L'utilisation de pathogènes hôte-spécifiques en lutte biologique peut-elle être contrôlée ?

Les maladies qui surviennent après la récolte des fruits et légumes posent de sérieux problèmes pour leur stockage, comme de la pourriture causée par des champignons pathogènes et qui se transmet très vite dans la récolte u à la proximité des fruits et légumes. Et par conséquence, induisent d'importantes pertes dans les pays développés et encore plus dans les pays en développement. L'utilisation de produits chimiques est connue pour les effets négatifs sur l'environnement ainsi que sur les consommateurs. C'est pourquoi dans ce domaine aussi, l'utilisation de la lutte biologique est nécessaire à développer.
Dans ce chapitre du livre « Les maladies des plantes et leur gestion durable » les auteurs veulent démontrés que l'utilisation d'agents de bio contrôle naturels est possible pour réduire ou contrôler le déclin des fruits et légumes après leurs récoltes.
L'utilisation d'antagonistes microbiens présents naturellement à la surface des fruits et légumes, comme certaines levures ou bactéries semble être une solution. L'isolation des souches et leur introduction artificielle sur les cultures montre une grande efficacité sur le contrôle des maladies. Et permet donc le développement de produits de lutte biologique comme alternative aux fongicides synthétiques.
Le mode d'action de ces antagonistes est qu'ils inhibent les pathogènes par sécrétion d'antibiotiques ou alors sont en compétition directe pour l'habitat, pour les ressources avec le pathogène. Ces antagonistes ne tuent pas le pathogène mais empêchent donc son implantation.
Deux approches sont utilisées dans le contrôle de ces maladies : le fait d'utiliser des micro-organismes qui existent déjà sur le produit lui-même, permettant par la même occasion leur gestion, ou ceux qui peuvent être artificiellement introduit. Ces produits de bio contrôle possèdent des caractéristiques nécessaire a leur utilisation : biosécurité, facilité d'utilisation, leur gamme d'activité...
Afin de trouver les bons candidats, le développement et la commercialisation de ces produits est un long processus et assez coûteux. Cela est basé sur l'utilisation combinée de différents produits, il est donc important de bien connaître les interactions qui existent entre les antagonistes et les pathogènes, comme la compétition pour les nutriments et l'habitat, le parasitisme et la production d'antibiotiques. Afin de contrôler les maladies, deux stratégies peuvent donc être employées : premièrement, appliquer l'antagoniste juste avant la récolte avec l'intention de pré coloniser le fruits/légumes de sorte que l’éventuelle plaie causé par la récolte ou par un animal/insecte, ne puisse être colonisée que par l'antagoniste et non pas par un pathogène. Ou deuxièmement, appliquer l’antagoniste tout au long du développement du fruit/légume afin de réduire l'infection latente qui peut provenir dès la floraison. Cependant il est important de noter que bien connaître le mode d'action des antagonistes est nécessaire pour trouver la bonne méthode de lutte contre les pathogènes.

Dans ce chapitre ils font état des lieux des connaissances qu'ils ont sur les interactions entre les pathogènes et les antagonistes cependant il y a toute une partie ou il y peu de références ce qui remet en cause la vérité de leur arguments.

Ce chapitre de livre apporte au débat le fait que pour la lutte biologique il est nécessaire de bien comprendre les interactions entre les différents agent de lutte biologiques et les pathogènes afin de trouver le meilleur candidat. Et de prendre en compte tous les avantages et inconvénients de la méthode avant de la commercialisée.

L'utilisation massive de pesticides chimiques classiques a permis une augmentation notable de la production mondiale des cultures en lien avec une réduction très importante de l'action des nuisibles. Cependant, leurs effets néfastes sur l'environnement, la santé humaine et le coût grandissant de production de nouveaux pesticides synthétiques ont conduit à un regain d'intérêt pour les méthodes de biocontrôle basées sur des micro-organismes. Certains problèmes inhérents à ces méthodes ont toujours été un frein à leur emploi (e. g coût de production, hôte-spécificité, manque d'efficacité, distribution et persistance des pathogènes dans le milieu naturel, organismes de régulation des biopesticides..). Néanmoins, les avancées technologiques récentes sont prometteuses et il est par exemple possible d'augmenter la virulence d'un pathogène en lui faisant exprimer une toxine (issue d'un autre organisme). Ainsi, le développement de l'ingénierie génétique permettrait de pallier à certains de ces problèmes.
Le développement de nouveaux biopesticides est long et coûteux, il est nécessaire de chercher le bon candidat parmi plusieurs centaines de milliers de "souches". Seule une infime fraction pourra ensuite être utilisée comme agent de biocontrôle. Les approches modernes étudient également la biologie et l'écologie de ces micro-organismes, leurs interactions avec d'autres organismes et leur "comportement" dans l'environnement de telle sorte que les biopesticides ainsi développés seront sans danger pour l'environnement.
Certains produits issus de l'activité de micro-organismes permettent le développement de biopesticides, et ces biopesticides peuvent se combiner à d'autres méthodes de contrôle des nuisibles pour une plus grande efficacité.

