La théorie hygiéniste explique-t-elle vraiment l'augmentation de la prévalence d'allergies et de maladie auto-immune dans le monde moderne ?

Cette revue traite du rôle des récepteurs de l’immunité innée (notamment les récepteurs Toll-like, TLRs) dans les mécanismes de l’autoimmunité.
Elle part du principe de l’hypothèse de l’hygiène : l’augmentation de la prévalence des maladies autoimmunes ayant été concomitante avec la baisse des maladies infectieuses, il se pourrait que certains microorganismes pathogènes et commensaux jouent un rôle protecteur de ce point de vue.
D’abord proposé pour les allergies, l’hypothèse de l’hygiène a ensuite été étendue aux maladies auto-immunes avec l’acquisition de nouvelles connaissances.
Avec l’avancée de la microbiologie et de la métagénomique, le rôle joué par le microbiome est de plus en plus étudié.
L’émergence de ces pathologies est corrélée à l’amélioration des conditions sanitaires et du niveau socio-économique.
L’asthme serait plus fréquent dans le pays développés, ainsi que le développement d’un diabète de type I, bien que les prédispositions soient équivalente dans les conditions socio-économiques moins favorables : cela mettrait en lumière un rôle protecteur des infections contre le développement du diabète.
De même les descendants de migrants de pays en développement vers les pays développés développent plus d’allergies et de maladies auto-immunes, ce qui écarte une cause génétique.
Si la migration a lieu après la naissance, l’âge à laquelle elle s’effectue est déterminante pour le développement de ces pathologies, or le microbiote humain est fixé après l’âge de 3 ans.
Les helminthes ont fortement été associés à une moindre apparition d’allergies et de maladies auto-immunes, et les traitement anti-helminthes augmentent les risque d’atopie.
L’infection par Trichuris suis améliorerait l’état des patient atteint de sclérose en plaques, et les souris NOD et NZBxNZW seraient protégées du développement de diabète type 1 et de sclérose en plaques respectivement (qu’elles développent naturellement), par des infections parasitaires, bactériennes et virales.
Des rôles protecteurs ont été observés avec des antigènes, ce qui signifierait que l’infection par des pathogènes vivant ne serait pas nécessaire.
Une dysbiose du microbiote intestinal est constatée chez les patients atteint de maladies auto-immunes.
Le microbiome est très variable entre les populations les régimes alimentaires et les conditions socio-économiques. L’auteur souligne qu’il serait intéressant d’étudier le métabolome.
Il a été observé que le diabète augmente chez les souris sans microbiote intestinal. Sur des modèles murins également, l’utilisation de probiotiques a permis de prévenir de l’apparition de diabète et d’encéphalomyélite autoimmune expérimentale chez des souris NOD et EAE.
Les humains nés par césarienne et exposés aux antibiotiques de manière précoce présentent une plus grande prévalence de diabète de type 1 et de sclérose en plaques.
L’auteur analyse distinctement le rôles des pathogènes d’une part, et des microorganismes commensaux d’autre part, dans la protection contre l’autoimmunité.
La compétition antigénique pourrait expliquer l’hypothèse de l’hygiène : le système immunitaire (SI) réagit moins fortement à un premier antigène lorsqu’il est confronté à un second.
Les acteurs potentiels du SI dans la protection sont listés par l’auteur. Les pathogènes comme les commensaux, en stimulants le système immunitaire, stimuleraient également sa régulation.
Le rôle des TLRs est analysé : ces récepteurs sont activés par les pathogènes comme les commensaux, et ont un rôle protecteur lorsqu’ils sont exprimés par des Treg qui modulent la réaction immunitaire.

Cette revue est un apport intéressant sur le rôle du microbiote qui affine l'hypothèse de l'hygiène, et sur les mécanismes immunitaires impliquées dans la protection par les pathogènes et les commensaux.

Bien que rigoureuse cette revue est un peu confuse, les mécanismes immunitaires sont difficilement compréhensibles et il y a beaucoup d'informations.

Cette revue propose une révision de l’hypothèse de l’hygiène, sous forme d’un réseau d’influences diverses, ou « hygiene hypothesis net ».
L’histoire de l’hypothèse de l’hygiène, ainsi que des cas documentés et des études controversés y sont présentés.
L’hypothèse de l’hygiène a commencé avec les observations de David P. Strachan en 1989 sur la survenue des phénomènes allergiques et infectieux chez les enfants en fonction de plusieurs facteurs de leur nombre de frères et sœurs et leur position dans la fratrie.
Depuis sa première formulation l’hypothèse de l’hygiène a évolué au fur et à mesure de l’avancé des connaissances en immunologie et microbiologie.
La théorie des vieux amis complémente la théorie de l’hygiène : l’exposition précoce à des antigènes inoffensifs « apprendrait » au système immunitaire à reconnaître et tolérer correctement.
Les nouvelles connaissances viennent enrichir et nuancer la théorie de l’hygiène, qui ne se cantonne plus à associer une hygiène exacerbée à l’augmentation de la prévalence de certaines pathologies. Le microbiome, le régime alimentaire, l’activité professionnelle, et la prise de médicaments joueraient également un rôle.
L’hypothèse du microbiome met en avant le rôle clé de la colonisation du tractus gastro-intestinal des nouveau-nés par les microorganismes. Elle peut être affectée par divers facteurs comme la méthode d’accouchement (césarienne ou voie basse), la nature de l’alimentation (lait maternel ou artificiel) et la présence de frères ou sœurs, ainsi que d’animaux de compagnies. Le nombre et la diversité des microorganismes commensaux auraient une place centrale dans l’équilibre du système immunitaire, comme le présente l’hypothèse de « l’équilibre du signal ». En cas de dysbiose notamment, les allergies alimentaires pourraient être plus importantes.
La revue aborde le cas des helminthes parasitaires, leur rôle dans la modulation du système immunitaire, et dont l’absence dans les pays développés est suspectée de causer une augmentation de la prévalence des allergies et des maladies auto-immunes.
De même, les protistes parasites peuvent avoir une action immunosuppressive et ont réduit la réponse auto-immune sur des modèles animaux.
Enfin les infections bactérienne, de part leur stimulation de l’inflammation, pourraient induire une diminution de la réponse atopique à l’origine des allergies des maladies auto-immunes.
Il existe des contre exemples de l'hypothèse hygiéniste. Dans certains cas par exemple, l’infection par des helminthes pourrait déclencher des réponses allergiques. Les parasites pourraient également déclencher des allergies et des réponses auto-immunes. Ces observations empêchent d’envisager les parasites comme un traitement potentiel.
Les pathogènes reconnus par les cellules dendritiques voient leurs antigènes présentés aux cellules TCD4+ naïves, qui se différencie en Th1 et Th2. Les Th1 sont médiateurs de la réponse anti pathogènes intra et extra cellulaires, et les Th2 anti parasites et allergènes. Dans le cadre de l’hypothèse de l’hygiène, la réponse Th1 reconnaîtrait des antigènes du soi et la réponse Th2 ne tolèrerait pas des antigènes inoffensifs. Deux hypothèses sont avancées : d’une part, la faible stimulation de la réponse Th1 par une faible quantité de microorganismes pathogènes, qui entraînerait une réponse Th2 accrue et donc des allergies. D’autre part, une moindre stimulation des Treg, qui contrôleraient donc moins les réponses Th1 et Th2.
Les essais en laboratoires et clinique de l’utilisation d’helminthes comme traitement sont prometteurs, car les helminthes ou certaines de leurs molécules réduisent chez des modèles murins et animaux les symptômes de plusieurs maladies auto-immunes. La piste de la greffe de microbiome comme traitement, de la maladie de Crohn notamment, est également étudiée. En effet la greffe de microbiome permet de traiter des maladies liées à des dysbioses, et pourrait traiter les maladies auto-immunes qui impliquent le tractus gastro-intestinal.

