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Comprendre la dépression de consanguinité, la purge et le sauvetage génétique
Comprendre la dépression de consanguinité, la purge et le sauvetage génétique
Résumé de la review
La review permet d'appréhender différentes notions ayant un rapport plus ou moins important avec la controverse. En premier lieu, les auteurs définissent la notion de dépression de consanguinité et de fardeau génétique (B), terme qui désigne l’ensemble des mutations génétiques défavorables dans une population. Ils détaillent ensuite très spécifiquement la manière de calculer le taux de consanguinité d'une population, notamment à travers le coefficient de consanguinité (F) et l'identité par filiation, ou "identity by descent" (IBD). Ils expliquent que les progrès en génomique permettent aujourd'hui des calculs beaucoup plus précis de la consanguinité, notamment via l'utilisation de marqueurs génomiques spécifiques (ex : SNPs). Cette révision permettrai de mettre en évidence une sous-estimation conséquente de la dépression de consanguinité chez les populations sauvages par rapport aux populations élevées en milieu contrôlé. Le risque de dépression de consanguinité est estimé à l'aide de l'indicateur 2B (nombre d'équivalents létaux par zygote diploïde).
La deuxième partie de la review liste deux phénomènes qui peuvent contribuer à abaisser une dépression de consanguinité élevée. Le premier est le phénomène de purge, celui-ci apparaît naturellement dans une population lorsqu'une forte consanguinité entraîne une augmentation de l'homozygotie et une fixation de nombreux caractères récessifs délétères. Les allèles délétères, entraînant une baisse de la fitness des individus, sont donc progressivement éliminés par la sélection naturelle.
Le second phénomène est celui qui nous intéresse : le sauvetage génétique. Les auteurs expliquent que ce phénomène a été observé de nombreuses fois avec un effet positif, comme pour la population des panthères de Floride, mais peut aussi n'être que de courte durée dans d'autres cas plus rares, tels que pour la population de loups de l'Isle Royale, où le nombre d'individus a chuté quelques années après le sauvetage. Ainsi, selon les auteurs, même si le sauvetage génétique semble être une stratégie pouvant permettre de sauver les populations en danger critique d'extinction et souffrant de dépression de consanguinité, des précautions doivent être prises et des conditions préalables doivent être remplies.
Premièrement, une population source appropriée, c'est à dire suffisamment similaire génétiquement, doit pouvoir être utilisée. Deuxièmement, l'adaptation génétique locale risque d'être perdue et cela pourrait contribuer à la disparition de l'espèce à long terme. Troisièmement, l'exemple des loups de l'Isle Royale cité plus haut suppose que même en cas de sauvetage génétique réussi à première vu, il existe un risque de consanguinité ultérieure. Par exemple, si les immigrants proviennent d'une population source importante et ont une fitness plus élevée que les autres individus de la population cible, des allèles délétères rares pourraient s'accumuler et entraîner une augmentation de la charge de consanguinité.
Cependant, selon les auteurs, le sauvetage génétique peut permettre de gagner du temps en améliorant la fitness des populations menacées à court terme, de sorte à ce que les menaces initiales, telles que la perte d'habitat, puissent être gérées afin d'assurer un rétablissement des populations à long terme.
La review permet d'appréhender différentes notions ayant un rapport plus ou moins important avec la controverse. En premier lieu, les auteurs définissent la notion de dépression de consanguinité et de fardeau génétique (B), terme qui désigne l’ensemble des mutations génétiques défavorables dans une population. Ils détaillent ensuite très spécifiquement la manière de calculer le taux de consanguinité d'une population, notamment à travers le coefficient de consanguinité (F) et l'identité par filiation, ou "identity by descent" (IBD). Ils expliquent que les progrès en génomique permettent aujourd'hui des calculs beaucoup plus précis de la consanguinité, notamment via l'utilisation de marqueurs génomiques spécifiques (ex : SNPs). Cette révision permettrai de mettre en évidence une sous-estimation conséquente de la dépression de consanguinité chez les populations sauvages par rapport aux populations élevées en milieu contrôlé. Le risque de dépression de consanguinité est estimé à l'aide de l'indicateur 2B (nombre d'équivalents létaux par zygote diploïde).
La deuxième partie de la review liste deux phénomènes qui peuvent contribuer à abaisser une dépression de consanguinité élevée. Le premier est le phénomène de purge, celui-ci apparaît naturellement dans une population lorsqu'une forte consanguinité entraîne une augmentation de l'homozygotie et une fixation de nombreux caractères récessifs délétères. Les allèles délétères, entraînant une baisse de la fitness des individus, sont donc progressivement éliminés par la sélection naturelle.
Le second phénomène est celui qui nous intéresse : le sauvetage génétique. Les auteurs expliquent que ce phénomène a été observé de nombreuses fois avec un effet positif, comme pour la population des panthères de Floride, mais peut aussi n'être que de courte durée dans d'autres cas plus rares, tels que pour la population de loups de l'Isle Royale, où le nombre d'individus a chuté quelques années après le sauvetage. Ainsi, selon les auteurs, même si le sauvetage génétique semble être une stratégie pouvant permettre de sauver les populations en danger critique d'extinction et souffrant de dépression de consanguinité, des précautions doivent être prises et des conditions préalables doivent être remplies.