Bien que ces méthodes soient en plein essor et que des progrès notables aient été réalisés, de nombreux problèmes restent encore à surmonter et des efforts restent à faire pour pouvoir exploiter pleinement le potentiel des micro-organismes en lutte biologique :

• une meilleure connaissance des micro-organismes et de leur comportement dans le milieu naturel
• une prise de conscience de leurs avantage et potentiel
• une diversification des axes de recherche concernant les biopesticides

Les risques potentiels liés aux biopesticides ne sont pas du tout évoqués ici. En effet, bien qu'il y ait plusieurs exemples historiques de mauvais contrôle de micro-organismes en lutte biologique (e. g problème de la myxomatose en France dans les années 1950, relâchement accidentel d'un virus en Australie en 1995 etc..), les auteurs considèrent ces méthodes sans risque pour l'environnement et les écosystèmes.

Ce papier, contrairement à d'autres reviews montre bien le lien entre le développement récent des biopesticides et la prise de conscience des risques, des problèmes liés à l'utilisation de pesticides chimiques. Il fournit un certain nombre de graphiques et de tableaux qui illustrent relativement bien l'augmentation du marché des biopesticides et la réduction de celui des pesticides synthétiques.

Les conclusions de cette review semblent être les mêmes que celles de papiers publiés près de 15 ans plutôt : des progrès important restent à faire pour contrôler pleinement et efficacement les micro-organismes dans les programmes de biocontrôle (e. g Bonning and Hammockk, 1996). On pourrait alors relativiser les avancées technologiques des 15 dernières années (ingénierie génétique notamment).

Cette review fait l'état des lieux des connaissances en matière de lutte biologique contre le moustique, vecteur de nombreuses maladies, à l'aide de la bactérie endosymbiotique Wolbachia.
Les insecticides sont onéreux, très polluants et se révèlent souvent efficaces seulement sur le court terme. En effet, les moustiques soumis régulièrement à de fortes doses d'insecticides peuvent développer une résistance par sélection des individus possédant des prédispositions génétiques qui confèrent l'inhibition des molécules toxiques. L'efficacité des insecticides est donc remise depuis quelques décennies en question.
La bactérie Wolbachia apparaît alors comme une excellente alternative pour lutter contre la propagation des maladies par les moustiques, en limitant les perturbations collatérales de l'environnement. Cette bactérie a été découverte pour la première fois en 1924 dans les ovaires d'un moustique Culex spp., et l'on estime qu'elle infecte plus de 76% des espèces d'insectes. Il s'agit d'une bactérie mitochondriale dont la principale caractéristique est qu'elle biaise le sexe-ratio de ses hôtes, du fait qu'elle est uniquement transmise par les femelles. Une souche, nommée "pop-corn" et découverte initialement chez la drosophile, est particulièrement intéressante : en effet, celle-ci diminue la durée de vie de ses hôtes. Cette caractéristique permet donc de réduire la transmission des maladies, puisqu'un pathogène (e.g le DENV, le virus de la dengue) doit d'abord se répliquer suffisamment dans le moustique afin d'atteindre les glandes salivaires et être ainsi transmise avec succès chez l'homme via la morsure.
Le problème est que les principales espèces vectrices des maladies graves telles que la dengue ou la malaria ne sont pas infectées naturellement par Wolbachia. Il est donc nécessaire de délivrer des micro-injections de cytoplasme d’embryon infecté par Wolbachia au niveau des cellules germinales du moustique afin de s’assurer que la bactérie sera transmise aux descendants, et ainsi de créer des lignées infectées. La probabilité de succès augmente plus les espèces donneuse et receveuse sont proches; néanmoins, l'injection d'embryon infecté de drosophile chez le moustique Aedes aegypti, responsable de la dengue, fonctionne relativement bien. L'infection par cette bactérie confère aussi un autre avantage, puisqu'elle peut interférer avec les virus responsables des maladies. Par exemple des moustique infectés par Wolbachia et le virus de la dengue montre des niveaux de DENV très réduits 14 jours après l’infection par rapport à des moustiques sans l'endosymbiote.
Le plus plus grand atout de Wolbachia est qu'elle est capable d'envahir très rapidement une population, puisqu'elle est quasiment transmise à 100% de la descendance d'un individu infecté. La bactérie est effectivement responsable d'un phénomène d'Incompatibilité Cytoplasmique (IC) : les femelles infectées ont un avantage reproductif alors que les femelles non-infectées qui s’accouplent avec un mâle infecté ont une descendance non viable. Ce système permet d'assurer de fortes prévalences en seulement quelques générations.
Les expériences réalisées en laboratoire ont permis de réguler très rapidement les populations de moustiques, et le croisement de moustiques infectés Wolbachia et DENV avec des moustiques sauvages infectés DENV permet la transmission de la bactérie. Il reste maintenant à réaliser ces expérimentations sur le terrain. Des premiers lâchers de moustiques ont eu lieu dans deux sites du Queensland (Australie) durant l'été 2011. Des études précédentes avaient montré que la bactérie ne présentait aucun risque pour la santé humaine, et que la probabilité de transferts horizontaux à une autre espèce était très minime.
En définitive, les connaissances actuelles sur Wolbachia en font une bactérie modèle en terme de lutte biologique contre le moustique. Les premiers résultats de ces lâchers pourront donner de nouvelles perspectives.

