La résurrection d’espèces éteintes et leur introduction dans leurs écosystèmes d’origine : études de cas du Mammouth des steppes et du thylacine.

Depuis la fin des années 1970, il était affirmé qu'une fois qu'une espèce avait disparu, elle était partie pour de bon pour des raisons pratiques, de nécessité conceptuelle, biologique et/ou métaphysique. Aujourd'hui, la tendance s’est inversée avec la mise en place de projets de «rewilding» comme le «parc du pléistocène» en Sibérie, de Sergey Zimov, fondé dans l'idée que des éléphants génétiquement modifiés (les rendant plus tolérants aux conditions climatiques de la dernière ère glaciaire) pourraient se mettre dans la peau du mammouth laineux éteint afin de reconstituer un écolosystème perdu. Ce projet a pour objectif de restaurer ce qu’il appelle «l’écosystème gigantesque de la toundra-steppe», disparu il y a 10 000 ans. Des technologies d'édition de gènes (CRISPR-Cas9) permettent de penser que les génomes d'espèces apparentées sur le plan phylogénétique, telles que l'éléphant d'Asie et le mammouth laineux, pourraient être modifiés de manière à ressembler à ceux d'un génome de mammouth.

Les auteurs abordent deux approches de la métaphysique des espèces: selon la première théorie, quand les espèces sont "naturelles", ils ont relativement peu de difficultés à assurer la véracité de leurs arguments à l'encontre des opposants à la désextinction.
Dans la seconde hypothèse, les auteurs perçoivent les espèces comme des individus à part entière et se heurtent à beaucoup plus d'objections que pourraient faire les critiques de la désextinction à son égard. La question de savoir si un mammouth cloné est un véritable mammouth dépendrait dans ce contexte de la question de savoir s'il joue un rôle écologique suffisamment similaire à celui de l'espèce éteinte.

En utilisant une approche pragmatique et pluraliste, les auteurs expliquent que si nous souhaitons ramener des mammouths pour encourager la croissance de prairies empêchant le dégel du pergélisol, la comparaison des habitudes alimentaires ou migratoires entre l'espèce "éteinte" et son équivalent actuel sera la mesure pertinente de la similitude écologique. Si l'on s’attarde sur le rôle joué par les mammouths vis-à-vis des prédateurs, d'autres mesures de similarité écologique seront à prendre en compte. Les opposants à cette thèse statuent le fait que l'on doit considérer les organismes clonés comme des chimères, n'appartenant pas à l'espèce disparue. Pathways to de-extinction: how close can we get to resurrection of an extinct species?
En conclusion, aucune des objections conceptuelles ou métaphysiques ne montre la désextinction comme incohérente, selon une vision épi-phylogénétique. Il n’apparaît aucune raison de refuser de croire en la réapparition d'espèces auparavant disparues.

Cet article, un des derniers à être paru (mars 2018), fut rédigé par Matthew H. Slater et Hayley Clatterbuck, tous deux appartenant à un département de philosophie, respectivement de la Bucknell University (Pennsylvanie) et de l'Université de Rochester (New-York). On pourrait se questionner sur la légitimité de la parution d'un tel article sur un sujet apparemment dédié aux biologistes de la conservation, généticiens du développement et autres biologistes moléculaires évolutifs (Shapiro, Church...). Cependant, les auteurs sont parvenus à faire coexister ces deux disciplines en les intégrant l'une dans l'autre, même si cela complexifie relativement les propos énoncés. Le contenu de l'article, en soi, s’appuie sur de nombreuses références de professionnels issus de nombreux champs de recherche (écologie, philosophie, biologie, zoologie, etc.) tout en gardant une base très solide de "figures" s'attachant à des démarches plus expérimentales que métaphysiques.

Au final, ils finissent par délivrer leur propre réponse, considérant qu'il faille aborder la question de la désextinction du mammouth sous le prisme du pragmatisme, seul point de vue valable autorisant et validant le passage de la théorie à la pratique génétique via des technologies de séquençage et d'édition de gènes comme CRISPR-Cas9.
Notre approche pragmatiste et pluraliste de la désextinction nous permet de nous concentrer sur les rôles que les espèces jouent dans divers projets. On pourrait, par exemple, partager l’accent mis par Shapiro sur les propriétés écologiques en pensant à la similitude sans se sentir obligé de donner une réponse négative à la question de savoir si un mammouth cloné est du même genre que les mammouths éteints.
Comme aucun des concepts d'espèces étudiés n'empêche la désextinction, elle dépendra seulement des taxons utilisés et de l’application des concepts d’espèce, par rapport aux écarts épi- et phylogénétiques présents entre l'ancêtre et son descendant.

Les critiques de la désextinction pourraient répondre que ce n’est pas l’intervention humaine mais sa forme ou son étendue qui pose problème. Nous créons les conditions dans lesquelles une reproduction biologique normale peut avoir lieu. Cependant, la génétique ne fait pas tout : certaines caractéristiques et certains comportements de nombreuses espèces sont le produit de leur héritage épigénétique. Un clone génétique d'un mammouth né d'un éléphant d'Asie se comporterait-il comme un mammouth ? Rien n'est sûr, mais l'inquiétude n'est pas concluante pour trois raisons: (1) un éléphant d’Asie né d’un éléphant d’Asie dans un zoo ne se comporte pas comme un éléphant d’Asie à l’état sauvage mais est-ce que l’organisme appauvri par son comportement ne serait pas en fait de la même espèce que son cousin sauvage ? (2) l’importance de ces influences épigénétiques varie d’une espèce à l’autre (cas de plantes ou de micro-organismes où ces influences épigénétiques ont une signification plus limitée).

La majorité de la littérature autour de la controverse de la désextinction se consacre à débattre des aspects techniques, financiers, éthiques, écologiques et des risques liés à ce projet. Il reste néanmoins des zones d’ombre dans ce débat qui sont très peu étudiées, dont notamment les parasites associés aux espèces candidates et leurs rôles. Les auteurs ont choisi ici une définition large du terme « parasite » : macro et microparasites (bactérie, virus). Ils se sont éteints simultanément lors de la disparition de leurs hôtes, et ressusciter ces hôtes « vidés » de leurs parasites soulève divers doutes. Comment la population d’hôtes sera-t-elle régulée sans ses parasites ? Comment les réseaux trophiques seront-ils impactés avec la perte de ce maillon ? Comment l’écosystème va-t-il réagir, sachant que certains parasites agissent en tant qu’espèce ingénieur ?
L’objectif de cet article est donc d’analyser les potentiels impacts écologiques de la résurrection d’espèces sans leurs parasites.

L’article ne présente pas réellement d’expérience dans le sens traditionnel du terme. Les auteurs s’essaient ici à théoriser tous les scénarios possibles relatant les interactions entre l’espèce hôte ressuscitée et des parasites, en insistant sur les potentiels impacts écologiques. Afin de qualifier ces impacts, ils se fondent sur cinq études de cas déjà existantes relatant des invasions biologiques ou des réintroductions d’espèces dans le milieu naturel (allant du crapaud buffle au loup gris, passant par l'étourneau ou la truite, que ce soit en Europe ou Océanie) afin de faire des analogies avec les espèces candidates à la désextinction. Les auteurs considèrent trois types de scénario possibles :
1) l'espèce hôte est ressuscitée avec tous ses parasites initiaux (cas très peu probable).
2) l'espèce hôte est ressuscitée sans ses parasites initiaux et n'en acquiert pas de nouveaux (cas peu probable).
3) l'espèce hôte est ressuscitée et acquiert des nouveaux parasites actuels (cas très probable).

Les 3 scénarios envisagés peuvent se produire successivement pour une espèce hôte considérée.
Le scénario 1 est quasiment impossible (difficultés techniques et financières à ressusciter les parasites initiaux) et aucune étude ne permet d'envisager les impacts.
Bien que les impacts écologiques précis des parasites ne peuvent être que spéculatifs, on peut s'attendre à ce que les espèces ressuscitées ne restent pas indéfiniment vides de parasites (scénario 2 à exclure) et acquièrent des parasites présents dans la zone d'introduction, comme l'ont fait les espèces prises en exemple.
Le scénario 3 paraît donc le plus probable. Les impacts sont divers, selon les réalisations du scénario (résistance au parasite, densité de parasites). Globalement, les impacts écologiques ne sont pas si négatifs, car les parasites étaient déjà présents avant l'introduction de l'espèce ressuscitée. Néanmoins, l'espèce ressuscitée pourrait s'éteindre à cause de ces nouveaux parasites, ce qui est très contre-productif.

L'article est très court (à peine trois pages) et très concis, ressemblant presque à un essai car il ne fait pas d'expérience à proprement parler mais analyse plusieurs études pour en extrapoler des scénarios possibles adaptés au cas de la désextinction. La rigueur de cette méthode peut être remise en question car aucun risque n'est quantifié ou chiffré. On peut néanmoins comprendre la difficulté à émettre de telles quantifications, au vu de l'incertitude et de l'inédit de la désextinction.
L'éthique de l'article n'est pas à remettre en cause : aucun financement douteux ou susceptible de conflit d'intérêt n'apparaît.
Malgré l'appartenance d'un des auteurs (Seddon) à un groupe de l'IUCN étudiant la désextinction, et qui serait donc à priori en faveur de cette pratique, l'article n'apparaît pas clairement en faveur de la controverse, en émettant des doutes et des besoins d'études plus appronfondies relativement aux parasites.

Afin de recentrer sur notre controverse, le cas d'étude utilisé par les auteurs le plus proche du thylacine serait le loup gris à Yellowstone (mammifères carnivores). Le loup se place dans le scénario 3 : la population ressuscitée acquière des parasites sans grande dilution, ni débordement ni extinction; les parasites peuvent jouer un petit rôle dans la régulation des populations hôtes. On peut donc supposer une absence d'impacts négatifs sur l'écosystème lors de la désextinction du thylacine. L'article n'ayant pas utilisé d'analogue au mammouth, il est plus difficile de juger des impacts de ses parasites sur l'écosystème.
Ressusciter une espèce ne peut s'envisager sans penser au microbiote et aux parasites intimement liés à cette espèce, sans lesquels elle ne peut survivre. Cet article permet d'envisager des conséquences un peu plus indirectes de la désextinction, c'est-à-dire les conséquences qu'auraient les espèces ressuscitées en servant d'hotes potentiels à des parasites.

Christian Selbach et Robert Poulin sont deux chercheurs spécialisés dans les parasites à l'université d'Otago.
Philip Seddon est dans la même université, mais travaille en parallèle avec l'IUCN sur un guide visant à émettre des principes et règles pour la dé-extinction. Guiding principles on Creating Proxies of Extinct Species for Conservation Benefit. Cet auteur apparaît très régulièrement dans des publications autour de la controverse de la dé-extinction.

