The diet of wild capercaillie differs strongly between seasons. Particularly during winter, when energy demands are high and the birds forage solely on coniferous needles, microbial fermentations in the ceca are considered to contribute significantly to the energy requirement and to the detoxification of the resinous diet. Here, we present the first cultivation-independent analysis of the bacterial community in the cecum of capercaillie, using the 16S rRNA gene as a molecular marker. Cloning and fingerprinting analyses of cecum feces show distinct differences between wild and captive birds. While certain lineages of Clostridiales, Synergistetes, and Actinobacteria are most prevalent in wild birds, they are strongly reduced in individuals raised in captivity. Most striking is the complete absence of Megasphaera and Synergistes species in captive capercaillie, which are characterized by a large abundance of Gammaproteobacteria closely related to members of the genus Anaerobiospirillum, bacteria that are commonly connected with intestinal dysfunction. The community profiles of cecum content from wild birds differed between sum- mer and winter season, and the cecum wall may be an important site for bacterial colonization. Our results corroborate the hypothesis that the bacterial community in the ceca of tetraonid birds changes in response to their highly specialized seasonal diets. Moreover, we propose that the observed differences in community profiles between wild and captive capercaillie reflects a disturbance in the bacterial micro- biota that compromises the performance of the cecum and may be responsible for the high mortality of captive birds released into nature.
Titre de l'article
Le microbiome bactérien dans les caeca des Grands Tétras (Tetrao urogallus) diffère entre les oiseaux sauvages et captifs
Le microbiome bactérien dans les caeca des Grands Tétras (Tetrao urogallus) diffère entre les oiseaux sauvages et captifs
Introduction à l'article
La composition des microbiomes intestinaux diffère en fonction du régime alimentaire. Ce microbiome joue un rôle important sur la santé des individus. Pour certains oiseaux de la famille du Grand Tétra, il s'est avéré que le microbiome change entre les saisons, lui permettant de survivre notamment à l'hiver. Cette étude soulève le fait que de réintroduire des espèces de manière brutale, sans acclimatation, peut jouer un rôle dans la survie des oiseaux si leur flore n'est pas adaptée à la saison en cours.
La composition des microbiomes intestinaux diffère en fonction du régime alimentaire. Ce microbiome joue un rôle important sur la santé des individus. Pour certains oiseaux de la famille du Grand Tétra, il s'est avéré que le microbiome change entre les saisons, lui permettant de survivre notamment à l'hiver. Cette étude soulève le fait que de réintroduire des espèces de manière brutale, sans acclimatation, peut jouer un rôle dans la survie des oiseaux si leur flore n'est pas adaptée à la saison en cours.
Expériences de l'article
Ils ont réalisé des analyses phylogénétiques des microbiomes intestinaux soit des fèces récupérés sur la neige, soit des intestins d'animaux retrouvés morts.
Une fois l'échantillonnage des fèces et des intestins effectués, ils ont extrait l'ADN bactériens (gène 16S RNA bactérien) afin de faire les analyses phylogénétiques. Pour ce faire ils ont utilisé la base de données SILVA.
Ils ont également réalisé le séquençage sur des animaux captifs (poules et dindes) afin de comparer les microbiomes intestinaux.
Ils ont réalisé des analyses phylogénétiques des microbiomes intestinaux soit des fèces récupérés sur la neige, soit des intestins d'animaux retrouvés morts.
Une fois l'échantillonnage des fèces et des intestins effectués, ils ont extrait l'ADN bactériens (gène 16S RNA bactérien) afin de faire les analyses phylogénétiques. Pour ce faire ils ont utilisé la base de données SILVA.
Ils ont également réalisé le séquençage sur des animaux captifs (poules et dindes) afin de comparer les microbiomes intestinaux.
Résultats de l'article
Les résultats qui ont été obtenus montre une différence de composition en terme de phyla bactériens présents dans les ceca des oiseaux sauvages et captifs. Certains phyla sont absents des oiseaux captifs ce qui expliquerait le taux de mortalité élevé chez les individus relâchés provenant de reproduction en captivité. Certains phyla bactériens permettraient aux individus de survivre en hiver.
Les résultats qui ont été obtenus montre une différence de composition en terme de phyla bactériens présents dans les ceca des oiseaux sauvages et captifs. Certains phyla sont absents des oiseaux captifs ce qui expliquerait le taux de mortalité élevé chez les individus relâchés provenant de reproduction en captivité. Certains phyla bactériens permettraient aux individus de survivre en hiver.
Rigueur de l'article
les données concernants les phyla d'animaux captifs proviennent essentiellement de poules et dindes. Ces espèces sont différentes des Grands Tétras. Pourrait-il y a avoir une part des différences expliquées par ces différences d'espèces?
les données concernants les phyla d'animaux captifs proviennent essentiellement de poules et dindes. Ces espèces sont différentes des Grands Tétras. Pourrait-il y a avoir une part des différences expliquées par ces différences d'espèces?
Ce que cet article apporte au débat
Cette article nous permet de voir que la réintroduction de certaines espèces est compliquée. Il ne suffit pas de faire reproduire les animaux, certains paramètres vont fortement influencés la survie des individus, comme c'est la cas ici avec la composition des microbiomes intestinaux chez ces oiseaux.
Cette article nous permet de voir que la réintroduction de certaines espèces est compliquée. Il ne suffit pas de faire reproduire les animaux, certains paramètres vont fortement influencés la survie des individus, comme c'est la cas ici avec la composition des microbiomes intestinaux chez ces oiseaux.
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