Les mauvaises herbes sont-elles vraiment néfastes ?

Les adventices sont la cible depuis l'apparition des pesticides, d'une forte lutte chimique pour réguler leurs populations. Elles sont en partie responsables de la perte de rendement et de qualité des récoltes. Cependant, certaines espèces inféodées aux cultures ont vu leurs densité décroître fortement. De plus, la disparition d'une partie de la diversité associée aux champs a un impact sur de nombreuses espèces associées et sur plusieurs niveaux trophiques. La prise de conscience du rôle des adventices pour le maintient de la biodiversité a mené à un changement de valeur. Les adventices ne seraient pas seulement nuisibles mais participent à fournir des services écosystémiques dans l'agroécosystème. Ainsi, la préservation des cultures par gestion des adventices doit également prendre en compte le niveau de biodiversité nécessaire pour fournir ces services écosystémiques.

La thèse se place dans le contexte d'étude des effets des adventices sur les agrosystèmes. A ce jour il n'existait pas d'outils pour mesurer simultanément les effets, positifs et négatifs des adventices au sein de la parcelle cultivée. Des méthodes sont donc développées pour caractériser les communautés d'adventices de la parcelle agricole en définissant des indicateurs génériques calculables pour n'importe quelle communauté adventice.
Une évaluation des systèmes de culture sur leurs performances à gérer les adventices est réalisé par un diagnostic agronomique de systèmes de culture existants. Le modèle de FLORSYS, un modèle mécaniste est utilisé comme base dans ce travail.
Par la suite, différentes sources de données sont compilées pour mettre au point un jeu d'indicateurs traduisant différentes dimensions de la nuisibilité et de la valeur des adventices pour l'agroécosystème. Une autre méthode permettant d'évaluer les effets d'une interaction entre une adventice et un autre organisme sous l'effet des systèmes de culture est testé.

Une première expérience est réalisée au travers d'une étude de cas sur la problématique suivante : Est ce que la gestion des adventices affecte le risque de pathogènes dans les culture ?
Le principal résultat de cette expérience est le fait que la modélisation des interactions est déterminante dans la gestion des adventices. Il est en effet primordial de conseiller les agriculteurs sur quelle technique privilégier pour la gestion des adventices. Et quels seront les effets sur les bioagresseurs, notamment quelles adventices seront à favoriser pour une régulation biologique efficace des pathogènes.
Les simulations par modélisation des dynamiques des adventices permettent d'évaluer la performance d'une large gamme de systèmes de cultures. En identifiant les espèces et les trade-offs entre production et performance de la biodiversité associé, il est possible de déterminer quelle espèce privilégier pour une culture rentable et riche taxonomiquement.

Après avoir développé cette série d'indicateurs, qui reflètent la nuisibilité et les bénéfices de la flore adventice dans les systèmes de culture, un autre chapitre de la thèse va s'intéresser à identifier les pratiques agricoles qui permettent d'atteindre différentes combinaisons d'indicateurs de biodiversité de nuisibilité. Le principal résultat de cette étude est que la méthode développée est générique, donc applicable à une large gamme de systèmes de cultures. De plus, de nombreux systèmes de cultures sont capables de combiner une production efficace et une gestion des adventices qui permet de maximiser leur contribution pour la biodiversité.

Pour conclure, cette a permis de définir un cadre d'analyse et de développer un outil opérationnel qui permet d'évaluer les systèmes de culture. Cette évaluation est basée sur les performances des systèmes de cultures pour réduire la nuisibilité et promouvoir la biodiversité des communautés adventices qu'ils sélectionnent. Différentes stratégies ont été identifiées, ce qui a permit d’optimiser un ou plusieurs indicateurs simultanément.

La thèse se veut rigoureuse dans l'identification des limites du modèle utilisé. Les intérêts du jeu d'indicateurs, leurs validations, leurs limites et leurs pertinences sont discutés. Des améliorations possibles des indicateurs de nuisibilité et des indicateurs de contribution à la biodiversité sont également identifiés. Ces modèles sont cependant encore à tester sur le terrain. Encore une fois, la proposition d'un méthode simple de conception par amélioration s'appuyant sur le diagnostic est spécifié en dernière partie de la thèse. Une évaluation ex-ante de la durabilité économique, sociale est environnementale est nécessaire, et pourrait être réalisée à l'aide de l'outil d'évalutation multicritère DEXi-PM cité dans la thèse.

Des solutions méthodologiques, notamment basées sur la prédiction des effets nuisibles ou bénéfiques des adventices sur les systèmes de culture existent aujourd'hui. ces outils se basent sur la simulation de modèles mécanistes et permettent d'identifier les espèces clefs dans la préservation de la biodiversité au sein d'une parcelle ou les espèces qui auraient un impact plutôt néfaste. Il est donc possible d'optimiser la gestion des adventices au sein des parcelles agricoles afin de concilier les différents facteurs pouvant induire cette nuisibilité ou la fourniture de services écosystémiques.

Les adventices peuvent avoir, comme montré dans d'autres références de cette controverse, des effets délétères sur les agroécosystèmes, notamment vis-à-vis des banques de graine (cf. Franke et al.). Dans ce contexte, comprendre la dynamique des arthropodes granivores peut permettre d'adapter la lutte contre les adventices sur le long terme.
L'article présenté ici tente de déterminer s'il existe une superposition spatiale fine entre les carabes, un genre d'arthropode granivore, les adventices et leurs graines, dans des champs de colza.

Dans chacun des quatre champs de colza a été délimitée une zone de 200 m², elle-même subdivisée en 25 carrés de 40 m² chacun. Au centre de chacun de ces carrés, un piège à fosse a été installé, rempli de propylène glycol, servant comme attractant et préservateurs pour les carabes omnivores. Les pièges ont été relevés une fois par semaine, et les carabes capturés ont été conservés dans de l'éthanol pour identification. Leur activité a été estimée en sommant le nombre de captures par carré, le tout sur trois mois. Dans chaque cas, seule l'espèce abondante a été isolée pour les analyses, les autres ayant été regroupées.
Les adventices ont été échantillonnées en prenant trois carrés d'1 m² dans chaque carré de 25 m². au mois de Juin, et les graines en prélevant des carottes selon les mêmes modalités.
La superposition a été évaluée par méthode SADIE (Spatial Analysis by Distance Indices), qui est une méthode statistique permettant d'évaluer le regroupement spatial dans des données de comptage.

