We surveyed nine diallelic polymorphic sites on the Y chromosomes of 1,544 individuals from Africa, Asia, Europe, Oceania, and the NewWorld. Phylogenetic analyses of these nine sites resulted in a tree for 10 distinct Y haplotypes with a coalescence time of ?150,000 years. The 10 haplotypes were unevenly distributed among human populations: 5 were restricted to a particular continent, 2 were shared between Africa and Europe, 1 was present only in the Old World, and 2 were found in all geographic regions surveyed. The ancestral haplotype was limited to African populations. Random permutation procedures revealed statistically significant patterns of geographical structuring of this paternal genetic variation. The results of a nested cladistic analysis indicated that these geographical asso- ciations arose through a combination of processes, including restricted, recurrent gene flow (isolation by distance) and range expansions.We inferred that one of the oldest events in the nested cladistic analysis was a range expansion out of Africa which resulted in the complete replacement of Y chromosomes throughout the Old World, a finding consistent with many versions of the Out of Africa Replacement Model. A second and more recent range expansion brought Asian Y chromosomes back to Africa without replacing the indigenous African male gene pool. Thus, the previously observed high levels of Y chromosomal genetic diversity in Africa may be due in part to bidirectional population movements. Finally, a comparison of our results with those from nested cladistic analyses of human mtDNA and ?-globin data revealed different patterns of inferences for males and females concerning the relative roles of population history (range expansions) and population structure (recurrent gene flow), thereby adding a new sex-specific component to models of human evolution.
Titre de l'article
"Out of Africa" et retour vers l'Afrique : Analyse cladistique imbriquée de la variation du chromosome Y humain
"Out of Africa" et retour vers l'Afrique : Analyse cladistique imbriquée de la variation du chromosome Y humain
Introduction à l'article
La théorie sur l'origine Africaine de l'homme moderne a émergé dans les années 90. Jusque là l'étude morphologique des fossiles humains indiquait qu'une première sortie d'Afrique avait eu lieu peu de temps après l'apparition de l'espèce Homo erectus . Après quelques années veint émerger la théorie du métissage, selon laquelle_H.sapiens_ originaire d'Afrique s'est métissé à plusieurs occasions avec des populations locales leur procurant certainement un avantage adaptatif.
Afin de reconstituer partiellement le passé, l'examen des variations génétiques dans les populations humaines contemporaines fût nécessaire. Pour cela les données récoltées sur l'ADN du chromosome Y furent opposées à l'étude de l'ADN mitochondrial. Hammer fait partit des scientifiques ayant initié la recherche sur une branche parallèle de l'évolution multirégionale de l'Homme. En effet, les données recueillies sur l'ADNY et celle de l'ADNmt semblait indiquer un second mouvement de migration de l'Asie vers l'Afrique.
La théorie sur l'origine Africaine de l'homme moderne a émergé dans les années 90. Jusque là l'étude morphologique des fossiles humains indiquait qu'une première sortie d'Afrique avait eu lieu peu de temps après l'apparition de l'espèce Homo erectus . Après quelques années veint émerger la théorie du métissage, selon laquelle_H.sapiens_ originaire d'Afrique s'est métissé à plusieurs occasions avec des populations locales leur procurant certainement un avantage adaptatif.
Afin de reconstituer partiellement le passé, l'examen des variations génétiques dans les populations humaines contemporaines fût nécessaire. Pour cela les données récoltées sur l'ADN du chromosome Y furent opposées à l'étude de l'ADN mitochondrial. Hammer fait partit des scientifiques ayant initié la recherche sur une branche parallèle de l'évolution multirégionale de l'Homme. En effet, les données recueillies sur l'ADNY et celle de l'ADNmt semblait indiquer un second mouvement de migration de l'Asie vers l'Afrique.
Expériences de l'article
Cette étude est basée sur l'analyse génétique des populations, plus précisément sur l'analyse du chromosome Y. En effet, une étude précédente similaire avait été réalisée (Templeton et al., 1993) cependant, au vue du nombre d'individus testé, les résultats n'étaient pas en quantité suffisante pour procéder à des tests statistiques. Ils n'était donc pas considérés comme représentatif de toute la population. La détection des différents haplotype montre par similarité, l'endroit géographie d'où ils viennent.
On peut ainsi comparer la distribution géographique des haplotypes du Chromosome Y avec un arbre phylogénétique pour générer ces hypothèses de migration multiple.
La mesure de la coalescence est également réalisée afin de savoir si ces population se sont réunies à un endroit donné.
Cette étude est basée sur l'analyse génétique des populations, plus précisément sur l'analyse du chromosome Y. En effet, une étude précédente similaire avait été réalisée (Templeton et al., 1993) cependant, au vue du nombre d'individus testé, les résultats n'étaient pas en quantité suffisante pour procéder à des tests statistiques. Ils n'était donc pas considérés comme représentatif de toute la population. La détection des différents haplotype montre par similarité, l'endroit géographie d'où ils viennent.
