Développement humain et biodiversité sont-ils antagonistes ?

L'herbicide glyphosate est le produit agrochimique le plus utilisé dans l'agriculture en Argentine. Dans les régions du centre d'Argentine, il y a eu la plus importante transformation du capital naturel en capital économique. La province de Córdoba a perdu 95% de sa couverture forestière initiale.
De plus en plus de preuves démontrent les effets toxicologiques du désherbant. Des effets directs ont été démontrés sur les micro-organismes, les invertébrés et les amphibiens. Chez les mammifères, il a été observé des effets génotoxiques et tératogènes. Les conditions d'application recommandés tolèrent qu'un petit pourcentage soit dérivé. Cette dérive peut entraîner la mortalité et la suppression de la croissance des plantes sauvages sensibles immergés dans les agroécosystèmes. L'utilisation intensive conduit à une pression de sélection qui peut favoriser la sélection de nouvelles mauvaises herbes. But : déterminer effets du glyphosate sur 23 espèces immergées dans les agroécosystèmes.

Pour l'expérience : 10 graines de chaque espèce ( 23 espèces ) sélectionnées dans 20 zones avec des taux élevés de fragmentation dues aux changements dans l'utilisation des terres dans les reliques de la forêt de Chaco en Argentine et où le glyphosate est régulièrement utilisé.

Les semis ont été cultivés sous serre dans des conditions homogènes et ont été assignés à 6 traitements différents avec un échantillon témoin à chaque fois. Les taux appliqués correspondaient aux taux utilisés pour l'agriculture.
Trois semaines après, les effets phytotoxicologiques ont été mesurés. La réponse de l'espèce à l'augmentation du taux de glyphosate a été évalué en comparants la réduction de croissance entre les plants témoins et les plants traités.

Des effets létaux et sublétaux ont été observés pour l'ensemble des espèces même avec des taux faibles de glyphosate. Les résultats de l'expérience suggèrent que la végétation présente dans les reliques de la forêt de Chaco est fortement affecté par l'application de glyphosate dans les terres agricoles adjacentes. Ces résultats suivent la même tendance que dans des travaux précédents dans des zones biogéographiques différentes.
La dérive qui est la pulvérisation excédante qui touche les plantes non ciblées, peut modifier la composition de la communauté végétale en modifiant les interactions biologiques. Un gradient de sensibilité au glycophosate a été observé: certaines espèces mourraient à un taux de glyphosate donné, tandis que d'autres survivaient avec des effets modérés ou étaient tolérantes au glyphosate. Ces résultats sont très inquiétants, car le glyphosate peur favoriser l'apparition de nouveaux biotopes tolérants en éliminant les biotopes sensibles.

Le développement humain a transformé les terres en axant l'agriculture vers l'intensification, pour une production uniforme et destinée au commerce international. Cette agriculture intensive est accompagnée de produits très chimiques pour l'environnement, en commençant par le glycophosate, le désherbant le plus utilisé dans le monde qui réduit la diversité végétale à cause des excédants dérivés des cultures cibles.

Les communautés autochtones possèdent des riches connaissances sur la biodiversité qui font parti intégrante de leurs traditions de gestion des écosystèmes. La conservation de la biodiversité devrait maintenir une diversité biologique mais également une diversité culturelle importante. C'est ce que l'on appelle les approches bioculturelles de la conservation. Ce mode de conservation a été mise en place par les communautés de l'Himalaya orientale, situées au niveau du mont Khangchendzonga ( MK ) qui est reconnu comme un hotspot bioculturel. Le MK comprend diverses communautés ethniques y compris des indigènes comme au Sekkim et Darjeeling en Inde. Le gouvernement de Sikkim, où une grande partie de son territoire englobe des terres protégées du MK , s'est particulièrement mobilisé pour la conservation des espèces. À travers cette publication, nous étudions l'application des connaissances ethnobiologiques sur la conservation de l'environnement.

Les politiques de conservation de la biodiversité à Sikkim sont soutenues par les connaissances traditionnelles des différentes communautés. Ainsi, la combinaison des connaissances des différentes communautés humaines ont favorisé ce riche patrimoine bioculturel qui est Sikkim. Les auteurs ont réalisé une étude bibliographique collectant précisément les données bio-physiques des lieux, les communautés autochtones et locales ainsi que la diversité des espèces. Parallèlement, ils ont étudié les fréquences de citation relatives à chaque espèce, la conservation des espèces menacées, la situation culturelle ainsi que le gouvernement de Sikkim.

Grâce à cette étude, nous savons que Sikkim possède de riches connaissances sur plus de 1100 espèces végétales et animales. Les communautés connaissent non seulement les propriétés utiles des espèces, mais également l'écologie des espèces et leur histoire. Ces savoirs ethnobiologiques influencent significativement la gestion des écosystèmes et la planification de la conservation par le gouvernement de Sikkim. Par exemple, le gouvernement a recruté des personnes indigènes afin d'étudier les populations d'espèces d'oiseaux. Ainsi, la communauté indigène leur a transmis des informations cruciales pour la gestion de ces populations. Les connaissances bioculturelles sont une façon d'intégrer les communautés locales dans la conservation de la biodiversité de l'Himalaya orientale.
Ceci dit, les auteurs pointent le doigt sur un changement de contexte socio-écologique. En effet, les nouvelles générations migrent vers les zones urbaines où elles ne sont plus exposés aux traditions locales.