Les carabes omnivores principaux ayant été capturés étaient Pterostichus melanarius, Amara littoralis, Amara spp., Amara obsesa, Amara quenseli, Poecilius lucublandus et Harpalus affinis. Leur période maximale d'activité est centrée autour des stages finaux de maturation du colza.
Bien que les distributions spatiales de carabes, d'adventices et de leurs graines soient variables d'un champ à l'autre, il y a une association positive significative entre la distribution des carabes et celle des pousses d'adventices, mais pas avec la distribution des graines. Contrairement au postulat de départ des auteurs, qui envisageaient une superposition spatiale des carabes et des graines dans un but nutritif, ils suggèrent d'après leurs résultats que les carabes adultes recherchent les adventices pour les utiliser en tant qu'abri, voire comme site d'oviposition.

Cette étude a été partiellement financée par la Commission des Producteurs de Colza de l'Alberta au Canada, qu'on peut supposer être intéressée par l'aspect de lutte anti-adventices des carabes.

Cet article montre la capacité des adventices non pas ici à sauvegarder de la diversité écosystémique (cf. Marshall et al.), mais bien de concentrer à une échelle fine les espèces dont elles dépendent, d'autant plus dans un contexte de déclin des populations (Lövei et Sutherland, 1996).

Les adventices sont les plantes qui se développent spontanément dans les milieux modifiés par l'Homme et qui de ce fait gênent les activités agricoles. Il existe trois types de nuisibilité : primaire directe, primaire indirecte et secondaire. L'article ne traite que de la nuisibilité primaire directe qui correspond à la compétition ou à la réduction par allélopathie de la croissance et du développement de la plante cultivée. Cette compétition pour les ressources dépend de la quantité de ressources disponibles, de la durée de co-occurrence des individus, du nombre et de la capacité des adventices à prélever ces ressources.
Si il existe des estimations de pertes de rendement pour le blé et d'autres céréales, il n'existe aucune étude globale sur le colza et le tournesol. L’objectif de ce travail a donc été d’étudier les différences de rendements entre des parcelles non désherbées et désherbées chimiquement et d’identifier des liens de causalités avec la flore adventice.

Pour cette étude, 110 essais « désherbage » menés en France entre 1993 et 2015 ont été compilé (63 essais sur blé tendre d'hiver, 29 sur le colza et 18 sur le tournesol). Un essai « désherbage » consiste en une expérimentation testant sur 1 an différents programmes herbicides. Il se compose d'un ensemble de parcelles traitées (=T) et d'au moins une témoin non traité (TNT). L’abondance totale des adventices (nombre d’individus par m²) est quantifiée par dénombrement sur des échantillons de 4 à 8 blocs (0,25 m²) choisis aléatoirement. L'efficacité du désherbage (en %) est quantifié en comparant les rendements (en q/ha) des T aux TNT.
La différence de rendement entre les TNT et les T est calculée par bloc à partir d’un modèle linéaire prenant en compte l’effet bloc et l’effet traitement. Un effet global a également été approché pour l’ensemble des essais d’une même culture. L’interprétation se fait comme un test statistique classique au seuil de 5%. L'ensemble des données ont été traités sur R.

92% des essais en blé tendre d’hiver (i.e. tous sauf 5) indiquent une perte de rendement lorsque la parcelle n’est pas traitée. La perte de rendement va de -0,8 q/ha à -64 q/ha avec une moyenne de -26 q/ha.
51% des essais en colza indiquent une perte de rendement lorsque la parcelle n’est pas traitée. La perte de rendement se situe entre -12,4 q/ha et 3,8 q/ha avec une moyenne de -3,5 q/ha.
61% des essais en tournesol indiquent une perte de rendement lorsque la parcelle n’est pas traitée. La perte de rendement se situe entre -14,5 q/ha et 0,04 q/ha avec une moyenne de 4,1 q/ha.
Globalement l’ensemble des essais mettent en évidence une perte de rendement.
Aucun essais ne présente de gain de rendement significatif, même si quelques parcelles traitées ont un rendement inférieur aux TNT. On observe toutefois une forte variabilité des valeurs estimées qui peut s'expliquer par la différence de gamme des traitements testés et de leur efficacité, des espèces présentes, leurs densités...

Auto-critique de l'article
Afin de s'approcher au maximum des cas réel, la flore adventice présente n’a pas été ni sélectionnée, ni semée,
contrairement à la majorité des études réalisées pour caractériser la compétition.
Cependant la densité totale de plantes adventices n‘est pas un bon indicateur de nuisibilité car elle ne donne pas d’information sur la période d’émergence de la flore et donc sur la période de co-occurrence avec la culture qui est identifiée comme primordiale. Même s’ils sont chronophage, la biomasse produite ou la surface foliaire relative ont été identifiées comme meilleur prédicteur de la nuisibilité que la densité car elles traduisent mieux le rapport de force entre la culture et la mauvaise herbe dans la capture et la transformation des ressources en biomasse.

L'article nous informe sur la perte des rendements des cultures à cause de la compétitions par les adventices. Il informe également sur les différents types de nuisibilité des adventices sur les cultures. A savoir la nuisibilité primaire directe (compétition et réduction par allélopathie de la croissance de la plante cultivée), la nuisibilité primaire indirecte (quand les plantes
adventices diminuent l’état sanitaire de la culture ou la qualité de la récolte ou augmentent le coût
des travaux culturaux…) et la nuisibilité secondaire (quand les plantes adventices grainent et
réalimentent le stock semencier du sol, pouvant conduire à amplifier la nuisibilité les années
suivantes).

L'article est centré sur l'agriculture et sur les rendements des récoltes, il ne rend donc pas compte de la totalités de ses effets sur l'agriculture.