Les efforts actuels de désextinction sont conçus pour ramener des adaptations du mammouth en fusionnant son ADN avec celui d’un éléphant. Mais comment classer ces créatures? Pour répondre à ces questions, il faut bien comprendre le concept de reproduction, en évoquant la continuité spatio-temporelle. L'auteur débute en expliquant pourquoi il est improbable de ressusciter quelque chose qui ressemblerait à un mammouth et qui agirait comme tel, tout en le considérant comme appartenant à l'espèce originelle. Ensuite, le fait que l'appartenance à une espèce nécessite une continuité spatio-temporelle entre les membres d'une même lignée évolutive dépend de la façon dont le terme «reproduction» est employé. Enfin, l'auteur établit ce qu'il nomme la valeur “Chevauchement, développement et persistance” (ODP) à travers laquelle il teste les méthodes permettant de ramener une espèce et l'applique au cas précis du M. primigenius.

Monika Piotrowska commence par définir les paramètres permettant de définir l'état et les limites de la continuité spatio-temporelle qu'il convient, d'après elle, de respecter afin de pouvoir ressusciter, physiologiquement et comportementalement une espèce disparue. Dans le cas du mammouth, elle affirme qu'il ne faut pas que l'individu nouvellement créé ressemble à son ancêtre.
L'auteure s'appuie sur les travaux de J. Griesemer pour traduire le fait que la reproduction est nécessaire lors de l'évolution par sélection naturelle. Elle argue que la ressemblance intergénérationnelle est le produit d'un "chevauchement" mais que cette dernière doit présenter une histoire développementale et ne pas se restreindre à copier la génération parente pour obtenir les descendantes. Elle complète cette théorie par l'ajout d'un nouveau paramètre : la persistance spatio-temporelle afin de créer la "valeur ODP" qu'elle applique aux techniques actuelles de désextinction (par fusion de nucléotides et la PCR).

Pour le mammouth, la possibilité pratique dépend de formes de reproduction « inhabituelles » apparaissant comme des moyens de produire des individus d’espèces éteintes. Le 1er scénario, qui consiste à reproduire un mammouth en fusionnant par une réaction chimique les nucléotides de l'ADN du mammouth à ceux d'un éléphant, ne valide pas les 3 paramètres car comme l'on part de 0 pour fabriquer l'ADN, il n'existe aucun chevauchement, et la continuité spatio-temporelle se voit rompue. On créera au mieux un organisme ressemblant au mammouth. En revanche, lorsque l'on applique cette méthode à la PCR pour ressusciter les traits phénotypiques, en insérant l'ADN de mammouth dans un embryon d'éléphant,un chevauchement se crée car l'ADN mammouth interviendrait dans les phases de développement de la progéniture, validant le 2nd critère, et se transmettant aux générations futures (3ème critère approuvé). La désextinction est alors possible, par PCR, créant un individu à part entière de M. primigenius.

A la thèse, nous pourrions émettre quelques conditions de réalisation:

• Quels morceaux d'ADN de mammouth (et en quelles quantités) doivent être transférés pour créer un membre de l'espèce éteinte en utilisant l'éléphant d'Asie comme hôte ?
• Quel degré de continuité spatio-temporelle est nécessaire pour qu’un éléphant "modifié" devienne un mammouth à part entière ? En suivant la méthodologie de Piotrowska, il est impératif de faire attention à ne pas être trop prompt quant à nos conclusions car nous pourrions être enclins à dire qu'un organisme ressuscité d'une espèce éteinte est un descendant direct de cette espèce, se situant à la tête d'une nouvelle lignée d'espèces. En ce qui concerne l'auteure de cet article, M. Piotrowska est professeur assistant au département de philosophie de l'université d'Alberta. Nous pourrions penser que la méthodologie employée ici reste purement théorique, ne présentant pas la rigueur scientifique que cette problématique de désextinction réclame.

En plus des suppositions de la partie précédente, cet article permet de s'interroger sur la potentielle existence d'un moyen de créer un organisme spatio-temporellement continu avec une espèce dont les membres sont éteints depuis plusieurs milliers d'années (3600 ans précisément dans le cas de l'étude) ?
De plus, cette publication instaure la méthode et la pratique (PCR) grâce à laquelle il apparaîtrait possible de ramener des formes disparues, ainsi que les paramètres (ODP) permettant de définir les critères de cette méthode à satisfaire.

La "désextinction" permet de restaurer des caractères, processus et fonctions perdus de certains écosystèmes en ressuscitant des espèces éteintes grâce à des techniques comme l’édition du génome. Il existe une réelle complexité des réseaux écologiques et il semble difficile de prédire l’ensemble des effets et conséquences potentiels liés à la "désextinction " d'espèces dans des écosystèmes. Par exemple, les écosystèmes modernes fourniront-ils un habitat et des ressources alimentaires appropriées aux espèces ressuscitées ? Les traits ressuscités auront-ils les mêmes fonctions qu'auparavant ? Quelles sont les interactions écologiques essentielles au maintien d’une population saine et stable d’une espèce ressuscitée ? Peuvent-elles affecter d’autres espèces ou taxons ? Pour les espèces préhistoriques, cet article va tenter d'apporter des réponses grâce à la paléoécologie en fournissant des informations sur l’écologie et en évaluant le potentiel de restauration des réseaux écologiques.

Analyse des exigences liées à l’habitat :
1) Localisation physique des vestiges fossiles
2) Datation radiométrique (grâce au radiocarbone)
3) Analyse des carottes locales de sédiments ou de sédiments recouvrant des restes fossiles
4) Analyse du pollen déposé dans les sédiments
5) Extraction d’ADN de plantes fossiles
6) Analyse des restes fossiles (os, plumes, fourrure, peau, dents/tartre dentaire)
7) Analyse des coprolithes (excréments fossiles)

Analyse de l’ensemble des informations liées au régime alimentaire :
1) Analyse des isotopes alimentaires stables des os, des dents, de la coquille d’oeuf, des plumes
2) Analyse par microparticules des dents de mammifères disparus
3) Analyse de la mécanique crânienne
4) Analyse du contenu gastro-intestinal/coprolithe

Etude des communautés parasites :
1) Etude du contenu intestinal/coprolithe (oeuf, larve, ADN)

Analyse du rôle du microbiote :
1) Séquençage du microbiome intestinal du mammouth (Mammuthus primigenius) à partir de contenus intestinaux conservés

Analyses des exigences liées à l’habitat :
1) renseigne sur les conditions environnementales (type d'abri, reproduction) de l’espèce
2) 3) 4) corrélation des restes fossiles avec la végétation (sableux, organique, anoxique), le climat (glaciaire) et l’habitat anciens
5) permet l’identification de taxons à l'époque
6) 7) permet la reconstruction de l'environnement, de l'habitat, de l'alimentation de l'espèce éteinte

Analyses des informations liées au régime alimentaire :
1) fourni des détails sur le rang d'une espèce dans la chaîne alimentaire
2) 3) 4) permet de comprendre et quantifier les proportions consommées par les espèces disparues (risques de sur/sous-représentation, consommation accidentelle, variation selon la saison, zone géographique)

Analyse liées aux communautés parasitaires :
1) renseigne sur la diversité des parasites de l'espèce disparue

Analyse liées au microbiote :
1) renseigne sur la diversité et le rôle probable (santé, physiologie, métabolisme, nutrition, immunité) des microorganismes

Cet article nous renseigne sur les exigences liées à l’habitat, au régime alimentaire, au microbiote et aux parasites nécessaires pour le maintien d’une population stable et saine d’une espèce ressuscitée.
Il reste néanmoins de nombreuses incertitudes. Tout d'abord, sur la capacité à rassembler les données impliquant toutes les interactions potentielles entre les individus et leur environnement. L'impact de la réintroduction de l'espèce dans un écosystème actuel est lui aussi difficilement quantifiable. L'échec ou l'impossibilité du transfert des parasites, et plus globalement du microbiote pour l'espèce ressuscitée doit être pris en compte, bien que l'édition génomique peut être une solution. Enfin, les interactions (structure sociale, comportement) conservées ou perdues entre les individus peuvent jouer un rôle dans le fonctionnement de l'écosystème, et sont difficiles à prévoir.
Des données complémentaires sont nécessaires afin de démontrer la fonctionnalité des espèces ressuscitées.

Les auteurs offrent de nouveaux champs d'investigation à explorer concernant l'étude des microbiotes et des communautés parasitaires. Les auteurs sont conscients des différentes limites liées à une méconnaissance dans ces deux domaines (espèce ressuscitée pouvant probablement pas s'adapter ou survivre à cause d'un microbiote instable, difficultés probables de reconstruction intégrale d'un microbiote, difficultés liées à la détermination de parasites endogènes ou dérivées d'une proie ...). Une autre référence de cette controverse traite de cela Parasites Lost: Neglecting a Crucial Element in De-Extinction. De plus, ils mettent en évidence que sur de longues périodes, les conditions environnementales peuvent avoir changées et qu'il est nécessaire d’inférer des conclusions avec précaution. Ils soulèvent également le problème que dans certains cas, l’ADN des plantes n’est pas bien conservé et se dégrade rapidement, notamment dans les régions tropicales (activité microbienne élevée).

Les études présentées forment une première tentative afin d'examiner la faisabilité et les implications de la translocation de formes ressuscitées dans le but de réaliser un bénéfice en termes de conservation des habitats et de l'écologie qui leurs sont propres.
En plus des publications de Beth Shapiro [Pathways to de-extinction: how close can we get to resurrection of an extinct species?], de Douglas MacCauley et des ses collègues [A mammoth undertaking: harnessing insight from functional ecology to shape de-extinction priority setting], d'Alexanre Robert et al., [THE ECOLOGY OF DE-EXTINCTION: De-extinction and evolution], et de Jamie Wood et ses coauteurs, [Using palaeoecology to determine baseline ecological requirements and interaction networks for de-extinction candidate species], déjà analysés au sein de cette controverse, l'auteur de cette review a pris soin d'intégrer deux nouvelles visions que les scientifiques pourraient avoir, ainsi que les impacts et les questionnements que ceux-ci soulèvent concernant la conservation, la protection ou même la restauration d'environnement et/ou de l'écologie qui seraient associés à la désextinction d'une espèce disparue.