Le développement culturel apporte des bénéfices importants à la biodiversité. Mais, sans la diversité écologique et biologique, le développement culturel ne pourrait pas subsister. Ainsi il existe une co-adaptation entre la diversité culturelle et la diversité biologique. Il est indispensable de maintenir une diversité culturelle et biologique importante pour la conservation des communautés locales et autochtones et les écosystèmes dans lesquels, elles habitent. Ainsi, la perte de biodiversité s'accompagne de la perte des communautés locales. Il est donc indispensable de réaliser des efforts dans la conservation de la biodiversité en incluant les connaissances bioculturelles des habitants proches des écosystèmes menacés.

Les terres cultivées, les pâturages, les plantations, les zones urbaines en parallèle avec l'augmentation de la consommation de l'énergie, de l'eau et des engrais conduisent à une réduction importante de la biodiversité. Ainsi, les services écosystémiques qui dépendent de la biodiversité sont menacés par l'utilisation intensive des sols. L'utilisation intense des terres impact directement la productivité qui affectent en réduisant indirectement la diversité de nombreux taxons qui fournissent des services écosystémiques. Une biodiversité importante maintient de multiples fonctions et des services ecosystémiques : principe de multifonctionnalité. Par exemple, la gestion intensive de la végétation réduit la biodiversité végétale en favorisant les espèces à croissance rapide et en éliminant les espèces à croissance lente. L'objectif de l'étude est de comprendre les relations entre l'utilisation des terres, la biodiversité et les services ecosystémiques.

Dans notre monde globalisé, le commerce international occupe une place centrale dans les échanges de biens et de ressources. Nombre de pays développés dépendent de l'exploitation des ressources naturelles dans les pays en développement.
Ces ressources telles que l'eau, les minerais ou le bois peuvent être prélevées dans des écosystèmes présentant une diversité d'espèces sensibles à de telles perturbations, comme c'est notamment le cas dans plusieurs pays tropicaux sujets à la destruction et la pollution des habitats naturels.
Mais tandis que notre regard est le plus souvent porté sur les causes proximales de ces phénomènes (i.e. les firmes responsables des perturbations), encore peu d'attention est accordée aux causes ultimes (i.e. l'origine d'une telle exploitation).
Cet article s'intéresse donc aux effets du commerce international sur la diversité animale.

Les auteurs ont pris comme base la liste rouge de l'UICN et des données sur les échanges internationaux de marchandises impliquées dans perte de biodiversité entre 187 pays en tenant compte des multiples transformations. On définit ensuite des "exportateurs/importateurs nets de biodiversité" (i.e. pays qui exportent plus de marchandises dont l'extraction/transformation sont défavorables à la biodiversité qu'ils n'en importent, et vice-versa).

Une attention particulière a également été portée à l'origine et au nombre de maillons des chaînes d'approvisionnement des différentes marchandises. Chaque menace pour la biodiversité a été associée à un type d'industrie (e.g. pêche, agriculture, exploitation minière).

Les pays développés (USA, Union Européenne, Japon principalement) sont en général plutôt importateurs de marchandises dont l'extraction et le commerce sont défavorables à la biodiversité, le contraire étant observé pour les pays en développement (Papouasie Nouvelle-Guinée, Indonésie, Madagascar).
Les plus grosses chaînes d'approvisionnement (café, huile de palme, pêche, bois) impactent plus les pays à forte biodiversité. Ces chaînes particulièrement défavorables bénéficient surtout aux USA et au Japon.

Cet article est limité par sa vision de la biodiversité, i.e. uniquement animale et taxonomique de surcroît. Le terme de "biodiversité" dans le titre n'est donc pas totalement justifié.
Il serait intéressant d'y ajouter la diversité phylogénétique, génétique et fonctionnelle pour avoir une vue plus complète des effets du commerce international sur la biodiversité, en intégrant un large spectre de taxons (champignons, plantes, micro-organismes).

Cet article montre une vision nuancée des menaces du développement humain sur la diversité animale en pointant du doigt certaines pratiques responsables du développement actuel et non pas le développement en soi. Il propose également plusieurs solutions en matière de fiscalité, de droits du travail et de droit environnemental pour contraindre, voire faire disparaître, cette forme de commerce international.

C'est une démonstration élégante et claire de certains effets négatifs du mode de fonctionnement commercial actuel. Il montre également que les conséquences néfastes de l'exploitation des pays du Sud par les pays du Nord ne sont pas uniquement sociales et culturelles mais aussi environnementales et patrimoniales.

Toxoplasma gondii est un des parasites les plus commun au monde. Il est capable d'infecter un large spectre d'hôtes intermédiaires, mais a comme hôte définitif, les félins. Malgré la présence d'une cycle sexué, une grande partie des isolats prélevés chez l'Homme et les animaux domestiques présentent une faible diversité génétique. Cette diversité est tout autre selon certaines études faites sur des animaux sauvages. Il y aurait donc une diversité plus importante dans les zones peu ou non touchées par l'Homme. On peut penser que cette faible diversité pourrait être due à la présence de l'Homme, ou de son impact sur les différents écosystèmes où se développe le parasite. En effet, ces isolats récupérés en zones sauvages auraient un plus grand spectre d'hôtes intermédiaires à infecter ce qui permettrait au parasite de se développer en fonction d'eux, et non, seulement en fonction des hôtes présents dans les milieux anthropiques.