Les activités industrielles et l'utilisation des pesticides ont des effets délétères démontrés sur les animaux, les plantes et les micro-organismes. Cause directe de certains de ces effets néfastes, les métaux lourds, tels que le cuivre, le molybdène ou le zinc, ont un grand pouvoir polluant pour les eaux et les sols, et les écosystèmes associés.
Il existe plusieurs méthodes pour dépolluer un sol d'une contamination aux métaux lourds, qui reposent sur des procédés physiques, chimiques, ou biologiques. C'est dans cette dernière catégorie que vient se placer la phytoremédiation, qui consiste à transloquer les métaux lourds du sol dans lequel sont les plantes dans leurs parties aériennes . Les avantages de la phytoremédiation sont sa facilité de mise en place, sa sécurité pour l'environnement, et son adaptabilité. Elle est en revanche lente, et se limite à des niveaux de contamination peu élevés. Il est ici question de déterminer si les adventices sont utilisables dans un tel dispositif.

Les graines de quatre adventices, Solanum nigrum, Abutilon theophrasti, Taraxacum officinale et Portulaca oleracea, ont été récupérées dans des champs arables, avant d'être stérilisées pour éviter les contaminations fongiques. La germination de ces graines a ensuite été forcée, avec des méthodes variant selon la graine considérée. Une fois la germination commencée, les graines ont été transférées dans des pots contenant 2 litres d'un loam argileux, préalablement traités avec des solutions de cadmium (Cd) (0, 10, 20, 40, 60 et 80 mg de Cd/kg de loam) et dans des conditions de température, d'humidité et de luminosité contrôlées.
Au bout de 70 jours, les plants ont été récupérés, pesés en masse totale et à sec, puis digérés pour mesurer la concentration en Cd par spectrophotométrie. Trois ratios ont été calculés : la teneur en métaux lourds (tml) de la plante/celle du sol, la tml des tiges de la plante/celle des racines, et enfin la tml des tiges/celle de la plante entière.

La masse de toutes les adventices testées, fraîche et sèche, diminue plus la concentration en Cd du sol est élevée, avec un réduction entre 50 et 90% de la masse pour le taux le plus haut.
Les espèces ayant le moins perdu en masse sont S. nigrum et T. officinale, et elles sont également celles qui ont absorbé le plus de Cd (entre 3 et 8 fois plus que A. theophrasti et P. oleracea). Dans le même temps et à l'inverse de A. theophrasti et P. oleracea, ces deux espèces ont une concentration en Cd plus élevée dans leurs tiges que leurs racines : elles absorbent efficacement le cadmium du sol. Ce sont des espèces hyperaccumulatrices de cadmium, car elles sont capables d'absorber plus de 100mg de Cd/kg. Dans le même sens, l'efficacité de translocation (passage des racines aux parties aériennes) du cadmium de ces adventices étant élevée, elle peut suggérer une dépollution des sols par simple élimination des parties aériennes de la plante, la partie sous-terraine continuant à absorber le Ccadmium?

La phytoremédiation de sols chargés en cadmium a été testée dans des pots, avec un loam de composition artificielle, et en conditions très contrôlées : pas de certitude concernant la capacité des adventices à dépolluer des sols riches en cadmium en conditions extérieures, ou l'existence d'éventuelles interactions qui pourraient potentialiser ou limiter cet effet dépolluant.

Cet article met en lumière la capacité qu'ont les adventices, des plantes ubiquitaires, à dépolluer les sols de contaminations aux métaux lourds. Ce résultats est intéressant car il permet de montrer que la phytoremédiation des sols peut être effectuée avec des plantes communes, et donc à moindre coût et sans risque d'introduction d'espèces invasives.

La diversité et la quantité de fleurs disponibles dans la nature diminue, avec pour cause directe le déclin des pollinisateurs. L'abeille mellifère est un exemple frappant, avec plus de la moitié des populations disparues à l'échelle mondiale, à cause de maladies, mais également des pesticides. Il résulte de cette diminution un déclin des fleurs et arbres à pollinisation apicole quasi-exclusive : poiriers, fraisiers par exemple. Malgré ce déclin, la composition du régime des abeilles mellifères est peu étudiée, notamment sa dynamique annuelle selon les floraisons de masse (colza et tournesol par exemple), et les périodes intercalaires de faible floraison. La part des arbres et des herbacées dans leur régime était jusque-là inconnue, et par conséquent celle des adventices également.

L'étude se déroule dans le centre-Ouest français, dans une région très agricole, sur un territoire de 450km² de surface, divisée en 50 carrés de 10km² chacune. Sur une période de 5 ans (2008 à 2012) et chaque année, des ruchers comportant 5 ruches ont été installés au centre de 10 de ces carrés sélectionnés au hasard. Les abeilles avaient principalement accès à des fleurs de colza et de tournesol.
Le pollen et le nectar collecté par les abeilles a été récupéré à intervalles réguliers, pour approximer la quantité collectée sur toute la période d'étude. Le pollen est récupéré grâce à un 'piège à pollen', contre lequel les abeilles passent quand elles rentrent dans la ruche. Le nectar est quant à lui mesuré en prenant la différence entre les rayons pleins, et les rayons vides.
Le nectar et le pollen sont par la suite identifiés, puis leur masse est rapportée au total pour déterminer la part totale de chaque espèce végétale dans la collecte des abeilles.

L'étude montre que le régime de collecte des abeilles mellifères suit une dynamique bimodale : la collecte de pollen et de nectar est élevée autour de l'éclosion du colza d'une part, du tournesol et du maïs d'autre part, formant deux pics sur l'année (Mai et Juillet-Août). Entre ces deux périodes intenses, la collecte est plus faible, mais toujours existante, et l'origine du nectar et du pollen est variable dans le temps. Le nectar est quasi-exclusivement récolté sur des plantes cultivées.
La part de collecte de pollen correspondant aux espèces cultivées augmente concomitamment aux pics mentionnés plus tôt, alors que les arbustes représentent la quasi-totalité des collectes du mois d'Avril.
Entre ces deux pics, les plantes herbacées représentent la majorité du pollen récolté, avec près de 60% de la masse totale récoltée. Sur l'année, cette proportion s'élève à 40%.

Comme évoqué brièvement dans l'article, faire reposer les calculs de proportion de chaque espèce végétale sur la masse de pollen récupérée présente un biais : les différents pollens ont des tailles et des masses différentes, et une telle méthode tendrait à sur-représenter les pollens de grande taille, et à minimiser la part des pollens de petite taille.

Cet article montre la part des adventices dans le régime alimentaire des abeilles mellifères, et son importance hors des périodes de floraison des champs cultivés, pendant lesquelles les herbacées représentent plus de la moitié de leur alimentation.