Cette revue permet d’apporter une vue d’ensemble sur l’hypothèse de l’hygiène et de nuancer un dogme bien établi, sans pour autant le réfuter complètement.

La sensibilité allergique ou atopie est marquée par la présence d'anticorps spécifiques anti-immunoglobulines E (IgE) à l'allergène. Chez les personnes sensibles, l'exposition à des allergènes peut provoquer des maladies telles que l'asthme, le rhume des foins, etc. La prévalence de la sensibilisation allergique et des maladies associées est maintenant beaucoup plus élevée qu’elle ne l’était, et était déjà observée en 1976 par Gerrard, qui suggère déjà que "les allergies sont le prix payé par des individus pour l'absence de maladies dues aux virus, bactéries et helminthes". Le terme "hypothèse de l'hygiène" émerge en 1989 quand Strachan proposa que "les allergies étaient entravées lors de l'enfance par les infections transmises par contact avec les frères et soeur, ou infections prénatales acquise par la mère en contact avec ses enfants". Cette théorie fut supportée par une étude allemande, et confirmée par des études sur les souris : les infections virales, bactériales et helminthiques ou même l'exposition à des pathogènes morts peut profondément affecter la sensibilité aux maladies ; mais toutes les infections ne protègent pas des allergies.

Dans les pays occidentaux les allergies sont 20 fois plus nombreuses que dans les pays pauvres. Les changements associés au mode de vie occidental (peu d'activité physique et régime pauvre en fibres et riche en sucres/graisses menant à l'obésité, l'exposition à des allergènes par les acariens et cafards) influencent la composition et la diversité du micro biome intestinal, nasal et épithélial et, bien souvent, le degré global de diversité du micro biome est réduit. Par conséquent, les hypothèses alternatives des "vieux amis" et de la "biodiversité" ont été proposées, et suggèrent que l'augmentation des allergies est due à une perte de relation symbiotique avec des parasites et bactéries qui ont été bénéfiques à notre évolution. Les mécanismes liant mode de vie occidental et réduction du microbiome sont encore mal compris, mais il apparaît que le mode d'alimentation du nourrisson, le mode d'accouchement, la proportion de fibres dans le régime alimentaire de la mère et de l'enfant, la famille et la présence d'animaux domestiques ont d'importants effets.

Les auteurs proposent un concept de tissus barrières tels que l'épithélium des poumons, et probablement celui de la peau et de l'intestin, qui seraient fortement influencés par l'environnement et la diversité du microbiome lors du jeune âge, et agiraient comme d'importants rhéostats pour la réponse immunologique aux allergènes.

La review s'appuie sur de nombreuses études, dont des modèles sur les souris. Les auteurs ne déclarent aucun conflit d'intérêt ni financiers.

Cette review synthétise l'histoire de l'augmentation de la prévalence des allergies, l'histoire de la théorie de l'hygiène, les hypothèses sur les facteurs de protection et de risque lors de l'enfance pour le développement d'allergies. Même si l'immunologie des épidémies d'allergies est complexe, les auteurs proposent un concept de tissus barrière pour expliquer la réponse aux allergènes.

La prévalence des allergies alimentaires dans les pays développés est plus importante chez les jeunes enfants. Cependant, elle augmente aussi chez les adolescents et jeunes adultes et dans les pays en développement. L'origine de l'augmentation de la prévalence n'est pas claire : augmentation de l'incidence ou réel changement dans l'histoire des allergies alimentaires.

L'incidence réfère aux nombre de nouveaux cas diagnostiqués par population pour une période de temps ; la prévalence réfère à la proportion de la population qui est actuellement malade. S'il y a rétablissement rapide chez la plupart des personnes touchées, la prévalence reflétera étroitement l'incidence et restera stable. Si la maladie ne se résorbe pas, il y aura une accumulation de cas qui entraînera des taux de prévalence plus élevés. Ainsi, puisque les allergies persistent toute la vie d'un individu, la prévalence ne peut être réduite/stabilisée qu'avec de la prévention : il y a nécessité d'identifier des traitement.

La mesure de la prévalence est biaisée notamment un manque de données basées sur la population à l'aide de méthodes d'évaluation objectives. Peu d'études utilisent le standard en or de "l'oral food challenge". Celles qui l'utilisent indiquent une prévalence des allergies alimentaires entre 5 et 10% dans les pays de l'ouest (UK, Australie) et 7% en Chine et en Corée, pour les enfants d'âge préscolaire. On en sait moins sur la prévalence chez les autres enfants et les adultes, puis que presque aucune étude n'utilisait le standard pour examiner ces groupes d'âges : en Australie chez les adultes, 1.3% des 20-45 ans souffraient d'allergies alimentaires (2002). Plus récemment en 2014, une étude suggérait des taux plus élevés (entre 4 et 5%) suggérée par l'augmentation des hospitalisation liés à l’anaphylaxie d'origine alimentaire (adultes et enfants), des enquêtes structurées à différents moments et l'accélération récente de l'incidence d'allergies aux arachides, aux noix et fruits de mer qui persistent généralement toute la vie.

En l'absence du standard pour les études, la deuxième preuve la plus solide est fournie par les changements dans les taux d'admission à l'anaphylaxie hospitalière. Ces derniers reportent une augmentation constante depuis les deux dernières décennies. Par exemple, entre 1998 et 2012, les admissions sont passées de 1.2 à 2.4/10⁵ patients avec la plus grosses augmentation chez les 0-4 ans. Aux Etats-Unis, les admissions ont plus que doublées chez les 0-18 ans entre 2000 et 2009. En Nouvelle Zélande, elles ont augmentées de 3.3 à 5.8/10⁵ entre 2002 et 2011 chez les 15 ans et plus. En Australie, les taux ont quadruplés en passant de 2 à 8.2/10⁵ entre 1998 et 2012. D'autres études montrent que c'est chez les enfants à 0 à 4 ans que les augmentations sont les plus marquées avec des taux passés de 7.3 à 30.2/10⁵ entre 1998 et 2012. Bien que les augmentations aient été linéaires dans la plupart des groupes d'âge, une augmentation exponentielle de la prévalence a été observée chez les enfants plus âgés et les adolescents de 5 à 14 ans.
Peu d'études se sont focalisées sur d'autres régions, mais une en Chine montre sur des enfants montrait une sensibilité alimentaire qui augmentait de 9.9 à 18% et les allergies de 3.5 à 7.7% entre 1999 et 2009.
Il existe des preuves préliminaires que l'ethnicité joue un rôle important dans les risques d'allergies. Des enfants avec des parents de l'Est asiatique auraient plus de risques qu'avec des parents Caucasiens, quand ils sont exposés à l'environnement occidental dès leur jeune âge. De même, l'urbanisation en Afrique serait susceptible d'augmenter la prévalence chez les enfants.