Afin de déterminer si la présence de l'Homme a un effet sur la diversité génétique du parasite les auteurs ont cherché à analyser les zones sauvages de la Guyane Française où l'homme a peu d'impact sur l'environnement ainsi que sur sa biodiversité. L'étude a été réalisée en comparant différentes souches prélevées du milieu anthropique avec des souches du milieu sauvage prélevées lors de précédentes études. Chaque souches ont été injectées dans des souris afin qu'elles se développent pour mieux les analyser. Le génotypage a été réalisé en comparant 15 microsatellites à fort polymorphisme. Ce polymorphisme est mesuré en calculant la richesse en allèle ainsi que la diversité génotypique retrouvée chez les souches. Des analyses statistiques ont ensuite été réalisées afin de déterminer le déséquilibre de liaison ainsi que l'impact des échanges génétiques. Enfin les différents clusters obtenus d'après les analyses ont été rangés dans des arbres et modélisés.

Les résultats obtenus pour l'étude des microsatellites montrent que la richesse allélique est beaucoup plus importante pour les souches sauvages que celle obtenue dans le milieu anthropique. De plus, les génotypes issus de cette analyse étaient tous différents pour les sauvages, alors que pour les anthropiques certaines souches partageaient le même génotype. De même pour la diversité génotypique, elle est beaucoup plus importante chez les sauvages. Avec ceci les analyses du déséquilibre de liaison ne montrent pas de lien entre les différents locus des souches sauvages contrairement aux autres. L'analyse des distances obtenue dans l'arbre montre bien que l'éloignement génétique est beaucoup plus important chez souches sauvages que chez les souches anthropiques. Cette analyse renforce les résultats obtenus avec l'étude des microsatellites.

L'article tend à montrer que l'anthropisation à un effet néfaste sur la diversité génétique de Toxoplasma gondii, mais un impact bénéfique sur sa diversité spécifique. En effet, la modification de l'environnement résulte en un appauvrissement du nombres d'hôtes que T. gondii peut infecter. Il y a donc différenciation de souches spécifiques aux hôtes présents dans les milieux anthropiques (chats et chiens domestiqués, souris, etc.), mais homogénéisation génétique de ces souches.

Les partisans de l'écologie de la réconciliation constatent que le système des réserves naturelles ne peut pas être appliqué dans les environnements urbains et industriels, et affirment donc que ces derniers devraient être tout de même employés dans un but de conservation. En effet, certains écosystèmes anthropiques ressemblent structurellement ou fonctionnellement aux écosystèmes naturels, et pourraient donc peuvent participer au maintien de la biodiversité native. Cette revue s’intéresse aux travaux qui évaluent les analogues naturels qui pourraient être présents dans les écosystèmes urbains et industriels, et explore leur potentiel en matière d'écologie de la réconciliation.
Les résultats montrent que les habitats artificiels présentent une gamme de nouveauté écologique. Par exemple, les surfaces dures (murs et carrières) sont des analogues faciles avec les rocs et les falaises naturels. Il existe cependant de nombreux autres analogues aussi bien terrestres que marins. Cependant, bien qu’analogues, de légères variations de l’environnement abiotique ou encore des limitations à la dispersion peuvent parfois empêcher la colonisation des espèces natives dans des habitats artificiels similaires. De plus, ces écosystèmes urbains peuvent également soutenir des espèces nuisibles qui exploitent les similitudes entre les habitats anthropiques et leurs habitats ancestraux. Les auteurs restent cependant confiants dans le fait que l'ingénierie écologique pourrait permettre de réduire ces différences abiotiques et biotiques entre les analogues artificiels et les systèmes naturels. Ceci permettrait de rendre l'environnement des écosystèmes artificiels plus approprié au maintien et à la dispersion de la biodiversité indigène et aider à réduire les impacts des espèces nuisibles dans les zones urbaines et industrielles.
Les auteurs concluent donc que l'identification d'habitats et d'écosystèmes analogues pourrait améliorer la conservation de la biodiversité ainsi que les services écosystémiques dans les environnements anthropisés.

Cette review permet d'apporter un élément de résolution à la conservation de la biodiversité dans les systèmes anthropisés. En effet, elle suggère que l'existence d'analogies entre habitats naturels et anthropisés peut permettre leur mise en place dans un but de conservation.

Les auteurs de cette revue étudient la relation entre la perte de biodiversité et l'augmentation des émergences de maladies infectieuses en décrivant un phénomène qui est celui de l'"effet de dilution". Celui-ci postule que la diversité d'une communauté influence les niveaux d'infections d'une maladie et indirectement la perte de biodiversité favorise l'augmentation de maladies infectieuses. Cela expose l'importance des interactions au sein des écosystèmes dans la régulation des transmissions de maladies infectieuses.

Au cours de l'étude, les auteurs reconnaissent que l'effet de dilution doit faire l'objet d'études supplémentaires afin de déceler tous les paramètres qui sont susceptibles de l'influencer. Ainsi, un paramètre important est la variabilité spatiale des organismes hôtes, non-hôtes et les parasites. L'étude de l'effet de dilution doit tenir compte de l'échelle spatiale dans laquelle se trouvent les organismes et parasites. Par exemple, le nématode comporte un stade infestant qui a une durée de vie courte, dans ce cas, il est pertinent d'observer l'effet de dilution à l'échelle locale. Cependant, cela se complexifie lorsque l'effet de dilution concerne les vecteurs, car ils ont une durée de vie plus longue, qui permet aux parasites de répandre leurs transmissions à travers plusieurs échelles. Ainsi, il convient de réaliser des études afin d'observer l'influence des gradients d'altitude des organismes sur l'effet de dilution.

Les changements globaux à cause de l'augmentation des activités humaines, tels que le changement climatique, la mondialisation par le développement économique ainsi que l'augmentation du commerce international et la déforestation entraînent un déséquilibre et une fragmentation des écosystèmes et une importante érosion de la biodiversité. Ces changements modifient la structure des écosystèmes et la transmission des parasites. Cette étude montre que le développement humain affecte indirectement les relations hôtes-parasites, en favorisant l'émergence de maladies infectieuses, car la destruction des écosystèmes provoque la diminution voir la disparition d'espèces dites "diluantes" et l'effet de dilution s'affaiblit ce qui augmente les maladies infectieuses.