Le rat-kangourou (Dipodomys heermanni arenae.), est une espèce adaptée aux environnements désertiques qui joue un rôle-clé dans la modification des sols, notamment car il consomme et disperse les graines des environnements peu végétalisés. Il apparaît que les environnements très végétalisés lui sont peu adaptés, perturbant ses comportements de d'évitement de prédateurs et ses déplacements.
Ehrharta calycina, une plante invasive originaire d'Afrique du Sud, est considérée comme une adventice par sa capacité de prolifération : elle est capable de transformer des aires peu végétalisées en des prairies denses. Les aires de répartition d'Ehrharta calycina et de Dipodomys spp. se superposent, et l'hypothèse de départ de la thèse ici étudiée veut qu'E. calycina ait bel et bien un effet délétère sur le comportement du rat-kangourou.

Matériel et méthodes :
La capture des rats a eu lieu en Californie, dans des sites contenant ou pas E. calycina. Un total de 38 rats a été conservé, par souci d'équilibrer les territoires d'origine et le sexe des animaux pour éviter d'éventuels biais.
Des parcours artificiels ont été construits, sous forme de couloirs de 300x60x60 cm, et posés à même le sol, pour que le rat coure sur le sable composant son environnement naturel. Ces couloirs ont été peints dans un ton ressemblant aux environs pour mieux ressembler aux conditions naturelles. Les couloirs ont été dégagés de toute végétation, puis des touffes d'E. calycina ont été placées selon un modèle prédéfini, assurant la reproductibilité de l'expérience, sur les deux derniers mètres du couloir. Le premier mètre permet ainsi aux animaux d'accélérer sans contrainte. Trois conditions ont été testées : un taux de couverture de 40% par les herbes (dense), un taux de 20% (moyen), et un taux de 0% (contrôle).
Les rats ont été placés dans une boîte à l'entrée de chaque couloir, deux fois, pour un total de 6 mesures. Les conditions de test simulent l'échappement à un prédateur : un stimulus visuel, sonore ou tactile est imposé à l'animal, et ce jusqu'à ce qu'il atteigne la boîte de sortie à la fin du couloir. Les animaux ayant des niveaux de sensibilité différents, les stimuli n'ont pas été calibrés, mais ont été pris en compte dans l'analyse finale.
Dans un deuxième temps, 20 rats sur les 38 capturés ont été exposés à un traitement similaire, en laboratoire cette fois : après acclimatation aux environnements de test (dense, moyen, contrôle), les animaux sont présentés à un couloir neutre (1 mètre de long, sol sableux) suivi d'un embranchement de trois couloirs aux densités d'herbe identiques aux tests sur le terrain.
Chacun des tests a été filmé pour mesurer les réactions de l'animal, sa vitesse, ainsi que les stimuli employés pour le faire bouger. Les analyses ont été réalisées à l'aide de modèles linéaires généralisés (GLM).

Résultats :
Les résultats obtenus montrent que les rats mettent un temps significativement plus long à traverser le couloir dense que les deux autres, et le couloir moyen que le contrôle. Le temps passé à l'arrêt est également plus important dans le couloir dense que dans les deux autres.
Les animaux provenant d'un biome composé d'E. calycina ont leur temps d'arrêt et de traversée significativement plus faible que les animaux naïfs à E. calycina.
La vitesse de pointe des animaux n'est pas affectée par l'environnement traversé, mais la vitesse moyenne sur la traversée est plus élevée dans le couloir contrôle que dans les couloirs herbeux.
L'intensité des stimuli nécessaires pour faire bouger les animaux (appelée 'motivation' dans la publication) est plus grande dans l'environnement dense que dans les deux autres, et dans l'environnement moyen que dans le contrôle. Les animaux issus d'un environnement où E. calycina est présente nécessitent moins de stimuli que les animaux naïfs.
Ces résultats sont obtenus aussi bien en conditions de laboratoire que lors des tests sur le terrain.

Cette thèse suggère que les adventices, peuvent avoir un effet sur le comportement des animaux des écosystèmes dans lesquels elles s'implantent. L'effet présenté ici est délétère, car l'adventice est un obstacle au déplacement du rat kangourou et à sa stratégie de fuite, mais il est possible qu'une situation inverse se produise, par exemple en offrant aux animaux des abris contre les prédateurs.
Les résultats de cette thèse ne portent pas sur des adventices dans un cadre de cultures agricoles, mais cette même espèce d'herbacée se retrouve également comme adventice. Il est plausible de penser que des effets similaires se retrouvent sur les adventices associées aux cultures.

L'objet de l'étude présentée dans cet article a été la recherche et l'identification de viroses des adventices dans des parcelles de culture destinées à la consommation. Les virus identifiés comme étant responsables des viroses observées sur les adventices échantillonnées sont des agents pathogènes connus des solanacées (pomme de terre, poivron, tomate par exemple). Les adventices ont un rôle dans le maintien de ces agents pathogènes, et dans leur dissémination dans les cultures.

L'échantillonnage des adventices s'est fait dans trois localités de Côté d'Ivoire : Divo, Sinfra et Djebonoua, chacune ayant des paramètres météorologiques différents. Les virus recherchés étaient au nombre de trois : le CMV (Cucumber mosaic virus), le PVMV (Pepper veinal mosaic virus) et le PVY (Potato Virus Y). Au cours de cette récolte, six espèces d'adventices, qui présentaient des signes de viroses (mosaïque, nécrose par exemple) ont été échantillonnées.
Les morceaux de feuilles récupérés ont été préparés dans du tampon d'extraction pour récupérer les virus, et des plaques ELISA ont été recouvertes des anticorps spécifiques à ces virus marqués à la phosphatase alcaline.
Après traitements et incubations successives, un révélateur de la phosphatase alcaline, le para-nitrophénylphosphate, a été ajouté dans chaque puits, et leur absorption à 405nm (jaune) a été mesurée grâce à un spectrophotomètre. Une absorption doublée par rapport au témoin négatif est considérée positive.