Pour prévenir les allergies, les autorités conseille de nourrir au sein pendant les premiers mois et d'introduire la nourriture solide entre 4 et 6 mois tout en continuant l'allaitement. Pour les malades, il semble que la désensibilisation (capacité à consommer aliment sans déclencher de réaction) soit la voie que se développe actuellement.

La review distingue bien les études basées sur un protocole standard qu'est le oral food challenge (OFC). C'est un test médical utilisé pour confirmer la présence d'une allergie lorsque les test de peau et de sans ne permettent pas de conclure. Dans le cas d'une allergie la nourriture ingérée produira une réaction. Les changements dans les taux d'admission à l'anaphylaxie hospitalière sont également un bon moyen pour détecter les cas d'allergies.

Les allergies ont dramatiquement augmenté au cours du dernier siècle, au début dans les pays riches mais maintenant partout ailleurs. En parallèle, les menaces de pandémies de maladies infectieuses, la résistance aux antibiotiques et le nombre de personnes immunodéprimées vivant dans la communauté ont augmenté. La théorie de l'hygiène a émergé en 1989 et propose que la faible incidence des infections au cours de l'enfance expliquerait l'augmentation des maladies atopiques au 20^ième siècle.
Les hommes sont des écosystèmes : les microbes vivant sur et dans nous constituent un organe à part entière, essentiel à notre santé. Le système immunitaire est un système qui apprend , à la manière d'un ordinateur, tout au long de la vie d'un individu : de nouvelles données sont ajoutées lors de contact avec des micro organismes ou l'environnement. Si ces données sont inadéquates, le mécanismes de régulation peut faillir et attaquer des éléments inoffensifs.

En utilisant une méthode basée sur la technique de Delphi, six experts en maladies infectieuses ont été interrogés pour tirer un jugement de groupe et parvenir à un consensus sur des questions en rapport avec le but de l’étude. Les thèmes clés qui ont émergés sont : l’ampleur des maladies allergiques et liées à l’hygiène sur la santé; les preuves les plus récentes concernant la nature du lien entre une exposition microbienne réduite et son impact sur le microbiome humain et le système immunitaire de régulation; la question des relations entre les modes de vie et la protection contre les maladies infectieuses.

La technique de Delphi est une méthode de recherche qualitative basée sur le jugement d'experts dans leur domaine. Quand un niveau de consensus suffisant est achevé, les résultats des juges sont publiés.

L’interaction entre les "vieux amis" (microbes) qui sont présent dans l'environnement naturel et le microbiome humain jouent un rôle essentiel dans la régulation immunitaire. Les changements dans le style de vie, l'environnement, ainsi que l'urbanisation ont contribué à modifier notre exposition aux microbes essentiels. De plus, de mauvaises habitudes alimentaires, l'utilisation excessive d'antibiotiques ont des effets néfastes sur le contenu et la diversité du microbiome humain.
La réduction du risque d'allergies pourrait se faire via des effets combinés de changement de style de vie, de meilleures habitudes alimentaires, moins d'antibiotiques, l'accouchement par voies naturelles, l’interaction physique avec d'autres personnes, plus de sport en extérieur.
L'hygiène ciblée fournit un cadre pour maximiser la protection contre l'exposition aux pathogènes tout en minimisant les perturbations du microbiome intérieur et la propagation des microbes essentiels entre les membres de la famille

L'idée qu'une hygiène/propreté excessive (telle que le public la comprend) est la cause d'allergies n'est plus supportée en raison des données. Le terme "hypothèse hygiéniste" est trompeur et doit être abandonné en faveur du "Mécanisme des Vieux Amis".
L'hygiène ciblée et les nouvelles découvertes ne seront prise en compte qu'après un changement de perception du public, de la santé public et des professionnels vis à vis du microbiome et de l'hygiène.

Les auteurs commencent par rappeler les chiffres de l’augmentation des allergies dans les sociétés occidentales. Aux Etats-Unis, par exemple, la prévalence de l’asthme a augmenté de 38% de 1980 à 2003. Les bases génétiques de l’apparition des allergies n’ayant pas pu changer fondamentalement en si peu de temps, ce sont surtout les facteurs environnementaux qui sont étudiés, comme la déficience en vitamine D, la pollution, les adjuvents contenus dans les vaccins, l’obésité, ou encore l’exposition aux microorganismes et parasites.
Les auteurs introduisent ensuite les concepts centraux de l’hypothèse hygiéniste, et exposent les preuves épidémiologiques qui ont été accumulées ces dernières années. Ces études mettent en évidence :
L’association entre le nombre de frères et soeurs et le risque de développer de l’eczema ou un rhumes des foins
L’effet favorable des animaux de compagnie sur le risque de posséder des symptômes allergiques
Le lien entre standards d’hygiène et prévalence des maladies atopiques.
L’association entre baisse de présence de parasites, dont les helminthes, et l’augmentation de la prévalence des maladies atopiques
L’effet de tous ces facteurs s’étend à d’autres maladies immunitaires, comme la sclérose en plaque, ou bien le diabète de type I.
Les enfants d’immigrés venus de régions à faible prévalence des allergies et à standards hygiéniques plus faibles acquièrent la même incidence de maladies atopiques que ceux d’individus ayant vécu dans la région depuis de nombreuses générations.

Les auteurs font ensuite le tour des acteurs de l’hypothèse hygiéniste. Ils reprennent notamment les résultats de Rook (2012) et soulignent le rôle des microorganismes du microbiote intestinal. La meilleure exposition qu’ont les individus vivant avec beaucoup d’animaux et possédant beaucoup de frères et soeurs pourrait mener à un microbiote plus diversifié et complexe, qui éviterait une ultra-sensibilité du système immunitaire à l’origine des maladies atopiques.
L’urbanisation et les migrations mondiales globalisées, ainsi que les politiques de santé publique ont réduit voire même éradiqué certaines maladies des sociétés occidentales, et notamment les infections helminthiques, la malaria, les infections mycobactériennes, ou encore l’hépatite A.
Les helminthes sont d’ailleurs une bonne piste quant à la variation de prévalence des maladies atopiques. 37% de la population mondiale en serait infectée, alors même qu’ils sont assez rares dans les pays industrialisés. Les helminthes ont la capacité de moduler le système immunitaire de leur porteur, afin d’éviter d’être éliminés avant d’avoir pu se reproduire, sans pour autant rendre leur hôte complètement sans défense face aux pathogènes. Notamment, ce contrôle passe par une inhibition des voies immunitaires associées aux réactions allergiques, par exemple en favorisant la différenciation des cellules-T naïves en Th2 plutôt qu’en Th1 (qui sont associées à des réactions inflammatoires plus fortes, et à des actions auto-immunes). Des mécanismes cellulaires similaires ont lieu pour les cellules dendritiques, ou pour les cellules de l’immunité innée. De plus, le microbiote, dont les perturbations sont associées à des maladies atopiques et auto-immunes, va être stabilisé par la présence d’helminthes. Tous ces effets ont mené à l’avènement de thérapies aux helminthes pour lutter contre les maladies inflammatoires, ou liées à l’immunité, avec un relatif succès.