On peut ainsi comparer la distribution géographique des haplotypes du Chromosome Y avec un arbre phylogénétique pour générer ces hypothèses de migration multiple.
La mesure de la coalescence est également réalisée afin de savoir si ces population se sont réunies à un endroit donné.
Résultats de l'article
Un nombre total de 10 haplotypes ont été détectés. Parmi eux, l'haplotype A a été défini comme la racine de l'arbre, i.e. comme l'haplotype commun et à l'origine d_'H.sapien_. Cette détermination est rendu possible par le caractère homoplasique avec d'autres gènes déjà connus.
L'haplotype 1B est le plus présent dans l'Atlantique, dans l'ordre des présence récurantes de ces haplotypes (Ht) nous avons l'odre suivant :
. Ht 5 >Ht 1C > Ht 1D >Ht 3G >Ht 4 > Ht 3 >Ht 2 > Ht 1A
L'haplotype 1E a été identifié chez un seul individu de Mélanésie. Ces différents haplotypes ont été comparé à ceux retrouvés sur les Hommes originaires d'Afrique. : Ht 5(57.1%) est le plus commun en afrique, les haplotypes 1C et 1D sont quant à eux rares en Afrique mais plus commun en Europe et en Asie par exemple. En analysant les autres haplotypes on remarque qu'il existe des associations statistiquement significatives entre les clades et les emplacements géographiques des différents haplotypes.
Un nombre total de 10 haplotypes ont été détectés. Parmi eux, l'haplotype A a été défini comme la racine de l'arbre, i.e. comme l'haplotype commun et à l'origine d_'H.sapien_. Cette détermination est rendu possible par le caractère homoplasique avec d'autres gènes déjà connus.
L'haplotype 1B est le plus présent dans l'Atlantique, dans l'ordre des présence récurantes de ces haplotypes (Ht) nous avons l'odre suivant :
. Ht 5 >Ht 1C > Ht 1D >Ht 3G >Ht 4 > Ht 3 >Ht 2 > Ht 1A
L'haplotype 1E a été identifié chez un seul individu de Mélanésie. Ces différents haplotypes ont été comparé à ceux retrouvés sur les Hommes originaires d'Afrique. : Ht 5(57.1%) est le plus commun en afrique, les haplotypes 1C et 1D sont quant à eux rares en Afrique mais plus commun en Europe et en Asie par exemple. En analysant les autres haplotypes on remarque qu'il existe des associations statistiquement significatives entre les clades et les emplacements géographiques des différents haplotypes.
Rigueur de l'article
Cet article repose sur des observations et des hypothèses, ces hypothèses n'ont pas étés testées.
Ils n'ont pas non plus été en mesure de comprendre les processus évolutifs liés à la distribution des chromosomes Y dans l'Ancien Monde.
Quant aux données du chromosome Y et de l'ADN mitochrondrial, elles se chevauchent peut. L'évolution de l'homme moderne semble avoir laissé une empreinte intercontinentale beaucoup plus nette sur notre génome paternel que les signaux régionaux laissés dans notre ADNmt.
Cet article repose sur des observations et des hypothèses, ces hypothèses n'ont pas étés testées.
Ils n'ont pas non plus été en mesure de comprendre les processus évolutifs liés à la distribution des chromosomes Y dans l'Ancien Monde.
Quant aux données du chromosome Y et de l'ADN mitochrondrial, elles se chevauchent peut. L'évolution de l'homme moderne semble avoir laissé une empreinte intercontinentale beaucoup plus nette sur notre génome paternel que les signaux régionaux laissés dans notre ADNmt.
Ce que cet article apporte au débat
Un des premiers articles qui démontre une autre origine que la sortie d'Afrique. Début des recherche sur l'origine multirégionale et non plus unirégionale.
Un des premiers articles qui démontre une autre origine que la sortie d'Afrique. Début des recherche sur l'origine multirégionale et non plus unirégionale.
Remarques sur l'article
Harding et al (1997), dans un article sur la variation de la séquence globale a présenté des preuves qu'une partie de la diversité génétique de notre espèce avait des racines asiatiques. Par conséquent, des études de variation sur d'autres segments non recombinants du génome sont nécessaires pour confirmer les éventuelles inférences.
Harding et al (1997), dans un article sur la variation de la séquence globale a présenté des preuves qu'une partie de la diversité génétique de notre espèce avait des racines asiatiques. Par conséquent, des études de variation sur d'autres segments non recombinants du génome sont nécessaires pour confirmer les éventuelles inférences.
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