The explosive, long fuse, and short fuse models represent competing hypotheses for the timing of placental
mammal diversification. Support for the explosive model, which posits both interordinal and intraordinal
diversification after the KPg mass extinction, derives from morphological cladistic studies that place
Cretaceous eutherians outside of crown Placentalia. By contrast, most molecular studies favor the long fuse
model wherein interordinal cladogenesis occurred in the Cretaceous followed by intraordinal cladogenesis
after the KPg boundary. Phillips (2016) proposed a soft explosive model that allows for the emergence of a
few lineages (Xenarthra, Afrotheria, Euarchontoglires, Laurasiatheria) in the Cretaceous, but otherwise
agrees with the explosive model in positing the majority of interordinal diversification after the KPg mass
extinction. Phillips (2016) argues that rate transference errors associated with large body size and long
lifespan have inflated previous estimates of interordinal divergence times, and further suggests that most
interordinal divergences are positioned after the KPg boundary when rate transference errors are avoided
through the elimination of calibrations in large-bodied and/or long lifespan clades. Here, we show that rate
transference errors can also occur in the opposite direction and drag forward estimated divergence dates
when calibrations in large-bodied/long lifespan clades are omitted. This dragging forward effect results in
the occurrence of more than half a billion years of ‘zombie lineages’ on Phillips’ preferred timetree. By contrast with ghost lineages, which are a logical byproduct of an incomplete fossil record, zombie lineages
occur when estimated divergence dates are younger than the minimum age of the oldest crown fossils.
We also present the results of new timetree analyses that address the rate transference problem highlighted by Phillips (2016) by deleting taxa that exceed thresholds for body size and lifespan. These analyses
recover all interordinal divergence times in the Cretaceous and are consistent with the long fuse model of
placental diversification. Finally, we outline potential problems with morphological cladistic analyses of
higher-level relationships among placental mammals that may account for the perceived discrepancies
between molecular and paleontological estimates of placental divergence times.
Titre de l'article
Réveiller les morts-vivants : les implications d'un modèle explosif atténué pour le timing de diversification des mammifères placentaires.
Réveiller les morts-vivants : les implications d'un modèle explosif atténué pour le timing de diversification des mammifères placentaires.
Introduction à l'article
Le modèle explosif postule une diversification à la fois inter-ordinale et intra-ordinale après la limite K-Pg. Le modèle "Long Fuse" postule une diversification inter-ordinale pendant le Crétacé, suivie d'une diversification intra-ordinale après la limite K-Pg. Phillips (2016) a proposé un modèle d'explosif atténué qui décrit l'émergence de quelques lignées de placentaires (Xenarthra, Afrotheria, Euarchontoglires, Laurasiatheria) dans le Crétacé, mais place la majeure partie de la diversification inter-ordinale et la totalité de la diversification intra-ordinale après la limite K-Pg comme le modèle explosif.
Phillips (2016) a avancé que le modèle "Long Fuse" se base sur des résultats erronés par des erreurs de transfert de vitesse gonflant les estimations des temps de divergence. Sa phylogénie est ici discutée car elle résulte en des lignées "zombies" : ce qui se produit lorsque les dates de divergence estimées sont plus jeunes que l'âge minimum impliqué par les archives fossiles.
Le modèle explosif postule une diversification à la fois inter-ordinale et intra-ordinale après la limite K-Pg. Le modèle "Long Fuse" postule une diversification inter-ordinale pendant le Crétacé, suivie d'une diversification intra-ordinale après la limite K-Pg. Phillips (2016) a proposé un modèle d'explosif atténué qui décrit l'émergence de quelques lignées de placentaires (Xenarthra, Afrotheria, Euarchontoglires, Laurasiatheria) dans le Crétacé, mais place la majeure partie de la diversification inter-ordinale et la totalité de la diversification intra-ordinale après la limite K-Pg comme le modèle explosif.
Phillips (2016) a avancé que le modèle "Long Fuse" se base sur des résultats erronés par des erreurs de transfert de vitesse gonflant les estimations des temps de divergence. Sa phylogénie est ici discutée car elle résulte en des lignées "zombies" : ce qui se produit lorsque les dates de divergence estimées sont plus jeunes que l'âge minimum impliqué par les archives fossiles.