En conclusion, les auteurs soulignent les progrès faits dans la compréhension de l’interaction entre immunité, allergies, et “Vieux Amis”, et notamment l’intérêt grandissant des helminthes dans le développement du système immunitaire. En revanche, les molécules mises à l’oeuvre par les helminthes dans le contrôle du système immunitaire restent pour l’instant peu connues. Il serait intéressant d’en savoir plus, afin de pouvoir agir directement sur les patients atteints de maladies auto-immunes et atopiques sans avoir recours aux helminthes eux-mêmes.

Plusieurs études ont constaté que l’exposition à la pollution de l’air due à la circulation routière et aux particules fines (PM2,5) dans la petite enfance est corrélée au développement d’allergies.
Les particules fines (notamment les particules de carbone pur dites « carbone suie », ou « carbone noir ») et les gaz comme l’ozone, le monoxyde d’azote et le dioxyde d’azote sont suspectés d’être un facteur de l’augmentation de la prévalence des allergies dans les pays développés.
Les enfants sont plus vulnérables aux effets de la pollution en raison de leurs systèmes immunitaires et respiratoires immatures.
Les effets considérés ici sont l’asthme, la respiration sifflante, le rhume des foins, l’eczéma et l’hypersensibilité à des allergènes y compris alimentaires.

L'auteur se focalise sur les études utilisant des cohortes de naissance, c'est-à-dire des études longitudinales qui suivent les sujets depuis leur naissance.
19 études qui se basent sur 11 cohortes sont analysées. Certaines de ces études ne prennent pas en compte les facteurs confondants comme le tabagisme passif ou l’historique familial de prédisposition aux allergies. Les marqueurs de pollutions utilisés varient entre les études, et l’indicateur d’exposition utilisé est la distance qui sépare le lieu de vie de routes.
Cette méta-analyse permet d’évaluer l’impact de l’exposition en fonction des tranches d’âges, car un plus grand panel d’âge est ainsi analysé. Cependant la méta-analyse peut être biaisée par les différentes définitions des expositions et des symptômes allergiques par les auteurs des études.
Les autres facteurs environnementaux comme les pollens ou le climat ne sont pas pris en compte, ce qui constitue une autre limite.

Les résultats montrent dans certains cas une augmentation de la prévalence de l’asthme et du sifflement respiratoire suite à l’exposition aux oxydes d’azote.
Bien qu’hétérogènes entre les différentes études, les résultats montrent également une association entre les particules fines et la survenue d’allergies. Une des études a également trouvé une association avec les sifflements respiratoires.
D’après certaines de ces études l’asthme et les sifflements seraient aussi favorisés par l’exposition au carbone suie.
L’exposition à la pollution de l’air liée à la circulation routière dans l’enfance est décrite comme pouvant avoir plusieurs effets. D’une part, le développement d’une hypersensibilité à des antigènes variés (poils d’animaux, aliments, pollen…). D’autre part, la survenue d’eczéma et de rhume des foins.
Les corrélations varient cependant selon les polluants de l’air et les symptômes si on les analyse individuellement.

Les méthodes employées dans cette analyse sont très rigoureuses. La rigueur de chaque étude y est testée par des indicateurs, les données sont standardisées pour pouvoir être comparées et la démarche des auteurs dans leurs recherches et leur comparaison y est décrite en détails. De plus les auteurs des études ont été contactés en cas de données manquantes. Les biais et méthodes de chaque étude sont analysés et recensés.

Cette analyse documente la corrélation entre l’augmentation de l’incidence de l’asthme et l’exposition à la pollution de l’air dans les premières années de la vie. Cela fournit une hypothèse alternative à l’hypothèse de l'hygiène quand à l’explosion des allergies.

Cette analyse ne prend pas du tout en compte la théorie hygiéniste.

L'hypothèse de l'hygiène propose que grandir dans un environnement agricole protège les enfants des sensibilités allergiques, tandis que l'hypothèse de la biodiversité suggère que le contact réduit des populations avec l'environnement naturel et sa biodiversité (dont les micro-organismes) amène à une stimulation inadéquate des circuits immunorégulateurs. De manière importante, les interactions avec l'environnement naturel peuvent influencer la composition du microbiote commensal de l'homme, dont les organismes ne sont pas tous égaux dans leur capacité à stimuler les circuits régulateurs via des récepteurs capable de reconnaître des antigènes (comme les récepteurs de type Toll) dans le but de prévenir ou mettre un terme aux réponses inflammatoires inappropriées.
Cet article a pour but de tester l'hypothèse de la biodiversité.

Pour tester l'hypothèse, 118 adolescents habitant une petite ville dans une région de 100*150km en Finlande ont été choisis aléatoirement pour étudier un trouble inflammatoire qu'est la sensibilisation atopique, et qui implique la propension à développer des anticorps IgE en réponse à l'exposition à un allergène.
Des test allergiques (analyse sanguine sur la présence d'anticorps IgE spécifiques) ont été faite sur les patients, le génome de leur microbiote épithélial a été séquencé, et les données sur la biodiversité environnementale ont été collectées sur les habitations et les alentours.
Il est question de savoir si la biodiversité environnementale influence la composition du microbiote, si l'atopie est liée à l'environnement autour du lieu de vie ou à la composition de la communauté microbiale de la peau, et de caractériser la fonction immune des patients étudiés avant de la lier à la composition du microbiote épithélial.

Il apparaît que le microbiote épidermique peut être affecté par les habitudes de lavage et par les savons/détergents utilisés et que la structure du microbiote commensal est influencée par l'environnement : les microbes sont largement transmis par le pollen (dont la diversité peut jouer), la poussière et l'air ambiant et ils peuvent agir à la fois comme adjuvants et comme déclencheurs des circuits régulateurs. Il est aussi concevable que l'atopie affecte la composition du microbiote épidermique, et qu'une diversité faible de gammaaprotéobactéries favorise l'atopie. Ces bactéries jouent un rôle spécial dans le développement et la maintenance des fonctions homéostatiques et protectrices de la peau.
La biodiversité est donc fortement associée à l'atopie, à l'échelle du microbiote (diversité des bactéries) et du macrobiote (richesse d'espèces de plantes). Les interactions avec l'environnement naturelle enrichissent le microbiote commensal et augmente son interaction avec le système immunitaire.

Cet article détaille la théorie de la biodiversité.

L’hypothèse hygiéniste, ou hypothèse des vieux amis, suggère que l’augmentation de la prévalence de problèmes de santé liés à l’immunorégulation, tels que les allergies ou les diabètes, sont liés à la relative dispartition d’organismes qui ont coévolué avec les mammifères, et qui remplissent un rôle crucial dans la mise en place d’un système immunitaire efficace. L’auteur rappelle dans son introduction l’existence d’autres hypothèses expliquant l’augmentation de l’incidence des allergies, ainsi que l’interdépendance des différents mécanismes explorés comme hypothèses. Des facteurs génétiques peuvent par exemple potentialiser l’impact de l’absence des “vieux amis” par exemple. L’auteur explique également le lien entre système immunitaire et microbiote, en soulignant leur complémentarité.