Premièrement, une population source appropriée, c'est à dire suffisamment similaire génétiquement, doit pouvoir être utilisée. Deuxièmement, l'adaptation génétique locale risque d'être perdue et cela pourrait contribuer à la disparition de l'espèce à long terme. Troisièmement, l'exemple des loups de l'Isle Royale cité plus haut suppose que même en cas de sauvetage génétique réussi à première vu, il existe un risque de consanguinité ultérieure. Par exemple, si les immigrants proviennent d'une population source importante et ont une fitness plus élevée que les autres individus de la population cible, des allèles délétères rares pourraient s'accumuler et entraîner une augmentation de la charge de consanguinité.
Cependant, selon les auteurs, le sauvetage génétique peut permettre de gagner du temps en améliorant la fitness des populations menacées à court terme, de sorte à ce que les menaces initiales, telles que la perte d'habitat, puissent être gérées afin d'assurer un rétablissement des populations à long terme.
Rigueur de la review
La méthodologie de la review est très simple car elle ne fait que lister et regrouper des informations issues de la littérature. La review détaille mathématiquement les calculs et exprime des faits objectifs soutenus par de nombreuses références. Aucun conflit d'intérêt n'est noté.
La méthodologie de la review est très simple car elle ne fait que lister et regrouper des informations issues de la littérature. La review détaille mathématiquement les calculs et exprime des faits objectifs soutenus par de nombreuses références. Aucun conflit d'intérêt n'est noté.
Ce que cette review apporte au débat
La review permet de redéfinir des termes importants de la controverse, notamment la dépression de consanguinité et le phénomène de purge explicités par des calculs simples. Elle reprend également notre sujet principal, le sauvetage génétique, en clarifiant les différents aspects de la controverse. Les auteurs ont un discours initialement très objectif mais prennent à la fin partie pour le sauvetage génétique tout en nuançant leurs propos par des mises en garde sur l'utilisation de cette stratégie.
La review permet de redéfinir des termes importants de la controverse, notamment la dépression de consanguinité et le phénomène de purge explicités par des calculs simples. Elle reprend également notre sujet principal, le sauvetage génétique, en clarifiant les différents aspects de la controverse. Les auteurs ont un discours initialement très objectif mais prennent à la fin partie pour le sauvetage génétique tout en nuançant leurs propos par des mises en garde sur l'utilisation de cette stratégie.
Titre de la review
Comprendre la dépression de consanguinité, la purge et le sauvetage génétique
Comprendre la dépression de consanguinité, la purge et le sauvetage génétique
Résumé de la review
La review permet d'appréhender différentes notions ayant un rapport plus ou moins important avec la controverse. En premier lieu, les auteurs définissent la notion de dépression de consanguinité et de fardeau génétique (B), terme qui désigne l’ensemble des mutations génétiques défavorables dans une population. Ils détaillent ensuite très spécifiquement la manière de calculer le taux de consanguinité d'une population, notamment à travers le coefficient de consanguinité (F) et l'identité par filiation, ou "identity by descent" (IBD). Ils expliquent que les progrès en génomique permettent aujourd'hui des calculs beaucoup plus précis de la consanguinité, notamment via l'utilisation de marqueurs génomiques spécifiques (ex : SNPs). Cette révision permettrai de mettre en évidence une sous-estimation conséquente de la dépression de consanguinité chez les populations sauvages par rapport aux populations élevées en milieu contrôlé. Le risque de dépression de consanguinité est estimé à l'aide de l'indicateur 2B (nombre d'équivalents létaux par zygote diploïde).
La deuxième partie de la review liste deux phénomènes qui peuvent contribuer à abaisser une dépression de consanguinité élevée. Le premier est le phénomène de purge, celui-ci apparaît naturellement dans une population lorsqu'une forte consanguinité entraîne une augmentation de l'homozygotie et une fixation de nombreux caractères récessifs délétères. Les allèles délétères, entraînant une baisse de la fitness des individus, sont donc progressivement éliminés par la sélection naturelle.
Le second phénomène est celui qui nous intéresse : le sauvetage génétique. Les auteurs expliquent que ce phénomène a été observé de nombreuses fois avec un effet positif, comme pour la population des panthères de Floride, mais peut aussi n'être que de courte durée dans d'autres cas plus rares, tels que pour la population de loups de l'Isle Royale, où le nombre d'individus a chuté quelques années après le sauvetage. Ainsi, selon les auteurs, même si le sauvetage génétique semble être une stratégie pouvant permettre de sauver les populations en danger critique d'extinction et souffrant de dépression de consanguinité, des précautions doivent être prises et des conditions préalables doivent être remplies.