1. Tammy Steves et ses co-auteurs, pour leurs parts, perçoivent la réintroduction d'espèces existantes sous un aspect de génétique de la conservation. En effet, ils considèrent que le sujet de préoccupation absolu devrait être la constitution de groupes fondateurs appropriés pouvant potentiellement constituer des populations relativement importantes et génétiquement diversifiées. Ils soulignent le fait que l'aspect primordial à respecter est celui de la préservation du potentiel évolutif de l'espèce ressuscitée afin qu'elle demeure capable de s'adapter à des environnements variables de nos jours. Ils identifient un certain nombre de goulots d'étranglement génétiques comportant un risque de ré-extinction, y compris des goulots d'étranglement de pré-extinction qui limitent la variété du matériel génétique disponible pour le clonage ou le génie génomique envisagés sur les espèces ciblées comme les meilleures candidates pour être "déséteintes".
2. Si l'objectif de la désextinction est un avantage en termes de conservation, les espèces ressuscitées doivent être libérées dans des écosystèmes naturels. Une fois qu'elles le seront, elles deviendront la responsabilité des gestionnaires de ces espaces écologiques. La dépense de ressources ne cesse pas à ce stade, mais les coûts seront transférés aux responsables de la gestion de la biodiversité, ou plutôt aux tentatives visant à ralentir le rythme de perte de biodiversité. Gwen Iacona et ses co-auteurs abordent ce point et plaident en faveur de l'utilisation de cadres de priorisation de la conservation testés afin d'explorer comment les efforts de désextinction pourraient influencer la gestion des espèces existantes. Cet article rejoint en cela celui de Steves et al. en statuant le fait que la libération d’un grand nombre de fondateurs appropriés sera une condition préalable au succès de la restauration, en premier lieu, de l’espèce en elle-même, puis de l'écologie qui lui est rattachée. En conclusion, la désextinction pourrait être motivée par des impératifs esthétiques, commerciaux, scientifiques, etc. jusque-là inattendus, et parmi eux la recherche d'un bénéfice pour la conservation, la restauration des fonctions perdues de l'écosystème. Deux principaux messages semblent ressortir de cette analyse. Tout d'abord, les risques et les incertitudes impliqués seront énormément réduits, ce qui augmentera la probabilité que la production et la dissémination d'espèces ressuscitées apporte un bénéfice en termes de conservation, si les candidats à la désextinction sont choisis parmi celles ayant eu lieues le plus récemment possible. Ensuite, l'extinction de toute espèce représente un seuil important qui, une fois franchi, ne peut être totalement inversé, malgré les promesses apparentes de nouvelles technologies, pour le moins, convaincantes.

Ce texte introductif à un séminaire sur l'écologie de la désextinction a été réalisé par l'un des chercheurs les plus au fait des récentes découvertes sur le sujet et dont les articles parus antérieurement n'ont souffert d'aucune contestation ni remise en cause de la part de la communauté scientifique. Ce récapitulatif s'appuie sur six articles majeurs en lien avec cette controverse dont les auteurs respectifs (Shapiro, Woods, MacCauley, etc.) sont les figures de proue contemporaines de la théorie de la désextinction. De plus, cette publication fut diffusée au sein du journal "Functional Ecology" de la "British Ecological Society", bénéficiant d'un large rayonnement (international) au sein de la communauté scientifique.

Outre le fait que l'auteur (Philip Seddon) prend clairement position au sein de cette controverse ("‘Is this really possible?’ My answer is yes"), cet éditorial permet de résumer les différents prismes par lesquels nous pouvons, et devons, considérer les entreprises de désextinction qui sont menées de nos jours. Qu'ils soient écologiques, économiques, éthiques, techniques ou encore biologiques, cette review permet de faire le point sur chacun de ces aspects en proposant un résumé de publications que l'auteur (et de façon implicitement logique, les reviewers), a (ont) choisi de considérer comme références pour traiter de tous les aspects différents rentrant en ligne de compte lorsque l'on parle de désextinction.

Cet article est centré sur l’utilisation de la technique de dé-extinction dans un but de conservation de la biodiversité. En effet, les défenseurs de cette controverse prônent souvent qu’il s’agit d’une méthode permettant de conserver, voire d’augmenter (cas du mammouth, espèce ingénieure qui permettraient l'établissement de nouvelles espèces de plantes) la biodiversité de certains écosystèmes. Les auteurs de cette publication cherchent à analyser la véracité de cette information en la quantifiant. Concrètement, ils comparent la quantité d’espèce (richesse spécifique), en absence ou en présence de projet(s) de désextinction, par rapport aux espèces faisant déjà l’objet de programme de conservation.
Cet article est utile pour notre controverse car il s’appuie sur des cas d’études très similaires au thylacine (un marsupial en Australie). La méthode d’analyse explicitée dans cet article serait donc parfaitement applicable au thylacine. Elle est cependant difficilement applicable pour le mammouth.

Les auteurs simulent deux scenarii via des algorithmes, en Nouvelle-Zélande et en New South Wales (région d'Australie) :

• L’établissement et le maintien des espèces ressuscitées deviennent à la charge des programmes de conservation gouvernementaux : on soustrait aux budgets actuels alloués à la conservation le budget nécessaire à la resurrection des espèces, tout en mettant à prix zéro toutes les actions qui sont partagées par un autre programme de conservation. Puis les auteurs comparent le nombre d'espèces existantes qui pourraient être mises en priorité dans ce scénario avec le nombre d'espèces qui auraient normalement étaient mises en priorité avec le même budget.
• L’établissement et le maintien des espèces ressuscitées sont financés par des fond privés : idem, coût à 0 quand bénéfices partagés, puis comparaison du budget utilisé avec VS sans désextinction, sur le nombre d'espèces actuelles qui pourraient être protégées.

Ceci est calculé un an après le début du programme.

Le scenario 1 mène à une diminution du nombre d'espèces prioritaires à conserver. Ainsi, une potentielle perte en biodiversité est envisageable sur le long terme si les efforts de conservation se concentrent sur les espèces éteintes. En NZ, sur les 11 espèces testées, 1 seule permettrait d'augmenter le nombre d'espèces à protéger, car cette espèce partage son habitat avec de nombreuses espèces déjà protégées.
Pour le scénario 2, les coûts des actions étant plus bas, on peut mettre en priorité plus d'espèces. Cependant, si ces mêmes budgets privés calculés pour des espèces éteintes n'étaient appliqués que sur des espèces existantes, cela permettrait un fort gain en biodiversité (le fond privé nécessaire pour ressusciter les 5 espèces éteintes en NSW pourrait être utilisé pour conserver 42 espèces existantes).
Les coûts associés à la production des populations initiales ressuscitées ne sont pas pris en compte, ce qui augmenterait énormément le coût total du programme de conservation.

Les auteurs : Joseph Bennett (Université de Carleton), Richard Maloney (Departement de la Conservation, NZ), Tammy Steeves (Université de Caterbury), James Brazill-Boast (New South Wales Office of Environment and Heritage), Hugh Possingham (University of Queensland & The Nature Conservancy) et Philip Seddon (University of Otago) font tous partie d'institutions réputées.
Seddon est un spécialiste de la désextinction, présent dans d'autres articles de notre controverse Parasites Lost: Neglecting a Crucial Element in De-Extinction Reintroducing resurrected species: selecting DeExtinction candidates, et son livre The ecology of de-extinction.
Les auteurs déclarent n'avoir aucun conflit d'intérêt. Les financements proviennent des Research Council du Canada et de l'Australie.
La méthodologie est rigoureuse. Les algorithmes utilisés été déjà conçus et avaient fait leur preuve. Le matériel et méthode supplémentaire fourni aurait pu être plus instructif (précisions sur les actions de conservation).

Les auteurs utilisent comme cas d'étude, parmi d'autres, Bettongia gaimardi gaimardi, un petit marsupial herbivore nocturne qui s'est éteint en Australie dans les années 1890, et dont l'epèce existante analogue est le Potorous tridactylus (rat-kangourou). L'espèce utilisée est la plus proche du thylacine (même taxon), bien qu'assez différente dans son comportement (carnivore VS herbivore, le Bettongia a besoin d'être protégé des prédateurs). Pour cette espèce en particulier, le scénario 1 mène à une diminution de 14 espèces. On peut donc penser que les efforts de conservation nécessaires à la survie des populations de thylacines ressuscitées et réintroduites pourraient engendrer une perte de la biodiversité locale, si ces efforts sont pris en charge par des programmes publics. Le thylacine étant une espèce iconique (tigre de Tasmanie), on peut penser qu'un fond privé pourrait être envisageable pour mener à bien un programme de réintroduction. Ce programme chiffrerait dans les 300 000$.

La dernière phrase de l'article est plutôt fermement opposée à la désextinction : "Compte tenu de ce potentiel considérable d’occasions manquées, ainsi que des risques inhérents à la présomption selon laquelle une espèce ressuscitée remplirait son rôle d’ingénieur des écosystèmes ou d’espèce vedette, il est peu probable que la désextinction soit justifiée par des raisons de conservation de la biodiversité."
Certains des auteurs sont des acteurs majeurs dans le domaine de la conservation de la biodiversité, ayant pris position en faveur ou contre certains programmes de conservation, les jugeant peu rentables ou réalistes. Cette position pourrait induire un biais cognitif lors de l'étude et la rédaction de l'article, mais cela reste très subjectif.

Après avoir débattu sur les implications éthiques et politiques de la résurrection d'espèces disparues, les scientifiques se penchent à présent sur les impacts écologiques de la réintroduction à l’état sauvage d’une espèce ressuscitée Reintroducing resurrected species: selecting DeExtinction candidates.
Le rétro-croisement intergénérationnel est utilisé pour ressusciter des caractères spécifiques ancestraux perdus ou « dilués » durant les stades évolutifs de l’espèce. Dans ce protocole, les couples reproducteurs sont sélectionnés selon si leur phénotype leur garantit un avantage naturel génétique, comportemental, environnemental… Ce protocole nécessite que les traits ancestraux ciblés persistent au sein d'une espèce vivante, très étroitement liée avec son aïeul. De plus, rien ne garantit que le phénotype sélectionné résulte du même génotype sous-jacent ou, plus vraisemblablement, d'une suite d'interactions génétiques et environnementales à l'origine du phénotype chez les espèces disparues.
Le clonage par transfert de noyau de cellules somatiques (TNCS) est une approche encore plus attrayante car elle a pour elle de permettre la création d'une copie génétique EXACTE d'un organisme vivant, au niveau du génome nucléaire Revival of Extinct Species Using Nuclear Transfer : Hope for the Mammoth, True for the Pyrenean Ibex, But Is It Time for ‘‘Conservation Cloning’’ ? Mammoth 2.0: will genome engineering resurrect extinct species?. Le clonage nécessite toutefois des cellules vivantes intactes, qui ne sont pas disponibles pour la plupart des espèces éteintes. Lorsqu'un organisme meurt, ses tissus et l'ADN de ces tissus commencent à se décomposer presque immédiatement, à cause de processus physico-chimiques (oxydation, hydrolyse, rayonnements…)
De nos jours, l’ingénierie génétique apparaît comme l’approche la plus développée et prometteuse. Elle s’appuie sur les progrès fantastiques réalisés sur l’extraction et le séquençage d’ADN ancien et du génome de façon complète d’une espèce disparue la plus étroitement liée génétiquement, afin d’éviter tout risque de biais taxonomique. Après rectification des différences génomiques présentes, le génome « modifié » de l’espèce vivante est inséré dans des cellules vivantes in vitro, possédant un génome exprimant des gènes éteints, amenant à la création d’un assemblage guidé par référence. A partir de là, un protocole de clonage peut être initiée. La difficulté majeure de cette technique réside donc, là encore, dans l’obtention et la conservation de séquences d’ADN beaucoup plus anciennes que celles utilisées pour la méthode de clonage. Aujourd’hui, les restes fossiles les plus anciens contenant des fragments d'ADN encore exploitable dans le cadre de l'étude semblent ne pas dépasser l'âge Pléistocène. Ajoutée au fait que le nombre de molécules répertoriées comme suffisamment fiables est inversement proportionnel à la distance évolutive séparant l'espèce "primitive" de sa (ses) descendante(s), les perspectives actuelles de la désextinction restent assez contraintes. En ce qui concerne l'exemple du mammouth, celui-ci dispose d'environ 1,4 million de nucléotides fixes qu'il ne partage pas avec l'éléphant d'Asie. La divergence entre les 2 espèces a été rendue effective il y a seulement 5 millions d'années environ. Néanmoins, des progrès ont été effectués pour découvrir des génotypes éteints ayant des conséquences phénotypiques connues et pour intégrer ces génotypes dans le génome d'organismes vivants. De plus, Campbell et al (2010) ont comparé les versions "mammouth" et "éléphant" des phylogénies de complexes protéiques d'hémoglobine. La version mammouth des gènes était alors la plus efficace pour transporter de l'oxygène à basse température, donc mieux adaptée à la vie dans des climats froids.
Enfin, l'auteur rappelle qu'aucune des 3 approches décrites ne mènera à la naissance d’un organisme IDENTIQUE à son ancêtre disparu, les interactions phénotype-environnement-social différant de celles de son époque.