Sur les 31 échantillons récoltés, 9 contiennent au moins un virus parmi les trois recherchés.
La répartition des virus dans les différentes espèces d'adventices n'est pas égale : le CMV est présent dans 100% des échantillons de Boerhavia diffusa, Chromolaena odorata, et Euphorbia heterophylla et dans un tiers des Ageratum conyzoides, alors qu'il n'est jamais retrouvé chez Croton hirtus.
Le PVMV est retrouvé dans un tiers des échantillons de Ageratum conyzoides, C. odorata et Cr. hirtus, mais jamais dans B. diffusa et E. heterophylla.
Le PNY a été retrouvé dans tous les échantillons d'E. heterophylla, et dans deux tiers des C. odorata et Cr. hirtus, mais jamais dans les autres espèces.
Des coinfections sont également observées : un tiers des C. odorata est positif à une double infection (CMV + PVY), un autre tiers à une triple infection (CMV + PVMV + PVY). Un tiers des C. hirtus est doublement infecté (PVMV + PVY), comme 100% des E. heterophylla (CMV + PVY).

Pas de conflit d'intérêt a priori.
Échantillonnage assez restreint (seulement 31 échantillons) et échantillonnage uniquement sur les adventices présentant des signes visibles de viroses : l'étude montre bel et bien la présence des virus sus-cités, mais ne peut pas donner une mesure de prévalence qui soit fiable. Il est ainsi impossible de déterminer la part réelle des adventices dans le maintien et la transmission de ces agents pathogènes.
Aucune mention de la combinaison CMV + PVMV dans le texte ou dans la figure de synthèse des résultats : on suppose une absence de cette combinaison dans les échantillons étudiés, mais la précision aurait été bienvenue.

Cet article confirme la présence du CMV, du PVMV et du PNY, néfastes aux cultures de solanacées dans les adventices, qui peuvent ainsi constituer des réservoirs ou des hôtes de transition pour ces virus. Ce résultat est la confirmation de la même découverte issue d'une étude de Alemu et al. réalisée en Éthiopie en 2002. Cette même étude identifie par ailleurs d'autres hôtes potentiels de virus de solanacées.

L'utilisation de produit phytosanitaire en agriculture n'est pas sans conséquence sur le sol, la qualité de l'eau et les écosystèmes. En résulte des changements dans les écosystèmes comme par exemple une diminution de la diversité de la flore et de la faune. En retour cette perte de diversité a des conséquences sur l'agriculture, comme par exemple la disparition des ennemis naturels de ravageurs, la raréfaction des animaux pollinisateurs ou la perte des micro-organismes assurant le maintient de la qualité du sol. Il apparait de plus en plus clair qu'il est nécessaire de revoir nos méthodes de productions afin d'assurer la qualité des récoltes et le maintient des écosystèmes. Les mauvaises herbes constituent une excellente illustration du changement de paradigme actuel qui résulte de
la volonté sociétale et politique d'évoluer vers une agriculture plus durable.
Ce papier a donc pour but de rassembler les connaissances que nous avons sur le rôle des adventices dans les agro-écosystèmes.
L'étude des adventices est biaisé ; les études concernant l'impact négatif des mauvaises herbes sur les récoltes sont beaucoup plus nombreuses que celles quantifiant les bénéfices de ces plantes. Les adventices sont donc victimes de leur mauvaise réputation.
Les mauvaises herbes sont souvent considéré comme étant à la base de la chaine alimentaire des agro-écosystèmes en jouant le rôle de producteur primaire.
Elles jouent donc un rôle important en étant la source de nourriture d'animaux tel que les pollinisateurs, certains arthropodes et annélides ou encore les oiseaux.
Les adventices servent également de ressources alimentaires pour des organismes jouant un rôle dans le contrôle des nuisibles.

Les adventices ont aussi de mauvais côtés, elles peuvent par exemple servir de vecteurs et de réservoirs aux infections ainsi que d'hotes a certains parasites.

Les graines des adventices ont a la fois des bons et des mauvais côtés ; elles servent par exemple de nourriture aux vers de terre qui en échange améliore la qualité du sol, mais elles constituent également un stock de graines qui peut empirer l'infestation les années suivantes.

Les adventices constituent donc un maillon important de l'agro-écosystème. Bien qu'elles participent à diminuer le rendement des cultures, elles fournissent d'autres services important pour l'écosystème.

Cette review apporte de nouvelles informations concernant les interactions entre les adventices et l'agroécosystème.

Cet article est une analyse bibliographique qui recueille des connaissances sur l'impact des graines de mauvaises herbes sur le fonctionnement des agroécosystèmes autres que les effets liés à la production de semis et de plantes adventices. Une banque de graines du sol plus diversifiée et plus abondante contribue à la diversité de la macrofaune et des microorganismes du sol. Cette diversité peut avoir des effets bénéfiques ou néfastes sur l'agroécosystème. Cependant, pour mettre en lumière la contribution des différentes graines d'adventices sur le biote fonctionnel, il est nécessaire de mener des études supplémentaires sur leurs relations. Sera donc étudié dans cet article les différents effets positifs ou négatifs des graines d'adventices sur la macrofaune et sur les populations microbiennes.

La méthodogie consiste en une méta-analyse sur le rôle des graines d'adventices sur la dynamique de la matière organique du sol ainsi que sur les relations entre graines d'adventices et biodiversité de la macro- et mesofaune ainsi que sur les communautés microbiennes impact reconnu sur le fonctionnement des agroécosystèmes, qui inclut des objectifs de conservation.
La recherche a été effectuée à l'aide de moteurs de recherches tels que : "Biological abstracts", "CAB abstracts" et "Google". Différents mots clefs sont implémentés dans un algorithme de recherche afin de mettre en évidence les publications pertinentes. Dans les articles, les nématodes ont été considérés comme appartenant au microbiote, aucune information pertinente sur la mesofaune n'a été trouvée. Les informations sur la macrofaune ont été traités séparément de celles sur les communautés microbiennes.

Soutient de la macrofaune ayant une fonction bénéfique :
Les graines supportent des populations de granivores, notamment les vers de terre qui ont une action bénéfique sur la qualité du sol. Une réserve de graines du sol diversifiée augmente donc indirectement la qualité du sol. Bien que peu quantifié pour l'instant, les fourmis profitent également de cette ressource et améliorent la structure et les propriétés hydriques du sol. Les graines du sol participent également à la conservation d’espèces en danger comme certains oiseaux.