Expériences de l'article
Des analyses moléculaires ont été effectuées en utilisant les données de Meredith et al (2011) avec le package mcmctree sur PAML 4.8. Selon Phillips (2016) les erreurs du modèle "Long Fuse" étaient dues aux clades regroupant des animaux de grandes tailles ou à importante longévité, alors les taxons présentant une masse corporelle à l'état adulte dépassant 10 kg ou ayant une longévité maximale dépassant 40 ans ont été exclus des analyses. Les données concernant la taille viennent de Jones et al (2009) et celles concernant la longévité viennent de Magalhães and Costa (2009).
Des analyses de parcimonie ont été effectuées en excluant les alymlestes (mammifères éteints du crétacé) à cause d'un haut pourcentage de données manquantes (94.9%)
Les données concernant les euthériens fossiles de chaque ère géologique ont été récupérées grâce au package R paleobioDB afin d'estimer le taux d'accumulation de nouvelles lignées pour chaque ère.
Des analyses moléculaires ont été effectuées en utilisant les données de Meredith et al (2011) avec le package mcmctree sur PAML 4.8. Selon Phillips (2016) les erreurs du modèle "Long Fuse" étaient dues aux clades regroupant des animaux de grandes tailles ou à importante longévité, alors les taxons présentant une masse corporelle à l'état adulte dépassant 10 kg ou ayant une longévité maximale dépassant 40 ans ont été exclus des analyses. Les données concernant la taille viennent de Jones et al (2009) et celles concernant la longévité viennent de Magalhães and Costa (2009).
Des analyses de parcimonie ont été effectuées en excluant les alymlestes (mammifères éteints du crétacé) à cause d'un haut pourcentage de données manquantes (94.9%)
Les données concernant les euthériens fossiles de chaque ère géologique ont été récupérées grâce au package R paleobioDB afin d'estimer le taux d'accumulation de nouvelles lignées pour chaque ère.
Résultats de l'article
Les estimations des dates des divergences inter ordinales sont en conflit avec le modèle explosif atténué de Phillips (2016). En fait, ce modèle est contredit si les divergences inter ordinales au sein des Afrotheriens, Laurasiatheriens et Euarchontoglires sont situées avant la limite K-Pg, même de très peu, car des divergences pré K-Pg excluent un rôle de la crise d'extinction du K-Pg dans la mise en place de diversifications inter ordinales.
Phillips (2016) suppose que tous les euthériens du crétacé étaient de petits insectivores, mais Romiguier et al (2013) ont estimé que ces euthériens étaient plus gros (>1 Kg) ce qui correspond plus à des primates, cetartiodactyles et carnivores.
L'arbre phylogénétique préféré de Phillips (2016) présente de nombreuses divergences intraordinales qui peuvent estimer les divergences interordinales à des périodes plus récentes car elles sont plus jeunes que les dates minimales impliquées par le registre fossile.
Les estimations des dates des divergences inter ordinales sont en conflit avec le modèle explosif atténué de Phillips (2016). En fait, ce modèle est contredit si les divergences inter ordinales au sein des Afrotheriens, Laurasiatheriens et Euarchontoglires sont situées avant la limite K-Pg, même de très peu, car des divergences pré K-Pg excluent un rôle de la crise d'extinction du K-Pg dans la mise en place de diversifications inter ordinales.
Phillips (2016) suppose que tous les euthériens du crétacé étaient de petits insectivores, mais Romiguier et al (2013) ont estimé que ces euthériens étaient plus gros (>1 Kg) ce qui correspond plus à des primates, cetartiodactyles et carnivores.
L'arbre phylogénétique préféré de Phillips (2016) présente de nombreuses divergences intraordinales qui peuvent estimer les divergences interordinales à des périodes plus récentes car elles sont plus jeunes que les dates minimales impliquées par le registre fossile.
Ce que cet article apporte au débat
Le modèle explosif atténué proposé par Phillips (2016) semble ne pas être en accord avec le registre fossile et être à l'origine de plusieurs "lignées zombies". Les auteurs ont ici rectifié son travail en excluant les clades d'animaux de grandes tailles et à forte longévité au lieu de laisser tomber les calibrations pour ces clades. IL apparaît que le modèle explosif atténué induit des dates de divergence trop récentes concernant les principaux clades d'euthériens.
Le modèle explosif atténué proposé par Phillips (2016) semble ne pas être en accord avec le registre fossile et être à l'origine de plusieurs "lignées zombies". Les auteurs ont ici rectifié son travail en excluant les clades d'animaux de grandes tailles et à forte longévité au lieu de laisser tomber les calibrations pour ces clades. IL apparaît que le modèle explosif atténué induit des dates de divergence trop récentes concernant les principaux clades d'euthériens.
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