L’auteur de cet article est Beth Shapiro, biologiste moléculaire évolutive de son état. Elle est professeure au département d'écologie et de biologie évolutive de l'Université de Californie à Santa Cruz et véritable figure de proue de la communauté scientifique et précurseur dans le domaine de la désextinction, en témoigne les nombreux prix et récompenses scientifiques qui lui ont été attribués pour ces différents travaux sur le sujet. Elle a également publié un ouvrage qui fait actuellement référence en la matière: "How to clone a mammoth: The science of de-extinction" (2015), comme l'atteste le fait que la (quasi-)totalité des auteurs depuis en font mention comme référence dans chacun de leur article. De plus, lors de cette étude, parmi les très nombreuses citations effectuées, on retrouve les travaux d'autres "papes" de la désextinction : George Macdonald Church, Kevin Lynn Campbell, Philip Seddon..., prouvant la qualité et la légitimité de cet article.

Beth Shapiro détaille ici les 3 méthodes les plus envisageables et réalisables pour opérer la désextinction d'une espèce aujourd’hui éteinte: le rétro-croisement intergénérationnel, le clonage et l’ingénierie génétique. Elle exprime pour chaque, les problèmes expérimentaux rencontrés avec notre technologie actuelle mais ouvre aussi sur les conséquences écologiques et environnementales et les répercussions sur le génome de l'hybride que cela aurait lorsque nous serons en mesure de le faire. Cet article souligne aussi le fait que le TNCS a un domaine d'application se limitant à certains mammifères uniquement, n'étant encore réalisable pour des espèces ovipares (oiseaux, monotrèmes, reptiles) de par la physiologie de la reproduction de ces animaux. Une alternative possible au clonage, à peine évoquée pour le moment, consiste à éditer des cellules germinales primaires (PGC) plutôt que des cellules somatiques pour les modifier génétiquement in vitro.

1. La désextinction, ou processus de résurrection d’espèces disparues, a été avancée comme un nouvel outil en biologie de la conservation. Jusqu'à présent, la plupart des discussions scientifiques sur la désextinction ont porté sur la méthodologie et l'éthique permettant de ramener à la vie des espèces jadis disparues. Nous nous demandons: comment peut-on transformer stratégiquement la désextinction en un service qui profite au maximum aux communautés écologiques et aux écosystèmes?
2. Les écologistes indiquent souvent que la perte de fonction écologique est le pire aspect de l'extinction. Plusieurs décennies de recherche sur la définition, la classification et le suivi des modifications du panel de fonctions écologiques ont généré un riche répertoire d’informations qui devraient être exploité pour aider à guider la désextinction vers un avenir où ses produits peuvent réellement restaurer la perte de fonction induite par l’extinction.
3. Les classifications des fonctions écologiques restent plus subjectives que d'autres taxonomies biologiques. Cependant, les écologistes s'accordent à dire que les fonctions de certaines espèces sont moins redondantes sur le plan écologique que d'autres. La perte d'espèces fonctionnellement uniques peut avoir des effets immédiats et en cascade sur le fonctionnement de la communauté et de l'écosystème.
4. Nous examinons, du point de vue d’un écologiste, les efforts en cours afin d'utiliser la désextinction pour rétablir le mammouth laineux et le pigeon voyageur. Ces études de cas emblématiques illustrent les opportunités et les défis à venir pour restaurer la fonction écologique en utilisant la désextinction.
5. Il y a un grand risque que la désextinction se limite à la fabrication de produits imitant la biologie d'espèces disparues, mais ne parvienne pas à ressusciter leur écologie. Nous suggérons trois façons pour la désextinction de restaurer de manière plus significative le fonctionnement d'espèces anciennement disparues: (i) sélectionner les espèces cibles dans les groupes à faible redondance fonctionnelle; (ii) se concentrer sur les espèces qui ont disparu récemment plutôt que sur des extinctions plus anciennes; et (iii) travailler uniquement avec les espèces qui peuvent être restaurées à des niveaux d'abondance qui permettent un rétablissement significatif de la fonction écologique.

La review est plutôt rigoureuse en ce qui concerne les références qu'elle cite (grand nombre d'articles (+70), issus de journaux à comité de lectures). Elle fournit des "supporting information" (tableaux et figures supplémentaires aidant à la compréhension de la review mais non nécessaires).
Il n'y a pas d'évidence pour un conflit d'intérêt. Les financements proviennent de la fondation "Alfred P. Sloan Foundation" (organisation philanthropique à but non lucratif américaine), ainsi que du programme "the Benioff Ocean Initiative". On remarquera néanmoins que deux des auteurs font partie du "Benioff Ocean Initiative" (Dr. Douglas McCauley et Dr. Hillary Young), ce qui laisserait penser que l'obtention de ce financement a pu être facilitée.
La méthodologie est cohérente pour une review.

Cette review met en exergue la dimension fonctionnelle de la désextinction du mammouth (le cas du thylacine n'est pas traité). Elle préconise de choisir une espèce qui présente un niveau de redondance fonctionnelle faible, qui a été éteinte récemment et qui peut être ramenée à la vie à un niveau d'abondance cohérent à la restauration de ses fonctions écologiques.
Le mammouth ne remplit pas tous ces critères. En effet, le mammouth joue bien un rôle unique dans la décomposition et le renouvellement des nutriments (de part son régime alimentaire), et modifie la structure du sol par son piétinement, permettant ainsi aux herbacés de s'installer et de façonner l'écosystème. Néanmoins, le mammouth s'est éteint il y a 13000 ans : les conditions actuelles du milieu ne permettraient pas la réapparition des herbacés, même avec la réintroduction du mammouth (sol trop acide). Fonctionnellement parlant, la résurrection du mammouth des steppes n'est pas pertinente et ne devrait donc pas avoir lieu d'être.

Ce guide a été écrit par une quinzaine de spécialistes appartenant au groupe de travail "désextinction" de la Commission de Survie des Espèces de l'IUCN. Le groupe travail a été choisi pour représenter un large éventail de compétences liées principalement à la conservation des espèces, mais sans position a priori, ni pour ni contre le concept de «désextinction».
Le but de ce guide est de mettre en évidence les risques et incertitudes que des projets de désextinction impliqueraient. Il vise à fournir des principes qui, s'ils étaient respectés, pourraient éviter des projets mal conçus et accroître les bénéfices, en termes de biologie de la conservation.
Nous allons nous intéresser spécifiquement à la section V, qui liste les impacts sous forme de bénéfices et inconvénients potentiels de la désextinction, par rapport aux écosystèmes, à la société et à l'économie.
Le mammouth et le thylacine sont clairement présentés dès la section III (aspects techniques), dans la rubrique "Clonage".

Ce guide est composé de 8 sections : introduction, objectifs, informations de base, aperçu technique, aperçu des bénéfices et inconvénients, principes directeurs, aspect législatif et aspect politique.
Les informations de base permettent au lecteur de contextualiser la controverse de la désextinction, en donnant des dates et un support de connaissances en génétique, ainsi qu'un regard éthique et philosophique.
La section IV présente les 3 moyens techniques d'obtenir un proxy de désextinction : élevage sélectif, clonage et génie génétique. Chaque moyen est expliqué et illustré par des exemples concrets.

La section V discute des potentiels bénéfices et inconvénients qu'implique la réintroduction dans le milieu sauvage d'espèces éteintes.
Les auteurs listent 5 bénéfices, qui s'appliquent explicitement (articles l'expliquant) pour le cas du thylacine (T), ou du mammouth (M), ou pour les deux (T/M), ou implicitement (non fondé sur une étude) :

• restauration de la biodiversité (implicite mais T/M)
• amélioration du fonctionnement et de la résilience de l'écosystème (M) Pleistocene Park : Return of the Mammoth’s Ecosystem
• engagement du public dans la conservation (T)What If Extinction Is Not Forever?
• impacts socio-économiques (T/M) publication prise comme base de l'argument
• avancées technologiques dont pourraient bénéficier d'autres espèces existantes (T/M) From dinosaurs to dodos: who could and should we de-extinct?

Les auteurs énumèrent ensuite les inconvénients potentiels, plus nombreux :

• coût financier (implicite mais T/M)
• désengagement dans l'effort de prévention des extinctions d'espèces
• bien-être animal (implicite mais T/M) publication prise comme base de l'argument
• incertitudes sur la performance des espèces ressuscitées publication prise comme base de l'argument
• aptitude invasive
• vecteur de maladie
• resurrection inadvertante de pathogènes (M) Parasites Lost: Neglecting a Crucial Element in De-Extinction
• hybridation avec des espèces existantes
• impacts sur les écosystèmes : modification de la structure (composition en espèce), du fonctionnement (services écosystémiques) (implicite mais T/M)
• impacts socio-économiques : conflits, risques et danger avec les humains, l'agriculture et l'élevage (implicite mais T)
• nouvelle extinction après résurrection (implicite mais T/M)

La section VI donne un cadre de travail pour entreprendre un projet de désextinction. Ceux sont tous les aspects et étapes pivots à consider pour mettre à bien un tel projet : évaluation des bénéfices attendus, sélection du candidat à la désextinction, réintroduction des espèces proxies, définition des critères de réussite, éviter des coûts inutiles et gestion éthique des espèces proxies.