-ayant un effet négatif :
La faune de ravageurs peut également profiter de cette ressource pour proliférer. Cependant, les graines étant disponibles, il est possible que moins de dommage soit causé aux parties aériennes.

Soutient des populations microbiennes ayant un effet positif :
Augmentation de la diversité bactérienne et fongique ayant des effets bénéfiques

-ayant un effet négatif :
Augmentation du réservoir pathogène (virus, bactéries).

Certains mécanismes et effets demandent des études supplémentaires. Notamment les interactions, parfois complexes qui peuvent exister entre les espèces. De plus, certains taxons reconnus comme pathogènes ou bénéfiques peuvent, selon les conditions, avoir des effets significativement différents. Une espèce fongique bénéfique pourrait, si elle se retrouve en abondance trop importante, montrer des signes de pathogénicité par exemple.
Les relations entre disponibilité des graines d'adventices et biodiversité fonctionnelle sont peu étudiés et nécessite des approfondissement afin de comprendre plus en détail ces relations.
Les auteurs proposent cependant une liste d'hypothèses et les questions qui en découlent afin d'orienter les futures recherches.

Cet article nous permet de mettre en évidence les relations, souvent complexes entre la diversité de graines d'adventices dans le sol et leurs impacts sur la biodiversité fonctionnelle. Certains taxons sont favorisés par cette ressource dans le sol et, peuvent avoir des effets bénéfiques sur différents processus (Structure du sol, incorporation de matière organique, recyclage des nutriments, amélioration de l'infiltration, ...). Cependant, certains taxons ayant des effets néfastes sur les cultures peuvent également être favorisés (réservoir de virus, champignons et bactéries pathogènes). Une diversité importante réduit cependant le risque de dégâts importants vis à vis d'une attaque pathogène.
Il est donc primordial de déterminer si les graines d'adventices présentes dans un agrosystème font partie du "biote auxiliaire", qui améliorent le fonctionnement du système ou du "biote destructif" qui aura des effets néfastes sur le système.

Bien que cet article présente de nombreux exemples sur l'effet des graines d'adventices sur différents taxons, peu de détail concernant le type de sol, le type de gestion ou la localisation géographique des parcelles est mentionné.
Les effets des différents taxons ne seront évidemment pas les mêmes en fonction de différents facteurs intrinsèques au type d'agrosystème que l'on étudie.
De plus, les boucles de rétroactions ne sont pas étudiés avec précision dans ce travail bibliographique. Certains taxons pathogènes, pourraient avoir des effets positifs sur d'autres taxons dits "auxiliaires". Tandis que des taxons ayant des effets positifs pourraient favoriser l'abondance de taxons pathogènes.
Caractériser de nombreux effets

L'intensification agricole est une cause de la perte de biodiversité des adventices dans les champs. Une grande partie des adventices adaptées aux terres arables ont vu leurs populations décroître fortement au cours de ces dernières années. Les conséquences sur la chaine trophique sont nombreuses du fait de leurs fonctions écologiques pour les groupes trophiques supérieurs. Les adventices constituent une ressource importante pour les oiseaux, particulièrement pour leur survie en hiver. Le déclin de cette ressource a induit un déclin des populations d'oiseaux associés au milieu agricole. Bien que des rôles positifs soient maintenant attribués aux adventices, leurs impacts négatifs sur la production et la qualité des récoltes sont le principal moteur des stratégies de leur gestion. Une dichotomie forte persiste entre les décideurs politiques qui voient les adventices comme une ressource pour la biodiversité et les agriculteurs qui les voient comme des pathogènes. Est-il donc possible de concilier ces deux visions afin d'obtenir une production efficace tout en séparant spatialement les cultures des zones naturelles ? Les adventices peuvent elles être classées comme bonnes ou mauvaises ? Enfin, est il possible de réconcilier conservation de la biodiversité et production agricole ?

Localisation des adventices :
L'établissement d'une zone ressource abritant des adventices peut se faire à l'intérieur ou en bordure de la parcelle cultivée. Un semis d'adventices dans les zones non cultivées pourrait permettre d'améliorer la diversité de groupes trophiques supérieurs mais peuvent avoir un effet négatif en supprimant les adventices non semées. Une bordure naturelle tend cependant à sélectionner des espèces pérennes compétitives telles que Dactylis glomerata L. ou Holcus lanatus L.. Les espèces moins compétitives qui nécessitent des perturbations occasionnelles, ce qui inclut nombre d'espèces rares seraient défavorisées. Bien que des solutions existent pour encourager un groupe d'espèce d'adventices en bordure de champ, des études supplémentaires seront nécessaires pour évaluer l'ajout de biodiversité dans un champ avec son rendement et les conséquences à long terme d'une implantation à long terme d'adventices.

Existe t'il des bonnes adventices ?

Une approche pour réconcilier biodiversité et rendement serait de sélectionner certaines espèces d'adventices ayant des effets bénéfiques. Une adventice bénéfique aurait une compétition faible avec les espèces cultivées et un potentiel important de ressource pour les groupes trophiques supérieurs. Ces espèces sont résumés dans la figure ci jointe. Ces espèces bénéfiques utilisent, en partie, les ressources non utilisables par les espèces cultivées, ce qui augmente la productivité du système. Il existe une relation entre les traits qui déterminent la compétitivité des adventices et leurs potentiels pour la biodiversité.

L'impact du déclin des populations d'adventices sur la biodiversité des terres arables est donc aujourd'hui reconnu. Il existe cependant des lacunes scientifiques à combler à ce sujet. La restauration d'un couvert végétal en bordure de champ est-il suffisant pour inverser le déclin de la flore et de la faune associés aux terres agricoles ? Il faudra également mettre en place des outils efficaces qui permettront de concilier production végétale et fourniture de ressource pour la biodiversité.

Les auteurs ne sont pas en conflits d’intérêt avec l'étude. La review se veut rigoureuse dans son interprétation de la littérature et met en avant les lacunes scientifiques qui devront être comblées pour aller plus loin dans la démarque qu'ils proposent.