Les récifs coralliens sont des structures formées essentiellement par les coraux. Ce sont les milieux qui possèdent la plus forte biodiversité marine. Malheureusement, ces structures sont menacées à différentes échelles, la hausse des températures de l'eau ainsi que son acidification causée par les gaz à effet de serre, en particulier le dioxyde de carbone. Avec ceci, la pollution par le développement des côtes du point de vue humain comme, le rejet des eaux usées, la surpêche ne fait qu'accélérer la détérioration de ces structures. Ces différentes contraintes peuvent entraîner une perturbation de la symbiose de ces coraux avec des micro-organismes leurs fournissant l'énergie dont ils ont besoin entraînent le blanchiment de ces récifs, voir leurs morts.

Les auteurs ont cherchés à déterminer les risques d'extinction des espèces coralliennes composant les récifs à partir de la liste rouge de l'IUCN (International Union for Conservation of Nature). Ils ont évalués les risques d'extinction de 845 espèces de coraux ainsi que les micro organismes vivant en symbiose avec eux afin de déterminer si ce sont les actions récentes (faites par l'homme) qui sont la cause de cette forte diminution de la biodiversité et de la "santé" des récifs.

Du point de vu géographique, les résultats montrent que parmi les 845 espèces analysées, 141 n'avaient pas suffisamment de données. Sur ces 704 espèces, 407 faisaient parti de la catégorie "plus ou moins menacées" et sont aussi, pour la plupart, des espèces présentes dans des zones peu profonde. En comparant les résultats de leurs analyses, les auteurs ont remarqués que seul les espèces pouvant se développer dans des conditions moins exigeantes (profondeur plus importante, pas besoin d'un récif pour se développer... ) n'étaient pas menacées. Cette obligation de croître aux bords des côtes peut mener à des perturbations de leur développement dû à l'action anthropique dans le milieu. Les seules contraintes que peuvent subir les coraux présents plus en profondeur sont essentiellement causé par la prédation ainsi que par les maladies.

Les résultats se basent sur une comparaison avec l'IUCN. Mais il y a peu d'explication des résultats.

Cet article conclu que lors de ces dernières années, le risque d'extinction de plusieurs espèces de coraux est de plus en plus important. Ce risque accru est dû à des modifications des conditions de vie au niveau des zones côtières causées par le réchauffement climatique, ainsi qu'à l'activité de l'homme. Ces changements entraînent un détachement des symbiotes qui à long terme cause la mort des deux organismes (les coraux et leurs symbiotes). Avec ceci, la vitesse à laquelle les coraux meurent empêche leurs reproductions et donc ne leurs permet pas de s'adapter aux nouvelles conditions.

L'article est mal agencé, on ne voit pas forcément où sont les différentes parties.

Bien que l’urbanisation soit une des causes principales de l’extinction d’espèces, l’organisation du territoire urbain peut avoir des effets complexes sur la biodiversité locale. D'une part, l’urbanisation conduit à des pertes de diversité spécifique, du fait de la fragmentation, de la simplification, et de la réduction des habitats. D’autre part, le remplacement d’espèces natives par des espèces non-natives, associé à l'urbanisation, peut favoriser l'augmentation de la richesse spécifique. Ces gains en diversité spécifique sont notamment favorisés par la forte hétérogénéité spatiale et la forte productivité primaire des zones urbaines, ainsi que la capacité de dispersion des espèces introduites. Cette méta-analyse tente donc d’identifier les impacts de l’urbanisation sur la diversité spécifique de différents groupes, en étudiant la distribution de la richesse spécifique le long des gradients ruraux-urbains.

Plus de 2000 articles dont les résumés contiennent les mots “urban”, “species”, “diversity” ou “richness” (“urbain”, “espèce”, “diversité”, “richesse”) ont été passés en revue pour identifier ceux qui abordent les changements de richesse spécifique avec l’urbanisation. Pour chaque étude, des niveaux d’urbanisation ont été attribués à chaque zone géographique, de sorte à former un gradient spatial d’urbanisation : forte urbanisation pour les zones composées de plus de 50% de surfaces imperméables ; urbanisation modérée pour 20 à 50% de surfaces imperméables ; faible urbanisation pour moins de 20% de surfaces imperméables. Les niveaux de richesse spécifique reportés dans chaque étude ont été ordonnés et associés aux trois niveaux d’urbanisation.
Finalement, les profils de richesse spécifique ont été analysés statistiquement pour les plantes, les vertébrés et les invertébrés, afin de rechercher d’éventuelles différences dans les réponses de certains taxons à l’urbanisation.

L’auteur a analysé 105 études (17 sur les végétaux, 31 sur les vertébrés, et 57 sur les invertébrés) rapportant des données de richesse spécifique le long d’un gradient d’urbanisation. Ces études couvrent un large spectre géographique.
Parmi ces études, 65% d'entre elles ont mesuré une augmentation de la diversité spécifique végétale avec l'urbanisation. Globalement, le maximum de richesse spécifique végétale est mesuré pour une urbanisation modérée. Ce profil pourrait être expliqué par l’hypothèse de la perturbation intermédiaire : des niveaux modérés de perturbation par l’espèce humaine pourraient favoriser la coexistence de nombreuses espèces. En revanche, seules 30% et 12% des études ont mesuré une augmentation de la diversité spécifique animale avec l'urbanisation, respectivement pour les vertébrés et les invertébrés. Globalement, le maximum de richesse spécifique animale est mesuré pour une faible urbanisation, ce qui peut s'expliquer par la réduction de la taille des habitats.