L’hypothèse des vieux amis émerge d’observations au 19è et 20è siècle que les citadins avaient plus tendance à déclarer des cas d’allergies que les habitants des campagnes (notamment des rhumes des foins). Dans le même temps, on remarque aussi l’augmentation de la prévalence d’autres maladies auto-immunes.
Cette différence est attribuée à la disparition d’organismes qui devaient être tolérés par le corps humains, parfois parce qu’ils étaient des microorganismes intestinaux essentiels, parfois parce qu’ils étaient des parasites difficilement évitables. Ces espèces étaient utilisées pour former le système immunitaire qui serait utilisé tout au long de la vie de l’hôte. Dans certains cas, la charge en organismes étaient tellement forte, que pour renforcer le système immunitaire, des adaptations génétiques ont eu lieu. Si les organismes en question venaient à disparaître, ces variants génétiques mènent très vites à des inflammations excessives.

L’auteur introduit ensuite le concept de transition épidémiologique, pour parler de changements d’environnement biotique subis par les humains durant l’histoire. La première a eu lieu lors des débuts de l’agriculture, qui apporta de nombreux cas de zoonoses. La seconde est la plus récente, celle qui a vu l’avènement de la médecine moderne et des mesures de santé publique, et qui aurait considérablement réduit notre exposition aux parasites et bactéries commensales.
Les meilleurs candidats pour le rôle des “Vieux Amis” sont le microbiote intestinal, les maladies chroniques transmises de manière oro-fécales, et les helminthes (parasites). En particulier, l’augmentation de la prévalence du diabète de type I et des allergies coïncide particulièrement bien avec le déclin des infections aux helminthes chez les humains dans les sociétés occidentales; Il a été observé que des patients atteints de sclérose en plaque infectés par un helminthes ont une vitesse de progression de la maladie bien plus faible que les non porteurs, et exhibent un nombre de cellules régulatrices B produisant des IL10 plus faible.

L’auteur profite de sa conclusion pour clarifier qu’il ne recommande évidemment pas de baisser les standards d’hygiène : si on relâchait l’hygiène domestique, les “vieux amis” ne reviendraient pas, de nouveaux “ennemis” comme E. coli O104 seraient les seuls qui en profiteraient. Cependant, les mécanismes à l’oeuvre sont importants et pourraient éventuellement être exploités afin d’améliorer notre santé. Il termine par insister sur le besoin de combiner les différentes hypothèses expliquant l’intensification des allergies, plutôt que de les monter les unes contre les autres.

La review parait être rigoureuse (après lecture d'une partie des articles évoqués).

Au delà de la compilation de données, et de la clarification de certains concepts, cet article rappelle bien que malgré certains développement dans les recherches sur les allergies, les différentes hypothèses explicatives ne devraient pas être autant opposées, et sont sans doute toutes partiellement correctes.

Cet article présente les résultats d’une étude épidémiologique de la prévalence de l’asthme et des allergies chez des écoliers français, en prenant en compte l’impact de la pollution atmosphérique urbaine. L’étude pointe du doigt l’impact des particules fines et des pollutions issues du trafic routier sur l’augmentation de prévalence des allergies, qu’elle oppose aux substances polluantes liées aux industries, bien plus larges, qui sont de moins en moins communes dans les villes des pays les plus industrialisés.

Pour quantifier la prévalence des allergies, des mesures du flux respiratoire ainsi que des tests allergiques cutanés ont été menés. Pour mesurer l’exposition des sujets à la pollution, les taux atmosphériques de nombreuses molécules polluantes ont été mesurés sur 3 ans, puis moyennés. Les enfants n’ayant pas résidé à la même adresse depuis plus de 3 ans ont donc été exclus de l’étude. Un logiciel de modélisation, STREET, a également été utilisé pour prendre en compte les variations à faible échelle (d’un quartier à un autre voire d’une rue à une autre) du niveau de pollution en fonction du trafic routier, lui même lié au taux de particules fines dans l’air. De nombreux facteurs confondants (comme le climat, le régime alimentaire, ou d’autres facteurs socio-culturels) ont été pris en compte.

64% des écoles suivies étaient exposées à des taux de pollution aérienne en NO2 supérieurs aux guidelines de l’OMS, et 76% à des taux de PM10 supérieurs aux guidelines. Les allergies sont plus communes chez les enfants dont la famille est aussi porteuse d’allergies.
Des concentrations plus élevées de benzène, de SO2, de PM10, de NOx, et de CO sont toutes associées avec un risque supérieur d’asthme et d’eczema. Benzène et PM10 sont associés à une sensibilisation aux pollens. PM10 est associé à un risque supérieur de rhinite allergique.

Il semble donc évident que la pollution atmosphérique soit un facteur de risque important dans le déclenchement d’allergies, asthmes, et eczemas. Ces résultats sont cohérents avec de précédentes études sur les particules liées au trafic.
Le benzène et le PM10 semblent être des prédicteurs particulièrement puissants de la prévalence des allergies.

Les auteurs rappellent cependant que les niveaux de pollution ont été estimés pour le lieu de l’école : si un élève habite bien en dehors de la ville par exemple, on peut supposer que l’exposition aux polluants serait en réalité plus faible : selon les auteurs, cette sous-estimation de devrait ceci dit pas entraîner un biais entre sites.

cette étude tente de modélisation à faible échelle les pollutions liées à la circulation notamment. Puisque les particules fines sont un des grands suspects comme source de l'augmentation de prévalence des allergies, cela parait particulièrement intéressant.

Les preuves les plus fortes pour une relation de cause entre le déclin des infestions et l'augmentation des désordres immunitaires proviennent des modèles animaux et d'un certain nombre d'études cliniques prometteuses, suggérant les effets bénéfiques des agents infectieux et de leur composites sur les maladies immunologiques.
L'incidence des maladies atopiques et auto-immunes augmente depuis plusieurs années, en partie à cause du meilleur diagnostique ou de l'accès plus facile aux services de santé dans les pays développés mais cela n'explique pas l'augmentation marquée de la prévalence sur une période si courte et particulièrement pour des maladies facilement détectable. Les services de santé publique, après la révolution industrielle, ont pris des mesures pour limiter la propagation des infections (décontamination de l'eau, pasteurisation et stérilisation du lait, respect de la chaîne du froid, vaccins, antibiotiques...). Depuis, un déclin fort est observé pour les maladies parasitaires ou d'autres troubles, alors que dans les pays où de bonnes pratiques de santé n'existent pas ce déclin n'est pas visible. Les pays ayant réussi à éradiquer ces infections voient émergence d'allergies et de maladies auto-immune.
La distribution géographique des allergies est une image miroir des la distribution de maladies infectieuses. Il y a un gradient nord-sud pour les désordres immunitaires en Amérique du Nord, Europe (ouest-est aussi) et Chine. Les différences génétique n'expliquent pas entièrement le gradient, et la descendance de populations migrante provenant de pays à faible incidence acquièrent rapidement une incidence plus élevée. De nombreux facteurs, comme des indices socio-économiques, peuvent expliquer les différences, il existe par ailleurs une corrélation positive entre le PIB d'un pays et l'incidence de l'asthme (Europe), et une corrélation entre les revenus d'un foyer et l'incidence d'une dermatite atopique (Canada). Certaines conditions sanitaires sont aussi corrélées à la prévalence de diabètes ou de sclérose multiples, indiquant un rôle des infections. Dans les modèles animaux, l'incidence de diabète de type 1 spontané est corrélée avec les conditions sanitaires : moins il y a d'infections, plus l'incidence de la maladie est élevée.
Il existe une quantité importante de données montrant que les changements dans le microbiote pourraient contribuer à la modulation de désordres immunitaires, mais les preuves sont encore minces.
Les mécanismes de l'hypothèse hygiéniste sont multiples : la déviation Th1-Th2, la compétition antigénique/homéostasie, l'immunorégulation, les ligands non-antigéniques, et les interactions gène-environnement.
De nouvelles perspectives thérapeutiques pour la prévention d'allergies et de maladies autoimmunes sont ouvertes : l'utilisation d'extractions de bactéries (représentent le mélange d’un large éventail de composants chimiquement mal définis, également soumis à la critique) ou d'extractions parasitiques. Il serait souhaitable d'utiliser des composants d'agents infectieux protecteurs définis chimiquement. Peu importe le cas, l'utilisation d'extraction de bactéries ou de produits chimiques définis sont confrontés au double problème du moment d'administration et de sécurité : aucun effet secondaire ne saurait être toléré chez de jeunes patients sains dont le risque de développer la maladie en question n'est pas démontré.