Premièrement, une population source appropriée, c'est à dire suffisamment similaire génétiquement, doit pouvoir être utilisée. Deuxièmement, l'adaptation génétique locale risque d'être perdue et cela pourrait contribuer à la disparition de l'espèce à long terme. Troisièmement, l'exemple des loups de l'Isle Royale cité plus haut suppose que même en cas de sauvetage génétique réussi à première vu, il existe un risque de consanguinité ultérieure. Par exemple, si les immigrants proviennent d'une population source importante et ont une fitness plus élevée que les autres individus de la population cible, des allèles délétères rares pourraient s'accumuler et entraîner une augmentation de la charge de consanguinité.
Cependant, selon les auteurs, le sauvetage génétique peut permettre de gagner du temps en améliorant la fitness des populations menacées à court terme, de sorte à ce que les menaces initiales, telles que la perte d'habitat, puissent être gérées afin d'assurer un rétablissement des populations à long terme.
La review permet d'appréhender différentes notions ayant un rapport plus ou moins important avec la controverse. En premier lieu, les auteurs définissent la notion de dépression de consanguinité et de fardeau génétique (B), terme qui désigne l’ensemble des mutations génétiques défavorables dans une population. Ils détaillent ensuite très spécifiquement la manière de calculer le taux de consanguinité d'une population, notamment à travers le coefficient de consanguinité (F) et l'identité par filiation, ou "identity by descent" (IBD). Ils expliquent que les progrès en génomique permettent aujourd'hui des calculs beaucoup plus précis de la consanguinité, notamment via l'utilisation de marqueurs génomiques spécifiques (ex : SNPs). Cette révision permettrai de mettre en évidence une sous-estimation conséquente de la dépression de consanguinité chez les populations sauvages par rapport aux populations élevées en milieu contrôlé. Le risque de dépression de consanguinité est estimé à l'aide de l'indicateur 2B (nombre d'équivalents létaux par zygote diploïde).
La deuxième partie de la review liste deux phénomènes qui peuvent contribuer à abaisser une dépression de consanguinité élevée. Le premier est le phénomène de purge, celui-ci apparaît naturellement dans une population lorsqu'une forte consanguinité entraîne une augmentation de l'homozygotie et une fixation de nombreux caractères récessifs délétères. Les allèles délétères, entraînant une baisse de la fitness des individus, sont donc progressivement éliminés par la sélection naturelle.
Le second phénomène est celui qui nous intéresse : le sauvetage génétique. Les auteurs expliquent que ce phénomène a été observé de nombreuses fois avec un effet positif, comme pour la population des panthères de Floride, mais peut aussi n'être que de courte durée dans d'autres cas plus rares, tels que pour la population de loups de l'Isle Royale, où le nombre d'individus a chuté quelques années après le sauvetage. Ainsi, selon les auteurs, même si le sauvetage génétique semble être une stratégie pouvant permettre de sauver les populations en danger critique d'extinction et souffrant de dépression de consanguinité, des précautions doivent être prises et des conditions préalables doivent être remplies.
Premièrement, une population source appropriée, c'est à dire suffisamment similaire génétiquement, doit pouvoir être utilisée. Deuxièmement, l'adaptation génétique locale risque d'être perdue et cela pourrait contribuer à la disparition de l'espèce à long terme. Troisièmement, l'exemple des loups de l'Isle Royale cité plus haut suppose que même en cas de sauvetage génétique réussi à première vu, il existe un risque de consanguinité ultérieure. Par exemple, si les immigrants proviennent d'une population source importante et ont une fitness plus élevée que les autres individus de la population cible, des allèles délétères rares pourraient s'accumuler et entraîner une augmentation de la charge de consanguinité.
Cependant, selon les auteurs, le sauvetage génétique peut permettre de gagner du temps en améliorant la fitness des populations menacées à court terme, de sorte à ce que les menaces initiales, telles que la perte d'habitat, puissent être gérées afin d'assurer un rétablissement des populations à long terme.
Rigueur de la review
La méthodologie de la review est très simple car elle ne fait que lister et regrouper des informations issues de la littérature. La review détaille mathématiquement les calculs et exprime des faits objectifs soutenus par de nombreuses références. Aucun conflit d'intérêt n'est noté.
La méthodologie de la review est très simple car elle ne fait que lister et regrouper des informations issues de la littérature. La review détaille mathématiquement les calculs et exprime des faits objectifs soutenus par de nombreuses références. Aucun conflit d'intérêt n'est noté.
Ce que cette review apporte au débat
La review permet de redéfinir des termes importants de la controverse, notamment la dépression de consanguinité et le phénomène de purge explicités par des calculs simples. Elle reprend également notre sujet principal, le sauvetage génétique, en clarifiant les différents aspects de la controverse. Les auteurs ont un discours initialement très objectif mais prennent à la fin partie pour le sauvetage génétique tout en nuançant leurs propos par des mises en garde sur l'utilisation de cette stratégie.
La review permet de redéfinir des termes importants de la controverse, notamment la dépression de consanguinité et le phénomène de purge explicités par des calculs simples. Elle reprend également notre sujet principal, le sauvetage génétique, en clarifiant les différents aspects de la controverse. Les auteurs ont un discours initialement très objectif mais prennent à la fin partie pour le sauvetage génétique tout en nuançant leurs propos par des mises en garde sur l'utilisation de cette stratégie.
Dernière modification il y a plus de 7 ans.