Du fait de son utilisation massive dans la littérature scientifique, la richesse spécifique a été la seule mesure de biodiversité prise en compte. Cette mesure est incomplète car elle ne prend pas en compte les abondances spécifiques. Toutefois, l’auteur note que les études utilisant d’autres mesures ont présenté les mêmes tendances.
Par ailleurs, les résultats de cette méta-analyse pourraient avoir été biaisés par une simplification que l’auteur reconnaît et discute : la notion de gradient rural-urbain, qui ne recouvre qu’une faible partie de la complexité des patrons spatiaux générés par l’urbanisation. Notamment, des études antérieures ont montré que les impacts de l’urbanisation sur la biodiversité différent en fonction de l’échelle spatiale à laquelle ils sont envisagés (p. ex. Pautasso 2007).

Cette méta-analyse démontre globalement que l’impact de l’urbanisation sur la biodiversité peut différer en fonction des taxons. Notamment, si la biodiversité animale semble pâtir de l'urbanisation, des niveaux modérés d’urbanisation pourraient maximiser la biodiversité végétale.

Les gestionnaires, quel que soit leur domaine d'activité (écologie, économie, urbanisme...), recourent souvent à des indices pour obtenir un information synthétique des différents enjeux d'un projet d'aménagement. Il a été montré que la densité de population humaine (H) pouvait, dans certains cas, caractériser les niveaux de conflit entre enjeux socio-économiques et environnementaux (e.g. H positivement/négativement corrélée au nombre d'espèce). D'autres études montrent que l'impact de l'Homme sur l'environnement ne dépendait pas systématiquement de la densité mais également des activités pratiquées.
Cette étude s'attache donc à comparer le nombre d'espèces d'anoures (i.e. grenouilles et crapauds) à différents autres indicateurs socio-économiques (dont H) dans le Cerrado brésilien.

L'expérience consiste en une description de la distribution géographique du nombre d'espèces et de 23 variables associées à l'activité agricole, à la démographie et à l'usage des terres et à la comparaison de ces distributions afin d'en dégager des corrélations (e.g. les sites riches en espèces ont plus souvent une forte production agricole). Après synthèse de l'information du jeu de données par des méthodes statistiques, les variables synthétiques ainsi obtenues ont permis le calcul des corrélations et les régressions multiples entre le nombre d'espèces et les variables anthropiques.

Le nombre d'espèces d'anoures est positivement corrélé aux variables associées à l'élevage du bétail et à l'agriculture moderne. En revanche, la plus faible corrélation est avec la densité de population humaine, indiquant que cette variable rend difficilement compte de la complexité des rôles des formes d'activités humaines sur la biodiversité.

Il se peut que les auteurs aient sous-estimé certains gradients macroécologiques (gradients thermiques, pluviométriques) ou processus historiques (phénomènes géologiques, perturbations anciennes, etc.) pouvant influer sur la distribution de la richesse spécifique en amphibiens.

Il reste cependant très descriptif et ne propose pas de mécanismes pouvant expliquer les corrélations observées.

Au-delà de l'aspect descriptif, l'article a le mérite de questionner la relation supposément négative entre biodiversité et pratique moderne (e.g. agriculture moderne, élevage intensif). La question des mécanismes à l'origine de la relation positive observée reste cependant ouverte. On peut également poser la question de la généricité de cette relation et ce qui la détermine.

Cet article présente un solide travail statistique, bien argumenté.

Les hotspots de biodiversité abritent de nombreuses espèces animales et végétales, dont la survie est menacée par les activités humaines, et notamment par la déforestation. De nombreuses études ont mis en avant le rôle de la croissance démographique et du développement humain dans la déforestation. Néanmoins, seuls des profils spatiaux ont été mis en évidence, sans que l'évolution temporelle de la déforestation n'ait encore été comprise. Par exemple, entre les années 1980 et 1990, le taux de déforestation annuel est passé de 0.57% à 0.8% en Argentine, tandis qu'il est passé de 2.6% à 0.8% au Costa Rica. Pour autant, connaître les facteurs qui favorisent la déforestation pourrait aider à orienter les politiques de développement durable. Aussi, cette étude tente d'élucider les relations temporelles entre démographie, développement humain, et activités de déforestation au sein de différents hotspots de biodiversité durant les années 1980 et 1990.

Les auteurs se sont intéressé à 30 pays d'Asie (9 pays), d'Afrique (7 pays) et d'Amérique latine (14 pays) situés au niveau de hotspots de biodiversité. Chaque pays a été considéré comme une unité dans l'analyse. Les données utilisées pour chaque pays proviennent des sources suivantes :

• la Banque Mondiale pour les données démographiques
• le Programme des Nations Unies pour le Développement pour les données d'Indice de Développement Humain (IDH)
• le World Resources Institute et la Banque Mondiale pour les données de déforestation

Les auteurs ont testé l'évolution de ces variables entre les années 1980 et 1990, et recherché des corrélations entre différentes variables. Ils ont également tracé les données d'IDH et de déforestation, afin de déterminer si leur répartition correspond à la courbe environnementale de Kuznets (Grossman & Krueger 1995).