Les auteurs déclarent à la fin de la review qu'il n'y a pas de conflit d'intérêt. Les références sont nombreuses et variées. L'article est extrêmement clair et fait un bon état des lieux des connaissances en matière de Wolbachia. Le site du projet (cf. remarques sur la review) permet d'en apprendre plus sur les résultats du lâchement de moustiques infectés grâce à de nombreuses publications. Les premiers résultats sont assez encourageants, et ont permis à l'équipe d'identifier les facteurs influençant la dynamique de l'infection sur le terrain (Hoffmann 2014, Nguyen 2015). Néanmoins, la faible probabilité de transmission de la bactérie du moustique à un autre insecte semble être remise en cause par une autre équipe du projet (Oliveira 2015).

La review permet de comprendre pourquoi les équipes de chercheurs se sont lancés dans ce projet de lutte de la dengue, en listant les caractéristiques de Wolbachia. En résumé, les principales connaissances apportées sont que cette bactérie endosymbiote est (i) capable de réduire la durée de vie des moustiques, (ii) de se propager rapidement grâce aux phénomènes d’IC et (iii) de réduire la virulence des autres pathogènes infectant le moustique et responsables des maladies chez l'homme. Ainsi, l'article explique en quoi cette bactérie est un organisme plus qu'approprié pour réguler les populations de moustiques, et ce en minimisant les effets secondaires.

Le site du projet, qui regroupe en tout 5 pays (Australie, Brésil, Indonésie, Colombie et Vietnam), pour plus d'informations : http://www.eliminatedengue.com/

Dans cette revue, les auteurs parlent des défis et opportunités pour la lutte intégrée contre les nuisibles ( Integrated Pest Management IPM). Après une brève introduction des enjeux concernant l'agriculture, ils mettent l'accent sur le fait que l'utilisation de pesticides chimiques encourt a de nombreuses préoccupations : résistance des insectes ou des plantes dues notamment aux méthodes prophylactiques trop souvent employées, les effets négatifs sur la santé humaine et l'environnement. C'est pourquoi IPM, permet un déploiement de différentes stratégies pour limiter ou éliminer ces effets néfastes, particulièrement le développement des biopesticides.
Les auteurs expliquent les trois différents types de biopesticides : les pesticides microbiens, biochimiques et phytoprotecteurs incorporés dans les plantes (sémiochimiques).
Dans cette revue, ils mettent en évidence tous facteurs qui empêchent ou facilitent la commercialisation de ces biopesticides. Particulièrement, leur efficacité, car ils ne permettent pas l’élimination totale des ravageurs mais une régulation de leur niveau de population et sont le plus souvent spécifiques (ne tuent pas d'autres espèces) ce qui est avantageux pour l’écosystème mais pas pour le porte feuille des agriculteurs. Le coût des produits pose aussi problème, puisque tout le monde utilise des pesticides ils sont beaucoup moins chers que les biopesticides ou le risque de produire un produit non commercialisable est élevé car l'apparence des produits est primordial dans cette société...Mais leur utilisation reste compliquée car ces biopesticides doivent être souvent associés à d'autres et même à des pesticides (différentes stratégies existent).
De plus, cette revue montre que les biopesticides sont soumis à de fortes régulations afin de protéger la sécurité humaine et environnementale et pour caractériser les produits et ainsi s'assurer que leur production est d'une qualité constante et fiable. Les gouvernements de nombreux pays participent à cette régulation par le biais de l'organisation de coopération et de développement économiques (OECD) et celle-ci autorise la commercialisation des biopesticides uniquement si les risques sont nuls ou minimaux. Cependant, la nouvelle législation de l'Union européenne pourrait promouvoir l'utilisation de biopesticides qui permettrait d' accélérer les processus d'autorisations
Enfin, ils mettent en évidence l'opportunité qu'ont les biopesticides pour leur développement car les pesticides chimiques sont soumis à d'imposants critères de sécurité qui résultent d'une faible production de nouveaux produits sur le marché pour finir les agriculteurs et consommateurs doivent s'informer plus pour changer d'avis sur les biopesticides et comprendre que c'est l'alternative aux pesticides chimiques !

Cette revue met en évidence que les biopesticides sont soumis à de très nombreuses régulations avant leur mise à disposition sur le marché, avec de nombreuses législations et une organisation mondiale (OCDE) qui participe à cette régulation. Cela montre que l'utilisation des biopesticides est contrôlée d'un point de vue production et commercialisation.

Cette revue est plus un état de l'art des différentes stratégies de lutte contre les pathogènes ou ravageur avec une insistance sur l'importance des biopesticides et leur régulation.

