) mette à mal cette définition. Ainsi l'auteur penche en faveur d'un** pluralisme** pour représenter au mieux le mode d'évolution chez les virus et le fait que certains virus puissent appartenir à plusieurs espèces ou groupes.
Une bonne classification de la taxonomie virale n'est pas aisée, car la diversité est importante, et un bon système de classification doit être stable. Or les virus évoluent de manière rapide. De plus, il n'est pas aisé non plus de définir la nature des espèces virales, et si on ajoute à cela l'hypothèse que le pluralisme des espèces est vrai, alors cela signifie que d'autres domaines de la vie nécessiteront une redéfinition des espèces. Une définition qui permettrait d'universaliser ce qu'est une espèce serait le concept d’espèce biologique d’Ernst Mayr, qui définit cela comme une population d’individus pouvant se reproduire sexuellement. Mais malheureusement ce concept ne fonctionne pas pour les virus étant donné que ces derniers n'ont pas de reproduction sexuée. Ainsi, les virus pourraient être exclus de cette classification de la biologie, mais ils possèdent néanmoins des gènes qui leur confèrent la capacité à s'adapter à leur environnement et à évoluer, et ils sont capables d'interagir avec leurs hôtes et de co-évoluer. C'est pourquoi les définitions actuelles posent un certains nombres de problèmes qui pourraient être résolus en acceptant le fait que des groupes viraux ne forment pas des espèces à part entière, soit accepter un concept différent.
Un autre problème que l'on rencontre lorsqu'on veut classer les virus est que certains sont isolés, et il n'est pas facile de définir ce qu'est une lignée virale ou bien ce qu'est une niche écologique pour un virus.
Les propriétés polythétiques ont plutôt l'air adapté pour les virus, car elles permettent de traduire des modifications évolutives sans que la finalité soit une spéciation. En effet, la monophylie pose un certains nombres de difficultés lorsqu'on regarde comment se déroule l'évolution des virus qui se réalise via des échanges génétiques horizontaux (HGT) entre virus et avec leurs hôtes. Cependant, ce taux de transfert n'est pas identique pour tous les groupes de virus. Ainsi, des métriques pour mesurer le taux de HGT parmi les virus pourrait s'avérer être utile pour comprendre ce qui différencie les groupes viraux. De plus, pour conduire à une spéciation, il faut génome que ces transferts inclus tous les gènes nécessaires au cycle de vie d'un virus. Mais dans ce cas comment savoir ce qui constitue un changement significatif chez les virus ? Une méthode serait de distinguer les gènes essentiels nécessaires à l’appartenance à une espèce donnée et les gènes auxiliaires moins importants. Mais cette méthode soulève un autre problème, à savoir qu'il n'y a pas de gènes communs à tous les virus. Mais, un virus peut être considéré comme un hybride du fait de ce fort échange de gènes.

Pour résumé un système non-hiérarchique issu du pluralisme radical pourrait permettre aux virus dont l'évolution dépend du HGT d'appartenir à plusieurs catégories et ce concept pourrait s'étendre à d'autres domaines cellulaires.

De manière générale la méthode est correcte, car l'auteur expose plusieurs hypothèses et expose ensuite leurs avantages et inconvénients. De plus, l'auteur donne de nombreuses références avec des points divergents ce qui traduit certainement une intention de neutralité et de faire avancer le débat. La manière dont est structuré le texte est également un bon point avec une partie historique pour replacer le contexte puis le fait de reprendre la première partie en fin pour ne pas perdre le lecteur.
Le fait qu'il y ait des illustrations des concepts énoncés aide relativement pour essayer de comprendre cette nouveauté qui peut être conceptuellement complexe de prime à bord.

Cette review ne permet pas de répondre directement à la question : "les virus sont-ils vivants ?", mais permet de conceptualiser une classification de ces entités biologiques, comme ce qui est fait pour le reste des domaines du vivant. Cependant, l'auteur souligne bien le fait que les virus n'ont pas le même mode d'évolution que les animaux par exemple, et qu'ainsi la monophylie appliquée pour classer le vivant n'est pas possible dans le cadre des virus. Mais il ajoute également que le cadre du pluralisme radical permettrait de mieux appréhender la biodiversité observée. Cette review met aussi en évidence la difficulté de définir une espèce et particulièrement pour les virus, qui peuvent être perçus comme des hybrides et non des choses unitaires. Ainsi, avec un autre concept de classification les virus pourraient pourquoi pas être inclus dans le vivant.

L'auteur :
Gregory J. Morgan a réalisé des études dans divers domaines de compétences comme en philosophie, en biologie moléculaire ou bien encore en économie, pour n'en citer qu'une partie. Je trouve ça intéressant, car cela peut peut-être signifier sont ouverture d'esprit sur cette controverse et un point de vue pluridisciplinaire, bien que cette review soit sur de la biologie virale. Il mène également des recherches sur l'éthique, ce qui peut conforter une position de neutralité et de prise de recul, bien que cela soit hypothétique.
La revue :
Studies in History and Philosophy of Biological and Biomedical Sciences est une revue consacrée aux aspects historiques, sociologiques, philosophiques et éthiques des sciences de la vie et de l'environnement, des sciences de l'esprit et du comportement ainsi que des sciences et technologies médicales et biomédicales.