Pour les données mesurées dans les années 1990, le taux de déforestation est négativement corrélé à l'IDH, mais positivement corrélé avec la croissance démographique. Entre les années 1980 et 1990, la déforestation a augmenté dans 11 pays dont l'IDH est relativement faible : dans ces pays, l'IDH est négativement corrélé avec la croissance démographique. Dans les 19 pays où la déforestation a diminué, l'IDH est plus élevé, mais non corrélé à la croissance démographique.
La relation entre IDH et taux de déforestation ne suit pas la courbe environnementale de Kuznets, ni dans les années 1980 ni dans les années 1990 : l'évolution du taux de déforestation ne correspond pas à un U inversé.

Les auteurs reconnaissent que l'utilisation du taux de déforestation comme un indicateur de l'état des forêts d'un pays doit être envisagée avec beaucoup de précautions. En effet, si le taux de déforestation est faible, cela peut être : soit comme le résultat de politiques de développement, soit du fait de l'épuisement des ressources forestières.

Cette étude démontre le rôle positif du développement humain dans la conservation de la biodiversité. De manière similaire aux travaux de Grossman et Krueger (Grossman & Krueger 1995), cette étude confirme que les pays développés tendent à avoir un impact moindre sur l'environnement. En revanche, elle démontre également qu'un faible développement humain peut être néfaste à la conservation des hotspots de biodiversité, puisque les pays les moins développés tendent à davantage pratiquer la déforestation.

L'urbanisation met en péril la survie des espèces de deux manières : par réduction directe de l'habitat et/ou par suppression des ressources. En zone urbaine, les parcs constituent les derniers fragments d'un habitat autrefois continu. De plus en plus, ces nouveaux habitats urbains servent de refuges aux espèces animales et végétales natives. Cependant, les stratégies de gestion de ces espaces (comme le ramassage des feuilles mortes ou l’introduction d’une végétation non native) peuvent fortement fortement l’entomofaune. Cette étude s'intéresse plus précisément aux bourdons du genre Bombus, et cherche à comprendre l'influence des caractéristiques des parcs urbains sur l’abondance et la diversité de ce genre.

Les données ont été collectées dans 18 parcs au sein de l'aire urbaine de San Francisco (Etats-Unis), et dans 2 parcs ruraux situés en dehors de San Francisco. Ces parcs présentent une forte variabilité en surface (de 0.32 à 158.64 ha) et en proportion d'aires naturelles (de 4 % à 86 % de la surface totale).
Pour estimer la diversité et l'abondance des espèces, les bourdons ont été recensés dans 10 parcelles de 10 mètres de diamètre réparties au hasard dans chaque parc. Chaque parcelle a été visité pendant 5 minutes, dans des conditions climatiques similaires à chaque fois. Deux séries de recensement ont eu lieu à l'été 2003, et quatre séries entre le printemps et l'été 2004.
Pour chaque parc, l'abondance des plantes à fleurs a été recensée par un ordre de grandeur évalué visuellement. Les sites de nidification potentiels ont été recensés sur 15 transects de 20 mètres. L’ouverture des milieux (espace non occupé par des constructions) a également été estimée via une analyse photographique.

Globalement, l’abondance des bourdons est positivement corrélé avec la disponibilité des ressources (sites de nidification et ouverture du milieu environnant). En revanche, la richesse spécifique semble dépendre principalement de l'abondance de l'espèce B. vosnesenskii. Ce dernier est capable de monopoliser rapidement les sites de nidification et pourrait donc être un compétiteur important dans les communautés de bourdons.
Par ailleurs, les bourdons ont été mesurés en plus forte abondance et diversité dans les parcs urbains que dans les parcs ruraux. Cette différence pourrait être due à la concentration des ressources : la matrice environnante urbaine offrirait davantage de ressources aux bourdons. De même, durant l'été méditerranéen sec de San Francisco, les jardins pourraient fournir davantage de ressources que celles plus clairsemées des zones rurales.

Très peu de parcs ruraux ont été échantillonnés, par rapport aux parcs urbains. Les comparaisons entre ces deux types d'environnements sont donc très difficiles à interpréter. Les auteurs eux-mêmes n'ont pas réalisé de comparaison statistique des caractéristiques des deux milieux.

Cette étude apporte l’idée que les environnement urbains peuvent avoir une communauté plus diverse et plus abondante que des environnement ruraux. Il expose également les grands principes de l’écologie de la réconciliation qui prône que les environnement urbains peuvent permettre de concilier développement humain et conservation des communautés en concevant l’espace comme des zones-refuges.

La colonisation humaine coïncide souvent avec une augmentation des taux d'extinction des espèces indigènes, parmi lesquelles la faune aviaire est souvent particulièrement touchée. Ces extinctions sont souvent expliquées par l'introduction de nouvelles espèces prédatrices ou compétitrices. Sur les îles d'Océanie, c'est l'introduction de prédateurs mammifères qui est souvent mise en cause. Cependant, cette probabilité d'extinction a variée entre les différentes îles. De nombreux facteurs ont été proposés pour décrite cette variation inter-île, cependant le nombre d'espèces de mammifères introduits est rarement pris en compte.
Cet article cherche à expliquer la variation du patron des extinctions aviaires observé dans les différentes îles d'Océanie par le nombre d'espèces de mammifères introduits.

Les auteurs réalisent ici l'analyse de données d'abondance d'oiseaux et de mammifères de 220 îles océaniques. Les analyses statistiques se sont basées sur la mise en place de modèles statistiques multivariés (MAM) essayant d'expliquer la probabilité d'extinction aviaire des différentes îles. De plus, les auteurs ont restreint l'analyse aux données d'extinction aviaires postérieures à la colonisation européenne, car la plupart des introductions de mammifères ont eu lieu après cette période.