Dans cette review, les auteurs font un état des méthodes de biocontrôle disponibles dans la lutte contre les espèces de vertébrés nuisibles (souvent invasives) responsables de la destruction de la biodiversité endémique en Australie. Ils présentent le cas de trois espèces considérées comme nuisibles en Australie (: une espèce de lapin, une espèce de crapaud et une espèce de carpe) et les méthodes de biocontrôle potentiellement applicable à ces cas.
Cependant, de nombreuses limites empêchent le développement de ces techniques. Bien que les méthodes de biocontrôle liées à l'utilisation de pathogènes aient souvent été proposées et testées, elles ont démontré peu de résultats concluants à l'exception de trois cas notables.
Pour la gestion des lapins en Australie, deux virus ont été utilisés. Le premier, le virus myxoma relaché dans les années 1950 a montré un réel succès avec une diminution conséquente de l'abondance des lapins. La maladie hémorragique virale du lapin relâchée accidentellement en 1995 a eu également un effet important sur les populations de lapins. Cependant, les dégâts infligés à l'environnement restent très importants. C'est pourquoi, il est nécessaire d'utiliser d'autres agents pathogènes dans le futur (différents virus, organismes génétiquement modifiés..) pour la gestion de ces lapins. Un problème important se pose alors. En effet, outre les limites technologiques, il est impossible de prédire les effets de l'interaction entre les différents pathogènes à l"heure actuelle.
Les auteurs présentent (parmi d'autres méthodes de biocontrôle) le "koi herpesvirus" (KHV) comme un bon candidat dans la lutte contre les carpes communes. Cela est lié à son hôte-spécificité très importante et son effet drastique même à faible dose. Il est néanmoins nécessaire de conduire les recherches en laboratoire avec une grande prudence pour éviter de transmettre le virus à d'autres espèces endémiques d'Australie à l'avenir.
Le troisième cas concerne une espèce de crapaud invasive et toxique. L'utilisation d'un virus génétiquement modifié qui altère le processus de métamorphose a été proposé et testé. Cependant, cette méthode a donné très peu de résultats. De plus ce virus pourrait se répandre à d'autres espèces de crapaud en Indonésie par exemple, provoquant des effets irréversibles sur la biodiversité.
Finalement, cette review présente de nouvelles approches de biocontrôle chez les vertébrés. Par exemple, l'insertion d'un gène stérilisant chez les lapins dans le génome du virus myxoma permettrait d'améliorer son potentiel en tant qu'agent de biocontrôle (BCA). Si les résultats obtenus en laboratoire sont encourageants, il n'ont pas permis une application sur le terrain à cause de nombreux problèmes.

Il y a un intérêt manifeste dans le développement de méthodes de biocontrôle dans la lutte biologique. Cependant, il existe de nombreuses contraintes sociales, politiques, technologiques qui limitent ce développement. Finalement, le contrôle biologique n'est pas la solution finale dans la lutte biologique contre les vertébrés nuisibles et doit être associé à d'autres méthodes de contrôle plus conventionnelles.

Cette review est principalement centrée sur l'utilisation de pathogènes comme agents de contrôle (BCA) sur des espèces de vertébrés nuisibles. Or, les vertébrés représentent seulement une petite partie de la diversité de taxons nuisibles.
De plus, elle se limite à trois exemples de taxons nuisibles et invasifs qui posent problème dans un seul pays, l'Australie. Bien souvent, les solutions de contrôle liées à des pathogènes proposées sont bancales et ne résolvent pas ou peu le problème même si certains pathogènes semblent prometteurs en laboratoire.
Les auteurs évoquent au final très peu d'actions qui peuvent être mises en oeuvre à l'heure actuelle, les méthodes décrites pourront être testées et éventuellement mises en pratique dans le milieu naturel dans le futur.

Cette review illustre le fait que les méthodes de biocontrôle basées sur l'utilisation de pathogènes peuvent bien être appliquées à certains vertébrés. Cependant, très peu de cas testés ont démontré leur efficacité. Seuls trois pathogènes ont été utilisés et contrôlés avec succès. Certains pathogènes potentiellement utilisables comme BCA pourraient se transmettre à d'autres espèces non ciblées et ainsi causer un désastre écologique. De plus, les technologies actuelles ne permettent pas de prédire le comportements de plusieurs pathogènes en interaction dans le milieu naturel.
Il est ainsi très difficile de contrôler efficacement les pathogènes dans la lutte biologique chez les vertébrés à l'heure actuelle. Une meilleure compréhension des interactions entres les pathogènes et leurs milieux sera nécessaire pour développer cette approche dans le futur.

Dans cette review, les auteurs examinent minutieusement le potentiel des pathogènes fongiques comme agent de contrôle biologique contre les arthropodes. Ce papier propose une utilisation plus fréquente de ces organismes dans les programmes de biocontrôle.
Sur 136 programmes de biocontrôle recensés basés sur des pathogènes , près de la moitié ont été réalisé grâce à des pathogènes fongiques. Cela est lié à plusieurs facteurs : certains "Champignons" ont la capacité de produire des épizooties (maladie touchant une ou plusieurs espèce(s) dans leur ensemble et dans une région plus ou moins vaste) et peuvent être relâchés en petite quantité. De plus, la plupart de ces organismes peuvent infecter les insectes directement en pénétrant à travers la cuticule au contraire d'autres types de pathogènes qui infectent les insectes par voie orale. Enfin, certains des programmes réalisés ont montré un établissement permanent de ces organismes dans l'environnement (contrôle sur le long-terme), et cela sans effets sur d'autres espèces non ciblées.
Néanmoins, historiquement les pathogènes (et nématodes) ont été beaucoup moins utilisés que les prédateurs et les parasites comme agents de biocontrôle (BCA). Comment peut-on l'expliquer?
Deux types d'entomopathogènes fongiques sont considérés dans cette review : les "Champignons traditionnels" et les microsporidies. Alors que les premiers agissent dans le milieu extracellulaire, les seconds infectent les cellules de leurs hôtes. Leur succès relatif est discuté par la suite.