Les onze auteurs appartenant au groupe de travail font tous partie d'université réputées à travers le globe. Il n'y a pas de doutes apparents sur la rigueur ou l'éthique de ces scientifiques.
En ce qui concerne le financement, il n'est pas explicitement énoncé mais on comprend qu'il provient de l'IUCN.
Ce guide peut être considéré comme un résumé de la littérature existante sur la désextinction vue comme outils de conservation de la biodiversité. Il est rigoureux dans son esprit de synthèse. Néanmoins, le faible nombre de références (31) pourrait indiquer un manque d'exhaustivité, et pourrait signifier que les auteurs sont passés à côté d'un élément.

Ce guide synthétise une partie des connaissances sur les impacts de la désextinction du thylacine et du mammouth.
Bien qu'il y ait de fortes probabilités de bénéfices liés à la désextinction de ces espèces, les risques et les inconvénients semblent être plus importants et moins quantifiables, ce qui inciterait à rester prudent sur ces projets.

L'application d'un cadre évolutif à toute approche de désextinction est essentielle pour comprendre comment les processus évolutifs régulent la dynamique et les conséquences écologiques des espèces ressuscitées, mais aussi pour mettre en œuvre des projets de désextinction.
Les particularités éco-évolutives des populations ressuscitées seront: (1) la discontinuité des processus biologiques à l'échelle des organismes et des populations ressuscités; (2) la faible diversité génétique initiale inhérente aux voies de désextinction comme le clonage; et (3) la divergence des trajectoires évolutives et environnementales conduisant potentiellement à la mauvaise adaptation des espèces ressuscitées à leur habitat.
La question de la divergence est étroitement liée au temps écoulé entre l’extinction de l’espèce candidate et sa résurrection; les échelles temporelles envisagées pour la désextinction du mammouth laineux (Mammuthus primigenius) sont peut-être les aspects les plus difficiles de ces programmes.

Dans cet article, les auteurs examinent et discutent les extinctions du point de vue de l'évolution et abordent deux questions: les programmes de désextinction pourraient-ils aboutir à des populations viables et autosuffisantes à long terme malgré les facteurs écologiques et évolutifs potentiels limitant leur dynamique, et si tel était le cas, auraient-ils le potentiel évolutif pour rétablir localement les fonctions écologiques perdues dans leur écosystème récepteur ? Autrement dit, la désextinction possède-t-elle le potentiel de réussir à se développer à l’échelle locale ? Ils ont aussi observé si les variations environnementales récentes couplées à une évolution contemporaine étaient susceptibles de générer de fortes divergences entre l'environnement et une population éteinte qui n'a pas eu la possibilité de s'adapter à des changements écologiques anthropiques, à des modifications biotiques en réponse à ces changements ou provoquées par la disparition originelle de l'espèce étudiée.

Les auteurs estiment qu'il faut étudier la désextinction comme une procédure évolutive se basant sur une manipulation (artificielle) de l’information génétique, bénéfique en termes évolutifs et écologiques.
Le principal avantage s'appuie sur la création de proxies écologiques aux fonctions écologiques similaires à celles de l'espèce autrefois disparue. En effet, "bien que les fonctions et services de la nature puissent être synthétisés, la nature, par définition, ne peut l’être". Même si la diversité fonctionnelle peut toujours être rétablie par le biais de phénomènes évolutifs, les lignées ne peuvent pas être récupérées, mais les populations écologiquement échangeables doivent être considérées comme des unités évolutives distinctes. C'est pour cette raison que, bien que l'Homme soit en passe de ramener à la vie une espèce (ou un substitut) et avec elle son rôle écologique fonctionnel, la perte évolutive associée au déclin initial de l’espèce et à son extinction demeurera irréversible.

L'ensemble des auteurs de l'article étant affiliés au Muséum National d'Histoire Naturelle de Paris ainsi qu'au Centre d’Ecologie et des Sciences de la Conservation qu'il abrite, il n'est nullement besoin de remettre en question la véracité de cette publication. Etant publié dans une revue scientifique disposant d'un facteur d'impact relativement fort (FI = 5,49, en 2016) pour son statut spécialisé dans la compréhension des processus évolutifs (entre autres), cet article occupe une place importante parmi les réflexions scientifiques à propos du concept de désextinction. Enfin, cette publication est le fruit de "l'invitation" de Mr. Philip Seddon, un des plus éminents experts internationaux qui ont été amenés à se questionner au sujet de cette controverse.

Les auteurs opposent les bénéfices de la désextinction aux potentiels coûts qu'elle pourrait engendrer. En sa faveur, elle serait tout aussi bénéfique que n'importe quel autre phénomène de brassage de populations en restaurant des patrimoines génétiques et des processus évolutifs. Cette action se ferait alors conjointement avec la réapparition de fonctions écologiques perdues. Par exemple, relâcher des éléphants exprimant des gènes de mammouths dans des habitats froids pourrait être un moyen d'étendre la répartition géographique des éléphants au-delà de leurs habitats chauds en déclin.
Opposés à cet optimisme, les coûts évolutifs engendrés par la désextinction seraient à associer aux coûts écologiques. Cela entraînerait des changements éco-évolutifs non-désirés dans le système d'étude, pouvant se répercuter sur des évolutions non souhaitées incontrôlables ainsi qu'une dissémination involontaire de l'espèce si l'écart environnemental entre les habitats initiaux et actuels est grand.

Il existe de nombreux défis technologiques liés à la capacité de ressusciter des espèces éteintes. Ces espèces peuvent avoir disparues depuis très longtemps ou au contraire, sont actuellement menacées ou se sont éteintes depuis peu de temps. Divers facteurs environnementaux et anthropiques auraient causé ces phénomènes d’extinction d’espèces et par conséquent, seraient à l’origine de l’importante diminution de la biodiversité. L'objectif est de rétablir les interactions entre les espèces disparues à la suite de l'extinction et de revitaliser les écosystèmes existants. Pour cela, de nombreuses technologies impliquant le génie génomique pourraient être utilisées. En effet, il constitue un ensemble d’outils et de techniques de biologie moléculaire permettant l’étude des modifications des génomes. Le clonage par transfert nucléaire suivi d’une reprogrammation cellulaire permettrait de ressusciter des espèces récemment éteintes. Le séquençage, l’assemblage et la comparaison des génomes, quant-à eux, seraient applicables pour faire revivre des espèces éteintes depuis longtemps, tel que le mammouth. Premièrement, il a été découvert que le nombre de modifications nécessaires pour transformer le génome de l’éléphant d’Asie en génome de mammouth serait élevé et estimé à environ 1,5 millions de différences nucléotidiques entre ces deux espèces. Par ailleurs, ce nombre pourrait être minimisé et réduit en se concentrant sur les gènes présentant un intérêt phénotypique (hémoglobine sanguine, taille des oreilles, graisse sous-cutanée, poils). Deuxièmement, bien que le transfert nucléaire n’ait pas encore été réalisé entre le mammouth et l’éléphant d’Asie, il a été démontré que ce dernier constituerait un hôte maternel physiquement et génétiquement approprié.
Même si le génie génomique aboutirait à la « dé-extinction », à la résurrection de traits éteints voire à la naissance probable d’une espèce, une étape de libération dans la nature de l’espèce nouvellement créée serait nécessaire. Par conséquent, l’espèce devrait s‘adapter aux groupes sociaux en présence, à son habitat, aux ressources nutritives et aux microbiomes. Bien qu’il s’agisse d’une avancée technologique importante, le rôle de ces espèces dans les écosystèmes pourrait être modifié par leur capacité d’adaptation et/ou leur survie, ce qui nécessite une connaissance approfondie de leurs besoins en matière de bien-être. Néanmoins, le génie génomique semblerait être un nouvel outil important pour la conservation de la biodiversité pour les espèces en cours d’extinction.

Le titre est clair et pertinent. Le résumé est un peu trop concis et pas assez instructif. L'introduction énonce correctement le contexte et les objectifs à court et à long terme. La publication s’appuie sur des références bibliographiques basées sur des fais concrets. Les conclusions émises sont plutôt bien réfléchies et argumentées.
Remarque : bien que le clonage d’espèces disparues depuis longtemps n’a toujours pas abouti, les scientifiques ont fait de nombreuses expériences permettant l’avancé des recherches. De plus, ils sont conscients des limites technologiques et des craintes liées à la résurrection d’espèces disparues concernant leur capacité d’adaptation et/ou de survie.

Pour ressusciter des espèces disparues, il est nécessaire d'avoir des tissus vivants collectés et préservés contenant de l’ADN en bon état.
Cet article soulève des interrogations comme : quels est le lien entre génotype et phénotype pour des organismes non modèles ? Que se passe-t-il après la résurrection d’un génome éteint ? Comment faire s'il existe une incompatibilité entre l’embryon en développement et la « mère porteuse » de l’espèce vivante la plus proche de celle disparue ? Quels sont les besoins (nutrition, habitat, microbiome) et facteurs pouvant affecter l’espèce nouvellement créée ?
Des solutions sont énoncées, comme la mise en place de l’ingénierie de lignée germinale ou l'utilisation d’utérus artificiel pour la gestation d’embryon incompatible.
L'article amène des perspectives intéressantes : la réintroduction de la diversité génétique perdue, le rétablissement des interactions bénéfiques pour les écosystèmes et la conservation des espèces qui luttent pour survivre.

Beth Alison Shapiro (née en 1976) est une américaine, biologiste moléculaire et évolutive. Elle est professeure au département d'écologie et de biologie évolutive de l'Université de Californie à Santa Cruz. Ses travaux portent sur l'analyse de l'ADN ancien et a notamment publié un livre à ce sujet : "How to clone a Mammoth : The Science of De-extinction". Elle a également publié plusieurs articles dans des journaux scientifiques tels que Nature ou Science et elle a reçu de nombreux honneurs et récompenses au cours de sa carrière.

De nos jours, la plupart des scientifiques étudiant les principes de conservation inhérents à des espèces existantes, en voie de disparition ou strictement éteintes, affirment que l’extinction d’une espèce présente un caractère irrémédiable. Néanmoins, malgré la gravité qu’ont atteint les facteurs anthropologiques actuels causant la disparition d'un nombre croissant d'espèces, un début de solution commence à émerger. En effet, la tendance à la hausse du taux d’extinction des espèces pourrait, grâce aux progrès technologiques du clonage, être contrée. Devrions-nous alors tenter de faire revivre des espèces disparues comme le mammouth par exemple ? La meilleure technique pour réaliser cela se trouve être le processus de transfert de noyau de cellules somatiques entre espèces (TNCS). Cependant, de nombreuses difficultés sont à considérer sur le plan éthique, naturel, philosophique, judiciaire, mais surtout écologique, ainsi que des problèmes et efforts de conservation.