Globalement, l'introduction de mammifères sur une île est associée à l'extinction de la faune aviaire : cet effet néfaste est renforcé lorsque les mammifères sont introduits en plus forte abondance et en plus grande diversité. De plus, plus la diversité d'espèces natives d'oiseaux était élevée avant l'introduction, plus les extinctions sont nombreuses : ceci peut s'expliquer par une plus forte abondance et diversité des prédateurs natifs.

Cet article illustre l'effet néfaste des introductions d'espèces allochtones sur la biodiversité native. Un petit nombre d'espèces introduites, en particulier des prédateurs généralistes, peut être à l'origine de l'extinction d'un grand nombre d'espèces de proies. En outre, la configuration en archipels de l'Océanie contraint la plupart des espèces natives à de petites tailles de population, du fait de la petite taille des territoires : les espèces océaniennes étaient donc beaucoup plus sensibles au risque d'invasion que les autres.

L'utilisation d'herbicide est récurrente en agriculture. En effet, les agriculteurs ont recours aux herbicides au moins une fois par an afin d'éliminer "les mauvaises herbes" pouvant entrer en compétition avec leurs plantations. Malheureusement ces produits n'affectent pas seulement leurs cibles et peuvent avoir un impact sur les communautés microbiennes présentes dans le sol. En effet elles jouent un rôle majeur dans l'enrichissement des sols en: dégradant de la matière organique, par le cycle de l'azote ou par l'oxydation du méthane. Les auteurs ont cherché à déterminer si l'atrazine avait un effet à long terme sur la structure de la communauté bactérienne du sol en utilisant l’ARNr 16S afin d'identifier les espèces présentes en fonction des conditions(atrazine). Ces analyses ont été réalisées avec l'ARNr 16S car de précédentes recherches stipulaient que les herbicides n'altèraient pas les communautés bactériennes du point de vue de la biomasse mais du point de vue de la biodiversité.

A partir d'échantillons de terre (saine et traitée) récoltés dans un champ de maïs. Les auteurs ont essayé de déterminer si les communautés bactériennes variaient lorsque les échantillons de terre (récoltés dans un champ de maïs) contenaient des traces d’atrazine ou en étaient exempts. Afin de déterminer les communautés présentes les auteurs ont eu recours à des PCR en utilisant des amorces pour identifier toutes les bactéries ainsi que sur certaines amorces spécifiques aux méthanotrophes, aux Actinomycetes, aux Acidobactérium. Après la PCR, le produit de l'amplification a été déposé dans un "denaturing gradient gel electrophoresis" afin de comparer l'évolution des communautés microbiennes en fonction du milieu. Enfin les auteurs ont utilisé (pour les méthanotrophes de type 1) une "real time PCR" et un test d'activité d'oxidation du méthane afin de comparer l'abondance des bactéries méthanotrophes en présence ou non de d'atrazine metholachlor ainsi que de leur capacité à oxyder le méthane.

Les résultats les plus marquants sont ceux des bactéries méthanotrophes (M). Grâce à la DGGE, on remarque que certaines souches de M sont présentes en quantités moindres dans le sol traité par rapport au sol non traité. On observe en effet une nette diminution de l’intensité des bandes de certains des clusters, ce qui laisse suggérer que le traitement des sols par l’atrazine induisent une modification de la structure de la communauté de M. Six mois plus tard, un nouvel échantillon de terre traitée a été prélevé et la présence de M a été étudié, confirmant l’effet des herbicides sur ce type de bactéries. L’utilisation de la Real time PCR permet néanmoins de voir que la quantité de bactéries M est similaire en fonction des deux conditions, de même que pour l'activité méthanogène. Les herbicides étudiés modifient donc la proportion des différentes souches de M sans altérer la quantité totale de ces bactéries.

Les expériences ont été réalisées en duplicatas, on pourrait penser que les auteurs auraient pu les réaliser en triplicatas pour plus de rigueur afin que les résultats soient plus significatifs. De plus, on aurait pu penser que l'étude sur le "long terme" aurait été plus important (Ici seulement 6 mois).
Encore, on remarque dans les figures 1 et 2 que les échantillons de sols traités sont tantôt représentés en haut de la figure, tantôt en bas, ce peut éventuellement induire le lecteur en erreur.

Cet article permet de conclure sur le fait que l'utilisation d'herbicide peut avoir un impact sur la biodiversité microbienne des sols (surement plus ou moins importante en fonction des herbicides). En effet, les auteurs ont obtenu des résultats montrant que l'atrazine avait un effet négatif sur certaines souches bactériennes (absence ou fortes diminution des bandes). Malgré tout, les résultats de la real time PCR ainsi que le test de l'oxydation du méthane montrent que la quantité bactérienne ainsi que l'activité méthanotrophe ne change pas entre les deux conditions et donc les bactéries résidentes du sol s'adaptent en fonction des pressions de sélection qui leurs sont appliquées. Les bactéries ne pouvant résister se développent moins ou pas alors que celles qui peuvent résister prennent leur place.

Les études menées lors de ces travaux se sont focalisées sur les bactéries méthanogènes ainsi que sur l'atrazine metholachlor. On peut donc penser que l'utilisation d'autres désherbants, ou pesticides peut impacter de façon plus importante les communautés bactériennes présentes dans le sol. De plus, malgré que les résultats obtenus ici ne soient pas significatif pour dire que l'atrazine méthachlor a un impact sur la biodiversité ainsi que l'activité, elle a quand même un impact dans la sélection des espèces/souches dominantes dans le sol. On peut penser aussi que l'utilisation de cocktails chimiques (pesticides, herbicides ainsi que certains engrais) pourraient avoir des conséquences plus graves sur la biodiversité bactérienne. Enfin une durée d'étude sur plus long terme aurait été plus intéressante.