La diversité estimée de pathogènes fongiques utilisés dans la lutte contre les arthropodes est relativement importante avec près de 20 espèces. Plusieurs groupes différents ont été utilisés avec un efficacité variable. Le groupe des Entomophthorales par exemple présente des caractéristiques intéressantes pour une utilisation comme BCA. Cependant, une méconnaissance du cycle de vie de ces organismes et de leur interaction avec l'environnement parmi d'autres problèmes a conduit a un taux de succès très faible dans la régulation des nuisibles.
Cette méthode de biocontrôle est utilisée depuis plus d'un siècle (principalement sur espèces invasives), et les insectes visés et touchés sont principalement des Hémiptères, des Coléoptères et des Lépidoptères.
Les programmes introduisant ces pathogènes fongiques ont été menés à bien sur tous les continents et sur certaines îles du Pacifique.
Par ailleurs, le succès d'établissement dans le milieu naturel varie selon le type de pathogène. En effet, si les virus montrent un taux de succès très élevé, les "Champignons" (incluant les traditionnels et les microsporidies) ont un taux de succès mitigé et les bactéries montrent peu de résultats.

Le développement des échanges globaux a conduit à une augmentation du nombre d'espèces non natives invasives. Ainsi, l'utilisation de pathogènes fongiques dans la lutte contre les arthropodes semble être une approche intéressante à l'heure actuelle. Cependant, et malgré certains succès, cette méthode a été globalement peu utilisée du fait des préoccupations liées à la sauvegarde de l'environnement.

Les auteurs préconisent une utilisation plus fréquente de cette méthode de biocontrôle. Néanmoins, les résultats ne sont pas toujours concluants et il faut relativiser le succès de ces pathogènes en tant que BCA. Le fait qu'elle soit très peu développée n'est pas seulement lié aux préoccupations liées à l'environnement. En effet, certains programmes utilisant des virus comme BCA ont montré un succès important avec un établissement de ceux-ci dans le milieu beaucoup plus fréquent que chez les "champignons". Par ailleurs, sur les programmes mis en place, il y a eu peu de retour sur l'efficacité de ces pathogènes. Alors que des pathogènes non fongiques ont montré un succès important et à l'échelle globale, les pathogènes fongiques ont eu un succès plus limité souvent à l'échelle locale.
Etant donné le succès mitigé de cette méthode, il est étrange que les auteurs la présentent comme une solution dans la lutte biologique plutôt qu'un complément à d'autres méthodes de biocontrôle.

Cette review permet de prendre conscience de l'utilité des entomopathogènes fongiques comme BCA dans la lutte contre les arthropodes nuisible. Bien que ces pathogènes aient peu été utilisés historiquement, ils présentent de nombreuses caractéristiques utiles qui leur permettent d'affecter un spectre relativement large d'arthropodes sans affecter l'environnement. Ces pathogènes peuvent donc être potentiellement contrôlés et utilisés dans l'environnement comme agent de biocontrôle. Le problème qui se pose alors et qui a en partie empêché le développement de cette méthode depuis un siècle est la peur des conséquences que pourrait entraîner l'utilisation de ces organismes. Une prise de conscience de la fiabilité et de la sûreté de cette méthode est nécessaire à son développement dans l'avenir. Par ailleurs, une meilleure connaissance des interactions de ces organismes avec leur environnement est nécessaire à leur intégration plus fréquente dans les programmes de biocontrôle.

Cette revue est un état de l'art des études réalisées sur les effets non ciblés de certains agents de lutte biologique contre les champignons pathogènes des racines. Notamment 12 souches différentes de Pseudomonas , une souche de Bacillus _et une souche de _Streptomyces, qui produisent différent composés antifongiques (DAPG, siderophores, etc...).
La plus grande préoccupation associée avec l'utilisation de ces agents est la possible perturbation des processus microbiens essentiels au bon fonctionnement de l'écosystème du sol. C'est pourquoi cette étude s'est concentrée sur les possibles effets sur l'abondance et la structure des communautés microbiennes,sur leur activité enzymatique, les indicateurs microbiens (essentiels pour les cycles biogéochimiques) mais aussi leurs effets sur la plante elle-même et les nématodes et protozoaires alentours.
Des effets non ciblés ont été démontrés pour chaque niveau d'observation, mais le plus souvent ils sont négligeables et/ou temporaires et dépendent aussi de l'espèce bactérienne utilisée.
Dans une seconde partie de la revue, les auteurs se sont concentrés sur la critique des différentes conditions d'études sur lesquels ils se sont appuyés. Et se sont rendus compte que les bons contrôles n'ont pas été réalisés afin de conclure sur l'effet des agents de luttes biologiques. Car de nombreux facteurs sont a prendre en compte lors de ces manipulations , tel que l'effet de l'inoculum qui est mis en culture dans un milieu et pouvant produire des composés autre que l'anti-fongicide (autre antibiotiques), l'effet de l'espèce de plante étudiée, mais aussi la probabilité de rencontre entre le pathogène et la bactérie...ou même la présence du pathogène.