Il existe aujourd'hui des solutions pour préserver la biodiversité au sein d'un agroécosystème. Cette préservation passe par la connaissance d'adventices bénéfiques qui servent de ressource pour les groupes trophiques supérieurs. Cet effet bénéfique se mesure par des traits liés à la compétitivité des adventices. Il est donc nécessaire de connaitre l'écologie, la méthode d'acquisition des ressources et la biodiversité associée aux champs afin de déterminer si une espèce d'adventice sera bénéfique ou non pour la biodiversité de l'agroécosystème.

Le Piétin-échaudage est une infection des racines causée par le champignon Gaeumannomyces graminis qui peut causer des épidémies dans les cultures de céréales. Ces épidémies sont souvent assez peut importante la première année mais gagne en sévérité lors des semis suivants. Cependant, les épidémies graves sont souvent suivies par une diminution progressive de l’infection lors des semis ultérieur du même céréale. Ce déclin est une conséquence du développement dans le sol d’un micro-biote hostile à l’infection. Il semblerait que les micro-biotes soient différents selon la plante en présence. Tout comme les céréales, de nombreuses espèces d'adventices sont aussi infecté par le Piétin et ont également des micro-biotes hostile à cette maladie .
Cet article décrit donc une expérience lors de laquelle les effets de différentes plantes, seules ou en association avec du blé, ont eut sur la prolifération et le déclin du Piétin ont été testés.

L'expérience a été mené sur une parcelle où du blé d'hiver avait été planté les deux années précédentes.
Après laboure, la parcelle a été découpé en 7 parties où ont été semées 6 plantes différentes (A.sterilis, Bromus secalinus, A. myosuroides, Phleum pratense, Lolium perenne et Festuca arundinacea). La dernière partie a été laissé en jachère. Ces 7 parties ont été (ou non) ensemencé le même jour avec du blé d'hiver, pour un total de 14 lots.
Le blé a été récolté le 21 mars 2003, le 9 juillet 2003 et le 7 juillet 2004. Les racines ont ensuite été prélevé, lavé puis examiné pour trouver le piétin. Les données ont ensuite été traité via une Anova.

Le Brome maintient l'infection dans le sol aussi bien que le blé et plus que les plantes vivaces.
Le piétin s'est mieux développé dans les plantations de blés après Anisantha sterilis et Bromus secalinus que dans les plantations continues de blé sans adventices où le piétin semble avoir déjà commencé à décliner.
Après des cultures de blé en association avec Lolium perenne ou Festuca arundinacea l'infection est égal ou plus sévère que dans les plantation de blé sans adventices, malgré le fait que ces plantes soient celles qui laissent le moins d'infection dans le sol. Les auteurs proposent que la présence de ces adventices a inhibé le développement des micro-biotes hostiles au piétin.
Dans tous les cas les effets des adventices semblent être temporaire, puisque chaque récolte ultérieur de blé de la culture test sont similaire.

Pour leur expérience les chercheurs ont utilisés des herbicides pour ne garder que les plantes étudiés.
Il se peut que ces herbicides aient biaisé les résultats en agissant sur les micro-biotes.
D'autant plus que certains d'entre eux tel que le glyphosate sont aujourd'hui très controversé.

Cet article met la lumière sur la capacité des adventices à propager ou entretenir des épidémies dans les cultures.
Lorsque le terrain est entre deux cultures les adventices qui restent peuvent servir de refuge à l'infection jusqu'au prochain semi et ainsi faire partir plus vite l'épidémie.
Ensuite il est possible que les adventices puissent agir négativement sur les micro-biotes défensifs en inhibant leur développement.

Cependant si certaines plantes comme le blé peuvent porter un micro-biote protégeant la plante, il est possible que d'autres plantes en fasse de même.

Ce document est un symposium qui se place dans le contexte de la gestion intégrée des pathogènes IPM (Integrated Pest Management). La plupart des IPM sont conçus autour d'une seule catégorie de pathogènes, la mise en application doit cependant prendre en compte toutes les catégories de pathogènes pour être efficace et rendre compte de la réalité. Ces interactions sont représentées dans le diagramme de la figure 1. Toutes les interactions ne sont pas égales mais il apparait clairement que les adventices occupent une position trophique centrale qui leur donne le potentiel d'impacter toutes les autres catégories de pathogènes. Les interactions entre les adventices et les autres pathogènes peuvent survenir selon plusieurs mécanismes :

1. Relations trophiques basées sur le flux des ressources énergétiques.
2. Altération de l'habitat et de l'environnement.
3. Les tactiques de lutte utilisées pour lutter contre les ravageurs : a. Non chimique. b. Résultat de l'utilisation de pesticides.

Interactions basées sur les relations trophiques :

Les adventices sont des pathogènes spécifiques, ce sont les seuls producteurs primaires parmi ce groupe. Elles peuvent donc être une source directe de nourriture pour d'autres pathogènes mais aussi une source indirecte pour des organismes bénéfiques, résultant en une myriade d'interactions potentielles. Elles peuvent directement soutenir des organismes herbivores ou supporter indirectement des consommateurs secondaires.
Ces mécanismes sont résumés dans la figure 2 :
1- Les adventices peuvent servir d'hôtes alternatifs pour des pathogènes herbivores (A1, C1, D1)
2-Elles peuvent servir d'hôtes alternatifs pour des insectes bénéfiques (D2 bénéfique soutenu par apport de proies E1 qui vit sur les adventices ; proie herbivore Z1 qui vit sur les adventices soutenu par C2).
3-Elles peuvent servir de source directe de nourriture pour des organismes bénéfiques (adventices source de nourriture pour D2 bénéfique ; plantes en dehors de l'agroécosystème subvient en nourriture à C2 bénéfique).
4-Elles peuvent affecter l'efficacité des organismes bénéfiques par la source de nourriture qu'elles apportent (décrit dans 3- ; C2 et D2 profitent des adventices en tant que source de nourriture).
5-Elles peuvent abriter des hyperparasites qui peuvent compromettre l’efficacité des organismes bénéfiques (hyperparasites Z3 et C3 peuvent compromettre l’efficacité de A2 et C2 bénéfiques).
6-Z1 et E1 peuvent soutenir une biodiversité bénéfique qui peut attaquer les pathogènes.

Interactions basées sur l'habitat :

La présence d'adventices peut altérer la reconnaissance des plantes par les parasites. Les pathogènes mobiles seraient moins à même de trouver leurs hôtes. La modification du micro-environnement induit par les adventices serait la cause de ce phénomène. Cependant, elles fournissent également un habitat à de nombreux parasites qui ne pourraient pas survivre en l'absence de ce micro-environnement.