Les auteurs ne déclarent aucun conflit d'intérêts.

La review parcours de nombreux articles pour synthétiser les diverses connaissances rassemblées en 2010. Elle décrit par ailleurs les différents mécanismes de l'hypothèse de l'hygiène, et propose l'exploration des extractions bactériennes/parasitiques comme stratégie thérapeutique.

Cette revue étudie la relation entre les infections par les géohelminthes (helminthes transmis par le sol) et les allergies, pour déterminer s’il existe un lien causal.
Les auteurs partent du constat que les allergies ont une prévalence plus forte dans les pays développés que dans les pays en développement, or les pays en développement connaissent plus d’infections par les géohelminthes.
La revue décrit tout d’abord les principales espèces géohelminthes parasites des hommes (Ascaris, Trichuris, Ancylostoma, Necator), leurs cycles et leur mode de transmission. Plus de deux milliards d’humains seraient infectés par au moins un de ces vers.
Les types d’allergies étudiées ici sont la rhinite, l’asthme, et l’eczéma. Les auteurs avances que les allergies sont multifactorielles : régime alimentaire, exposition à des animaux, tabac, niveau socio- économique, et exposition à des allergènes. L’hypothèse de l’hygiène est présentée comme stipulant que c’est l’exposition précoce aux antigènes qui prévient des allergies.
De plus, certains pathogènes sont cités comme étant corrélées avec une incidence plus faible d’allergies (Helicobacter pylori, Hépatite A, paludisme, rougeole).
Les helminthes sont présentés comme étant également une cause de symptômes allergiques, et font intervenir les mêmes mécanismes que pour les antigènes environnementaux.
Les infections par les helminthes peuvent être aiguës ou chroniques. Dans les cas d’infections aiguës, des symptômes semblables aux allergies sont observés, ce qui est rare dans les cas chroniques, ce qui suggère un phénomène de régulation de la réponse inflammatoire allergique pour ces derniers, médiée par l’hôte ou le parasite.
La revue souligne que des cas ou les infections par des helminthes suppriment comme augmentent la réponse allergique ont été documentés. Pour expliquer cela, les auteurs avancent l’hypothèse que les infections par des helminthes augmentent la réponse allergique dans les zones de faible prévalence (50%).
Les études qui pourraient conclure à un lien causal entre l’infection et l’allergie sont analysées.
Notamment, une réactivité de la peau inversement proportionnelle à l’infection par des helminthes est observé, avec un effet dose. Cependant dans des zones de faible prévalence l’inverse a été observé.
Par ailleurs, des résultats allant dans les deux sens ont été trouvés dans le cas de l’asthme ; et très peu de données existent concernant l’eczéma mais une étude montre un moindre risque de développer de l’eczéma chez les nouveau-nés de mères infectées.
Enfin, des résultats dans les deux sens ont également été trouvés pour les cas de rhinite allergique.
Les auteurs proposent des hypothèses alternatives : l’allergie pourrait prévenir de l’infection des helminthes, ou les mêmes facteurs génétiques pourraient être impliqués dans un risque accru d’allergie et une protection contre les helminthes.
Des études ont testé l’effet des traitements anti-helminthes sur les allergies mais ont des résultats variés, et ont été réalisés sur des échantillons trop faibles ou non pertinents.
En outre, une notion centrale est abordée : la période d’exposition aux antigènes. La « programmation immunitaire » ne serait possible et efficace que dans les premières années de la vie, voir in utero. La modulation du système serait toujours possible plus tardivement, mais pas durable.
Les auteurs proposent un modèle qui combine l’exposition aux géohelminthes, et aux aéroallergènes ; où la chronologie de ces expositions jour un rôle clé.
Les auteurs concluent à un manque de consensus dans la littérature, qui peut être du aux différentes espèces de géohelminthes et à la période d’exposition.

Cette revue apporte des notions fondamentales sur les helminthes parasitaires et leur lien avec la réaction allergique. Un point de vue critique sur la pertinence des modèles est également apporté.
Les conclusions de cette revue ne soutiennent pas nécessairement l’HH car beaucoup de cas ou les infections par des helminthes sont non déterminantes voir favorisantes pour les allergies sont documentés.

Les auteurs remarquent comme d'autres avant eux l'augmentation de la prévalence des maladies atopiques et des allergies dans les pays industrialisés. Ils proposent d'explorer une piste en particulier, qui a reçu de plus en plus de support au fil des années : l'influence de la pollution atmosphérique sur l'allergénicité des pollens.

Dans cet article, les auteurs étudient l’influence de la pollution sur l’apparition d'allergies en exposition au pollen de Canna indica. Les pollens prélevés venaient de la région de Téhéran en Iran. Les pollens de C. indica choisis venaient d’individus poussant en centre ville (pollués) et de l’extérieur de la ville (non-pollués). Des études de morphologie, et des tests d'allerginicité des deux types de pollens sur des souris sont menés. Les taux sanguins des souris en IgE (entre autres) sont mesurés après exposition.

Les études de morphologie des pollens au microscope électronique révèlent que la morphologie des pollens pollués est bien plus irrégulière et altérée que celle des pollens non pollués. Les tests sanguins sur les souris révèlent une quantité plus élevée d’IgE, de cellules Eosinophiles chez les Individus exposés aux pollens pollués, ce qui est un signe de réponse allergique plus forte que chez les souris exposées aux pollens non pollués.
Les auteurs font ensuite le lien entre pollution et industrialisation. Ils concluent que l’augmentation récente de la prévalence des symptômes allergiques est dûe à une industrialisation rapide, qui s’accompagne d'augmentations des niveaux de pollution.
Il semble que la pollution potentialise les effets allergènes des pollens eux-mêmes (sans parler d'une plus grande sensibilités des personnes exposées à la pollution). L'industrialisation et les gaz polluants qui en découlent semblent donc être le facteur majeur de l'augmentation de prévalence des allergies.