Pour conclure, dans cette review ils ne savent pas si les effets non désirés sont dus à l'activité de ces agents ou par des composés anti-microbiens introduits en même temps que l'inoculum. Il y a peu d'études qui ont révélés la suppression totale de la maladie avec une approfondie de ces effets non ciblés, à l'avenir plus d'études doivent être effectuées sur ces effets pour obtenir le meilleur candidat en lutte biologique.

Cette review montre que des effets non ciblés sont à envisager dans l'utilisation de certains agents de lutte biologique et pourrait avoir un impact sur l’écosystème du sol.

Cette revue a une partie critique des résultats, qui est importante pour leur compréhension et remet en cause les conditions d'expérimentations qui ne sont pas toujours correctes d'un point de vue scientifique (manque de contrôle)

Les auteurs discutent de l'utilisation des nouvelles technologies en génétique en matière de lutte biologique. Les marqueurs génétiques permettent de retracer l'histoire évolutive et l'origine des espèces invasives, ce qui permet ainsi de retrouver les pathogènes qui lui sont originellement associés et donc avec lesquels il a coévolué ("enemy release theory" : les pathogènes les plus efficaces sont les pathogènes indigènes). Il existe de nombreuses techniques actuelles pour déterminer la population d'origine; principalement l'approche phylogéographique, les méthodes multi-loci et les tests d'assignements (e.g maximum de vraissemblance, inférence bayésienne). Grâce à ces tests statistiques, on peut également estimer les propriétés de la population invasive à ses débuts (e.g nombre de colonisateurs, taux de croissance post-colonisation). Les marqueurs permettent également d'évaluer l'effet de la croissance de la population sur la diversité génétique d'un auxiliaire après son introduction pour lutter contre un ravageur. Cela permet ainsi d'estimer si cette diversité permet l'adaptation de l'auxiliaire en environnement abiotique ou biotique changeant (i.e fort potentiel adaptatif), et donc si l'introduction est pérenne. Par ailleurs, beaucoup de preuves expérimentales atteste que ce potentiel est fort pour les pathogènes grâce aux mécanismes de coévolution avec l’hôte. L’évolvabilité est donc un trait à considérer lors de la sélection d’auxiliaires, car les communautés sont rarement à l’équilibre évolutif; pourtant, la lutte biologique classique pose le postulat que celles-ci ont atteint le sommet de leur pic adaptatif.
La génétique moléculaire permet également d'identifier des traits d'intérêt pour un auxiliaire en lutte biologique, et à l'aide de manipulations génétiques d'introduire les gènes codant pour ces traits dans le génôme du pathogène. La lutte biologique traditionnelle impliquait surtout des méthodes de sélection artificielle, mais grâce à la transgénèse des traits dont l'expression est a priori antagoniste peuvent être choisis (e.g fécondité et tolérance à la température). Par exemple, le gène codant pour la protéine Bt, qui a une fonction insecticide, a été introduit dans le génome de certaines plantes comme le riz ou le maïs, ce qui leur permet de lutter de façon autonome contre les ravageurs. De même, des insectes ont été infectés par des baculovirus recombinants exprimant des toxines, puis introduits dans la nature, permettant ainsi la régulation de leur population par transmission de ce même virus.
Les auteurs discutent ensuite de l’avantage d’utiliser les OGMs plutôt que d’introduire des organismes exotiques dans un nouvel environnement afin de lutter contre une espèce invasive ou ravageuse. En effet selon eux, la lutte biologique classique implique l’introduction de « génomes entiers » , alors que les OGMs limite cette introduction à seulement quelques gènes, ce qui entraîne des effets secondaires moins importants. Les risques d’hybridation entre OGMs et individus sauvages sont d’après eux bien compris, et ils posent la question de pourquoi donc être aussi réticents face à leur utilisation en lutte biologique. De plus, puisque peu de gènes sont introduits on pourrait comprendre plus facilement leur réponse évolutive et suivre le flux de gènes afin de savoir si ceux-ci s’insèrent dans d’autres populations ou espèces.
En conclusion, les auteurs soulignent le manque de travail expérimental et de suivi post-introduction. Ils préconisent d’augmenter les tests semi-naturels sur le terrain et de considérer les interactions entre génétique et communautés écologiques en augmentant l’échelle d’étude pour avoir une plus large idée des effets secondaires. Enfin, ils insistent sur l’aide que pourrait apporter les OGMs pour le contrôle des pathogènes en lutte biologique en augmentant leur spécificité.

La publication est une review provenant du magazine Science, réputé pour sa rigueur scientifique. Les auteurs travaillent dans des laboratoires universitaires, il n'existe a priori pas de conflit d'intérêt. Le discours semble cependant clairement favorable en faveur des OGMs et semble minimiser leurs effets secondaires en citant peu de sources sur les études portant sur ceux-ci.