La renaissance par clonage puis par réintroduction d'espèces disparues dans leur écosystème naturel pourrait être utilisée dans le but d’une restauration écologique. Cela dit, durant la période qui a séparé l’extinction effective de l’espèce et aujourd’hui, les écosystèmes ont pu subir quelques modifications (climatiques ou communautaires). De plus, il est plus que probable que les espèces qui leurs étaient à l’époque contemporaines, aient évolué. Ces dernières ont ainsi eu la totale liberté d’occuper les niches écologiques laissées vide par l’espèce éteinte. Elle pourrait alors se retrouver compétitivement exclue, n’ayant dès lors pas d’autres choix que de s’éloigner de leur zone de réintroduction. Cela aurait comme impact négatif la perturbation de l’équilibre écologique et/ou de se propager jusqu’à des écosystèmes non ciblés. C'est ce qui devrait se passer pour le mammouth: l'écosystème où il serait implanté s'en verrait trop modifié, menaçant la survie d'autres espèces.

Cet article a été écrit par Audrey Saulsberry en 2015, achevant alors ses études au College of Arts and Sciences de l'Université Vanderbilt (Utah, USA) constituant son rapport de fin d'études. Cela pourrait peut être alors laisser supposer un manque d'expérience dans le domaine d'étude. Cependant, l’article en question ayant été traité d'un point de vue plus philosophique qu'expérimental et manipulatoire, et amenant à termes à une réflexion sur le sujet, les potentielles lacunes écologiques que l'auteur aurait pu affichées, ne perturbent en rien la compréhension de l'analyse et sa légitimité au sein de cette controverse. Même si le nombre de références n’apparaît pas comme très conséquent, l'article fut néanmoins publié, au sein du domaine "Engineering and Natural Sciences" après avoir été soumis au comité de confiance de l'université, dans le journal publié par cette dernière, ce qui, sans aller jusqu'au conflit d’intérêt, a dû aider à développer le rayonnement de l'article en question.

Cet article met en lumière des réflexions sur les objections que soulève la désextinction du mammouth et les changements écologiques qui lui seront probablement dus, mais également tous les problèmes de conservation inhérents au retour d'une espèce disparue. L'article nous indique également l'état d'esprit à adopter lorsque nous disposerons des moyens technologiques pour réaliser des renaissances d'espèces éteintes. L'article couvre également les deux problèmes majeurs selon l'auteur quant à la perspective de réintroduction de ces espèces : les écosystèmes et les espèces qui les composent s’adaptent avec l’évolution des conditions, sans jamais observer d'état fixé. Afin d'éviter tout "endommagement" de ces écosystèmes et de leurs biotes, il faudra être très sélectif quant aux espèces que nous souhaiterons faire revenir. Cependant, il ne faut pas que cet axe de recherche soit effectué au détriment de la conservation et de la protection des espèces existantes en voie de disparition.

Les auteurs partent du postulat que si la désextinction est envisageable, il y a alors une nécessité de choisir l'espèce que l'on souhaite ressusciter selon certains critères.
Le but de cet article est d'émettre un premier filtre dans le choix des espèces potentiellement ressuscitables, en prenant en compte la faisabilité et les risques associés à une réintroduction dans le milieu. Les auteurs choisissent pour cela d'avoir recours à un guide produit par l'IUCN (International Union for Conservation of Nature) qui émet des principes régissant les translocations d'espèces, une sous-branche de la conservation où des espèces sont relâchées dans un milieu duquel elles ne sont pas originaires. guide de l'IUCN
Ce guide est ici utilisé afin d'identifier les informations manquantes, les incertitudes et les risques relatifs à le remise en liberté d'espèces ressuscitées. Cela permet d'éliminer les candidats inappropriés et d'éviter des efforts scientifiques, techniques et monétaires inutiles.

10 questions fermées posées pour le thylacine. Les causes d'extinction sont-elles identifiables et résolvables? Existe-t-il des causes de déclin actuelles ou futures? Les besoins du candidat sont-ils suffisamment compris pour sélectionner des aires de réintroduction? Y a-t-il une zone suffisamment appropriée et convenablement gérée actuellement et dans le futur? La translocation est-elle compatible avec la politique et la législation actuelles? La translocation serait-elle possible au vu du contexte socio-économique de la zone considérée? Y a-t-il un risque que l'espèce introduite ait des impacts négatifs sur les espèces, les communautés ou l'écosystème de l'aire d'accueil? Y a-t-il un risque lié aux agents pathogènes qui pourrait avoir des impacts négatifs sur l'espèce ou l'écosystème? Y a-t-il des risques directs préjudiciables sur les hommes, leur existence et les services écosystémiques? Serait-il possible de supprimer ou déplacer l'espèce réintroduite en cas d'impacts imprévus intolérables?

Une espèce candidate peut être rejetée si elle faillit à l'une de ces dix questions, ou s'il y a un manque d'informations, ou encore de fortes incertitudes dans la réponse aux questions. Ce filtre reste néanmoins assez grossier, et ne sert qu'à éliminer les candidats visiblement inadéquats.
Le thylacine, qui est l'une de nos espèces d'intérêt dans cette controverse, réussit à passer ce premier filtre, car les causes d'extinction et ses besoins sont connues et gérables; il existe une aire appropriée à sa réintroduction, compatible avec la politique et la législation en vigueur; les impacts potentiels sur les hommes et l'écosystème sont plutôt prévisibles et acceptables; leur démographie originelle plutôt faible permettrait d'avoir le contrôle en cas d'imprévus nécessitant le déplacement ou la suppression de l'espèce.
Selon cet article, la résurrection du thylacine mériterait donc d'être étudiée plus en détail car les risques associés à sa réintroduction dans le milieu sont acceptables.

En plus de leurs organismes d'origine (centre de recherche), les trois auteurs sont tous membres de l'IUCN, au sein du groupe spécialisé dans la réintroduction. L'IUCN est une organisation non gouvernementale internationale financée majoritairement par des agences internationales qui lutte pour la conservation de la nature et l'utilisation durable des ressources naturelles. On comprend donc mieux pourquoi ils ont choisi de se fonder sur le rapport de l'IUCN pour effecteur leur analyse. La méthodologie utilisée n'en reste pas moins pertinente pour répondre à l'objectif fixé, qui est de faire un premier tri grossier parmi les candidats.
Un des auteurs (A. Moehrenschlager) a reçu le soutien financier de Husky Energy Endangered Species Program (grande entreprise canadienne dans le secteur des hydrocarbures), ainsi que de la Canadian Wildlife Federation (organisme canadien à but non lucratif voué à la conservation de la faune). Les financements ne soulèvent pas de conflits d'intérêt apparents.

Cet article évalue concrètement les risques liés à la réintroduction du thylacine dans la région de la Tasmanie en Australie. Selon les auteurs, les risques d'impacts négatifs sont plutôt modérés, ce qui en ferait donc un candidat idéal à la désextinction.
Une question émergente majeure concerne les pathogènes. (cf Parasites Lost: Neglecting a Crucial Element in De-Extinction). En effet, bien que certains pathogènes soient déjà connus pour le thylacine, leurs possibles impacts sur l'écosystème sont inconnus, et demanderaient donc un approfondissement. Les autres questions émergentes sont plus de l'ordre socio-économique. Bien que la population locale supporte le démon de Tasmanie, qui peut poser des menaces sur l'agriculture et l'élevage, supporterait-elle la réintroduction du thylacine, qui poserait le même type de menace ? Le tourisme que pourrait générer la réintroduction du thylacine et donc les hypothétiques bénéfices financiers liés suffiraient-ils à convaincre ces populations ?

Philip Seddon est professeur dans le département de zoologie de l'université d'Otago (Nouvelle-Zélande). Il est l'un des leader dans le domaine de la désextinction, ayant publié de nombreux articles à ce sujet.
Axel Moehrenschlager est chercheur au centre de recherche sur la conservation à la Calgary Zoological Society (Canada) travaillant sur la restauration écologique.
John Ewen est chercheur à l'Institut de Zoologie, aile recherche de la Zoological Society of London (Royaume-Uni).
Cet article se définit comme un "opinion paper", il n'est donc pas anormal d'assister à une prise de position plutôt visible (dans ce cas-ci, favorable à la désextinction).

Les nouvelles avancées technologiques en biologie synthétique sont sur le point de nous permettre de ressusciter des espèces disparues selon deux protocoles majeurs : la manipulation génétique entre espèces étroitement apparentées et/ou en clonant des individus à partir d'une quantité de cellules suffisamment bien préservées. Cette dernière méthode semble se restreindre aux cas d'espèces éteintes récemment tandis que la manipulation génétique apparaît comme ouverte à des taxons plus éloignés dans le temps, incluant le cas de l'insertion d'ADN du Mammuthus primigenius dans celui d'éléphant d'Asie apparenté (Elephas maximus).
Il existe une tendance actuelle consistant à s'attarder sur les cas très attrayant vis-à-vis du public comme le thylacine et le mammouth laineux, en laissant en retrait à tort la faisabilité pour le choix du candidat optimal. En effet, l'obstacle majeur réside dans la dégradation de l'ADN par l'intermédiaire de son temps de demi-vie. C'est la raison pour laquelle le matériel génétique devient inutilisable passé 1,5 Ma. Cela expliquerai pourquoi, en pratique, la réapparition et a fortiori, la réintroduction du thylacine semble plus cohérente et réalisable que celle du mammouth laineux. De plus, la proximité génétique, et donc morphologique de l'espèce disparue avec son descendant le plus proche actuel conditionnerait la cohérence et la possibilité de désextinction (par exemple, la désextinction du Quagga, sous-espèce de zèbre disparue, semble plus plausible et réalisable que celle du Tigre de Tasmanie, n'ayant aucun représentant actuel avec un genre et une histoire évolutive uniques). Un autre paramètre indiquant la sélection du meilleur représentant s'avère être le temps de génération. L'auteur définit que les espèces possédant un temps de génération plus lent entraînerait un processus de désextinction plus coûteux par individu (le mammouth apparaît alors comme peu conseillé, puisque ils n'auraient qu'une progéniture tous les trois-quatre ans, par extrapolation avec des données d'espèces existantes les plus apparentées).
De nos jours, l'objectif ultime des efforts déployés pour la désextinction est la réinstallation d'une population viable, la probabilité que ces individus susnommés en produisent une constitue un nouveau facteur quant au choix du candidat à ramener parmi nous. Cette condition favorise les espèces dont l'habitat naturel persiste encore et toujours aujourd'hui malgré les activités anthropiques contemporaines et si la menace originelle a dès lors disparu. Pour cette raison, la réapparition du thylacine apparaît comme très réaliste car son habitat australien (la Tasmanie) est toujours présent aujourd'hui. Dans ce cas précis, la pression de la chasse qui a conduit cette espèce à l'extinction pourrait être contrôlée. La complexité du comportement social serait également à prendre en compte dans la sélection de l'espèce candidate, dans l'optique du maintien d'une population stable via de possibles interactions avec ses descendants actuels. Enfin, l'impact potentiel sur l'environnement inhérent à la réintroduction et à la dissémination de ces espèces figure également comme un critère décidant de l'espèce la plus "adaptée" à une désextinction (notamment lorsqu'une espèce remplit une fonction écosystémique particulière). Ainsi, l'exemple du mammouth laineux semble dans ce cas précis tout indiqué du fait de son état d'espèce ingénieur dans la toundra du Pléistocène, car en piétinant celle-ci, les "mammouphants" nouvellement créés limiteraient la formation de poches de gaz à effets de serre (des centaines de gigatonnes de carbone organique) qui se forment dans le permafrost sibérien, relâchées dans l'atmosphère lors de la fonte de ce sol gelé. La réintroduction de ce grand herbivore permettrait ainsi, via le piétinement de la neige qu'il exercerait sur la toundra, de renforcer le gel du sol et de, sinon stopper, du moins ralentir la fonte de la glace et ainsi lutter contre le réchauffement climatique actuel.

