Des données phylogénomiques fournissent à la fois précision et exactitude l'estimation des échelles de temps de la phylogénie des mammifères placentaires

Les estimations de la diversification des mammifères placentaires par rapport à l'extinction de masse du Crétacé-Paléogène (K-Pg) font encore l'objet de débat entre les approches moléculaires et paléontologiques. Les méthodes basées sur l'horloge moléculaire sont en faveur d'un modèle proposant une origine avant le K-Pg mais ne sont pas d'accord sur la diversification intra-ordinale (évolution des familles et des genres dans les ordres) et penchent entre modèle long et court fusible. Le registre fossile quant à lui témoigne d'une présence des placentaires seulement dans le Paléogène et sont d'avantages en faveur d'un modèle explosif.

Cette étude propose d'utiliser les séquences de génomes entiers (récemment disponibles) de plusieurs espèces de mammifères en utilisant des contraintes temporelles basées sur plusieurs datations fossiles. Ceci permet d'intégrer de nombreuses informations pour préciser les datations d'origine et de divergence de ce groupe, et ainsi tenter de résoudre la phylogénie.

Les temps de divergence entre 36 espèces de mammifère (33 placentaires, 2 marsupiaux, 1 monotrème) sont estimés par une analyse Bayésienne avec les alignements de 14 632 gènes nucléaires.

Ces estimations sont alors calibrées à l'aide de 26 fossiles du Paléogène de façon assouplie (avec une certaine probabilité de dépasser les datations fossiles estimées), ce qui permet de résoudre certains conflits avec les données moléculaires.

Ceci permet finalement de donner des informations à priori pour une analyse Bayésienne plus large de 12 gènes mitochondriaux de 274 espèces de mammifères.

L'arbre consensus sur les 274 espèces estime une origine des placentaires à 88-90 millions d'années (MA) dans le Crétacé. La diversification de la majorité des clades s'est effectuée dans un intervalle de 20 MA après l’événement d'extinction du K-Pg. Seuls les Primates et les Xenarthres ont des temps de divergence estimés plus précoces dans le Crétacé (69-67MA et 72-67MA respectivement) mais les divisions fondamentales de ces clades se font bien dans le Paléogène.

Contrairement à Bininda-Emonds et al. qui estimaient l'âge de 9 sur 18 groupes couronnes avant la crise K-Pg en faisant appel à un large épisode énigmatique entre l'origine et la diversification tardive des clades, cette étude propose ici une origine intra-ordinale dans le Paléogène, en accord avec les données fossiles.

Cette étude démontre que le modèle explosif est incorrect car l'ancêtre commun des placentaires ne peut être daté après la crise K-Pg. Les résultats rejettent également une diversification des ordres de placentaires dans le Crétacé (modèle court fusible).
Le modèle long fusible est donc confirmé et celui-ci est en accord avec l'interprétation du registre fossile car la diversification de tous les ordres semble s'être effectuée dans un intervalle de 20 millions d'années après la crise.

La méthode établie dans cette étude est très complète et utilise un maximum d'informations sur les génomes et une calibration fossile souple, ce qui permet d'intégrer de nombreuses données et de réconcilier horloge moléculaire et registre fossile.

Les résultats de cet article ont permis de faire converger données fossiles et moléculaires et semblent avoir fait consensus dans la littérature scientifique pendant plusieurs années.