Cette review apporte une vision génétique à la controverse, en insistant notamment sur l'approche par marqueurs moléculaires, trop souvent négligée en lutte biologique. Ceux-ci permettent d'avoir un meilleur suivi des auxiliaires après leur introduction et donc de mesurer leur impact sur les populations voisines ou sur les autres espèces. Les auteurs soulignent également la commodité des OGMs, laissés de côté à cause de l'appréhension générale face à ceux-ci. Ces nouvelles techniques permettrait d'introduire seulement quelques gènes dans l'environnement où l'on cherche à lutter contre un organisme, ce qui faciliterait également le suivi post-introduction mais aussi limiterait les effets secondaires.

Il s'agit d'un des rares articles que nous ayons trouvés durant nos recherches relatant de l'utilisation des OGMs en lutte biologique.

L'hypothèse du "new encounter" (NE) stipule qu'un organisme exotique qui colonise un habitat sera confronté à de nouveaux pathogènes, avec lesquels il n'a pas coévolué, et dont qui diminueront d'autant plus sa fitness. Cette idée s'oppose à l' "enemy release" (ER), qui avance qu'un organisme non-indigène colonise rapidement le nouvel habitat du fait que ses ennemis naturels, qui contrôlaient auparavant la densité de sa population, sont absents. Ces deux hypothèses sont discutées dans ce review, principalement à l'aide de données sur le cacaoyer (Theobroma cacao) et l'arbre à caoutchouc (Hevea brasiliensis).
En lutte biologique classique, ce sont les ennemis naturels avec lesquels la plante invasive a coévolué qui sont utilisés. Ceux-ci sont donc issus de son aire d'origine et on inocule la nouvelle aire d'invasion avec ces pathogènes afin de limiter l'explosion démographique de la plante envahissante. Ces pratiques s'inscrivent donc dans l'idée de l'ER, puisqu'on estime que la relation inter-spécifique complexe qui s'est mise en place au cours de l'évolution entre le pathogène et la plante hôte permet l'autorégulation des populations de ce végétal dans son aire d'origine. Cependant, d'après une méta-analyse de Hokkanen & Pimentel (1984) qui portait sur des expériences de bio-contrôle utilisant principalement des insectes parasitoïdes, 75% de celles qui se sont révélées être un succès impliquaient de nouveaux pathogènes. Ces auteurs expliquent que, du fait que la plante n'ait pas coévolué avec ces parasites, l'état d'équilibre inter-spécifique n'est pas atteint et donc la virulence en est d'autant plus forte. La question se pose alors de savoir si les pratiques actuelles en lutte biologique sont réellement appropriées et efficaces, et si une remise en cause de ces mêmes pratiques s'impose.
Le cacaoyer et l'arbre à caoutchouc sont deux plantes originaires du Néotropique, d'après les aires biogéographiques définies par Wallace en 1876. Les deux plantes, d'un fort intérêt économique, on ensuite été introduites dans toutes les régions tropicales terrestres afin de les cultiver. Par ailleurs, il était très difficile de faire des plantations à l'échelle commerciale dans leur aire d'origine : les pathogènes associés avec ces plantes avaient un effet dévastateur. Lors de leur introduction, il a donc fallu être vigilant et s'assurer que les individus sélectionnés étaient sains afin que les barrières géographiques suffisent à limiter la propagation des pathogènes. Néanmoins, ces précautions n'ont pas été suffisantes, particulièrement au Palétropique. Le cacaoyer a développé de nouvelles maladies en s'associant avec des pathogènes indigènes (e.g cochenille farineuse, vectrice du virus CSSV). De même, les populations d'arbre à caoutchouc ont fortement diminué en effectifs mais seulement à partir d'un certain temps de latence : cette perte s'expliquant du fait que son ennemi naturel (Microcyclus ulei) a été importé accidentellement. Ces deux événements semblent donc chacun supporter respectivement les hypothèses du NE et de l'ER. Cependant, il existe des cas où le cacaoyer a également subit une forte baisse démographique suite à l'introduction d'un de ses pathogènes d'origine : en comparant ces pertes avec celles dues à la rencontre d'un nouveau pathogène, il ressort très nettement que ce sont les pathogènes d'origine qui sont le plus virulents. Les auteurs discutent également dans cette review d'autres exemples d'espèces tropicales où l'on retrouve le même type de résultats.
En conclusion, l'hypothèse de l' "enemi release" semble être bien supportée par les expériences réalisées en lutte biologique. L'utilisation de pathogènes avec lesquels les plantes invasives ont coévolué devrait donc rester la stratégie prioritaire, ayant trop peu de données supportant le concept de "new encounter".

Cette review a été élaborée dans le cadre d'un symposium portant sur la lutte biologique des plantes envahissantes. On peut alors se demander si le discours n'est pas biaisé en raison des circonstances dans lequel il s'inscrit. Aussi, les données se limitent à des plantes tropicales cultivées pour leur forte valeur économique, on peut alors se poser la question de s'il est possible d'extrapoler leurs conclusions à d'autres écosystèmes (e.g l'utilisation de pathogènes avec lesquels les plantes ont coévolué est plus efficace pour réguler leur démographie). Enfin, cette review nécessite la lecture de l'article de Hokkanen & Pimentel (1984) pour bien comprendre le contexte et les termes utilisés.