L'auteur de cet article, K. E. Jones, chercheuse à la fois au département de Genetics, Evolution and Environnement de l'University College London (UCL) qu'elle dirige, et à l'institut de zoologie de Londres, semble disposer d'une certaine considération de nos jours, par l'intermédiaire de ses publications et œuvres déjà publiées ainsi que par ses interventions radiographiques à la BBC. Elle semble apparaître comme un précurseur (à l'instar de Shapiro, Church, Seddon), en 2014, concernant la définition des paramètres sur lesquels on devrait s'attarder pour sélectionner le meilleur candidat en prévision de sa désextinction. Elle a notamment fait une intervention lors d'un meeting TedEx en faveur de la désextinction. vidéo youtube de son discours

Dans cette article, l'auteur catégorise et classe différents cas d'espèces que l'on "pourrait" ramener à la vie de façon technique, écosystémique, éthique et judiciaire, selon la faisabilité, le potentiel, l’intérêt que chaque cas représente pour l'ensemble de ces paramètres respectifs conjugués.

Quelques objections pourraient être prononcées à l'encontre des thèses présentées dans cet article ; en effet, les espèces déja éteintes pour cause de chasse intensive (tel le thylacine) pourraient ne pas demeurer insensible à l’impact anthropique actuel, et rester à l’abri de la controverse provoquée par le «rewilding». De plus, j'ai un peu de mal à comprendre le choix de l'auteur quant au titre de la publication: pourquoi s’arrêter aux dodos (disparu probablement un peu avant le XVIIIème siècle) alors qu’elle évoque et traite les exemples du thylacine (disparu officiellement, raisonnablement, en 1938) et même du pigeon migrateur Ectopistes migratorius (sans doute éteinte depuis le 1er septembre 1914).[(https://www.biodiversitylibrary.org/page/15937222#page/87/mode/1up)]

Les thylacines ou communément appelés « tigres de Tasmanie » sont des prédateurs marsupiaux d’Australie. Cette espèce a été considérée comme éteinte dans les années 1936 et semblerait attirer l’attention de certains scientifiques quant aux atouts et aux obstacles liés à sa résurrection.

Il existe trois technologies permettant la « dé-extinction » d’espèces éteintes. Parmi ces approches, on distingue la sélection, le clonage et le génie génétique. Premièrement, la reproduction sélective serait intéressante dans le cas où les espèces disparues auraient des descendants proches vivants. Ainsi, cela permettrait l’obtention d’une descendance phénotypiquement proche de l'espèce disparue. Par ailleurs, cette reproduction serait possible uniquement dans les situations où les variations génétiques des espèces disparues ont été sélectionnées et persistent chez les descendants. Deuxièmement, il y a le clonage par transfert de noyau de cellules somatiques (TNCS) à partir de tissus cryoconservés contenant des noyaux de cellules viables. Mais le TNCS ne serait applicable que sur des espèces récemment éteintes. Troisièmement, le génie génétique permettrait à partir d’une espèce éteinte ayant laissé suffisamment de matériel génétique intact, le séquençage de haute qualité du génome entier. L’ADN présent dans les cellules d’une espèce vivante pourrait être modifié pour correspondre à la séquence génomique de l’espèce éteinte. Cela permettrait la reconstitution du génome éteint sur plusieurs générations.

Bien que ces technologies semblent illustrer des avancées dans le monde scientifique, certains écologistes et biologistes évoquent des notions de risques et objections liées à la résurrection d’animaux disparus. D’une part, il est probable que les animaux créés au cours de ce processus pourraient comporter des variations génomiques particulières pouvant entraîner des déformations morphologiques et des limites dans leur capacité d’adaptation à l’environnement actuel, ce qui pourrait être à l’origine d’une mort précoce. D’autre part, certains soutiennent que les animaux récemment disparus pourraient se révéler être d’excellents vecteurs d’agents pathogènes, notamment en étant porteur de rétrovirus endogènes. Ces pathogènes pourraient être transmis à d’autres espèces animales et entraîner l’extinction de ces derniers et engendrer, à long terme, une diminution de la biodiversité. De plus, bien qu’une espèce n’était pas parasite dans son écosystème d’origine, il pourrait se comporter comme un prédateur après réintroduction dans le nouvel écosystème, ce qui pourrait bouleverser, en autre, la chaîne alimentaire. Enfin, certaines conséquences de la réintroduction d’une espèce restent inconnues mais les risques semblent assez faibles et probablement gérables.

La « dé-extinction » confèrerait des avantages concrets pour l’environnement en restaurant les écosystèmes éteints ou menacés, et sur la faune en préservant les espèces actuellement en voie de disparition. Par exemple, la renaissance du mammouth laineux en tant que grand animal de pâturage dans l’Arctique pourrait aider à restaurer les steppes arctiques à la place de zones moins riches écologiquement. Néanmoins, il serait nécessaire de mettre en place une politique de conservation des espèces ressuscitées, par exemple en recréant des écosystèmes spécifiques dans le but de les protéger, de permettre leur adaptation et de minimiser les possibles interactions néfastes avec d’autres espèces.

Review assez courte et compréhensible où l’ensemble des enjeux politiques, environnementaux, sanitaires et éthiques lié à la « dé-extinction » sont évoqués.

La notion de diminution probable de la biodiversité par des espèces ressuscitées pouvant être porteuses d’agents pathogènes. Ces pathogènes sont-ils transmissibles à d’autres espèces ? Si oui, quels impacts sur la faune pourrait-il y avoir dans un écosystème donné ?

Les auteurs ont étudié dans la prestigieuse Université de Stanford, aux Etats-Unis . Cette université est connue pour sélectionner de très bons étudiants. Les auteurs auraient donc des connaissances solides par rapport au cursus universitaire suivi ce qui laisse penser qu'il s'agit d'une publication fondée sur des propos solides et réfléchis.

Le microbiome désigne une communauté de microorganismes interagissant avec leurs environnements. Chez les herbivores, la communauté microbienne maintenue dans le tractus gastro-intestinal remplit d'importantes fonctions liées à la digestion rapide des polysaccharides végétaux en condition anaérobie. Le microbiome constitue donc un facteur important pour la santé d’un animal. L’analyse du microbiome intestinal des animaux éteints peut fournir des informations sur leurs régimes alimentaires. Ici, les auteurs ont enquêté sur la composition du microbiome intestinal de deux animaux disparus mais nous avons décidé de ne présenter les résultats portant uniquement sur le microbiome du mammouth (Mammuthus primigenius). En 2007, un jeune mammouth datant de 40 000 ans, nommé Lyuba, a été découvert en Sibérie. Bien que l'âge géologique de la découverte soit ancien, les auteurs ont pu analyser des échantillons bien conservés issus de son tractus gastro-intesnial au moyen de différentes techniques.

• Isolements d’échantillons (selles, lait non digéré) contentant de l’ADN bactérien, en provenance de l’intestin du mammouth

• Analyse de la composition des communautés microbiennes par pyroséquencage des fragments de gènes de l'ARN ribosomal 16S à l'aide des amorces « universelles » 11F (5' - GTTTGATC MTGGCTCAG - 3') et 519R (5' - GWATTAC CGCGGCKGCTG - 3’)

• Analyse des données à l'aide de progiciels

• Comparaison des séquences obtenues avec les séquences nucléotidiques référencées dans les bases de données à l’aide du logiciel BLASTN

• Obtention de 7242 séquences (cf tableau, données non montrées dans cette analyse) de plus de 300 pb pour les échantillons provenant du microbiome intestinal du mammouth

• Prédominance de deux types de bactéries : les protéobactéries (81%) et les actinobactéries (18%). Faible proportion (moins de 0,9%) des firmicutes, TM7 et des bactéries du genre Bacteroidetes (cf Figure 1)

• La majorité des micro-organismes représentent la famille des Pseudomonadaceae, un groupe très répandu de gamma-protéobactéries associées aux sols, aux végétaux ainsi qu'à l’eau (douce, marine) et dont certaines espèces (Pseudomonas spp) provoquent l’acidification des produits laitiers, ce qui pourrait expliquer la présence de lait non digéré dans l’intestin de ce mammouth

Il serait recommandé, voire nécessaire, d’analyser un plus grand nombre d'échantillons microbiens conservés de l'intestin d'autres mammouths issus du pergélisol, afin d'éviter un biais lié à la variation intraspécifique.

Biais souligné concernant cet article : l'analyse du microbiome démontre la possibilité d'une croissance sélective de certains groupes de microorganismes après la mort des animaux, ce qui pourrait expliquer la forte proportion de certains microorganismes. Par exemple, Pseudomonas spp aurait pu croître de manière sélective au sein du microbiome intestinal du mammouth Lyuba après sa mort.

Cet article souligne la perspective d’avoir une « première idée » de la composition du microbiome intestinal des animaux du Pléistocène. Ces analyses peuvent également renseigner sur les habitudes alimentaires des espèces éteintes, ce qui est une connaissance fondamentale à avoir sur l'espèce que l'on souhaite ressusciter.

Les mammifères connaissent actuellement une crise d’extinction. Le nombre d’espèces menacées est accablant et leur taux d’extinction ne cesse de croître. Plus d’un animal sur quatre risque de disparaitre à jamais.

Pour lutter contre ce problème, des scientifiques ont mis en place des techniques de transfert nucléaire de cellules somatiques (TNCS) permettant la « renaissance » d’espèces éteintes.

Un succès de cette technique a été démontré par la naissance d’un bouquetin génétiquement identique au dernier bouquetin des Pyrénées éteint dans les années 2000. Fait intéressant, le recourt à une chèvre domestique en tant que « mère » porteuse a été nécessaire.