Des traces d'ancienne exploitation agricole des terres, datant de différentes périodes, ont été identifiées dans les paysages forestiers. L'agriculture tend à fractionner les paysages en sous-unités, dans lesquelles les sols sont modifiés en fonction de leur utilisation passée. Les communautés de plantes qui se développent sur d'anciennes exploitations agricoles peuvent donc différer des communautés de terrains jamais occupés, du fait de propriétés différentes des sols et d'une recolonisation difficile. Cette étude cherche à comprendre si ces terres cultivées auparavant sont capables de retourner à un état antérieur à leur utilisation pour l'agriculture.

Le site d'étude se trouve dans une forêt de chênes et de hêtres sur le plateau calcaire lorrain où des fouilles archéologiques ont mis en évidence une occupation agricole romaine couvrant 20 ha. Aucun artefact plus récent n'a été découvert et aucune activité agricole plus récente n'est mentionné sur les registres. En suivant les fondations, le site a été subdivisé en 43 parcelles de 40 mètres carrés. Les plantes à graines (spermatophytes) et les mousses (bryophytes) de chaque parcelle ont été recensées et identifiées. A cinq endroits sélectionnés aléatoirement dans chaque parcelle un échantillon de la couche arable (0-10 cm) a été prélevé. Les échantillons ont ensuite été mélangés, séchés, tamisés et analysés (pH, concentrations en carbone, azote et phosphore, et texture). Les différences de végétation entre parcelles ont été mesurées grâce à un indice départageant les espèces en fonction de leurs exigences écologiques.

Les propriétés des sols ne sont pas les mêmes en fonction de leur passé. En effet, le pH du sol est plus élevé dans les sols cultivés durant l'Antiquité, ce qui peut s'expliquer par la fragmentation et la dispersion des graviers de calcaire par l'utilisation agricole, et pourrait avoir favorisé l'accumulation de matière organique. De même, la teneur en carbone, azote et phosphore est plus élevée dans ces sols, ce qui peut s'expliquer par des activités d'épandage.
Globalement, les sols cultivés durant l'Antiquité présentent actuellement une plus grande diversité végétale : sur 116 espèces végétales identifiées sur ce site, 29 ne sont présentes que sur les sols anthropisés et 15 ne sont présentes que sur les sols non anthropisés. Ces différences sont majoritairement expliquées par la composition des sols, notamment par la concentration en azote et l'humidité.

Cette étude démontre que l'activité agricole perturbe en profondeur la composition des communautés. Même lorsque les activités ont cessé, les communautés ne retournent pas à leur état antérieur, même 2000 ans plus tard. En revanche, cette étude montre également que, sur le long terme, l'activité agricole peut avoir un impact bénéfique sur la diversité spécifique végétale.

Depuis les années 1940, une population du moustique Culex pipiens s’est installée de manière permanente dans le métro de Londres (Royaume-Uni). Bien que cette forme souterraine, dite molestus, présente peu de différences morphologiques avec les populations surfaciques, elle en est isolée géographiquement et présente plusieurs différences comportementales. De fait, un isolement reproductif partiel a déjà été observé. Néanmoins, l’origine de la population molestus londonienne est débattue : en effet, des ressemblances morphologiques avec des populations surfaciques méditerranéennes ont été soulevées. Cette étude procède à une analyse de la différenciation génétique entre les populations londoniennes, afin de retracer l’origine de la population molestus londonienne.

Un échantillonnage de larves sur 20 sites (8 populations souterraines, 12 populations surfaciques), et un élevage en laboratoire ont été réalisées.
Suite à cela, les auteurs ont effectués une analyse de différenciation génétique : le polymorphisme pour 20 locus a été identifié par électrophorèse. Les fréquences alléliques mesurées ont ensuite été utilisées pour calculer des indices de différenciation génétique (D de Nei et GST).
En laboratoire, une expérience de croisement a été mise en place : Une femelle vierge de chaque population souterraine a été placée pour accouplement. Soit avec 5 mâles d’une autre population souterraine (croisement réciproque), soit avec 5 mâles d’une population aérienne (croisement unidirectionnel). Le résultat a été considéré positif si des œufs viables ont été produits, et négatif sinon. L’expérience a été répétée sur une génération supplémentaire.

Aux locus échantillonnés, les populations molestus sont beaucoup moins polymorphes et beaucoup moins hétérozygotes que les populations surfaciques. Ainsi, les indices de différenciation génétique forment deux groupes significativement distincts pour les populations molestus et surfaciques : le flux génétique est donc limité voire absent entre ces deux populations. Cette analyse est confirmée par les expériences de croisements. En effet, tous les croisements entre populations molestus donnent des descendants viables, et ce sur deux générations. Au contraire, aucun croisement entre une femelle molestus et un mâle surfacique n’a donné de descendance viable. Cet isolement reproducteur de molestus contraste avec le profil génétique des populations surfaciques méditerranéennes. Il est donc plus probable que la population molestus londonienne soit issue d’un événement de colonisation depuis la population surfacique locale.

Cet article démontre l’existence d’un processus de spéciation au sein d'un environnement anthropisé, et ce sur un temps court (moins d’un siècle). Ici, le développement humain a directement été à l’origine de la création d’une nouvelle niche (le métro londonien), à laquelle le moustique s’est adaptée en plus de sa niche pré-existante.
Le développement humain peut donc s'accompagner de la création de nouvelles niches, lesquelles ne menacent pas les niches pré-existantes, et autorisent la co-existence d'une biodiversité plus importante pour certains taxons.