Evidemment, cet article ne répond pas à la question de savoir quels substances polluantes ont un effet particulièrement fort sur l'allergénicité des pollens. Il nous semble que cette information aurait pu être recherchée. Nous ne sommes également pas certains que l'environnement urbain soit le même à Téhéran que dans les villes d'Europe (pas testé).

Cette étude porte sur les prévalences des symptômes d’allergies en Allemagne dans les années 90. L’Allemagne est un cas particulier, puisque jusqu’en 1990, elle était divisée en 2 états dont les niveaux de vies étaient devenus assez différents. Notamment, les états de santé publique et d’hygiène avaient différé après des dizaines d’années de gouvernance séparée. La République Fédérale d’Allemagne (RFA, Ouest) avait adopté un mode de vie très occidentalisé, tandis que la République Démocratique d’Allemagne (RDA, Est) était restée plus isolée du monde occidental.

Les auteurs ont mené des enquêtes sur des enfants âgés de 5 à 14 ans. Les tests furent menés dans des écoles et garderies. Des tests de sensibilité à différents allergènes ont été réalisés directement sur les sujets. Les sites choisis sont proches géographiquement, et sont exposés à une météo similaire. Ces résultats prennent en compte l’âge, le sexe, etc…

Il apparaît que bien que les prévalences d’allergies soient identiques pour les individus nés avant 1960 dans l’Est et l’Ouest (ces individus ont tous grandi dans des conditions d’hygiène similaires), elles soient bel et bien différentes pour les enfants nés dans les années 90. Ainsi, la prévalence du rhume des foins, d’asthme et d’eczema atopique sont significativement plus élevés dans l’Ouest que dans l’Est. De manière générale, les auteurs notent aussi une augmentation de la prévalence de ces symptômes d’une année à l’autre. Les données suggèrent un processus de “rattrapage” de l’Ouest par l’Est.

Cet article est un des premiers cas solides d'échantillonnage à grande échelle dans le cadre de l'étude de l'augmentation de prévalence des allergies.

Les auteurs fournissent leurs hypothèses quant à la différence de prévalence entre Ouest et Est, et quant à l’augmentation générale de prévalence en Allemagne : La pollution peut jouer un rôle dans la sensibilisation aux allergies. Bien que l’air dans l’Est porte plus de SO2 et TSP, il semble que ces substances ne déclenchent pas de sensibilisation. En revanche, les auteurs suggèrent que d’autres polluants, qui seraient moins présents en RDA, comme les particules fines, pourraient être associés à une augmentation de la prévalence des allergies.

Cet article propose d’étudier les différentes hypothèses expliquant l’augmentation de la prévalence des symptômes d’allergie dans les sociétés occidentales;
Cette étude commence d’abord par confirmer une fois de plus une augmentation des cas d’allergies dans les sociétés industrialisées. Les auteurs se lancent ensuite dans l'exploration des différentes explications potentielles de ce phénomène :

Susceptibilité génétique. Certains récepteurs, comme CD14, rendent le porteur plus sensible aux allergènes. Le gène codant pour ce récepteur est polymorphe : sa présence n’est pas universelle, et va donc être dépendante de l’hérédité. Il semble que l'influence des gènes de la mère soit plus grande que celle des gènes paternels. Mais génétique ne suffit pas (niveaux différents de prévalence en Allemagne de l’Est et de l’Ouest, alors que fond génétique très similaire).
Influence psycho-sociale : Les enfants sont plus exposés à des allergènes d’intérieur, puisqu’ils passent moins de temps qu’avant à jouer dehors (pas de preuve). Les addictions au tabac sont elles aussi bien plus communes dans des sociétés industrialisées.
Exposition aux allergènes : L’augmentation de l’efficacité thermique de nos habitations a aussi pu mener à une augmentation d’allergènes issus d’acariens domestiques (il y a moins d’aération). Enfin une augmentation de la pollution atmosphérique dans les grandes villes est liée à des pics d’indice pollinique qui durent même pendant la nuit.
Stimulation inférieure du système immunitaire - Hypothèse hygiéniste : Puisque les parasites et grandes maladies infectieuses sont bien mieux traitées dans les sociétés industrialisées, le système immunitaire des habitants est probablement moins entraîné. Certaines voies immunitaires, et notamment la voie des IgE, d’habitude utile contre les parasites, peuvent alors être amenées à surréagir à des substances normalement bénignes, comme les pollens. Dans les populations les plus exposées aux parasites, on observe un taux sanguin d’IgE bien plus faible, ainsi qu’une prévalence inférieure de rhume des foins et d’asthme. Une comparaison entre écoliers d’Allemagne de l’Est et d’Allemagne de l’Ouest (plus industrialisée), a révélé que le taux d’infestation parasitaire était plus élevé et que le taux d’IgE était plus faible dans l'Est que dans l’Ouest. Enfin, il est observé que les enfants ayant passé quelques années en garderie avant d’atteindre l’âge d’aller à l’école étaient moins susceptibles de développer des allergies plus tard dans leur vie : la proximité avec d’autres enfants en bas âge, potentiellement porteurs de germes et parasites, a pu stimuler leur système immunitaire. Des expériences sur des souris ont révélé que des individus élevés en environnement complètement aseptisé déclarent très vite des allergies cutanées une fois placés en environnement normal. Attention cependant, toutes les maladies n’augmentent pas la résistance future aux allergies : ainsi, les maladies respiratoires semblent être bien moins liées à de faibles prévalences d’allergies que des maladies gastro-entériques. Il semble également que selon le type de pathogène, ainsi que selon le symptôme d’allergie étudié, l’effet d’une exposition durant l’enfance soit très variable.
Pollution environnementale : Rôle des polluants dans le déclenchement d’allergies est toujours controversé. les auteurs font ainsi des distinctions entre différents types de pollution. La pollution de type I, caractérisée par des particules polluantes larges produites par les industries, est associée très fortement à des maladies respiratoires. La pollution de type II est quant à elle plutôt associée aux sociétés occidentales post-industrielles et urbaines et aux allergies. Cela correspond aux différences de prévalence des allergies entre Allemagne de l’Est et de l’Ouest.
Il semble que la pollution atmosphérique interagit avec les pollens, qui peuvent absorber des particules polluantes et devenir bien plus allergènes.

Cette review cite de nombreuses sources (même si elle s'appuie beaucoup sur l'étude allemande). Elle fournit un tour des connaissances actuelles concernant les différentes hypothèses quant à l'augmentation de prévalence des allergies.

En conclusion, les auteurs confirment l’augmentation de la prévalence des allergies, et en suggèrent une origine multi-factorielle. Cela dit, certains facteurs, comme les facteurs génétiques, semblent être assez peu considérés. L'article souligne notamment l’effet multiplicateur de la pollution atmosphérique et de l’augmentation de l’indice pollinique. Enfin, les auteurs demandent de ne pas prendre de décisions hâtives sur le plan d’action à adopter contre les allergies tant que l’impact de chaque facteur n’a pas été correctement identifié et quantifié.