Interaction liées aux méthodes de contrôle utilisées pour contrôler les pathogènes :

Le labour utilisé pour contrôler les adventices a un impact sur tout les organismes du sol. Par exemple, il peut induire une diminution de certains pathogènes des parties aériennes des plantes.
Le contrôle des adventices par l'utilisation de pesticides a également un effet sur des espèces non ciblées. Un contrôle des pathogènes par ce biais peut donc également affecter des communautés bénéfiques non visées.

Le contrôle des adventices peut donc avoir un effet sur tout les autres types de pathogènes, que ce soient des virus, des champignons, des nématodes, des invertébrés, des insectes, etc... Ces effets peuvent avoir des conséquences délétères sur certains organismes bénéfiques à l'agroécosystème.

Cette review est rigoureuse par les sources qu'elle utilise et par la vision intégrée de la gestion des pathogènes qu'elle propose. Elle met en avant les nombreuses interactions qui existent entre les différents types de pathogènes et les relations trophiques qui existent avec les organismes bénéfiques. Il est donc essentiel de prendre en compte tout ces facteurs afin d’avoir un contrôle efficace des adventices tout en prenant en compte les conséquences potentielles sur les autres classes de pathogènes mais aussi sur les différents organismes bénéfiques à l’écosystème étudié.

Les adventices sont au centre des interactions entre pathogènes. Elles peuvent directement ou indirectement influencer la fitness et l'abondance de nombreux autres types de pathogènes dans une parcelle cultivée. Elles peuvent également permettre à d'autres organismes bénéfiques de s'installer et de proliférer. Ces organismes bénéfiques ont un rôle direct dans le contrôles des autres types de pathogènes. Il est donc essentiel de prendre en compte ces différents facteurs lorsque l'on souhaite contrôler l'abondance et la diversité des adventices dans un parcelle cultivée.

Introduction :
Les adventices sont une contrainte importante sur le rendement des agrosystèmes. De nombreux moyens de luttes ont alors été utilisés afin de réduire leurs populations, notamment des herbicides. Cependant, le contrôle de ces espèces adventices a eu des conséquences importantes sur certaines espèces, dépendantes de ces terres agricoles. D'autres taxons associés aux terres agricoles sont également affectés. Certains oiseaux ont ainsi vu leur population décroître et leur diversité s'amoindrir.
Les adventices et les taxons associés aux terres agricoles représentent cependant une part importante de la biodiversité et participent au bon fonctionnement des agrosystèmes. Sera donc étudié dans cette revue l'importance des adventices dans la diversité des terres agricoles ainsi que l'effet des pratiques de gestion sur la diversité floristique et ces impacts sur les taxons non-associés.

Des changements de pratiques :
Premièrement, il et mis en évidence les changements dans les communautés d'adventices depuis le début du vingtième siècle. Un résultat significatif est la baisse de réserve de graines du sol dans les sols cultivés en Angleterre et au Danemark depuis 1900. Puis, le changement dans les pratiques d'agricultures, avec l'usage intensif de pesticides montre qu'une diversité plus importante d'adventices sont contrôlées. Cet usage à réduit la diversité et l'abondance des communautés d'adventices dans les champs.

Une diversité associée :
Cependant, les plantes constituent une gamme importante de ressource pour de nombreux taxons. Ils peuvent, en plus de fournir de la nourriture pour les herbivores, les végétaux fournissent des fonctions d'habitat, de sites de reproduction, et de structuration de l'écosystème par la l'hétérogénéité spatiale et temporelle quelle créée. Ainsi, les adventices peuvent jouer un rôle dans ces fonctions en pourvoyant de la diversité, des fonctions écosystémiques et en soutenant d'autres espèces. La revue s’intéresse donc à l'effet des adventices sur plusieurs taxons.

Les insectes :
Nombre d'insectes sont dépendants d'adventices particulières pour assurer leurs cycle de vie. Que ce soient des pathogènes ou non.

Les oiseaux :
Les changements des pratiques en agriculture sont une source du déclin des populations d'oiseaux. Mais les adventices jouent un rôle important dans ce déclin. Les graines de certaines espèces sont une source importante de nourriture pour les oiseaux granivores. Certaines adventices sont aussi des hôtes importants pour des arthropodes, qui constituent une part importante du régime alimentaire de certains oiseaux.

Équilibre entre biodiversité et production végétale :
La gestion des adventices dans les systèmes de production agricole affecte les fonctions écosystémiques telles que le recyclage des nutriments et les interactions trophiques avec la flore et la faune de l'écosystème. Ainsi, il est suggéré que certaines espèces d'adventices doivent être conservées afin d'assurer un maintient de certains oiseaux et insectes. Ce relâchement de la pression sur le contrôle des adventices doit cependant ce faire prudemment afin de permettre aux espèces moins compétitives de persister tout en contrôlant les espèces trop compétitives. Une gestion ayant pour but de maintenir un certain assemblage de communautés d'adventices est donc privilégié. Cette gestion devra permettre un équilibre entre contrôle des adventices, et contrôle de la biodiversité au sein des terres agricoles. Une approche pragmatique afin d'évaluer l'importance des adventices pour la biodiversité est donc mise en avant dans cette revue. Les futures recherches suggérées devront se concentrer sur la sélection d’espèces et de populations d'adventices qui pourront permettre un équilibre écologique durable.

La revue analyse rigoureusement plusieurs sources sur des pas de temps larges. Cependant, les spécificités, quelles soient climatiques, géographiques ou de méthodes de gestions sont assez peu étudiées. L'auteur se cite à plusieurs reprises dans la review, on dénombre ainsi 5 citations de ses propres études.

Cette review permet de lier les pratiques agricoles avec la gestion des adventices et les effets qui en découlent. Certaines adventices jouent un rôle important dans la conservation de la biodiversité. Des liens trophiques forts sont présents au sein d'un système agricole, et la perte de certains de ces liens induit une perte de biodiversité qui est dommageable en terme de conservation de certaines espèces. Outre le déclin des espèces liées, un déclin de nombreuses espèces d'adventices est visible depuis le début des années 1900, ce qui questionne également sur la conservation de ces espèces.