Cette approche ouvre des perspectives de clonage, d’une part sur des espèces éteintes depuis longtemps comme le mammouth qui avait un rôle bénéfique sur les écosystèmes ou d'autre part, sur des espèces éteintes récemment comme le thylacine. Par exemple, si des cellules de mammouth ont été conservées et contiennent de l’ADN intact, elles pourraient être incorporées par choc électrique dans un ovule d’éléphant d’Asie dont le noyau aurait préalablement été enlevé. Ainsi, après formation d’un embryon et implantation dans une mère porteuse, cela pourrait aboutir à la naissance d'un hybride comportant des gènes codants pour des traits phénotypiques et des fonctions perdus. Par ailleurs, cela aurait été simple s’il n’existait pas de contraintes. En effet, l’utilisation des éléphants d’Asie semble presque impossible de part leur cycle oestral compliqué avec deux pics d’hormone lutéinisante (LH) séparés de 18 à 20 jours, des cycles mono-ovulatoires, de l’anatomie du vagin et des ovaires, et enfin du nombre de femelles éléphants candidates.

D’autre part, le clonage serait un bon outil permettant la conservation d’espèces en voie de disparition dû à la pression humaine, à leur isolement géographique ou à leur reproduction compliquée. Les espèces ayant un statut critique ont été référencées dans la liste rouge publiée par l’Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN).

De plus, de nombreux efforts peuvent être développés en s’appuyant sur des programmes binationaux impliquant des zoos et des réserves fauniques pour sauvegarder les espèces ayant été clonées.

Bien que le TNCS semble être un outil primordial pour la biologie de conservation, il existe néanmoins un manque de connaissance concernant la capacité de reproduction entre les espèces susceptibles d’être ressuscitées, ce qui pourrait être gênant pour assurer l’augmentation ainsi que la stabilité de la population d’espèces. Il reste donc encore un long chemin à parcourir avant de permettre la « dé-extinction » d’espèces éteintes comme le mammouth ou le thylacine.

1. La séquence d’ADN de l ‘éléphant d’Asie est la plus proche de celle des mammouths.

2. Les obstacles du clonage des mammouths liés à l’utilisation des éléphants d’Asie et donc le manque de receveurs pour les futurs embryons clonés.

3. Le séquençage de l’ADN du mammouth correspond à 80% au mammouth et 20% à d’autres espèces.

4. La nécessité de combiner plusieurs disciplines pour réussir la résurrection d’espèces disparues.

Les auteurs de cet article ont développé une technique qui permet d’examiner in vivo la fonction de régions non-codantes d’ADN provenant d’un génome éteint. Ils appliquent cette technique sur le génome du thylacine. Cette espèce de marsupial n’a pas été choisie au hasard : en plus de représenter un singulier exemple de convergence évolutive avec les chiens, elle fait l’objet d’une controverse quant à sa possible résurrection.
Ainsi, cet article n’intervient pas à proprement parler dans la controverse liée à la résurrection du thylacine, n’en faisant jamais explicitement allusion (les mots désextinction ou résurrection ne sont jamais employés dans l’article). Néanmoins, cette publication reste d’une importance cruciale pour comprendre la controverse car elle apporte la preuve qu’il serait techniquement possible de regénérer un ADN codant appartenant à cette espèce, condition sine qua non à la résurrection du thylacine.

Les auteurs ont extrait de l’ADN à partir de tissus de poche ventrale de jeunes thylacines conservés dans l’éthanol depuis 100 ans. La séquence étudiée est celle de l’activateur transcriptionnel du gène du collagène proa1 (II) (Col2a1) composée de 246 paires de bases. Elle a été choisie car elle est relativement bien conservée chez les mammifères (un organisme de souris peut la reconnaître) et dirige l’expression spécifique des chondrocytes (cellules composant le cartilage) chez la souris.
Cette séquence est amplifiée par PCR. Une fois la séquence obtenue et vérifiée, elle est liée avec le gène LacZ. Cette séquence nouvellement créée est micro-injectée dans les pronuclei de zygotes de souris. Les souris s’accouplent, et on observe deux semaines plus tard l’expression de LacZ par coloration au X-gal chez les souriceaux.
Pour rappel, un activateur transcriptionnel est une protéine qui stimule la transcription. De plus, LacZ est un gène rapporteur (gène dont le produit est facilement observable).

Une coloration complète a été observée chez les quatre fœtus de souriceaux selon un schéma indiquant le développement du cartilage. Ce schéma était identique à celui du gène de souris endogène Col2al et des transgènes de souris. Les coupes transversales histologiques ont confirmé que l'expression de LacZ, dirigée par l'activateur transcriptionnel du thylacine, était limitée aux chondrocytes en développement.
Les autres fœtus non transgéniques ont été utilisés comme contrôles négatifs et n'ont montré aucune coloration.
L'expression de l'activateur Col2a1 du thylacine a dépassé celle de l’activateur Col2a1 endogène (de la souris) et a été limitée aux chondrocytes en développement. Cela confirme que le gène du thylacine Col2al avait un rôle de développement conservé dans la formation du cartilage.
Un fragment d’ADN non codant provenant d’un mammifère éteint a donc pu conduire à l'expression d'un gène rapporteur chez un fœtus de mammifère en développement, n'appartenant pas au même taxon.

Les auteurs sont des biologistes. Andrew J. Pask et Marilyn B. Renfree se sont concentrés sur les marsupiaux durant leur carrière, et notamment sur le thylacine.
Les auteurs n’apparaissent pas comme acteurs de la controverse de la dé-extinction, le but de leur étude était d’étudier cette espèce récemment éteinte, et de mieux comprendre les mécanismes d’évolution. Ils n’ont jamais participé à une étude ou un article citant explicitement le terme « de extinction ».
Les institutions dont font partie les auteurs (MD Anderson Cancer Center, University of Texas et Univeristy of Melbourne) sont reconnues et rigoureuses.
La méthodologie utilisée semble être rigoureuse. Les auteurs prennent de nombreuses précautions lors de la manipulation de l’ADN pour éviter toute contamination (stérilisation sous UV). Avant d’être insérée dans les pronucléi de souris, la séquence est vérifiée par séquençage, comparée avec des bases de données et confirmée par construction d’arbres phylogénétiques.

Comme expliqué en introduction, cet article ne permet pas d’apporter de nouveaux éléments et arguments dans la controverse de la dé-extinction, en particulier du thylacine. En revanche, il peut être utilisé comme argument valide et pertinent par les défenseurs de la dé-extinction, car il donne un bon espoir de faisabilité technique et biologique du projet.

Le Pléistocène est une époque géologique où de vastes plaines et vallées constituaient les paysages dominants. De nombreux animaux tels que les mammouths, les rhinocéros laineux, les yacks, les bisons, les chevaux, les rennes, les boeufs musqués et les wapitis broutaient les sols de ces prairies. A la fin du Pléistocène, l’écosystème a brutalement été modifié, ce qui marqua le début de l’Holocène. En Sibérie, cette époque fut fortement bouleversée par différents changements : la transformation du climat aride en climat humide, le remplacement de la toundra-steppe en toundra moussue et forestière, la disparition de certains herbivores, l’apparition de l’homme préhistorique pratiquant la chasse, et le réchauffement général du climat. Certains de ces facteurs sont à l’origine du déclin des populations animales notamment celles des mammouths. Ces herbivores jouaient auparavant des rôles essentiels dans le pâturage (piétinement) de la végétation et dans la fertilisation des sols grâce à leur fumier. Ces fonctions conférées par ces animaux disparus étaient impliquées dans les cycles biogéochimiques des écosystèmes. Bien que le climat changeant soit un des facteurs ayant entraîné le déclin de ces espèces, il semblerait plus probable que leur disparition soit fortement corrélée avec l’apparition des espèces Homo. En effet, de nombreux outils, armes et peintures ont été retrouvés, datant de la même époque que ces animaux préhistoriques.

Aujourd’hui, nous sommes dans une époque où le réchauffement climatique pose d’énormes problèmes et suscite une attention particulière. En effet, nous assistons à la fonte des glaces et au dégel des sols. Les microorganismes piégés risquent d’être relâchés et leurs activités de conversion du carbone du sol en dioxyde de carbone en conditions aérobies et en méthane en conditions anaérobies débutera. La libération de ces gaz ne fera qu’amplifier l’effet de serre.

Pour atténuer certaines des conséquences négatives du réchauffement climatique, Sergey A. Zimov a entrepris le projet de restaurer l’écosystème ancien de l’époque (Pléistocène) des mammouths dans le nord de la Sibérie (Yakoutie).

La réintroduction des animaux de pâturage tels que les mammouths permettrait la restauration de leurs fonctions conférées par leur comportement collectif. Une de leurs fonctions essentielles est le piétement de la neige exposant le sol à des températures plus froides qui empêcherait la glace ainsi que le pergélisol de fondre et donc le rejet de gaz à effet de serre dans l’atmosphère.

Le « Parc Pléistocène » est le projet que Sergey A. Zimov a mis en place depuis 1989. La première étape de ce projet consiste à rassembler uniquement la mégafaune survivante de l’écosystème du mammouth, sans les prédateurs, dans une partie du parc riche en prairies. La seconde étape serait d’augmenter suffisamment la densité des herbivores pour influencer sur la végétation et le sol. La troisième étape est primordiale car il s’agit de réintroduire des espèces telles que les bisons du Canada et lorsque les herbivores seront suffisamment abondants, il faudra acclimater les tigres de Sibérie. Hormis des objectifs écologiques, le Parc Pléistocène serait une solution innovante permettant de tester directement le rôle des grands herbivores dans la création et le maintien des écosystèmes.

Cette revue permet d'avoir une idée et un historique complet de la succession d'évènements ayant eu lieu entre le Pléistocène et l'Holocène, un aperçu du climat, de l'état du sol et de la végétation dans l'écosystème du mammouth. Elle permet également d'évoquer les causes probables de la disparition des herbivores et les conséquences écologiques. Elle met en évidence les fonctions conférées par les mammouths et impliquées dans la diminution voire l'atténuation du réchauffement climatique actuel. De plus, elle apporte les traces et indices de la présence de l'homme préhistorique ainsi que son implication dans l'extinction d'espèces. Enfin, elle met en avant le rôle des microorganismes impliqués dans les cycles biogéochimiques au sein des écosystèmes.

Cet essai a été publié dans "Science" qui est un très bon journal scientifique américain publiant des articles dans tous les domaines scientifiques (biologie, chimie, physique, mathématiques, anthropologie, archéologie, et autres). Il semblerait donc qu'il s'agisse d'une bonne review scientifique.

Concernant Sergey A. Zimov (l'auteur), il occupe un poste de directeur à la station de recherche du Nord-Est à Cherskii en République de Sakha (Yakoutie), et semble avoir des connaissances théoriques et des compétences pratiques solides de par sa formation universitaire en géophysique à la "Far East State University" de Russie (Vladivostok) et de son expérience sur terrain en Sibérie septentrionale pour l'Institut de géographie du Pacifique, qui fait partie de la branche Extrême-Orient de l'Académie des sciences de Russie. Ses ambitions prononcées pour l'envie de restaurer des écosystèmes lui ont valu une couverture dans des livres, des documentaires et d'autres médias.

Vidéo : Parc du Pléistocène