Cette revue traite des « transitions épidémiologiques » humaines. L’augmentation de la prévalence des allergies y est considérée comme la seconde transition épidémiologique, vers des maladies causées par l’Homme à travers son mode de vie. La première transition a eu lieu au néolithique, lors de la sédentarisation et au regroupement des hommes, qui a conduit à une augmentation des maladies infectieuses. On assiste en effet aujourd’hui dans les pays développés à un déclin des maladies infectieuses et une augmentation des maladies non-transmissibles et chroniques.
A l’époque des chasseurs-cueilleurs, les maladies infectieuses avaient deux origines : les pathogènes « hérités » déjà présents chez les ancêtres des hominidés et qui ont co-évolué avec ceux-ci, et les zoonoses.
Parmi les pathogènes, on soupçonne les helminthes d’être « hérités » et d’avoir une longue histoire évolutive avec les humains. Les humains seraient actuellement les hôtes d’une centaine d’espèces d’helminthes différentes.
Les auteurs font la liste des maladies infectieuses qui auraient pu affecter les chasseurs cueilleurs (trypanosomes notamment), tout en soulignant l’importance de connaître les maladies qui ne les affectaient pas, comme les maladies communautaires (grippe, rougeole).
La sédentarisation, qui cause plus de proximité avec les déjections, ainsi que la proximité des animaux d’élevage et les cultures ont été les causes de l’émergence des maladies infectieuses chez l’Homme. Par la suite, dans l’histoire récente, l’installation de colonies de grandes tailles et les échanges intercontinentaux ont favorisé l’installation de maladies infectieuses endémiques et la survenue d’épidémies.
L’industrialisation a par la suite accentué les inégalités, ce qui a créé des conditions favorables pour l’émergence d’autres pathologies. Mais les progrès concomitants de la science et de la médecine on vastement permis de lutter contre les maladies infectieuses. L’augmentation de la longévité et de l’espérance de vie qui en a découlé a permis l’augmentation de la prévalence de maladies chroniques.
De plus, l’explosion de la pollution de l’eau, de l’air et du sol a entraîné l’augmentation de la prévalence de pathologies chroniques non-contagieuses (cancers, maladies respiratoires). Les maladies infectieuses persistent cependant, particulièrement dans les pays en développement mais aussi dans les pays développés ; et parmi elles les infections causées par les helminthes.
L’allergie, ou hypersensibilité, est un exemple de la transition épidémiologique. Les allergies sont plus fréquentes dans les pays développés, davantage dans les zones urbanisées que dans les zones rurales, et dans les pays en développement parmi les catégories sociales supérieures.
L’hypersensibilité serait due à une absence de stimulation du blocage des IgE par les IgG grâce aux helminthes parasites. Une autre hypothèse concernant l’allergie était qu’elle servirait à rejeter les substances mutagènes ou carcinogènes.
Les protozoaires, les helminthes et les allergies sont les trois causes d’un taux élevé d’IgE dans le sérum. Les IgE permettraient de mobiliser les mastocytes, qui par dégranulation attirent les éosinophiles, le système du complément et les IgG, permettant de détruire et expulser les parasites.
Il existerait par ailleurs une prédisposition génétique à de hauts niveaux d’IgE. Cette prédisposition serait retrouvée dans les populations chroniquement exposées aux helminthe et chez leurs descendants.
Outre la prédisposition génétique, ce sont des facteurs environnementaux comme les polluants, le stress, le tabac, la nourriture transformée qui pourrait favoriser le développement d’allergies. De plus, la présence de nuisibles comme les rongeurs ou les arthropodes associée à l’urbanisation pourrait être impliquée ; certains arthropodes étant particulièrement allergènes (acariens, moustiques). La moindre exposition aux parasites est concomitante avec une plus grande exposition à de nouveaux allergènes potentiels.

Cette review est rigoureuse et s'appuie sur de nombreuses références, en prenant en compte les différentes opinions scientifiques et hypothèses.

Cette revue permet de comprendre la transition épidémiologique et les différente étapes qui ont mené à l’augmentation de la prévalence des allergies, qui pourrait être du à un mauvais fonctionnement du système immunitaire, qui n’aurait pas eu le temps de s’adapter face à des changements sociétaux rapides.
Cette revue mentionne également qu’il existe un biais dans le recensement des allergies qui est l’amélioration des techniques de détection.

Suite à une "épidémie" de rhumes des foins, d'asthme et d'eczéma depuis la révolution industrielle, des études épidémiologiques ont été menées pour en déterminer l'origine. L'auteur se propose ici d'étudier l'origine de l'accroissement de ces pathologies dans les trente années qui précèdent l'étude.

17 414 enfants britanniques nés la même semaine de mars 1958 ont été suivi pendant 23 ans. Trois symptômes ont été pris en compte : le rhume des foins, la rhinite allergique et l'eczéma. 16 facteurs sociaux, périnataux et environnementaux ont ont été étudiés.

Les résultats indiquent que les facteurs explicatifs sont la taille des ménages (nombre d'enfants), et la position dans la fratrie. Il apparaît que la survenue de rhume des fois est inversement proportionnelle eu nombre d'enfants. Par ailleurs l'eczéma est négativement corrélé au nombre d'enfants plus vieux dans la fratrie. Il semblerait que les contact entre enfants lors de la petite enfance, ou les contact de la mère enceinte avec ses enfants plus vieux pendant la grossesse jouerait un rôle protecteur contre le rhume des foins via des infections croisées.

La taille de l'échantillonage ( 17 414 ) ainsi que les années de suivi (23 ans) ainsi que les nombreux facteurs étudiés, garantissent la rigueur de l'étude.

Cette article est l'étude à l'origine de l'hypothèse de l'hygiène.

Cette article très court (publié sur deux pages seulement) est une synthèse d'une étude épidémiologique de première importance qui a permis de nouvelles perspectives dans la compréhension des allergies, et représente de nombreuses années d'un travail de grande ampleur.

Ce papier de 1989 est un des premiers à noter l’augmentation significative de la prévalence des allergies. L’auteur y mesure l’augmentation de prévalence de différents symptômes associés aux allergies.

L'auteur compile des chiffres d'épidémiologie obtenus dans des pays européens et américains. Il mène des tests et analyses des augmentations des prévalences.

L’auteur compare les chiffres de 1968 à ceux de 1981 en Suisse, et démontre une augmentation de prévalence de différents symptômes allergiques, telles que l’urticaire chez les enfants, la fièvre des foins chez enfants et adultes, et l’asthme chez les adultes… Ces résultats sont corroborés par d’autres études, menées en Suisse, en Allemagne, Suède, et Japon.
L’auteur rapporte également d’autres résultats : fréquence plus élevée dans les pays industrialisés ; parmi les pays industrialisés, le Royaume-Uni et les Etats-Unis ont les niveaux d’augmentation les plus élevés; Quand un pays s’industrialise, la prévalence de l’asthme augmente.
Enfin, l'auteur propose des pistes d'explication. Il soulève notamment le rôle de la pollution, du tabac, des animaux de compagnie, de la faible aération des habitats modernes, et enfin de l'exposition plus élevée aux allergènes qu'avant.

Attention cependant, les méthodes de diagnostic entre les différentes enquêtes sur lesquelles cet article se basent ne sont pas toujours cohérentes.

L’étude apporte des preuves de l'augmentation de la prévalence des maladies et symptômes liés aux allergies.