L'originalité de cette review est qu'elle inscrit la problématique dans un cadre plus général : elle soulève les questions que posent la lutte biologique d'un point de vue évolutif. En confrontant les résultats de Hokkanen & Pimentel (1984) et les avancées plus récentes en lutte biologique chez les plantes tropicales (presque 20 ans séparent les deux articles), cette review permet de faire le point sur l'importance de considérer le passé évolutif de la plante invasive avec ses pathogènes d'origine. Il est cependant important de garder à l'esprit que certaines plantes semblent être mieux contrôlées par des pathogènes avec lesquels elles n'ont jamais interagi, créant ainsi de nouvelles associations (e.g Mycètes). En lutte biologique classique, il s'agit d'importer un ennemi naturel sympatrique efficace pour réguler les populations de l'organisme exotique envahisseur. Cette review montre donc la pertinence des méthodes employées actuellement.

En mettant en exergue l'importance de la coévolution dans les relations hôte-pathogènes en lutte biologique, cette review dénonce indirectement l'utilisation d'OGM afin de modifier les auxiliaires pour les rendre plus spécifiques. Cette dernière pratique repose sur le concept de "new-encounter" en visant à créer de nouvelles associations, tout en s'efforçant à contourner les problèmes liés à l'infection a priori généraliste (i.e au large spectre d'hôtes) de ce nouveau pathogène dont l'on veut forcer l'interaction.

Cette review met en lumière le potentiel d'utilisation des baculovirus modifiés génétiquement dans la lutte contre les insectes nuisibles responsables de la destruction des cultures. L'utilisation de souches "sauvages" dans la lutte biologique s'est globalement soldée par un échec. En effet, ces baculovirus présentent de nombreuses limitations qui les rendent peu compétitifs par rapport à des pesticides chimiques plus classiques (mort lente des insectes par les virus). Cependant, le temps entre le contact de l'insecte avec le virus et sa mort a été grandement réduit avec l'avènement des techniques de recombinaison d'ADN.
Le temps mis par le virus a tuer son hôte varie selon de nombreux paramètres (température, dose virale, âge de l'hôte, espèce et souche virale) et l'insecte nuisible continue de détruire les cultures jusqu'à sa mort. C'est pourquoi, la modification du génome d'un virus peut être intéressante pour réduire son temps d'action sur son hôte et ainsi réduire les dégâts sur les cultures.
Les auteurs énoncent ensuite les avantages et les inconvénients de cette méthode de contrôle des nuisibles par des baculovirus recombinés.
En effet, d'une part c'est une piste intéressante pour les agriculteurs puisque la résistance des insectes nuisibles aux pesticides chimiques ne cesse d'augmenter. D'autre part, les insecticides chimiques montrent des effets néfastes sur l'environnement comme sur la santé humaine. Ce contrôle biologique par l'utilisation de virus pourrait ainsi être une bonne alternative ou au moins réduire l'utilisation de ces méthodes. De plus, les baculovirus sont généralement hôte-spécifiques, ce qui limite le risque de contamination chez d'autres espèces. Les insectes montrent très peu de résistance aux baculovirus et ceux-ci peuvent être combinés aux pesticides chimiques pour une meilleure efficacité.
Néanmoins, les baculovirus recombinés peinent à se maintenir dans l'environnement puisqu'ils sont moins compétitif que ceux de type "sauvage". Par ailleurs, leur hôte-spécificité réduit leur champ d'utilisation dans l'environnement et il existe des limites techniques qui empêchent la recombinaison génétique chez tous les baculovirus.

Finalement, l'utilisation de baculovirus génétiquement modifiés montre des résultats prometteurs sur la gestion des insectes nuisibles. Cependant, il est encore nécessaire de développer cet axe de rechercher tout en restant conscient des risques liés à la manipulation génétique de ces pathogènes.

Cette review décrit le potentiel des baculovirus recombinés dans la lutte biologique. Cependant, elle ne décrit qu'une partie des méthodes qu'il est possible de mettre en oeuvre dans la lutte biologique puisque d'autres micro-organismes peuvent également servir comme agents de biocontrôle (BCA). De même, ces virus sont hautement pathogènes pour les arthropodes mais il existe de nombreux autres organismes qui nuisent aux cultures.
Ainsi, cette review ne permet pas d'avoir une vision exhaustive de la diversité des méthodes de biocontrôle par l'utilisation de pathogènes.

Cette review révèle le potentiel important des micro-organismes que sont les baculovirus ainsi que l'apport des nouvelles technologies dans la lutte biologique contre les arthropodes. Les auteurs considèrent les risques liés à l'utilisation de ces virus négligeables. Cependant il est nécessaire de développer les biotechnologies dans le but d'améliorer l'effet de ces pathogènes sur les nuisibles, et cela dans une approche basée sur les risques potentiels liés à cette méthode.
Ainsi, dans ce contexte très spécifique très réduit, où un type particulier de micro-organisme affecte un type particulier de nuisible, cette méthode semble pouvoir être contrôlée.

Les apports de cette review sont les mêmes que les limites. En effet, les auteurs se concentrent sur le potentiel des baculovirus modifiés comme BCA dans la lutte contre les arthropodes nuisibles. De ce fait, les différentes méthodes permettant d'affecter les insectes grâce à ces virus et ainsi diminuer leur impact sur les cultures, les risques et les avantages liés à cette méthode de biocontrôle ainsi que les perspectives futures sont discutées avec précision.